登州兵亂，最終平定，被叛兵俘虜卻不殉節的明守備宋光蘭、分巡道王梅及相關的山東巡撫余大成等被執至京師鎮撫司審問，嚴刑拷打，孫元化不知所蹤，無法辯解，朝議將他定為禍亂之首，準備發海捕文書追緝，並收捕其家人。
正式處置沒出，大明朝中還是有明白人，首輔周延儒請了徐光啟過府議事。
兩個都是大牛人，周延儒，字玉繩，號挹齋，明代宜興人（今宜興宜城鎮人）。
萬歷四十一年（1614年）三月，會試高中第一，獲會元。一月後參加殿試，又一舉奪得一甲第一名，成為狀元，時年21歲。連中二元，少年得志，走馬京城，威風八面。周延儒中狀元入翰林院為修撰。
此後一路升官，崇禎三年（1630年）二月、加太子太保，改文淵閣。同年六月，溫體仁也入閣為相。九月，崇禎拜周延儒為首輔。
徐光啟，字子先，號玄扈，天主教聖名保祿，漢族，上海縣法華匯(今上海市)人，明代著名科學家、政治家。官至崇禎朝禮部尚書兼文淵閣大學士、內閣次輔。
徐光啟畢生致力于數學、天文、歷法、水利等方面的研究，勤奮著述，尤精曉農學，譯有《幾何原本》《泰西水法》《農政全書》等著書。同時他還是一位溝通中西文化的先行者。為17世紀中西文化交流作出了重要貢獻。
崇禎五年(1632年)，以禮部尚書兼東閣大學士，入參機務，為次輔。
按東南府顏常武的認為，這位徐大人是個那個年代的「科學家」，可惜顏常武沒有能力將他收入囊中，就連孫元化，要不是出了驚天大亂，顏常武也弄不來孫元化——畢竟，仕途才是那個年代里大陸的黃金職業。
幸運的周延儒非常的年輕（才剛剛40歲）就高居大明文臣之首，不過，他的額頭堆出了川字形，兩髺已經顯白。
國勢艱難，內憂外患！
不要以為明朝的仕大夫都是傻子，周延儒非常清楚關外北虜的厲害，知道對方一旦得勢，那大明將會不保！
因此他還算積極支持明朝的主戰派抵抗北虜，如孫元化就是他支持的對象之一，算得上是孫元化的舉主，朝中多位大臣攻擊孫元化，他哪還不知道對方是項莊舞劍，意在沛公！
他對徐光啟說道︰「徐公，孫元化是你的弟子，那些人借機攻擊你所行的西法，所圖不善！」
徐光啟和孫元化都是小耶的信徒，明朝的仕大夫普遍看他們不順眼，認定洋人是鬼，而徐孫兩人「事鬼」，是異類，皇帝因他們有實干而重用他們，自然招致他們的嫉恨，有機會就要坑他們一把，以致于周延儒和徐光啟不得不合議商量對策。
听聞首輔的話，那時徐光啟已是垂垂老矣，看透了世情，冷哼道︰「國勢艱難至此，溫長卿還不消停！」
溫長卿，乃與徐光啟同列的內閣次輔溫體仁，他為了登上首輔大位而不遺余力，大搞不團結，現在挑起黨爭，為的是借孫元化來個一打二，左攻周延儒右攻徐光啟。
一切都是如此，有後台支持才有事情發生，溫體仁支持了路振飛、余應桂、李夢辰等人對孫元化的彈劾，在朝堂上攪風攪雨，哪怕是首輔也不能壓下此事。
徐光啟問道︰「首輔大人，聖意如何？」
周延儒苦笑道︰「聖上不易為也！」
徐光啟會意地點頭，出了這檔子事，皇帝也難，哪怕有周延儒說情，說孫元化立有汗馬功勞，人才難得。皇帝也知道確實不錯，但他為天下共主，得顧及萬一同樣的事情發生，個個地方官有樣學樣，不死守殉節的話，那還得了！——況且孫元化確實作死，給人攻破城池，作了俘虜，身為巡撫，比一個知府都不如——萊州知府朱萬成就識穿叛軍不開城門，結局截然不同。
