朝廷的血腥鎮壓，黃巾起義終為失敗，惟部分殘余隱匿深山野中，不成氣候。而此次義舉深度搖動了東漢統治之根基，一些地方閥門乘機擴充勢力，欲與朝廷相抗，以謀求更大私利。
邊章和韓遂率先在涼州擁羌人作亂，連年未平。
中平三年年底，朝臣奉詔會議，改派司空張溫行車騎將軍，並召前中郎將董卓，使為破虜將軍，與蕩寇將軍周慎，統歸張溫節制，張溫奏請孫堅為前佐軍司馬，出討涼州叛軍。
孫堅接到朝令，即辭朱，直至張溫軍。張溫見孫堅到來，便道︰「知君勇猛，奏請前來相助。」
孫堅答道︰「承蒙將軍提攜，盡當立功報答。」嗣孫堅助張溫調集諸郡兵馬。
張溫合兵十萬，屯守善陽，叛軍邊章引兵來攻，張溫率軍迎戰，而戰不利，董卓也敗退還營。
時已至仲冬，天氣嚴冷，夜空忽一大流星劃過，光長十余丈，照徹亂軍軍營，驢馬皆鳴，亂軍疑為是不祥之兆，欲回金城再作計較。
董卓得知，心下大喜，復邀同右扶風鮑鴻等，趁機晨攻亂軍。
亂兵皆有歸志，不願力戰，一哄兒棄營西走。董卓等驅殺一番，斬首數千，還營報功。
董卓回營，張溫令董卓再討羌胡，另派周慎追擊邊章，當下孫堅由張溫調至周慎軍中參議軍事。
邊章敗退榆中，據城固守，周慎即欲進攻。孫堅向周慎獻計道︰「賊新入榆中，必無糧儲，定當由外輸入。吾願得萬人，截賊糧道，將軍率大兵為後應，賊不能久守，自然駭走。若竄入羌中，並力往討，便可蕩平，涼州便可從此安靖！」
周慎不從，遂引兵圍榆中城。
邊章聞周慎軍將到，就先撥部分亂軍，往駐葵園。待至周慎軍攻城，堅守勿戰，又密令葵園亂軍，斷其周慎之糧道。
周慎得知糧道被劫，乏食生驚，丟棄輜重遁還。周慎沒听孫堅之計，終有此敗。
另說董卓一路人馬，前討羌胡，行至望垣北隅，突遇羌胡大隊人馬，蜂擁前來，急切不能退避，致被敵羌軍所圍。董卓軍既被圍困，餉又不繼，急得董卓徬徨不可終日，左思右想，幸得了一計。
董卓本就倚水立營，令兵從水旁築起一壩，佯為捕魚，暗中卻將水勢堵塞，騰出淤地，乘著宵深更靜，在大壩的掩護下，悄悄拔寨撤軍。
待亂軍聞知，出來追擊，董卓軍已盡出圍。董卓見亂軍過來，令兵突決塞放水，河水泛濫，蓄水數十里。使亂軍淹死多人，亂兵慌忙走還，只得在扶風扎營。
適邊章與韓遂爭功，兩不相協，邊章致書張溫，自請投降，實是一緩兵計。
張溫樂得應允，收兵退回長安，並將前後軍情，奏報朝廷。
靈帝覽奏，見戰功多出董卓，因特封董卓為斄鄉侯，食邑千戶，調任並州牧。
當下頒詔付張溫，使張溫轉告董卓。其實董卓已得知封侯消息，便即志高氣盈，目空一切。張溫使人往召，他竟不奉命，故意推三阻四。
張溫久等不至，再遣屬吏齎詔召董卓，等了好晌，方見董卓才姍姍到來。
董卓入帳見張溫，不請自坐，並未謝及奏敘的惠德，而是滿面驕容，居然有壓倒張溫的氣勢，真是目無上司！
張溫看他不順，就出言斥責，而那董卓卻反唇相譏，並謂道︰「西征諸將，全屬無用，若非吾董卓功勞，怎能使賊畏服？」
張溫又怒道︰「邊章等名雖乞降，心實難久。將軍既智勇雙全，何不再接再厲，掃平群賊，方得上報國恩？」
董卓抗聲道︰「賊已降服，何必再攻？無故往攻，豈不自失吾董卓之威信麼？吾雖志在殺賊，卻不願師出無名！」
張溫再次斥責他不從號令，他卻態度更加傲慢，且出言不遜，說罷便起座自去。
張溫見董卓如此倨傲，也不起送，只是悶悶不樂的坐在帳中。
