鄭鴻魁所部水師，由于要進入長江作戰，故船只相對要小，戰船基本上是二號福船為主。
二號福船體形底尖上闊，船首昂起張開，尾部高聳，吃水約一丈有余, 艦首備紅夷炮一門、千斤佛郎機六門、碗口銃三門，迅雷炮約二十門，還有噴筒六十個，嚕密銃十支，弩箭五百支，火藥機弩約十余張, 火箭三百余支, 火磚一百余塊, 及其他刀槍劍戟千余。
二號福船，鄭鴻魁手中約有百艘，其余海滄船、草撇船以及蒼山船等小型戰艦以及連環船差不多有一百五十艘，運兵沙船五十七艘。
這樣的艦隊規模，在長江上已經算是無敵的存在了，鄭鴻魁在收到靖北軍主力渡江的消息後，知道自己再呆在南都已經沒有任何意義了，這個時候最佳的選擇就是撤離八卦洲，順江東下返回福建，要不然補給一斷，那豈不是要餓著肚子退回去。
七月五日，八卦洲鄭軍水師拔錨啟航，在次日匯合了司業洲留守施瑯後，旋即向崇明島，長江入海口方向撤離，鄭鴻魁的算盤打的很精，他就是想依靠已方水師的速度優勢, 趁靖北軍陸師尚未攻取蘇松的時機，在崇明島獲的相當的糧秣和淡水補充。
七月十三日, 鄭軍水師在經過江陰和蘇州河後終于抵達位于長江入海口處的崇明島。
熟料，崇明知縣徐鼎以及因靖北軍南下，逃奔崇明的淮河鎮總兵張士儀、淮海鎮總兵張鵬翼以及崇明副將施鴻仕等此前對鄭鴻魁極盡奉承的南明官吏，居然對上島索取糧秣的鄭軍閉門不納，而且扣押了鄭軍使者。
「徐鼎這是想死嗎？施瑯、楊秋你二人速點陸師上島，將徐鼎等人的人頭給本將取來。」
鄭鴻魁聞報大怒，鄭家縱橫東南沿海十余年，各地督撫哪個不賣鄭家幾分面子，現在一個小小的知縣居然敢抗拒已方大軍，當真是活膩味了。
「鄭帥，崇明縣城雖然不甚堅固，然張士儀等人手中猶有兵馬三千余，為防有變，咱們還是要拆卸部分紅夷大炮，要不然恐怕一時半會拿不下縣城。」
施瑯字尊侯，號琢公，福建省泉州府晉江縣人，早年一直跟隨鄭芝龍行商，精通水戰，在南洋不光和葡萄牙人和荷蘭人交過手，而且和明朝福建水師也打過好些仗，在他看來，崇明縣城雖然是土城，但鄭軍不善于陸戰，若是沒有火炮配合，根本沒可能拿下崇明城。
鄭鴻魁點頭道︰「施將軍說的有理，這樣，爾從船上拆卸二十門重炮，今日務必攻破崇明，本將要讓徐鼎那老小子知道，我鄭家不可輕辱。」
「鄭帥，徐鼎前恭後倨，一反常態，是不是有所倚仗，末將以為咱們不得不防啊。」
楊秋是福建安平人，和鄭芝龍乃是同鄉，素有謀略，他雖然對鄭軍拿下崇明城沒有懷疑，可徐鼎等人一反常態的行為卻令他生出了疑惑。
鄭鴻魁笑道︰「楊兄弟多慮了，據本帥估計，徐鼎和張士儀等人是看到北軍飲馬長江，生出了首鼠兩端的心思，崇明江面開闊，緊臨大海，誰敢來捋我軍水師的虎須。」
「是呀，咱們陸戰雖然不是北軍的對手，論海戰，就是北軍水師抵達長江口，咱們打他們還不跟玩一樣嗎？」
施瑯哈哈大笑，鄭家水師可不是吹出來的，而是在南洋和弗朗機人實實在在交過手的，強如弗朗機和荷蘭水師，都在鄭家水師面前折戟沉沙，就算北軍水師抵達，他也有足夠的信心一戰而勝。
「那，施將軍，咱們還是快些行動吧，遲則生變。」
鄭鴻魁和施瑯二人說的並無道理，楊秋也不好再堅持，只不過他還是有些擔憂，故而改為要求速戰速決。
谷 鄭鴻魁見諸將統一了意見，就開口數道︰「傳令下去，立即搶佔崇明南信口，拆卸火炮。」
隨著鄭鴻魁軍令，鄭家水師立即轉向，直奔南門港，其實崇明島作為長江入海口的最大島嶼，可裝卸物資的港口數不勝數，但只有南門港地理位置，水文條件最好，適合停泊大量船只。
而且南門港是一個凹字型的深水港碼頭，寬近二是里，凹入部有十余里，港內江面相對平穩，對鄭軍裝卸火炮幾乎沒有影響。
徐鼎顯然是怕了鄭軍，並沒有分兵佔據要沖，在南門港只部署了一個百戶負責軍情，見鄭軍浩大船隊入港，倉促開了幾炮，就嚇得撤離了南門港。
鄭鴻魁深恨徐鼎等人，在船隊靠岸後，就是嚴令各部，立即生火造飯，待陸師好好休整一夜，就要直取崇明城。
當然他也沒有托大，依然嚴格按造鄭家水師的訓練操典，在港口外派出了十艘哨船，由鄭軍水師百戶林銘忠統領。
林銘忠對鄭鴻魁的軍令也是月復誹不已，派什麼哨船？都到長江口了，有什麼好怕的，合著你們都在陸地上休息，咱還要繼續呆在船上巡邏，可官大一級壓死人，鄭鴻魁可是鄭芝龍的弟弟，鄭軍中的三號人物，他除了暗暗咒罵幾句，根本不敢不答應。
事實也和林銘忠預想的一樣，鄭軍哨船沿長江巡查了十余里，也沒有發現任何端倪，直到西邊的太陽快要下山，鄭軍哨船才返回了南門港。
可出乎鄭鴻魁和施瑯意料的事還是發生了，次日卯時，正當鄭軍準備出兵之際，南門港外突然出現了一片黑色的風帆，然後無數艘戰船出現在微微發泛白的天邊，宛如一堵堵木城般向南門港方向，壓了過來，看這支船隊的意思，明顯是要封鎖南門港。
「有敵情……快……快向鄭帥報急。
鄭軍戰船上的觀察哨，詫異看著緩緩逼近的黑線，再一次拿起手中的千里鏡，觀察過後，突然駭的歇歇底地嘶吼起來。
「鐺……鐺……鐺……！」
觀察哨下的傳令兵也看到了越來越近、越來越大的黑線，在經過哨兵確認後，就是急匆匆地敲響了報警用的銅鑼。
鄭軍水師訓練有素，一艘船預警，其余的戰船也是聞風而動，紛紛敲響了警鐘，尤其是二號福船上的水手，在聞的警報後，已經楊起了風帆，炮兵也將成箱的炮子搬出了船艙，有條不紊地準備起來。
「什麼……敵情，快，快跟老子上船，準備迎戰！」
岸上剛準備誓師出征的鄭鴻魁驚住了，因為哨船報警的時候，他就看到了江面上駛來的船隊。