永歷十二年春正月，為了籠絡東南，永歷帝在定國的建議下，遣使冊封延平郡王鄭成功為招討大將軍，賜尚方劍便宜行事，其部將王秀奇為祥符伯、馬信為建威伯，另封原魯王政權兵部右侍郎張煌言為兵部左侍郎兼翰林院學士。
由于目前雲、貴、川各級文武官員中，大多都是秦藩舊部，各處汛守當初也皆由孫可望所設，若想要出兵抗清就必須先行穩固內部。然而此事牽涉太廣，牽一發而動全身，稍有不慎勢必會削弱永歷政權的穩定。
這些人在多年治理地方或是行軍作戰中都表現出了不錯的才干，積累了豐富經驗，一時半會兒間根本找不到那麼多人替換。可如果不加撤換，隨著孫可望降清，這些人又都是潛在的威脅，一旦清軍來犯，保不準他們會不會在孫可望的勸說下臨陣嘩變。
在兩難的抉擇下，定國決定采用折中的辦法，並沒有展開大面積整頓，只是將部分與孫可望較為親近的十幾名文武官員給控制了起來，並將各營諸將按照軍功大小重新配屬部隊，打亂了原先的指揮系統，又將原秦藩舊部稱為「新軍」，自己舊部稱為「舊軍」，予以分別對待。
定國此舉盡管是非常時期的非常辦法，但卻對抗清大局缺乏全面考慮，將注意力過多放在了鞏固自己在朝廷中的地位上，更是犯了臨陣易將的兵家大忌，嚴重削弱了前線的指揮部署，引起原秦藩舊部的嚴重不滿。
當初文秀在貴州時，對局勢有著清醒的判斷，他積極收攏那些潰散的原秦藩兵將，從中挑選出三萬精銳，加以改編訓練，用以防守前線各處隘口。正是由于文秀的豁達大度，盡管孫可望叛逃，但最終跟隨他降清的不過只有五百余人，且沒有一個重要將領。
由此可以看出這些原秦藩將士還是忠于大明的，本不應當心存畛域，區別對待。可定國卻在處理這件事上矯枉過正，缺乏廣闊的胸懷，從而導致原秦藩諸將士心灰意冷，士氣更是跌落至谷底。
此時的滇都城春意盎然，似乎已經完全恢復了往日里的太平景象。待至元宵佳節，全城內外張燈結彩，花炮聲聲，仿佛使人感受到了冬去春來的溫暖。可任憑是誰也不會想到，這居然會是永歷帝在滇都度過的最後一個新春佳節，也是他此生度過的最後一段安穩歲月。
就在舉城歡慶的時候，卻有郎官金簡、光祿少卿高績聯名上疏彈劾定國。
疏曰︰「今內難雖除，外憂方大，伺我者頓刃以待兩虎之斃，而我酣歌漏舟之中，熟寢積薪之上，能旦夕安耶？二王老于兵事，何泄泄若此。」
定國聞訊大怒，當即來到行宮面見永歷帝，憤憤不平地自白道︰「皇上，據長沙回來的細作稟報，洪承疇年老昏聵，目不能視，已是風燭殘年，韃子皇帝已然允準裁撤五省經略行轅及長沙幕府，命其即刻啟程，回京養老。其後繼無人，清軍更是群龍無首，又如何攻我？況且雲貴川之地地形險要，山川阻隔，即便清軍出兵也當選在孫逆叛亂之時，如今叛亂已定，人心歸附，此時來攻豈不是自尋死路？金、高二人不思為國分憂，卻妄言軍事，擾亂聖听，該當嚴加治罪！請皇上聖斷！」
永歷帝耐心地听定國把氣撒完，然後好言勸慰了一番，這才將金簡、高績二人召入宮中，想讓他們當面向定國認個錯。沒想到二人在定國面前依舊言辭激烈，斥責定國盡撤原秦藩之兵回滇整頓實乃本末倒置，此舉必將造成前線空虛，清軍長驅直入的嚴重後果。