皇帝必須拿出態度來！沒有皇帝的赦免，孫元化看上去在劫難逃，徐光啟不禁黯然！
這種大是大非，誰都不好說話，周延儒為孫元化的辯白是虛弱無力的。
周延儒悄聲地告訴了一件秘密！
「登州總兵張可大與我相熟，秘密書信與我，說登州城破的當晚，孔有德、耿仲明、尚可喜和李九成皆被割了腦袋，之後孫元化不知所蹤還有登州的西洋人火炮營也一起失蹤，他認定是東南府所為，東南府在那里有一支一千人的火槍兵，是東南府主顏少爺在孫承宗那里得了書信派人投孫元化所為，他們當天上午強行出港離開，臨行前有關孔有德那些人的下場言語！」
官方公開的說法是孔有德、耿仲明、尚可喜和李九成懾于官軍強大的壓力而自相火並致死（官軍也想冒領此功勞，但得找到那些人的首級，被東南軍割走了，官軍無法自圓其說），說孫元化自行逃跑。張可大是個曉事的人，不想也不敢得罪東南府，將東南府摘清了，否則一旦出現東南府裹脅堂堂巡撫之事——那就無法善了。
這則消息很秘密，徐光啟現在才知道，他不由得悚然一驚！
東南府竟然早早謀劃如此！
得周延儒說出真相，徐光啟即時明白了東南府的目標，目標就是孫元化，目標就是西洋人火炮營，想來為的就是火炮制造！
他肅然道︰「這東南府能制巨艦，得孫元化和西洋人為他制造大炮，前陣子有廣東布政使徐紹沆說東南府尾大不掉，首輔大人不作制約？」
周延儒面有難色地道︰「朝廷哪有銀錢打造戰艦！且北虜強盛，我們的銀子都花在了遼東無底洞里，東南府並不滋擾地方，我們只能听之任之了！」
國勢艱難，周延儒極力維持，一定程度上，粵督熊文燦能還在任上，是朝廷用來穩定東南府的，畢竟東南府顏大少的官職乃熊文燦的保舉，對他有恩，簡而言之，顏大少不能輕易進攻大陸，尤其是不能進犯兩廣，否則就是忘恩負義！
……
徐光啟回到他的府上，坐下就罵周延儒年紀輕輕，卻是狡猾！
周延儒想解決此事，為自己解套，但又不想過于深入，就來慫恿徐光啟，而徐光啟落入他套里。
他不得不出牌以救孫元化，派了心月復人手去崇文門的福建會館找尋館主通知朝廷欲對孫元化不利之事，那里肯定有東南府的細作。
然後他又派人去請了一個西洋人來，與他秘商此事，那人同樣去福建會館找館主，由他們安排，去了天津，坐船前往東南府。
……
不消幾天，事情就向著周延儒和徐光啟所想方向行進，路振飛、余應桂、李夢辰雖在朝廷鬧騰，但聲勢越來越弱，原因——背後無人了！而次輔溫體仁則在府里大發脾氣，卻又無可奈何！
東南府竟然派人上門，言談中要他停止支持路某余某和李某，否則就要出首他從東南府受賄之事！
某年某月某日，從東南府得到多少銀子，賬目清楚，一目了然。
再有他在家鄉的走私生意，也將被東南軍封鎖，斷他的財路！
明朝的大官們道貌岸然，這邊不同意皇帝加稅，那邊家鄉人大行走私，不亦樂乎！
「相爺，您是景德鎮，我們是爛瓦缸，我們可是耐踫哦！」上門的福建會館館主陳啟環干笑道，這家伙就是東南情報局的特務，知道孫元化對于東南府的重要性，他當然得出面保護孫元化。
東南府強盛，讓周延儒當作沒看見，而溫體仁惱火不已，不得不放棄這個良機，他知道這幫家伙絕非善人，惹上他們，他們敢放你家里扔炸彈！
孫元化之事——只說他被叛軍裹脅而走，無人再提，他的家人也沒受打攬，消息傳到孫元化耳中，十分欣慰，向顏大少表示感謝，同時，孫元化向顏大少引薦一人，就是被徐光啟請去東南府的那位洋人，同樣是顏大少很感興趣的人。
湯若望！