在坐的孫堅，見此情景，也有怒意，便走至張溫旁，在張溫耳邊密語道︰「將軍奈何放董卓出營？」
張溫不答，屏去左右，問道︰「不放奈何？」
孫堅道︰「董卓不怖得罪，且鴟張大語，可按召不時至，有違節度之軍法，將其斬之！」
張溫驚而搖頭道︰「董卓素有威名于隴蜀之間，如殺之，西行無依。」
孫堅慨然道︰「明公親率王兵，威震天下，何賴于一董卓？觀董卓所言行，董卓可有三罪，董卓抗辭不遜，輕上無禮，是一罪。邊章、韓遂跋扈多年，理應按時進討，而董卓反說不宜攻，沮軍疑眾，是二罪。董卓受任無功，應召稽留，而軒昂自高，妄自尊大，是三罪。古之名將，仗鉞臨眾，未有不斷斬以示威者也，是以穰苴斬莊賈，魏絳戮楊干。今明公垂意于董卓，不即加誅，虧損威刑，後悔恐無及了！」
張溫听後，還是不忍殺董卓，孫堅只得怏怏而退，嘆惜不已。
此後，幾經努力，邊章、韓遂之亂終得平息。隨即有詔書頒到長安，進張溫為太尉，三公在外拜命，由張溫為始。
張溫雖不能除董卓，但頗重孫堅才，薦為議郎。隨即朝廷下詔，拜孫堅俸六百石之議郎，至此孫堅便成了一名京官，隨時可被徙任地方高官。
邊章、韓遂之亂剛平，南方湘水又生三股亂軍，一是長沙的區星，二是零陵的周朝，三是桂陽的郭石。尤其是區星聚集萬人，攻打長沙，長沙告急，奏章飛報京城，靈帝又是大驚，立任孫堅為長沙太守，負責平叛。
孫堅接旨後，立刻起程。一到長沙，見區星圍攻暫時停頓，孫堅及隨從乘機馳入長沙城內。
到達官府，當眾宣告朝廷旨意，孫堅當即接管長沙。正在此時，一兵吏急忙踏入官府，急道︰「報！區星賊又發攻城了！」
孫堅問道︰「區星現在何方？」
兵吏道︰「正在東門外叫陣。」
孫堅听後，深感時間緊迫，就道︰「隨我去觀。」
官府留下文官，其他將官皆伴孫堅而去。
孫堅至東門城牆，遙見叛軍眾，且氣勢甚洶。孫堅昂首高聲道︰「請區星出來答話？」話聲如雷，叛軍聞聲皆靜。
從中走出一人，五大三粗，反問道︰「汝是何人？」
孫堅答道︰「吾是新來太守孫堅，汝就是區星？」
那區星驕傲地答道︰「本王就是。」
孫堅道︰「汝聚眾鬧事，懸崖勒馬還來得及，否則死無葬身之地！」
區星道︰「哈哈，好大的口氣，區區的長沙，吾看汝能堅守多久，我大軍即將攻佔！」
區星將手一揮道︰「給我攻城！」
叛軍像螞蟻似的涌向城來。城上守軍手搭弓箭，直射叛兵。一時間，城上守軍與叛軍處于膠著之狀，叛軍幾經攻城，沒能攻破，死傷無數，只得息鼓回營，以後再戰。
孫堅見區星退軍還營，這才細詢城中的守軍和糧食情況，得知城中守軍兵力遠不及叛軍眾多，城中的糧食也是有限。
孫堅思如再這樣被圍，城中的糧食告罄，那長沙危矣。于是孫堅欲擇數壯士，出城一戰，將叛軍的氣勢打下去！
于是他對城下喊道︰「區星，汝敢跟本太守單獨一戰麼？」
區星答話︰「只要汝能敢膽打開城門，吾就與汝一戰！」
孫堅道︰「如吾能勝，汝退去三十里。如汝勝吾，當即城門打開，讓汝軍進入，不復阻擊。」
區星見孫堅瘦精，應不是對手，便應道︰「請忽失言！」
孫堅復道︰「決不失言！」
區星道︰「善！」
孫堅與區星約定好，即選著數壯士便要出城，這時一守將阻止道︰「孫太守，此法不妥，萬一城門打開，賊軍沖入城中，如何抵御？」
孫堅笑著道︰「我正令汝等率重兵潛伏城門二側，如賊軍果如你所料，有賊軍沖入城中，我即率壯士斷其歸路，再關城門，且用重器擊射，關門打狗。如區星依約與我一較高低，我定勝區星，區星軍向後退撤，汝等就率軍沖出城門，殺伐一陣。」