定國沒等二人說完，忍不住勃然大怒道︰「汝等不過區區官職，從未領兵上陣，豈能如此大放厥詞？臣請皇上即刻下旨將此二人一並處斬，以儆效尤！」
永歷帝知道定國不比孫可望，剛剛所說不過是氣話罷了，于是連忙替二人求情道︰「晉王莫要動怒，念此二人也是一心為國的份上，不如就饒過他們這一回，發往軍前效用，將功折罪，卿以為如何？」
定國在發了一通脾氣後，怒氣稍平，又見永歷帝親自開口相求，自己也不好再堅持已見，遂點頭言道︰「既然皇上都這麼說了，微臣又豈敢自專？然而死罪可免，活罪難逃，今日若不加以杖責警示，將來不免再犯！」
在定國的堅持下，永歷帝猶豫再三，正打算點頭答應，誰知就在這時清廷以三十萬滿漢大軍，裹半月糧，自楚、桂、蜀三道攻黔的軍情急報陡然而至。
永歷帝看過軍報，臉色瞬間變得慘白，忙不迭地讓身旁太監將軍報遞至定國手中，然後慌亂地問道︰「清軍兵分三路大舉來犯，而今蜀王抱病，兵餉緊缺，卻當如何御敵？」
定國看完軍報也是一驚，大敵當前，他也顧不上再與金簡、高績二人計較了，于是揮手示意二人退下，旋即對著永歷帝慨然言道︰「皇上毋憂，兵來將擋水來土掩，只須依托雲貴地區險要地勢，定能讓清軍有來無回！」
在定國的安慰下，永歷帝總算恢復了鎮靜，當即下旨召集諸臣入宮，共同商議應對之策。
且說洪承疇將從孫可望隨降人員中挑選出的十九名熟悉湖南、四川、雲南、貴州、廣西地理者分撥給三路清軍，作為向導。
其中北路以平西大將軍吳三桂，率都統墨爾根、李國翰，由漢中向四川開進；中路以寧南靖寇大將軍洛托、五省經略洪承疇統領，自湖南開進；南路以征南將軍卓布泰、提督線國安，從廣西開進，三路大軍齊頭並進，合擊貴州。
面對這千載難逢的良機，清軍這回可謂是傾盡全力，由于顧慮到定國驍勇善戰，三路兵馬必須有一名主帥負責統一指揮，相互協調，為此順治帝特命信郡王多尼為安遠靖寇大將軍，與平郡王羅可鐸、貝勒尚善、杜蘭、固山額真伊爾德、阿爾津、巴思漢、卓羅等率領著大批八旗精銳南下，負責專取雲南。
順治帝更是在敕諭中明確規定，賦予多尼節制三路清軍的指揮權，打算先看前期進攻貴州是否順利，再決定大軍南下攻取雲南的具體日期。
進兵西南的詔書很快被八百里加急送至五省經略行轅，想到一旦攻下西南諸省，在那些新佔領地區，不知有多少官位在等待著他們，長沙幕府的大小屬官無不彈冠相慶，欣喜若狂。
與此同時，面對洶洶而來的清廷大軍，定國也在永歷帝的連番催促下，決定改派劉鎮國、楊武鎮守三坡、紅關等各處險要，抵御北路吳三桂之軍；馬進忠屯駐貴州，防御湖南、廣西的兩路清軍；他自己則統率大軍留守雲南，以為各路兵馬之後援。
此時暫且不表，回頭再說文秀，當初他正在貴州處置孫可望降清之後的善後事宜，方才剛有點頭緒，卻突然被永歷帝急詔召回了雲南。
