就在馬吉翔和白文選還在為北上或是西撤爭論不休的時候，靳統武卻提出了另外的建議︰「蕞爾建昌，如何能夠供給十萬軍民？皇上，臣以為北上、西撤皆不可取，倒不妨前往湖南之峒，烏車里、里角諸部不相統攝，朝廷兵至，必無所拒。而後聖駕安蹕峒內，諸將設御峒口與清兵周旋，若勝則伺機恢復雲貴，若是不勝則借道交趾，招針羅諸船，航海至廈門，與延平王合師進討。」
永歷帝耐心地听諸臣把話說完，這回卻是難得的果斷了一回，當場宣布道︰「移蹕入川之事，朕意已決，諸卿毋須再議，速速各自準備去吧！」
當夜，馬吉翔與其弟馬雄飛、女婿楊在聚在一起，秘密商議移蹕事。馬吉祥首先說道︰「陛下為蜀人所惑，堅持移蹕蜀中，一旦去往巴蜀，則文安之必來迎駕。此人不比扶、雷，若是入閣，朝廷哪里還有吾等立足之地？吾若失勢，衣缽又安能傳及賢婿乎？且入蜀之後，程源等必據要津，屆時吾等內無金少宰之助，外無晉王之援，倘再有安龍之事，必死無葬身之地也！」
馬吉翔說到傷心之處，不住抬手抹淚，馬雄飛認為哥哥說得在理，念及此事關系到全家前途性命，他當即拍案而起道︰「事已至此，不如連夜面見金少宰，只說其墳墓親屬皆在滇中，安可去蜀？然後請金少宰出面勸說，若晉王猶豫，則說蜀中勛鎮林立，今殿下新敗之余，若是遠赴袁宗第、郝永忠諸勛之穴，能保諸勛听節制乎？他日恢復荊襄，能保陛下不再封郝永忠等數親王，與殿下並立乎？則晉王必允矣！」
馬吉翔听得是連連點頭，立刻起身趕往金維新府邸，在其面前極力勸說道︰「晉王為蜀人所惑，我欲請先生向晉王建言，移蹕滇西，理由有三。我等若是北上，必過建昌，先生與建昌總兵王偏頭有隙，其必懷恨在心，于公不利，此為其一；我軍若是入蜀，文督閣必有迎立之功，晉王屆時如何還能威加海內？若出夔東，取荊襄，則袁宗第、郝永忠諸勛必以大兵挾制朝廷，晉王亦不能號令，此為其二；雲南乃先生故里，若是離開，必當拋家棄業，此其三也！」
這一番話瞬間擊中了金維新的軟肋，他原本就不甘心離開雲南，又經馬吉翔這一提醒，想起自己曾與建昌總兵王有德因爭奪一位美人鬧過糾紛，若是貿然前往建昌，在別人的地盤上，難免會遭其報復。想到這里，金維新當即點頭同意了馬吉翔的請求，答應會在合適的時機勸說定國回心轉意。
次日清晨，前方警報接踵而至，臨沅、廣南、河西皆被清兵攻陷，沾益、馬龍亦遭清軍屠戮，清軍前鋒更是直逼宜良、嵩明、通海、昆陽一帶，各地逃難的百姓攜老扶幼，群集于滇都街頭，哭聲震天。
永歷帝在驚懼之下，急忙下令文武百官立刻收拾行裝，隨自己逃離滇都。臨行之前，定國在街上貼出布告，城內外難民、百姓紛紛圍上前來觀看。
但見布告上寫著︰「本藩在滇多年，與爾人民，情均父子，今國事顛危，朝廷移蹕，勢難同爾等偕行。恐清兵一至，殺掠婬污，猝難逃避，爾等宜乘本藩未行之時，各速遠遁，毋致自誤！」
看完布告，大伙方才知道永歷帝打算棄城而走，一時間全城軍民無不驚恐萬分，四散奔逃。
