雖然杜蘭作為老師忽悠自己的學生作弊相當有違師德，不過現實情況如此。要麼明日香放棄駕駛員的身份，要麼就接受現在萬年老三的排名，要麼就作弊，沒太多的選擇。
放棄身份和接受排名這兩個選擇對明日香來說並不好，因為不管哪一個都可能讓她失去生命，畢竟s不養閑人。明日香雖然是高價制造的克隆人，但沒有作用的話一樣會被淘汰。這就是殘酷的現實，甚至只要s完成傀儡系統的開發，所有駕駛員都要淘汰。
駕駛員是十五年前的老黃歷了，隨著科技的進步，時代的發展，新的技術日新月異，有無人駕駛，誰還用有人駕駛呢？
為了體現自己的價值，作弊可以說是明日香的唯一選擇了。她認為杜蘭沒說錯，但她听不懂什麼叫覺醒？
少女茫然地看著老師，希望老師能解釋一下。
「出賣靈魂，把自己變為使徒。」杜蘭解釋覺醒就是這個意思，就是覺醒成為使徒，不做人了。
「？？」少女震驚了，這確實是沒想到的發展。這種作弊方式的代價也太大了，要是被神經元發現的話，那被殲滅的就是自己了。
「淘汰是死，覺醒亦是死，覺醒可乎？」杜蘭一本正經地告訴明日香，不管怎麼選都是死，還不如搏一搏，或許會有意外的發展。
少女很糾結，老實說這確實太夸張了，遠遠超出一個少女的承受能力。本應該是花一樣的年紀，但卻要面對生死的抉擇。連大人都不一定能果斷選擇，更不要說十來歲的女孩了。
「其實也不一定會被發現，使徒的光譜分析雖然是藍色的，但我們有辦法掩蓋。只要你答應，那麼你的同步率就能超越碇真嗣，你就能證明你自己的價值，證明神經元沒了你，就不可能成功。如何，考慮一下。」杜蘭循循善誘。
明日香還在糾結。
「就這麼決定了。」杜蘭幫少女決定了︰「你既然沒有立刻拒絕，那就說明你在權衡利弊，但這種事情不落實的話，根本不知道未來會如何發展。與其擔心自己被淘汰出局，不如搏一搏單車變摩托，這個時候要相信自己的直覺，而非理智。」說完杜蘭拿出了一顆紅藍色的膠囊藥丸遞給明日香，說道︰「吃下去吧，吃下去你就會知道這個世界有多麼廣大了。」
明日香深深地看了這個與眾不同的老師，最終做了決定，吃下了藥丸。藥丸一下肚，就感覺身體里有什麼東西松動了，一雙眼楮變為金黃，世界都變得陌生了。
其實藥丸里是一個小型的s2機關，也就是生命果實，是人類不曾擁有的力量，現在明日香就是一個小使徒。
「很好，以後你的同步率就會一點點升高，最後就會超過碇真嗣同學。」如果一下子升高就太突兀了，太不科學了，如果一點點升高就沒問題了。
明日香感覺好極了，那麼接下來的三號機啟動試驗正好可以試試看。明日香被選中成為了三號機的啟動駕駛員。
啟動試驗一般都很危險，因為初號機和二號機的啟動試驗都是直接把駕駛員吞了。明日香雖然並不知道這些歷史，但也知道啟動試驗不是一般的試驗，並不能確保百分之一百的安全。她想到自己肯定是被拋棄了，不然不會選擇自己做這種危險的事情。
心態不太好，不過現在明日香已經覺醒，所以肺腑一番後就決定一定要讓所有人都看看自己的實力。不就是啟動試驗麼？她就要讓三號機動起來。
在tv版本里三號機的駕駛員是碇真嗣的好基友鈴原東治，劇場版里換成了明日香。不過結果都差不多，都是三號機被使徒侵蝕暴走。初號機迎擊，但碇真嗣卻不想傷害朋友，最後碇源堂啟動傀儡系統打碎了三號機，最後甚至咬碎了插入栓。
杜蘭認為碇真嗣根本沒有必要拒絕，因為他一拒絕，事情就會變得更糟糕。本來他要是控制一點，插入栓至少不會被咬碎。
當然也可能是少年根本沒有控制戰斗損失的能力，沒學過，或許少年出手造成的破壞比傀儡系統還大。
總之現在二號機被封存了起來，明日香要去駕駛三號機了。
插入栓里的明日香只感覺一陣強有力的推背感，就被使徒推著進入了意識的深處。光譜分析變為了藍色，三號機被定義為了使徒。
「是侵入型的使徒？」赤木律子立刻懷疑三號機已經被入侵了，使徒就在三號機體內。
葛城美里緊張地說道︰「彈出插入栓。」
程序啟動，但插入式卡在半路，因為三號機的盔甲之間長出了皮膚一樣的膠質物，拉住了彈射倉，插入栓就卡在脖子後面，彈射不出來。
「明日香？」葛城美里立刻知道少女要危險了，因為現在少女的各種數據都中斷了，根本不知道她是不是還活著。
咻，三號機腦袋頂上出現了光環，並且掙月兌束縛朝第三新東京市逼近。
「迎戰吧。」司令嚴肅說道，三號機頭頂的光環讓他有很不妙的感覺。使徒不應該有光環，只有亞當才應該有。eva覺醒的話也有，因為eva基本都是克隆亞當而來，所以覺醒的話也能冒出光環。
難道說不是使徒，而是三號機覺醒？可是怎麼會如此？完全想不明白。
初號機出擊，不過碇真嗣並不知道自己即將面對什麼樣的對手。等到他看到從夕陽中漫步而來的三號機時，直接就傻眼了，因為這不是eva麼？怎麼這次的敵人是自己人麼？而且如果他沒記錯的話，這應該就是明日香做啟動試驗的三號機吧？
「到底是怎麼回事？明日香還好麼？」這個時候少年其實已經看到卡在脖子後面的插入栓了，但碇真嗣還是不死心地問了一句，或許明日香並不在里面。
「這些你不需要知道，你面前的是敵人。」碇源堂冷酷地對自己的兒子下達命令︰「你的任務就是消滅敵人。」
「可是，爸爸，明日香在里面吧？」碇真嗣表示里面可是有美少女啊，拳腳無眼，他怎麼能對美少女出手？
碇真嗣憐香惜玉，但三號機可不會。咻，直接進行攻擊，手臂伸長，就好像是吃了橡膠果實一樣，一把掐住初號機的脖子，把它按在山坡上。
碇真嗣很難受，但還是沒反擊，甚至都沒有張開at力場，他只是絕望地喊道︰「明日香，你听得見麼？」他相信只要明日香听得見，那一切還有挽回的余地。
不過回應少年的，只有無言的掐脖子。在舊劇場版的最後是碇真嗣掐著明日香的脖子，現在反過來了，是明日香掐著碇真嗣的脖子，真的是天道好輪回，蒼天饒過誰。