三號機掐住了初號機的脖子，在神經同步之下，碇真嗣是感同身受，脖子被掐得喘不過氣來。但這個時候他依舊沒有反擊，畢竟對面可是美少女啊。
使徒從三號機的手轉移到初號機的脖子上，出現了eva傳eva的現象。現在可以完全確定真的是侵入型的使徒，這種使徒並沒有什麼明確的實體可以攻擊，所以破壞三號機阻止使徒的傳染是最好的辦法，否則神經元的幾台eva都不可能幸免。
「為什麼不反擊？」碇源堂說道。這話就是廢話，要是他在初號機里，碇唯在三號機里，難道他就敢下手麼？
可以確定碇源堂寧願自己被老婆打死，也不可能下殺手的。他不敢，又為什麼要為難自己的兒子呢。
果然听到碇真嗣說道︰「那是明日香，她在里面。」果然是投鼠忌器，是因為美少女才不敢反擊。
「使用傀儡系統。」既然兒子不听話，那父親可就不客氣了。
斷開駕駛員的控制權，傀儡系統開始操控，整個系統都是全自動的。反擊開始，傀儡系統的工作只有一個，不折手段地消滅敵人，哪怕整個過程非常血腥殘忍也無所謂。
這個系統似乎並不是以戰士戰斗的方式寫的程序，而是野獸的程序，無情、冷酷、殘忍，就算把敵人的腸子掏出來都不覺得有什麼問題。
「停下。」碇真嗣擔心美少女的安全。
然而初號機真的能輕易干掉三號機麼？顯然不是那麼簡單的，駕駛艙里的明日香雙眼金黃，她看到了過去，看到了自己的悲劇。能陪伴自己的只有一個洋女圭女圭，其他的一切都會離她而去。
親人、自尊、生命、驕傲，一切都不屬于自己，唯有玩偶才是完全听從自己命令的存在。三號機也不過是區區的玩偶罷了，竟然敢違抗自己？好大的膽子，明日香正在和使徒爭奪三號機的所有權。
吃下膠囊之後，明日香第一次激活了力量，只感覺腦海中有什麼東西碎裂了，空間、時間、力場等存在頓時變得無比清晰，明日香的好勝心熊熊燃燒︰「以前我都是在和自己的克隆人比，要麼就是和官二代、假正經比，還沒有和使徒比過，讓我看看你到底有什麼能耐。」
三號機體內上演一場人和使徒的斗爭，明日香甚至佔了上風。
「吼——」三號機和初號機開戰，動作非常靈敏，傀儡系統雖然毫無畏懼，但一時間也抓不住三號機。
碇真嗣還在希望初號機停下，但現在初號機不听話了。
兩台巨人的戰斗在郊區的水稻田中展開，群山為觀眾，夕陽為燈光。初號機不斷被擊倒，同時又不斷爬起來。
「這是？」冬月表示三號機也太靈活了，這真的是使徒麼？之前出現的所有使徒無一動作緩慢，要是使徒都這麼迅捷的話，那eva根本不可能輕易打敗使徒。
碇源堂也覺得這個使徒有點奇特，不是很正常。但現在他們也只能依靠傀儡系統了，畢竟駕駛員毫無斗志。
從黃昏到夜晚，戰斗還在星空下繼續，初號機就好像是一只徒勞的野獸，面對不知疲倦的獵物，怎麼也不能給三號機致命一擊。
碇真嗣已經沒力氣了，甚至感覺lcl液體都渾濁了，這是他所經歷的最漫長的一場戰斗，以前的戰斗基本幾分鐘就解決了，而今天花費了幾個小時。也不知道明日香現在還好麼，她的情況應該不會比自己更好了，lcl液體快支撐不下去了，明日香的時間也不多了吧。這個時候他不由問道︰「老師，我應該怎麼辦？」
「你這表情是怎麼回事？你這語氣又是怎麼回事？無能為力的表情和軟弱無力的語氣難道能幫助你戰斗麼？」杜蘭的聲音突然在通訊器中響起，宛如一道驚雷。
連神經元里的人都一掃疲憊。
咻！一道光芒落下，初號機的外接電纜被切斷，時間進入倒計時︰「真嗣同學再堅持五分鐘，你就能恢復控制權了。就讓我們一起救出明日香同學。」
轟！在光芒之後是一台軍綠色的全新eva閃亮登場。
「臨時五號機？」碇源堂一眼就認出這是五號機，不過被改裝過了，到底什麼組織這麼厲害，竟然有改裝eva的能力？
「老師？」碇真嗣的表情頓時有了希望，果然如綾波麗所言，老師是一個會回應他們的大人啊。
「少年喲，不要忘記我教過你什麼，機器人的戰斗力是和駕駛員的嗓門成正比的，所以怒吼吧。」杜蘭面對攻上來的傀儡系統，一邊躲避一邊說道。
五分鐘的時間很快就會結束，不過杜蘭帶來了核能電池背包，所以他的五號機本來就是沒有電纜的。
沒有電，傀儡系統也就關閉了。初號機再次重啟，傀儡系統的連接已經失靈了。因為碇唯在丈夫和兒子之中選擇了兒子，不管怎麼重啟，初號機不會再被傀儡系統控制了。
「老師，明日香在三號機里，lcl液體已經渾濁了，時間不多了。」少年激動地說道。
「不用緊張，明日香一定會為我們創造奇跡的，因為她是一個勇敢的少女。」杜蘭表示差不多了，明日香和使徒的攻防也要結束了。明日香已經壓制住了使徒，現在正在把使徒變為她的傀儡。
每個使徒都有自己的絕技，顯然明日香覺醒之後獲得了支配的力量，可以通過控制at力場控制對手。
「三號機上的藍色範圍正在縮小，這是？」赤木律子表示雖然使徒本來就不講科學，但現在也太玄之又玄了，真的是挑戰他們的認知。
金瞳明日香此時正在獰笑，雙手中正是被她支配的使徒，螢火蟲大小的使徒閃著幽藍磷光，好似在畏懼這個支配自己的使徒女王。
「作弊的感覺真好。」明日香覺得自己當初猶豫真的是太愚蠢了，真的是得感謝老師，有生以來第一次如此暢快，原來不做人的感覺是如此美妙。現在自己連使徒都能支配，s他們就休想再支配自己。
這就是命運掌握在自己手中的感覺，明日香表示妙不可言。她並沒有殺死使徒，因為這使徒還是有點用的，以後可以幫自己去戰斗。
霰使徒似乎也知道自己死不了了，于是很愉快地接受了自己的從屬地位，乖乖地化為紋身纏繞在明日香的手臂上。
杜蘭給三號機也加了一個核電池背包，三號機也恢復了正常。
「這？？」神經元里的人都看傻眼了，看著三台月兌離了自己掌控的eva，目瞪口呆，不知道說什麼好。
轟，天空再次掉下了一個東西，是一面紅底黑字的大旗，兩面都以粗獷的字體寫著‘使徒的命也是命’，以飛揚的旗幟作為背景，杜蘭發表了自己的主張︰「現在我宣布，使徒保護組織正式成立，為了保護宇宙生態的多樣性，為了保護使徒的生存權利，為了維持人與自然的和諧，為了守衛生命的偉大奇跡，從今天開始，誰再想消滅使徒，就要先問過我們初號機、三號機、五號機的意見。」
因為傀儡系統，碇真嗣也憋了一口氣，這次他是真的義無反顧地站在老師這邊。而明日香剛剛證明老師的教育沒錯，自然也是堅定地支持杜蘭。