秦王本就惱怒嫪毐設計害死成蛟，此刻又率軍反叛，氣憤異常！變命昌文君韓啟從嚴審判嫪毐。韓啟知道這是一個燙手的山芋，本想明哲保身，推月兌不了解案情，恐難以勝任，不想卻遭到了秦王嚴厲的訓斥，見識了親政的秦王的氣魄，韓啟不敢再推月兌，只得硬著頭皮接手審判的事。
此時嫪毐雖然是俎上之肉，但是呂不韋卻無法高興起來。
呂不韋的長子在叛亂中被亂軍殺死，房屋全毀，呂府也一片狼藉；如今嫪毐又被活捉，對嫪毐的審判難免會引出自己，這也是他最不願意看到的。
從心底來說呂不韋並不希望嫪毐武力反叛，他本來的計劃是依靠秦王一點點削減嫪毐手中的實權，若嫪毐武力叛亂，無論輸贏都是兩敗俱傷。本來是他呂不韋最希望嫪毐倒台，但現在秦王要審判嫪毐了，呂不韋卻害怕起來，他和他的門客都選擇了沉默，始終沒有告發一件事情。
御史們卻不會閑著，先是告發嫪毐目無法紀，擅自僭越禮儀，結黨營私，後來又揭露嫪毐與趙太後私通的丑事，包括兩個私生子也被找出來送到秦王面前。秦王大怒，當眾賜死了嫪毐的兩個私生子！趙太後雖然苦苦哀求，秦王仍然沒有收回成命。
隨著案情審判的深入，韓啟得知嫪毐進宮本是呂不韋一手策劃，呂不韋這麼做當然不可能僅僅是為了討趙太後歡心，這樣討好的風險太大，極有可能是趙太後指使呂不韋所為。想通這一點，韓啟明白為什麼呂不韋自始至終保持沉默了。
但是即使知道了真相，這仍然是一樁棘手的案子，要不要對呂不韋判刑，如何判，韓啟都無法做主，他私下報告給秦王。
秦王問李斯，該如何審判呂不韋，李斯道︰「從法的角度來講，呂不韋是奉太後之命行事，雖所行之事有不當的地方，卻也不能說他是錯的，以此治罪恐難以服眾。此外，如果此時加罪就更加彰顯了太後的過失。」
「那依先生之言是赦免了？」
「不然，呂不韋身為相國，嫪毐發動兵變，他卻不能提前查知，此罪一也；兵變發生後，他沒有及時處置，直至驚擾王上才發兵平叛，此罪二也！」
「寡人本以為先生曾做過呂不韋的門客就會為他開月兌，沒想到先生竟如此以社稷為重！實在是大秦之福啊！」秦王對李斯越來越滿意，親政後正是用人之際，秦王想趁機提拔他。
「大王謬贊了，我一心都是為大王著想，罷黜呂不韋實乃為大王親政掃平道路，呂不韋在朝十余年，朝堂官吏不委身于嫪毐，就委身于呂不韋，如今嫪毐勢力已被鏟除，呂不韋的勢力也不應該繼續存在下去了。」李斯心中明白，若要自己出人頭地，就必須把呂不韋趕出朝廷，一山不容二虎！這是等了多少年才等來的機會，怎麼能輕易放棄。
秦王同意李斯的建議，但是他也明白，自己剛剛親政，根基不穩，呂不韋樹大根深，立刻處置呂不韋可能引起動蕩，因此只是在朝會上斥責了呂不韋不能明察秋毫，防患未然，導致嫪毐叛亂的發生。
然而僅僅是斥責，便有很多人為呂不韋奔走，到秦王宮中為其說情，道相國實是有功之人，不該被訓斥。前來說情的人越多，秦王對呂不韋的戒心就越重，現在足以看出呂不韋的權勢有多大。秦王暗暗心驚，但表面上仍然不動聲色，冷冷的看著呂不韋和他門客的表演。
嫪毐的案情查清以後，秦王下令車裂嫪毐，滅其三族！參與叛亂的衛尉竭、內史肆、佐弋竭、中大夫令齊等二十人也全部被處死，他們的首級被懸掛在咸陽城門上；嫪毐的門客，根據罪責輕重分別判刑，削除爵位遷徙蜀地的有四千多家，這個月天寒地凍，被凍死的不計其數。
對于趙太後的處置一直拖了三個月。作為秦王的生母，又是輔政的太後，她的所作所為讓秦王最是惱火，可以說嫪毐的反叛是趙太後縱容的結果。
秦王下令將趙太後逐出咸陽，遷居雍城，母子永世不再相見！趙太後痛哭流涕，苦苦哀求，道︰「嫪毐反叛並不是我的本意，誅殺呂不韋也是我一時沖動的選擇，當我得知他要騷擾王宮時，才意識到問題的嚴重性，我就迅速通知你了，請大王念在母子多年情深的份上網開一面！」
秦王到現在仍然無法忍受自己的母後與人私通生子的丑事，便道︰「這都是對母後沖動的懲罰，您就用下半生在雍城好好反省吧！」