此時，今年的秋糧已征收入庫，一時間根本來不及帶走，定國在與白文選商議後，一致認為貴州地瘠民貧，清軍沿途籌糧極其困難，只要沒有充足的糧食，清軍將很難在雲貴立足。故當務之急就是要立刻焚毀這批糧食，以免資敵。如此一來，清軍便會因為缺食減緩攻勢，從而給明軍爭取更多的時間部署防御。
可永歷帝卻以「恐清師至此無糧，徒苦我百姓」為由，專程派人送來諭旨，嚴令定國不許燒毀糧食。永歷帝哪里知道，今日的婦人之仁，竟供應了入滇清軍整整半年以上的食用，更是徹底斷送了大明朝近三百年的基業。
就在滇都城內亂成一鍋粥的時候，馮雙禮卻突然找到了定國，向其請命道︰「請晉王殿下速速輔佐陛下撤離滇都，圖謀再舉，此事艱難萬險，望晉王莫要推月兌！某願在此死守，拖延清軍，與滇都共存亡！」
定國沉默了許久，最終還是答應了馮雙禮的請求。
臨近午時，永歷帝登上御輦，在文武百官的簇擁下匆匆撤離了滇都。
盡管定國早在布告上提醒百姓自行逃難，不要伴駕同行。但在離城之時，仍有成千上萬的逃難百姓攜老扶幼，一路追隨。這樣一支龐大的隊伍轉移，行動速度難免遲緩，但在此時此刻，無論是永歷帝還是定國都不忍心驅散這些流離失所的難民，也只能是听之任之。
這支人數高達幾十萬，軍民混雜的隊伍一路走走停停，日行不過三十余里。好不容易走到碧雞關，不想這里道路狹窄難行，軍民人等互相擁擠，更有不少難民因為饑餓與疾病倒在路上，再也沒有起來。
望著眼前的慘狀，永歷帝心頭不由一緊，連忙吩咐停輦，然後在黔國公沐天波的攙扶下走出御輦，回頭眺望了一眼身後滇都城內巍峨雄偉的宮闕，哽咽言道︰「朕尚未走遠，軍民就已困苦至此！若因朕一人之故而連累萬千百姓，倒不如就此返回滇都，一死以謝社稷，以免百姓慘遭如此荼毒！」
見永歷帝臉上寫滿沮喪，沐天波趕忙好言勸慰道︰「皇上萬萬不可再有此想，您代表的不是一個人，而是天下黎庶蒼生！只要皇上安然無恙，咱們大明的旗幟就永遠不會倒！」
永歷帝心中稍定，微微點了點頭，旋即命沐天波留在在此地配合定國安撫難民，然後重新登上御輦，繼續向趙州撤去。
沐天波認為蜀道艱險遙遠，按照目前的行進速度，移蹕四川根本難以完成。加之故土難離，待永歷帝走遠，他當即向定國提議道︰「從迤西去往緬甸邊境，沿途都能夠籌措到糧食，而我軍又據玉龍關之險，扼守大理，清軍受阻堅城之下，定不能長久！何必舍近求遠，去往巴蜀？」
金維新見沐天波起了個頭，于是趁機將自己昨夜與馬吉翔商議妥當的方案提了出來︰「殿下，黔國公所言極是，聖駕駐蹕永昌，若事不可為，則幸緬國。若可為，返滇更易也。」
見定國不置可否，金維新又上前一步，附耳低語道︰「蜀中勛臣軍鎮林立，今殿下在新敗之余，是否能夠保證諸勛臣都听殿下的號令？日後恢復荊襄，皇上封諸勛為王，與殿下同列並坐，殿下當何以自處？」
定國听後心亂如麻，思慮了許久方才點頭答應道︰「既然如此，那就去往滇西吧！只願諸公將來不要後悔今日之決定！」