守將見孫太守信心充足，就沒再言，依計率軍達城門二側。
城門打開，區星軍並沒沖向過來，孫堅即率數壯士立陣于城門前，孫堅獨騎上前。
區星也從叛軍中走出，區星自倚粗壯，手持大塑，二話沒說，便向孫堅沖殺過來。
孫堅緊握大戟，拍馬向前，戟塑相交，火花四濺，第一回合，倆人其鼓相當，誰也沒佔到便宜，孫堅調回馬頭，主動向區星沖去，這次倆人再次相遇，大戰數個回合，區星身材粗短，不能靈活。
孫堅趁轉回馬頭之機，區星不能首尾相顧，孫堅借隙就將區星撩于馬下。
守兵見此大喜，頓時大聲歡呼道︰「孫太守勝了！孫太守勝了！」
叛軍見到區星敗下陣來，急忙迎上，就將區星救起，並欲將孫堅圍困，區星大喝一聲︰「撤！」叛軍立刻向後撤退。
此時正值城門開著，就按照先前計策，守軍向區星兵沖殺過去，孫堅也趁機率壯士斬殺叛軍數首。
區星人雖眾多，但被城中守軍沖跨，急亂後退。守軍追殺一陣，斬首無數。孫堅見叛軍已退數里，長沙之圍已解，思手中兵力太少，如再行追殺，恐有不利，即令守軍回到城中。
長沙將士都見識了孫堅過人膽識，無不貼服。自此後，區星也沒再行攻城，這使得長沙城得到喘機會，于是孫堅就著手治理長沙，任用良吏，查勘城防。並在城外招來新兵，擴大守軍。孫堅與部屬同甘共苦，加緊練兵，增強實力，未多日，守軍便換然一新，長沙城也固如金湯。
區星自敗于孫堅，只得整兵休軍，時過數日，再行圍攻長沙。這次孫堅再不只是守城，他主動早開城門，布陣迎敵。
區星一看，這長沙城來了這孫堅的新太守，確實和從前不一樣，再也不是縮頭烏龜，被動守城，而是主動出城迎戰。
區星叛軍看到孫堅軍，紀律嚴明，威武不屈，不由得有些膽戰心驚。孫堅騎馬立于陣前，大聲向區星軍喊道︰「區星，手下敗將，還想單獨再與吾一戰麼？」
區星答道︰「孫堅，上次是吾輕敵，被汝戰敗，按約後撤三十里，而汝卻不守約定，乘吾師後退，引兵殺來，使吾師有損，今日來戰，吾再也不與單獨一戰，有種二軍就在此決一勝負。」
孫堅道︰「區星軍的弟兄們，汝等不要再給區星賣命了，吾孫堅作為長沙太守，可向你們承諾，如來投，定與王師兵一視同仁，決不二樣！」
區星一听孫堅所言具有動搖軍心之意，如真的軍心一動，那就難以收拾了，于是，他大呼道︰「眾軍听令，給我殺過去，佔領城池，各有賞賜！沖呀！」
經孫堅整訓的守軍，已不同與往常，區星軍雖眾，但皆是烏合，幾下交峰，紛紛潰敗。孫堅借此乘勝追擊，區星軍被迫躲進小山中。
孫堅采用招攻並用之策，區星軍投來者不在少數，這不但擴大了孫堅的兵力，而且大大削弱了區星叛軍的力量，不到一個月，孫堅就完全平息了區星叛軍，區星本人也不知所終。此後，孫堅之名遠播長沙遠近，名聲大振。
長沙為荊州所轄，孫堅清除了區星叛軍後，來見荊州刺史王叡，向他稟報戰績。
王叡問道孫堅家世，孫堅只能如實回答，王叡听後，只覺孫堅出身寒微，不由恥笑道︰「汝出于庶民，全憑匹夫之勇而得官職。」
孫堅听得王叡如此分清門弟，有些不樂，且又見他對他的戰績不以為然，更有些不快。
隨後，王叡就主動亮出自己的出身道︰「吾仍是瑯琊王氏之後，為官多年，這次區區小賊在吾轄內鬧事，不足為患，只是一時抽不出時間和兵力來平叛，長沙區星之叛既已除，汝就再征討零陵、桂陽一帶的叛軍吧。」
孫堅不樂辯道︰「朝有規，太守不可越境作戰。」
