紅色魔女之森︰冒險家來到一片森林繼續追趕阿斯蘭。紅色魔女認識凱蒂和比比，但不敢惹阿斯蘭，用廢話拖了阿斯蘭一陣子，使冒險家追上了阿斯蘭。盧克給阿斯蘭的命令中說的是「放過冒險家」（盧克爺爺是為你好啊），而阿斯蘭的理解是「不想讓我浪費時間」，于是無奈之下與冒險家切磋一番，不敵于是又開始跑……在森林的盡頭，冒險家和阿斯蘭遇到了凱蒂，阿斯蘭試圖干掉凱蒂，不料慘遭反殺……（PS︰紅色魔女的形象設定與《創新世紀》之前的羅莉安幾乎完全一致）
光明之祭壇、黑暗之祭壇︰在卡西利亞斯的幫助下，一行人成功解開了盧克的封印。開始進攻寂靜城。冒險家、聯合調查團、海岸守備隊一起干趴了兩個祭壇的守衛者。機械王座︰封印已被解除，聯合調查團和海岸守備隊已經破不接待的想把盧克實驗室一鍋端了。但盧克實驗室中布滿了濃烈的黑色噩夢，據卡西利亞斯稱，只有受到赫爾德庇佑的冒險家能夠進入，但赫爾德光是庇佑冒險家一個人就已經非常吃力了。
根據玩家所選陣營不同，接下來的劇情略有不同︰暴戾搜捕團線︰冒險家見到盧克，巴恩在冒險家與盧克交涉期間，從背後偷襲，殺死了盧克。
通過手上的戒指吸收了盧克的氣息（貌似是黑色噩夢？），吉賽爾通過人造異次元裂縫傳送過來，撿走了盧克掉的一個東西之後逃走。艾澤拉表示大意了，不知道什麼時候巴恩也被施加了庇護。
聯合調查團、冒險家協會線︰盧克成功找到過去的力量，變身成了之前的狀態。冒險家殺死盧克，巴恩通過戒指吸收了盧克氣息。
艾澤拉之死︰艾澤拉不見了，冒險家受艾麗卡之托尋找艾澤拉，海嵐說有個人去了寂靜城，自己暫時沒空管，于是麻煩冒險家去看一下。冒險家到了之後卻發現艾澤拉已經受傷倒地，奄奄一息。身邊都是鷹派的暴戾搜捕團團員在咒罵她。
艾澤拉跟冒險家說了遺言，希望冒險家找到並說服索德羅斯，然後就死了TT巴恩決定單獨行動，自稱要去看老婆，把聯合調查團指揮權交給了海德︰——你要把直屬部下仍在敵營中，自己離開？——什麼叫敵營啊，明明是同盟軍。要是被天界人听到可怎麼辦？（帝國你們要搞大新聞啊！）知道巴恩已經喪妻的冒險家立刻指出巴恩說謊。
艾麗婕的委托︰艾麗婕通過梅麗召見了冒險家——由于尤爾根封鎖了寂靜城戰事相關情報，所以艾麗婕毫不知情。在听了冒險家的敘述後，指出海岸守備隊去寂靜城參戰並沒有經過皇女同意。（引出尤爾根政變與海岸守備隊叛變）（從90級的劇情量看，這麼多重量級角色上線，可見在騰訊的IP打造計劃的婬威下，Nexon對劇情的重視程度也越來越高了，不過不得不服的一點︰這些大牌角色的設定是早在8年前就想好的嗎？）
天界政變
在完成艾莉婕的委托任務後，回到根特，會發現小地圖中根特皇宮區域已經灰掉了，走進去之後會發現皇女已經不再皇宮中了，只留下一個發髻，點擊發髻後觸發隱藏任務。(劇情觸發後，根特相關NPC的聊天內容會根據劇情變化)
馬琳神經兮兮的請求冒險家幫忙，讓冒險家去找澤丁了解情況。
澤丁告訴冒險家，天界出現了反叛軍試圖綁架皇女，但所幸未成功。
她懷疑是貴族指使的，由于反叛軍軍力比守軍要大，所以澤丁希望冒險家能陪同他一起去城外與叛軍談(da)判(jia)。冒險家幫助澤丁在城外擊退了叛軍首領貝爾塔公爵。
據貝爾塔交代，艾莉婕原本只是一個祭司。而且從艾莉婕即皇女之位後，皇都就進入了戰爭不斷的時期。據澤丁描述，諾斯匹斯（天界北部的一個島，貴族聚居區）聯合帝國散播謠言，說杰克特勾結卡勒特，故意拖延消滅安圖恩。讓卡勒特有機可乘。
不過話還沒說完，叛軍就又打過來了。冒險家協助皇都軍大尉特米繼續與叛軍作戰。
在戰斗中擊敗了帝國派來的支援部隊。隨後杰克特趕到，表示根特內的通信已經被切斷。
澤丁卻很差異這麼大的事自己怎麼會不知道，于是懷疑守軍中有內鬼。同時，杰克特認為目前沒有證據能證明叛亂是由尤爾根主導的。
在第三次天界戰爭之後，根特加強了防御，除北門外都進行了加固，由于北門的敵人主要都是『手執老式武器的帝國軍』（拿劍不拿槍還真是對不起啊），所以杰克特判斷北門是佯攻，真正目標應該是南門。于是派澤丁去南門防守，委托冒險家去西門通過發射塔呼叫援軍。
冒險家和特米來到西門支援受傷的烏恩和只有70級的新人少尉盧卡斯，一行人到達發射塔後，卻發現本來應該去支援防守的拉伊尼（第三次天界戰爭中被冒險家從吉賽爾手里救回）卻在這里，發射塔已經被毀，看來拉伊尼就是內鬼了。而後一行人在皇女庭院繼續清理叛軍。
擊敗了納維羅‧尤爾根的女兒瑪麗安‧尤爾根。之後烏恩希望澤丁率殘部向叛軍投降，避免對平民造成更大的傷害。于是澤丁去南門向叛軍投降。
剩余人前去營救皇女和杰克特，途中擊敗了海岸守備隊派來阻擊的海克和米烏。找到杰克特後，卻發現海嵐已經挾持了杰克特。
嘴炮途中還抖出了更大的料︰海嵐是當年屠殺童子軍（和平之翼）的幕後黑手，而且跟杰克特女兒麗貝卡的失蹤也有關系（孤寡老人總司令啊TT），只是當時局勢需要海嵐，所以杰克特將此事掩蓋了下去，讓烏恩的調查無功而返。
海嵐最終等待納維羅‧尤爾根出來救場，這樣自己在世人眼里他自己就不像是綁架根特總司令官的主謀了。在奈恩的幫助下，特米和盧卡斯護送皇女抵達了蒼穹貴族號。