沈士奎、毛承作等上層將領的縱容，登萊新軍自然更加肆無忌憚。吳橋在內附近的鄉鎮更多的婦女遭了殃，一些不肯舍棄家財的鄉紳也成為了這些亂兵的刀下亡魂。逃得快的自然也不甘心自己的家業就此被人毀了，于是彈章如同雪片一樣飛向京城。
眼看著事情一發不可收拾，沈士奎、毛承作等人也知道想回頭也不可能了。于是聚集在一起商量怎麼辦？毛承作首先想到的是逃回東江去，但是要付出的代價就是丟官罷職。而沈士奎卻提醒他，東江現在是毛鈺的東江，毛鈺當初皮島事情之後就不待見這兩位，毛鈺結婚不但沒有邀請兩人，沈士奎親自到杭州拜訪毛文龍和毛鈺卻被拒之門外，這個時候去東江十有八九會被毛鈺派人送到京城請功。
毛承作又提出帶兵去舟山，他毛鈺不是野心勃勃，不將朝廷放在眼里嗎？那麼現在有這麼多的等萊新軍來投靠，他總不能裝清高看不見吧。可是翁婿倆仔細一盤算，這一萬多人，其中兩千人是騎兵，估計他們兩能夠帶走一半，但是沒船能夠裝在這麼多的戰馬。而且從吳橋到大海邊需經過登州。
本來是奉命去遼東助戰的，在吳橋鬧了事就想著逃到還上去，除非登州城的孫元化閉上眼楮不管他們。
最後李九成說服沈士奎發動吳橋兵變，遼東自然不能去了，京城也攻不下，一商量回軍登州是最好的，人頭熟悉，還有東江作為呼應。就算萬一失敗還能撤退到東江甚至投靠東虜。控制了登州就有水師出海的便利。
于是他們先派遣毛承作回到登州假裝洗心革面地陳訴自己和沈士奎管束不嚴給軍門大人帶來麻煩，不過保證今後不會在發生類似的事情，還希望軍門能夠出面催促糧草。沈士奎則帶著新軍加速趕往登州，一路上的縣城基本上沒有防備，他們都得到了孫元化給出征將士籌措糧草的命令，被沈士奎率領亂兵里應外合攻破登州數座先城，控制了大量的將士和百姓。
為了名正言順，沈士奎自號都元帥，毛承作和為登州總兵。李九成為登州水師副將。考慮到孫元化對兩人還算不錯，沈士奎就想拉他入伙。
登萊巡撫衙門，孫元化氣急敗壞地看著眼前的兩人派來的使者，沈士奎和毛承作，他太熟悉這戀人了，平日里礙于毛文龍和毛鈺的面子真的是沒有虧待兩位。現在這兩位居然起兵造反，更可笑的是居然小看他孫元化，想要讓他出面做造反軍的首領。
氣憤歸氣憤，孫元化還是月兌不了讀書人的做派，洋洋灑灑地寫了一封書信給沈士奎等三人，規勸他們立即懸崖勒馬，他願意從中調停。
沈士奎沒能順利進入登州城內，沒有孫元化這桿大旗，手底下的將士還是有點難以控制的，加上糧草本來就不多，于是三人經過商量決定冒險利用孫元化的仁慈先攻下登州再做打算。于是裹挾沿途百姓加入亂軍，等到登州城下，沈士奎的隊伍已經發展到了三萬人！
崇禎五年正月，沈士奎率部東進圍困登州，登州告急，而在孫元化仍相信自己能招撫沈士奎，疏于防範。沈士奎乘機讓部下300余人詐降，混入登州城，與在城里的兩人的老部下東江兵等密謀策劃，並趁夜間人們熟睡之時，里外夾攻，佔領了登州城，活捉了孫元化及明守備宋光蘭、分巡道王梅等官員。總兵張可大堅守水城數日，終因寡不敵眾，水城陷落，張可大殺死妻妾後自盡于太平樓。
沈士奎、毛承作等人自然沒想到如此順利就拿下了了登州。要知道登州城牆上可是安置了幾十門的紅夷大炮，城內更是有一千多火槍手其中大量的還是來自香山澳的教官。
這些都是孫元化這些年辛苦打造的，火器專家就是活期專家，終歸不是政治家和軍事家，白白便宜了沈士奎和毛承作。佔據了登州之後，困擾沈士奎的糧草問題解決了，佔領登州水城之後也讓沈士奎解決了後顧之憂，他一面派人前往東江聯絡，一面積極準備應對朝廷即將派來的大軍。
而對于孫元化，沈士奎沒有做絕，而是將他請來再次當面游說。
孫元化心有不甘，他的紅夷大炮都沒有開一炮就被俘虜了。不過孫元化並不後悔，他的登萊新軍和紅夷大炮本來就不是為明人準備的，是為東虜準備的。
不過他還是忍不住對著沈士奎破口大罵︰「粗鄙武夫，本官帶你如何？朝廷待你如如何？怎麼就能做出此等事來，一個小小登州爾等佔了又能如何，不如盡快放下武器，本官還能幫你從中說和一二。與否則朝廷大軍一刀爾等片刻之間就灰飛煙滅。」
沈士奎苦笑︰「軍門，事到如今還有回頭路嗎？下官可是記得毛帥在東江可是忠心耿耿，結果如何？你們這些吃人的讀書人啊，是你們毀了大明。不是下官任性，是沒下官和手下弟兄的活路沒了啊。軍門你也也別嚇唬下官。下官以為這登州城在我等手里牢不可破，朝廷不管派誰來我等都有信心堅守。軍門還是操心一下自己吧，你不肯加入我等，朝廷也不會饒了你的。破城失地敖釗那些讀書人的尿性軍門怎麼也是個棄市，說不得有些跟軍門不對付的御史再拱拱火，那就是連家小都不能安寧。」
孫元化雖然嘴上不肯承認，但他內心里是認可沈士奎這番話的，目前放眼大明境內能夠與登萊新軍抗衡的額就關寧軍和大同鎮等寥寥幾個邊軍，連一向以勇猛著稱的東江自稱毛文龍去職之後也是每況愈下，這也是說明這些年他的努力沒有白費。但如今登萊新軍戰斗力越強朝廷想平定登州就越麻煩。
沈士奎似乎看穿了孫元化的心思笑道︰「軍門別想著澆滅我們了，等到朝廷送來足夠的兵元我們就可以考慮佔領萊州然後是整個山東。軍門敢不敢跟我打賭？」