在拿定了主意後，定國遂命總兵王惠領兵三千鎮守草鋪、總兵潘融領兵三千鎮守祿豐、左路將軍竇名望領兵五千配合馮雙禮留守滇都、右路將軍祁三升領兵五千接應白文選、前路將軍馬思良領兵五千催收錢糧、副將王鎮率五百提塘負責打探消息及聯絡各部人馬，而定國則親率主力殿後，同時收撫難民，又遣行營兵部侍郎龔應禎即刻趕往趙州，奏請永歷帝改道前往永昌。
龔應禎見到永歷帝，當即開門見山地說道︰「皇上，清軍大舉入滇，我軍疲弊不堪，恐難與之周旋。當今之計，惟有退往永昌，晉王當初曾巡視永昌，當地軍民素對朝廷擁護有加，可取此民心，再與清軍決一死戰！」
永歷帝猶豫不決道︰「若去永昌則再無退路，一旦清軍進逼，卻該如何是好？」
龔應禎按照臨行前金維新的叮囑，繼續勸說道︰「皇上毋憂，只須令晉王帶兵守住進入永昌的各處險要，阻擋清軍入境，而歷代黔國公鎮守雲南近三百年，與周邊鄰國相處融洽，尤其緬王素敬仰沐氏，如讓黔國公入緬借師助剿，則勝負難料矣！」
永歷帝向來優柔寡斷，在听了龔應禎的一番說辭後，便立即改變了主意，當日即頒下詔書，宣布朝廷改遷永昌，並由晉王節制諸路兵馬護駕。
此時，清軍已逼近交水，到處風聲鶴唳、草木皆兵，听聞清軍即將追來，沿途逃難百姓頓時亂作一團，數十萬人爭先恐後地向著永昌方向奔逃。在難民的帶動下，各營將士亦是軍心大亂，也欲跟隨難民同走。
定國見狀，不禁勃然大怒，一面訓令各營不得擅自撤離，一面整頓兵馬，準備調頭迎戰清軍。可如今明軍的士氣早已跌落至谷底，根本無法與清軍交戰。無奈之下，定國只得讓白文選率部前往駐守玉龍關，令其務必阻止清軍進入永昌境內，然後親率主力繼續西撤。
永歷十三年正月初三日，清軍多尼、吳三桂、卓布泰三路兵馬會師于滇都城下，留守滇都的明軍此時還沒有得到朝廷西撤的消息，馮雙禮見清軍勢大，當即決定棄城而走，匆匆向建昌方向轉移。
與此同時，跟隨主力撤出滇都的延安王艾承業亦對朝廷突然改變主意，不再入川頗為不滿，他親率一千精兵埋伏于大寺之中，打算劫持永歷帝向北奔赴建昌。
世上沒有不透風的牆，提塘在偵得此情後，立刻將消息急報定國。定國大吃一驚，連忙親率一千精騎負責斷後，艾承業見機密已泄，懾于定國的威望，不敢派兵追擊，只得帶著本部人馬月兌離了西撤的明軍主力，北上與撤出滇都的慶陽王馮雙禮、廣平伯陳建、武功伯王會諸將會合，然後繼續向建昌轉移。
其實文秀在孫可望掌權時期麾下並沒有多少嫡系部隊，數次出征所調之兵皆由孫可望撥給。後來孫可望降清，定國將明軍分為「晉兵」、「秦兵」，此舉引起了原秦藩舊部的不滿，因此這些秦藩舊部大多選擇歸附文秀，文秀自然也成為了「秦兵」的代表人物。可如今，隨著定國扈衛永歷帝西撤，蜀藩舊部北入四川，兩支明軍主力就此分道揚鑣。
不久後，以吏部尚書張佐宸、兵部尚書孫順、禮部尚書程源、戶部侍郎萬年策、大理寺少卿劉泌、左僉都御史錢邦芑、少詹事汪蛟為代表的一大批明朝官吏听說朝廷臨時改變方針，由入川轉為西撤，不禁對復興明室的前途感到渺茫，紛紛選擇月兌離朝廷，或隱或遁，各自尋找避難之所去了，當永歷帝逃抵達永昌時，仍舊追隨身邊的官員已經所剩無幾了。