王叡高傲道︰「零陵、桂陽等地皆歸本刺史管轄，汝隨本刺史一道征討，那就算不上犯朝規了。」
孫堅接口道︰「有刺史帶領，孫堅當可征討。」
孫堅率部隨荊州刺史王叡開始越境征討，他們沿湘水南下，轉戰于零陵、桂陽之間，很快擊破了周朝、郭石等叛軍，零陵、桂陽二郡迅速恢復正常。
孫堅在征討中，雖表現非凡，但由于孫堅出身寒微，始終得不到身為瑯琊王氏之後的王叡賞識，王叡總當眾人挖苦他，用言語相譏，這使得孫堅對王叡深感怨恨。
雖王叡雖對孫堅有所輕視，但江東之虎的孫堅，他那赫赫戰績，威震荊州等地。
離孫堅作戰地不遠處的宜春，被叛民圍困，形勢其甚是危急。
太守陸康之佷恰在宜春為官，特遣使向孫堅求救，孫堅得息後，準備發兵。
助手主簿的提醒道︰「宜春不為荊州所轄，而屬豫州管轄，如匆忙發兵，是為越界用兵，違反朝規。」
孫堅卻道︰「我為太守，並無文德，那就得立戰功，今就算越界，也無愧于天下！」
主簿不能阻止，孫堅毅然率兵東向。其實孫堅也甚明白越界用兵之朝規，當初隨王叡征討前，就向王叡提出過太守越境征討是違朝規，而此時得到主簿提醒，他卻不以為然，當初孫堅只是不滿王叡對他的輕視。
孫堅率軍來到宜春，叛民已將宜春城圍得水泄不通，宜春危在旦夕，孫堅見此，揮軍沖去，想殺他個出其不意，措手不及。
而城上守軍身居城牆高處，遙見到有一大批官兵殺至，就知可能孫堅所率援兵已到，就大聲呼道︰「孫太守援兵到了！春宜有救了！」
圍困宜春的叛民聞到孫堅率兵已來，回首看去，確是見一路大軍正向他們殺來，他們深懼于孫堅的的威名，自動潰逃。
孫堅沒想到，叛民見到他率軍前來，自動逃離，這實出于他的意料。為使宜春以後永保平安，孫堅率軍追殺一番，斬其叛首，掃其叛民，直至部分殘余叛民四處紛散，逃匿山中，孫堅這才以為應是不足為患了，這才收軍返回。
宜春被圍，城中官兵、百姓苦不堪眼，如圍再不解，城中將有斷糧之險。孫堅率軍解圍，宜春城官民感激涕零，當孫堅率兵回歸宜春，宜春軍民夾道歡迎。
孫堅向道邊軍民不斷揮手致敬，在一兵的引導下，孫堅來到宜春府，府中所有官員早已齊集府門，陸康之佷緊握孫堅之手，激動得不知所言，良久他才道︰「我顧慮孫太守不肯救援，沒想到孫太守來得如此及時，真是解了我宜春的燃眉之急，否則，我城將被攻破，其後果真是不甚設想。」
孫堅道︰「平叛救援仍是朝廷命官之職，有急求救，應當義不容辭。」
陸康佷指著早已準備好的謝禮道︰「孫太守大仁大義，使陸謀深感敬佩。不過這宜春軍民點點心意，請太守務必收下。」
孫堅道︰「為國除害，人人有責，何況我是方太守，這謝禮就不必了。」
陸康佷急道︰「莫非孫太守瞧不起我陸謀。」
孫堅道︰「哪里，哪里，那我就卻之不恭了。」
孫堅將手一揮道︰「來人，將禮收下！」
孫堅收下禮物，辭了陸康佷等宜春官員，回到營中，孫堅吩咐道︰「多戰得勝，全憑大家功勞，將禮物全賞將士。」
將士得到禮物獎賞，當然高興，紛紛願跟隨孫太守效勞。
孫堅多次平叛成功，朝廷並沒怪罪孫堅越境用兵，相反認定他前後戰功頗大，頒出朝旨，封孫堅為烏程侯，時年三十二歲。這正是︰為國平叛不宜規，得勝解圍功為大。寒微出身立戰功，朝封孫堅烏程侯。
評︰孫堅破敗區星，全憑智慧。而荊州刺史王叡自是名門之後，對出身寒微孫堅頗為鄙夷，此為以後孫堅逼殺王叡留下必然。至于孫堅越界解宜春之圍，在漢未亂世，已不再算作違朝規，且以戰功而得封侯。