趙太後被驅逐出咸陽後，很多人都來為她求情，認為秦王的做法不合人倫。秦王一是惱怒趙太後聯合嫪毐陷害成蛟，陷自己于不仁，二是憤恨趙太後與嫪毐私通生下孩子，陷自己于不義，因此對前來為太後說情的人全部處死！前後殺了二十七人！秦王發布命令，道︰「有再敢為太後求情者，砍掉手腳，立即處死！」
一時間，沒有人再敢進諫。
這時，在秦為客卿的茅焦求見。秦王心道，莫不又是來為太後求情的？便派使者警告他，「你可知道凡是進諫關于赦免太後的人都被殺了？」
茅焦道︰「臣當然知道！而且我還知道大王已經下令，再有求情的人，一概砍掉手足，立即處死！」
秦王听到答復後，以為不是來為太後求情的，便接見了他。進到朝堂，茅焦自報家門︰「臣茅焦，出身齊國，今天為太後之事前來勸說大王！」
秦王一驚，道︰「你難道不怕死嗎？」
茅焦答道︰「我听說天上有二十八星宿，如今大王已經處死了二十七個，我來就是要湊夠二十八之數，我不怕死！」
秦王大怒道︰「這小子是故意來違背我命令的，來人！趕快準備一口大鍋，我要煮了他。」
茅焦道︰「我听說，長壽的人不忌諱談論死亡，國君不忌諱研究國家滅亡。人的壽命不會因為忌諱死亡而長久，國家也不會因為忌諱亡國而保存。人的生死，國家的存亡，都是開明的君主最希望研究的，請大王听我講完再殺我也不遲！」
此時秦王對這個膽大妄為的書生產生了一絲好奇之心，便問道︰「好，你盡管把話說完，也好讓你死的明白！」
茅焦道︰「忠臣不講阿諛奉承的話，明君不做違背世俗的事。如今，大王卻有極其荒唐的作為，我如果不對大王講明白，就是辜負了大王。
天下之所以尊敬秦國，不僅僅是因為秦國的力量強大，還因為大王是英明的君主，深得人心。現在，大王車裂假父，是為不仁；殺死兩個弟弟，是為不友；將母親軟禁在外，是為不孝；殺害進獻忠言的大臣，是夏桀、商紂的作為。如此的品德，如何讓天下人信服呢？
天下人如果知道大王有這樣的作為，肯定不會再心向秦國了。我實在是為秦國擔憂，為大王擔心啊……我的話說完了，大王請行刑吧！」
說完這番話，茅焦便解開衣服，走出大殿，伏在殿下等待受刑。
秦王政听了茅焦這番話之後，極為震動，茅焦說的是有道理，如今自己剛剛成為國君，就失去了天下人心，以後何談統一大業？于是，他親自走下大殿，扶起茅焦，道︰「先生之言甚是，寡人願意改過，听從先生教誨！」
茅焦進一步勸諫說︰「以前來勸諫大王的，都是些忠臣，希望大王厚葬他們，別寒了天下忠臣的心。秦國正圖一統天下，大王更不能有遷徙母後的惡名。」
秦王道︰「以前的人，都是來指責我的。沒有一個講明事關天下統一的道理。先生的話讓我茅塞頓開，哪里有不听的道理？」
于是，秦王采納了茅焦的建議，厚葬被殺死的人，又親自率領車隊，前往雍地把太後接回咸陽，母子關系得以恢復。
沒過多久，秦王便將茅焦引入朝堂，拜為上卿。
秦王親政後，欲增加自己在軍中的威望，于是在數月之內，先後拜王翦、楊端和、桓琦為將軍，同時又提拔了一批年輕的將領擔任要職。
隨著秦王對朝政和軍隊控制的日益加深，罷黜呂不韋的條件已經成熟。但此時呂不韋卻沒有覺察到，他自認為秦王對自己的處置就是訓斥而已，他已經派出大量說客到秦王面前為自己說情，相信事情一旦過去，他仍然可以恢復往日的權勢。
因此在被秦王訓斥之後，呂不韋依然排場甚大，他修葺了慘遭嫪毐破壞的府邸，規模比以前更加宏大，前來拜訪的人也依舊絡繹不絕，門庭若市。甚至很多達官顯貴也要來巴結。這一切秦王都看在眼中，心里更加厭惡呂不韋。
某日，太常來報，彗星先出現在西方，接著又出現在北方，並跟隨北斗向南移動了八十天，這意味著相位變動，當更換相國。
于是秦王下令免去呂不韋的相國職務，由昌平君熊狀接任相國之職。其實這一切都是李斯所謀，他掌管太常，又知道秦王相信天命，便令太常向秦王如此奏報，以堅定秦王罷黜呂不韋的決心。
呂不韋一朝被罷官，便通過各種手段對年輕的秦王施壓，派出門客故吏為他說情，說客們來到王宮，對秦王說道︰「呂相國貴為仲父，為國操勞十多年，立下無數戰功，不該被罷黜。」
「此事是上天的旨意，寡人也沒有辦法，只能暫時委屈相國了！」秦王只能這樣安慰。
