三百年來養士朝，
如何文武盡皆逃。
綱常留在卑田院，
乞丐羞存命一條。」
黃文昌兵不血刃，一舉拿下南都城，城中，除留守太監韓贊周誓死不降，在南都紫禁城大明門前橫刀自刎, 此外還有一乞丐，據說是秀才出身，見錢謙益等人毫無廉恥的丑態，憤然跳河自殺，在其余諸官要麼表示奉朝廷號令，要麼閉門謝客, 不再過問朝廷之事。
一朝權在手，便把令來行。在看到南都如此繁華後, 趙國公黃文昌就動了心思，燕王殿下讓咱攻略南都，這是什麼意思？不就是想補償俺老黃嗎。
于是在入城後，就是令人侯方域替自己傳下話去，雖然燕王殿下口諭，南都諸官只需繳納五成的家產，便可保留爵位和官職，但是前幾日南都方面炮擊王師水軍，令官軍損失大小戰船五百六十艘，大小火炮兩千門，士兵傷亡一萬六千四百人。
按每艘戰船一千兩、火炮六百兩、士卒的撫恤費，以及趙國公的精神損失費，共計要繳納五百六十萬兩，誰敢不主動繳納，就以抗拒王師，大不敬之罪處罰，趙國公可不怕燕王殿下問罪，他手里有實實在在的證據, 不信可以問南都城內的百姓，誰不知道七月四日，偽明水師大捷，炸毀王師戰船無算，江面上當真是血流擼。
錢謙益、王鐸等人傻眼了，浦口那一仗，你要是損失這麼大，還能過得了長江，到這個時候，誰還不知道徐允爵他們和你趙國公勾結在一起，也是他籌備的船只，放你們過江的，現在開口就損失五百六十萬兩，這是把咱們當傻子在愚弄呢。
可人在屋檐下，不得不低頭，您黃國公要，咱能不給嗎？不給那可真就要抄家滅族了。
當然黃文昌，身為大明的國公老爺，還是有體面的，說收五百六十萬兩，就絕不會收五百六十一萬兩，當然作為親密友軍的南都勛貴們是不需要繳納的，畢竟人家出了力。
在得了銀子後，黃公爺就是將已經抵達淮揚的內閣大學士孫可望請進了南都，將善後政務以及收繳家產的事情全都丟給了孫可望，自己則令張達、徐志堅等人率部追擊桂王朱常瀛以及馬士英等人，並行文南直隸各府，奉燕王口諭，只拿周延儒全家，馬士英和桂藩若肯返回南都，朝廷依舊既往不咎，倘若被官軍擒獲，那便以謀逆罪處置。
南都被破的同時，太平府治所當涂亦被朝廷征東大軍包圍，七萬大軍將城池圍了個水泄不通。
圍城後，湖廣剿總總督楊彪即以南都城破，東林諸官皆以奉朝廷之事，射書城內，著史可法立即開城納降。
面對朝廷大軍，史可法無有一策應對，南直隸總兵潘大可、李棲鳳本是魏國公所屬，竟趁機襲擊史可法督師行轅，斬殺親兵統領馬應魁、幕僚何剛，莊子周，生擒炮隊專家陳于階，總兵劉肇基以及史可法及其養子史德威，開當涂南城迎接朝廷王師。
攻破當涂後，楊彪即將史可法等人押入大堂，詢問他為何抗拒朝廷大軍。
楊彪也知道史可法在江南負有盛名，遂和聲道︰「前以書謁請，而先生不從。今先生忠義既成南都已降，當畀重任，為燕王收拾江南。」
史可法回答道︰「我既兵敗，只求一死耳。」
谷劘楊彪笑問道︰「君不見錢謙益等人乎?降則家小皆能保全，燕王殿下亦能許以爵祿，況當今天子本是先帝子孫，公又何必執著。」
史可法怒道︰「吾受先帝厚恩而不死，其為性命苟活于世，我豈肯效其所為?」
楊彪有些想不通，明明這狗東西，畏敵如虎，一路放棄險要，退到這無險可守的太平，為何被咱活捉了，卻又不怕死了。
「左右，與本帥將其收押，解送京師，由燕王殿下處置。」
雖然楊彪想不通，但是他還真不敢擅自處決史可法，無可奈何之下，只得將人押送京師，把這燙手山芋交給李興之。
太平既下，楊彪並沒有繼續東進，而是命令各部直接殺入江西境內，並頒布發布告，凡南明偽朝所封之官員奉朝廷號令者，官職一並保留，抗拒天兵者，九族盡誅之。
七月十一日，靖北軍獨立八鎮攻入饒州，與此同時，長江水師也沿鄱陽湖直驅江西省城南昌，並分兵攻略各地。
由于南都桂王政權覆滅，朝廷的招撫條件又甚優厚，各地官員將吏紛紛請降，這也得益于靖北軍手握朝廷大義，如建昌、德安等江右重鎮，皆無一處抵抗。
八月初三，靖北軍大舉南下，臨江府轄新淦、新喻、峽江三縣駐防軍馬聞風而降，無一官一兵敢憑城拒守。
八月初七，靖北軍獨立九鎮攻克臨江府城所在清江縣，追殺忠于偽朝的清江總兵李延年直至豐城一帶，並擒清臨江知府趙思漢，掌印都司吳怔明等人，經報湖廣剿總總督楊彪後，獨立十五鎮鎮將田見秀命將趙思漢、吳怔明等不肯投降者盡數斬殺，以儆效尤。
八月十五，靖北軍追擊李延年部至吉安，吉安府知府攝于靖北軍軍威，開城投降，獨立九鎮遂在吉安分兵，一路直撲廣信，一路繼續向南追擊李延年。
八月二十一日，李延年奔逃贛州，贛州不納，改走信豐，意欲竄入粵省，被明贛州總兵楊振武誘捕于龍南，于是整個江西全部落入靖北軍掌控之中。
與此同時，新八鎮鎮將高杰所部也是長驅直入。
七月十日，新八鎮李成棟部攻破無錫，並走宜興，將周延儒十族五百零七口，全部捕拿，然後殺入浙江，直撲浙省省城杭州。
七月十六日，高杰與外甥李本深則輕兵直撲蘇松治所蘇州，和李成棟部組成鉗形攻勢，意欲一舉克復浙省，以防東林余孽扶持潞藩再行監國，同時捕拿吳昌時、周仲漣等犯官家小。
靖北軍狂飆突進，入援南都的水師鄭鴻魁部卻是倉皇而逃，不撤離長江沒辦法呀，大江兩岸各府縣望風而降，水師根本得不到半點物資補充，一旦糧盡，哪里還能退回福建。