賽麗亞想調查魔法陣，但現在沒有關于魔法陣的消息，羅杰推薦了沙蘭，去見了莎蘭，沙蘭一副愛理不理的樣子。從愛麗絲的口中得知，這個羅杰對莎蘭進行了多次的資本主義欺詐，所以對羅杰沒有好感，又因為羅杰推薦冒險家去見沙蘭，而沙蘭因為對羅杰沒有好感，所以對羅杰推薦的人也沒有好感。
羅杰得知莎蘭對自己沒有好感時，決定借這次調查大魔法陣的機會來消除隔閡。
完了愛麗絲請求冒險家登上天空之城最高處調查魔法陣。想要調查更高處，就得需要暗精靈的飛船，而暗精靈因為和帝國軍干仗，所以不信任人類。不給用飛艇
經過一番談論之後冒險家進入黑暗玄廊探索。
在黑暗玄廊中遇到了帝國軍團長和副團長還有逗比女騎士雷尼，于是合力探索，發現這個地方空氣和下面的層不一樣，還發現一小塊水晶散發出的黑暗能量和格蘭之森的黑暗能量一樣，只是小水晶被邪惡氣息覆蓋。之後遇到了巨劍阿甘左，他感覺到天空之城不尋常的波動也上來調查，他推斷巴恩的鬼手和他感知到的波動與大魔法陣有關，或許上層已經發生轉移現象。
出來之後阿甘左就發現了水晶的存在，巴恩接過水晶後立刻就與鬼手起了反應，此水晶不一般。之後就帶著散發氣息的水晶見了索西雅，索西雅見過水晶之後便讓賽麗亞準備一些材料，說是可以淨化這個水晶，然後冒險家忙前忙後找齊材料淨化了水晶。賽麗亞感覺索西雅是精靈族，而精靈族為了保護格蘭之森都犧牲了，索西雅是僅存的精靈族，就算為了索西雅，賽麗亞一定要調查出真像。賽麗亞覺得這塊淨化過後的水晶也許就是大魔法陣的一部分。
這個時候站出來一位叫凱麗的女人（讓人又愛又恨啊），凱麗講述了巴卡爾的故事，綽號暴龍王巴卡爾統治天界數百年，並且切斷了天界與下界的路。
阿甘左推斷，天空之城的龍人就是阻止兩界相互來往的工具，而天空之城之所以現身，可能是巴卡爾魔力耗盡或者和魔法陣產生沖突，所以決定去往
天空之城最高處。
城主宮殿
這里和別處不一樣，巴恩一進來手臂就開始酸痛，勉強用斗氣壓了下去。天空之城某處的力量使這里的空氣變的不一樣。
調查一圈後只發現一個魔法陣，但這不是大魔法陣，像是人為布置的，這個魔法陣特別厲害，布陣方式古老，對整個天空之城的魔力產生影響，與此同時外面浮現出了一座浮空之城，那座城堡散發著與這個魔法陣相同的魔法流，找到樓梯後，冒險家與阿甘左一同進入浮空之城。
懸空城:這里到處殘留著強大魔法的痕跡，賽麗亞猜測這個地方不是由天空之城的魔力催動，而是這里的魔力讓天空之城的魔力變質，進而猜測這座城不屬于天空之城的一部分，來自于其他地方。往里走動發現一個魔法陣催動著懸空城，時間緊迫，千鈞一發，賽麗亞用盡全身力氣關閉了這個魔法陣，暈死了過去。
失去了魔法陣支持的懸空城搖搖欲墜，賽麗亞被人送到安全的地方休息，其余人感到最後一個場所有殺氣，所以立刻前往。
城主宮殿
再此來到城主宮殿見到了巴卡爾的手下賽格哈特，他奉命駐守這里（大大的忠臣）。原來他為了維護巴卡爾創造的魔法陣從而去破壞大魔法陣，（因為大魔法陣會妨礙巴卡爾的魔法陣）。眾人的目的是保護大魔法陣，所以關閉巴卡爾的魔法陣即可，不想傷害賽格哈特，本著善良主義精神對賽格哈特進行了一番卻說，無奈賽格哈特油鹽不進，只能動殺心，一番打鬧之後發現是不死之身，這時候GSD與沙蘭趕來了，沙蘭給城主看了巴卡爾的遺言，城主看完遺言後就消失在眾人視線中。
消滅了賽格哈特，人們以為可以上天界了，莎蘭插話，巴卡爾的障礙雖然清除，但是巴卡爾的魔法並沒有消失，除非等巴卡爾的魔法自然消失或者他親自來解除，不然永遠也上不去天界。就在這時一個巨大的飛行物飛過來撞了天空之城，從上面掉下一個人，暈死過去。至此天空之城危機解除。GSD露了個面打了個醬油就走了。
奧菲利亞來自天帷巨獸的神殿，是GBL教徒，GBL教的目標是收集和探索全世界所有的知識並且掌握終極的知識，神殿就在巨鯨——天帷巨獸的背上
奧菲利亞來到天空之城是因為教徒們正在遭受使徒羅特斯襲擊，被單方面的屠宰。羅特斯的到來打破了原本的寧靜與祥和，教徒們被精神攻擊，相互殘殺。
天帷巨獸︰冒險家經過了天空之城一事後，名氣大漲，現在天帷巨獸又出現了使徒，所以公國這邊自然擔心，于是委托冒險家前去天帷巨獸探查情況，
一起行動的還有阿甘左，其實洛巴赫，巴恩。阿甘左、洛巴赫一組，冒險家巴恩一組，一行人乘坐卡坤的飛艇前往了天帷巨獸。
神殿外圍︰羅特斯在神殿中央，所以一行人先降落到外圍慢慢向里探索。神殿外圍一戰後，發現GBL教徒都被羅特斯洗腦，沒有正常人，與其痛苦
的活著，不如安樂死去，冒險家與巴恩解決了那些被洗腦的教徒。
樹精從林︰樹精從林一行後，發現羅特斯想要控制天帷巨獸使得巨獸現在變得非常痛苦，還發現了夜叉這些奇怪的物種，傳說是美神維納斯的詛咒
把暗精靈變成了這種怪物，這種怪物所散發出的力量並不是使徒的力量。通過樹精後就離神殿不遠了，但是前面散發出的力量跟家危險。
煉獄︰在這里遇到了一位沒有受到使徒精神攻擊的教徒，此人信奉女神，已經痴呆了，從他口中得知羅特斯雖然為使徒，但是離開水後屁都不是，