「如此，請大王盡快回復呂相國的相位，大秦不能沒有他。」說客們仍然不依不饒。
一個月後，秦王仍然沒有恢復呂不韋的相位，為呂不韋求情的人也越來越多，秦王感到前所未有的壓力，看架勢只怕不恢復呂不韋的相位朝廷便無法運作，便向李斯詢問意見，道︰「如今為呂不韋求情的人越來越多，該怎麼處理？」
李斯進言道︰「越多人為他求情，越能說明他平時利用大王的封賞收買了很多人，這些人都只知道有呂不韋，而不知道有大王。呂不韋本是一介布衣，若不是先王器重，他怎麼可能有今日？大秦現在擁有的一切並非因他所得，相反，他的一切都是大秦所賜！大王如今富有四海，安能為一布衣所左右！一切依法行事，則天下之人，無不畏懼！」
秦王覺得李斯言之有理，他逐漸認識到自己手中的權力是多麼強大，普天之下莫非王土，率土之濱，莫非王臣，只要他堅定要做的事情是沒有人可以阻擋的。于是下令，再有為呂不韋求情的一概不接見。
通過這件事，秦王也認識到呂不韋的門客只是為呂不韋服務的，唯呂不韋之命是從，根本沒有把他這個秦王放在眼中。從此刻開始秦王把呂不韋的門客也視為敵對勢力。
呂不韋眼見無法起復，便暫時回到了封地洛陽。仰慕他的人也不遠萬里前往拜會，雖然呂不韋被罷官，相比以前，呂府門前卻更加熱鬧！
東方各諸侯國得到秦王親政處死嫪毐，罷黜呂不韋的消息，反應各不相同。
齊王、趙王、韓王都認為秦王處事果敢，因此都派出使者來慶祝秦王親政，這是親政後第一件讓秦王感到有面子的事情，秦王甚為高興，擺酒設筵款待！
楚王和魏王卻覺得秦王嫉賢妒能，竟然罷黜了具有棟梁之才的呂不韋，心道，如此人才，你秦國不用，我們來用！于是爭相派出使者邀請呂不韋到本國為相！唯恐被他人捷足先登了。呂不韋對此也十分得意，熱情的招待了使者，每日與賓客宴飲。
呂不韋並沒有認識到這諸侯國派來的使者分明就是催命鬼！
不僅如此，呂不韋還有大量的門生故吏在咸陽為官，他對咸陽的動態也了如指掌，仍然有很多人都跑來向他求官，他也總會熱情的指點。
這一切當然都逃不過秦王的眼楮，在秦王看來，呂不韋已經成為秦國的一大威脅，一旦他東去六國為相，那秦國的很多機密將不再是秘密。秦王自始至終都在派人暗中觀察呂不韋和他的門客，如今的情形讓秦王更加擔憂，無論是呂不韋去六國為相還是謀反，都對秦國極為不利。
此時李斯也得到了呂不韋在洛陽受到六國邀請的消息，便拜見秦王道︰「呂不韋居住洛陽，與六國相鄰，一旦有變我們將無法應變。」李斯是指呂不韋可能會與六國合伙謀秦。
秦王亦是萬分擔憂，道︰「以卿之見，當如何處置？」
「不若遷至蜀地，以絕諸侯之念！」
秦王認為可行，便賜給呂不韋一封信，信中寫道︰「你對秦國有什麼功勞？秦國把你封在河南，食邑十萬戶；你跟秦國有什麼親戚？竟然被稱為仲父！不覺得羞恥嗎？你還是跟家人一起遷到蜀地去吧！」
呂不韋接到詔書，萬念俱灰，他現在才明白秦王對自己的恐懼和憤怒已經到了如此地步，甚至超過了剛被處死的嫪毐，他害怕遷到蜀地後會進一步遭到貶黜，最後像嫪毐一樣被誅三族，他思索良久，決定自殺，以求保全家人。當晚他便喝下酖酒自殺而死。
由于呂不韋是自殺而死，因此無法舉行國葬，他的門客便收斂了他的遺體，私自組織吊喪，並為呂不韋舉行了埋葬儀式。
呂不韋自殺的消息傳到咸陽，秦王總算松了一口氣，但是他仍然擔心呂不韋的門客會為呂不韋鳴不平，引發叛亂，因此凡是呂不韋的門客不論參加吊喪與否一律流放。如果是韓、趙、魏三國的人，一律驅逐出境；如果是秦國人，俸祿在六百石以上的削去爵位，流放到房陵；俸祿在五百石以下，沒有參加吊喪的，也流放到房陵，但不剝奪爵位。
同時發布命令，「有再敢擅權之人，嫪毐、呂不韋就是他們的先例！」
處理完呂不韋的門客，秦王覺得嫪毐的威脅已經沒有了，國家又是用人之際，便赦免了遷徙到蜀地的嫪毐門客，讓他們都回到了京城。
呂不韋從一個商人通過運作終成天下第一強國的相國，在位十三年，可謂少有的精明之人。但是他功成名就後卻不知道收斂，最終善始而難善終！