見到文秀，永歷帝非但沒有好言慰勞一番，反倒是開門見山地質問起孫可望逃月兌之事。文秀拖著虛弱的病體，喟然長嘆道︰「彼時殺敗孫逆之際，不料他走小路。臣帶多兵只從大路追去。及至盤江細問，把橋兵雲︰不曾從此過。始知走小路奔逃，只得仍從大路追下，且可望僅馬上不滿百人，隨處有馬即換，他不說大敗之故，誰不應承？連夜前去。臣只一日一站追，故追不及。臣到貴州，馮雙禮雲已去四日矣。即再發兵追之，已莫可及，可望故此得月兌。」
听完文秀的解釋，永歷帝皺了皺眉，低頭沉默了良久方才帶著責怪的語氣說道︰「若知追不上他，當日倒不如不追，如今追而不獲，反而激其降清，滇南之禍怕是不遠矣。」
永歷帝莫名其妙的指責讓文秀很是不滿，忍不住大聲反駁道︰「皇上，孫逆反意已決，即便放任其返回貴陽，重整兵馬，難道就可以使其充當雲南之屏障乎？臣在貴陽堪堪穩定住局勢，正欲重整旗鼓，皇上卻將臣召回雲南，先前努力盡皆付諸東流，臣痛心疾首也！」
永歷帝語塞，只得讓文秀暫且回府養病，等病好之後再有任用。文秀知道永歷帝所言不過托詞罷了，朝廷在自己與定國之間已經明顯倚重于晉藩，加之念及自己的付出並沒有得到永歷帝的認可，一時更加心灰意懶。
在苦悶之際，文秀忍不住對世子劉震垂淚言道︰「吾退狼而進虎，實乃大明之罪人也！今晉王權勢日重，一意孤行，將來必敗國矣！」
而隨著病勢愈發加重，文秀的心情也隨之日趨消沉，他干脆將一切兵馬事務悉數交予親信陳建料理，除了大朝之日象征性地露個面，其余時候皆是深居簡出，終日長吁短嘆，獨自一人借酒消愁。
見文秀如此頹廢，定國不禁也開始反思，究竟是不是自己做錯了。為此，他也曾多次上門前往探視，想要修補兄弟之間的裂痕。
但事已至此，文秀早已心灰意冷，不復有當年的情懷，縱使有千言萬語藏于心中，也不願多說一句，憑添定國對自己的猜忌。想到這些，文秀干脆閉門謝客，將定國拒之門外，不肯與其相見。
永歷帝在得知文秀病重的消息後，也匆匆趕至蜀王府，這回出宮永歷帝並沒有對任何人說，完全是臨時起意。文秀正躺在榻上閉目養神，忽然只听門外一陣急促的腳步聲，緊接著就有世子劉震的聲音傳了進來︰「父王，皇上親自來探望您了。」
文秀聞言大吃一驚，強撐著病體從榻上坐起身，虛弱地問道︰「皇上來了？」
「蜀王，朕听說你病得不輕，自然要過來看看。」隨著一個熟悉的聲音從屋外傳來，就見永歷帝帶著一名御醫步履匆匆地走了進來。
文秀連忙掀開被子就要下榻，永歷帝趕緊上前一步將他按住，強撐笑顏道︰「卿病得如此重，就不必顧及這些虛禮了，躺著說話就行。」
說罷，永歷帝回頭向著御醫擺了擺手，御醫立刻來到榻邊，為文秀診治起來。
「皇上，您先坐。」劉震從一旁搬來座椅，放在了永歷帝身後。
待御醫診治完畢，永歷帝于是坐在榻邊，關切地詢問道︰「先前朕的話說得重了些，卿千萬不要往心里去。這些時日且好生休息，把病養好，將來恢復大業還須多多仰仗于卿。」
文秀含淚言道︰「承蒙皇上厚恩，臣豈敢有所怨恨？只恨自己病體沉痾，久治不愈，此生怕是難以看到大明中興之日了！還望皇上往後多多珍重龍體，臣自當含笑于九泉！」
听了文秀之言，永歷帝心情愈發沉重，他再三寬慰文秀莫要胡思亂想，又叮囑御醫務必盡力為其調治，旋即長嘆一聲，轉身起駕返回了宮中。