自三教弟子被聖人召回後，三族之間也暫時消停下來，巫妖二族舌忝著戰敗的傷口，而人族也發生了大的變化。
聖皇伏羲在時局穩定後，一邊修養生息，恢復人族實力，一邊推演自身大道，終于憑借在洛水旁得到的河圖洛書，完善了自身道果，創出先天八卦演算大道，從而廣傳人族，教族人趨利避害之法，最終功德圓滿，傳位炎帝神農後，進入洞天之首——火雲洞，一邊潛修，一邊護持人族。
炎帝繼位，人稱地皇，沿用伏羲的政策，繼續與民休息，時人族因戰亂，傷患極多，又因救治不得法，處置不得法，時常爆發疫病。伏羲在時，生活不易，能夠存活已是幸事，疫病反而事小，而到神農繼位，隨著人族生活得以改善，疫病對人族的發展影響日趨加深，最終成為抑制人族發展的重要問題，也是人族首要解決的問題。
為了解決疫病，神農不得不將手中的政務交給能力很強的黃帝軒轅執掌，而自己踏上了嘗百草的道路上。
在神農開啟嘗百草的道路時，位于西方的白帝太昊擔心巫妖二族再次卷土重來，于是上請神農批準，聚集人族修士，成立了人族天庭，用以威懾巫妖二族，保護人族領地。
太昊根本不知道天庭的含義，只是在三族大戰後，無意間發現了上古妖庭遺址，見此地亭台樓閣林立，先天靈氣充盈，又無巫妖二族駐留，十分適合人族生存，若非此處遠在九天之上，太昊成立的天庭也就不只是人族修士了。
然後事情並不會因為太昊的無知而有所改變，在太昊成立天庭之時，洪荒中所有的大神通者都有所感應。聖人們感慨之余，再次督促門下弟子修行，巫族驚訝的同時，一邊暗笑人族的無知，一邊也在嘲諷妖族的無能。
而妖族在得到消息後，妖族大神個個面色鐵青，神色猙獰。太昊佔據妖族祖地，建立人族的天庭，卻是在赤果果的打妖族的臉，雖然三族大戰以人族的勝利告終，可是巫妖二族並不服人族，若不是三教弟子相助，人族早已被他們絞殺殆盡。
群妖洶洶，妖氣彌天，一時間洪荒再次變得風聲鶴唳，人族也再次準備起來，防止妖族再起戰端。不過大戰剛過不久，人族又有了如伏羲一般的大神通修士，即便妖族表現的如何強硬，但是大戰還是沒有爆發。
神農在妖族群起之時，暫停了嘗百草之路，回到陳都帶領人族準備備戰，可是久不見妖族復起，神農就將此事交由黃帝主持了，而他再次踏上嘗百草之路。
匆匆百年，神農走遍洪荒大小山川，跨過數百河流，嘗過了所有藥草，最終根據人族病癥，從中篩選出數百中草藥，繪制了洪荒第一本醫書《百草經》，然後開始指導人族借用草藥治療疫病。
經過百余年的奔波，神農走遍人族大大小小的部落，親自為患病族人治病采藥，贏得了全族的愛戴，同時自身的醫道也得以完善，證的混元道果，繼伏羲之後又一位成就人族聖皇之位。
神農證道後邀請人族各部落首領齊聚陳都，選舉人族下一任共主。被人族推舉出來的人選分別為黃帝軒轅，黑帝少昊和在神農離開後，在南方崛起的新興部落首領蚩尤。
黃帝軒轅和黑帝少昊都是在三族大戰中興起的人族俊杰，然而近年來黃帝一直輔助神農治理人族，在族人中威望僅次于神農，而少昊則一直呆在北方地區，鮮有值得稱道的政績，所以在兩人的競爭中，大部分部落首領還是選擇了黃帝軒轅，至于南方蚩尤就更加為人所不知，得到的支持者寥寥無幾。
神農見黃帝軒轅得到了大多數人的支持，加上心中也認可黃帝的能力，于是在準備了一番後，就將共主之位傳于黃帝，而他則追隨天皇伏羲隱居火雲洞護持人族。
神農的方式雖然公正，但總有不服者，競爭失敗的少昊在明白自己錯失共主之位的原因後，也不在安于北方，轉而投入太昊麾下，協助太昊發展人族天庭，一時間也將天庭治理的蒸蒸日上，從而受到人族敬佩，與太昊一起被尊稱為天庭二帝。
而另一位競爭共主失敗的蚩尤卻另有想法，他認為自己之所以失敗，其原因在于黃帝軒轅是神農的親信，這種想法的來源則是神農在位時，就將黃帝軒轅調入中樞，輔助神農治理人族，由此可見二人關系極好，而自己雖然出生南方，卻與神農並不熟悉，所以才失去共主之位。
于是蚩尤回到南方後，並不認可軒轅的共主之位，對軒轅黃帝推行的政策也是挑三揀四，感覺合適的則听從，不合適的則敷衍。同時積極訓練士卒，整軍備戰。
南方的消息自然瞞不了軒轅，在蚩尤多次違抗自己的政令後，軒轅即遣人前去詢問。結果蚩尤狂傲，不僅將軒轅的使者羞辱了一番，還將其打出部落。
消息傳回陳都後，陳都人族憤憤不平，紛紛向軒轅上書請求討伐蚩尤。消息傳到其他幾方人族部落後，東方，西方，北方人族紛紛上書支持軒轅討伐蚩尤，只有南方部落攝于蚩尤的婬威，不敢表態，既不支持也不反對。
即便如此軒轅黃帝也沒有舉兵，反而是安撫下受辱的使者後，再次遣使者前去南方，請罪于蚩尤，並向他請教治理人族之法。
據說當時有人向軒轅請教，問他「蚩尤如此挑釁與您，族人們都支持您討伐他，您為何反而向他請罪並求教？」
軒轅黃帝的回答則是「我不能使蚩尤信服，是我的德行能力不足，自然應向其請罪求教，若是我因蚩尤的挑釁而引起人族打亂，那麼我的罪過就更大了！」
听到軒轅的回答，人族徹底被軒轅的品德所折服，就連並不服氣的黑帝少昊也感慨說道︰「黃帝的品德已和神農陛下一樣了！」其他人族部落也更加相信黃帝軒轅能帶領人族自強不息，更加尊崇黃帝的領導。