這場殺戮整整持續了三天三夜，全城男性皆被殺淨。從第四天起，行刑隊又奉命將滿城婦女盡數驅趕至江邊，逼她們跳水。
可憐這些柔弱女子叫天天不應，呼地地不靈，只得抱成一團，哭喊著無奈跳入江中。一時間，江水擁塞不流，用手撐大船十余只，至下游推尸順流，航道方才重新通暢。
這場腥風血雨過後，原先繁華的錦官城瞬間變成了一座鬼城。張獻忠旋即又頒下聖諭，附近各鄉鎮村民，均可移居成都。
然而百姓心中恐懼，自是左顧右盼，遲疑觀望，張獻忠見遲遲沒有人奉詔，在惱怒之下，听從了汪兆齡的建議，再度頒布了一道更為嚴酷的諭令，曰︰「即日起，除城盡剿！凡居山野者俱為大西叛逆，悉行剿殺；居城內者俱為我朝良民，只須大順錢綴于首，便可免死。」
為此還定下賞格︰每在山野、村落殺死一人，須以手掌記功，上交男人手掌一雙，或上交女人手掌四雙，均可記功一次。如有士卒空手而歸，則以背叛罪論處，房屋、谷米有焚燒不盡者，亦要治罪。
由于擔心會有人用女人手掌冒功，又規定凡殺死男子，除剁手外，還要取勢為證，否則皆按女人計算。
此諭一頒，郊區村鎮的百姓頓時慌了神，連忙爭先恐後地扶老攜幼，涌進了成都。
定國和文秀因先前越獄潛逃，怕遭張獻忠懲罰，這些時日一直都住在遂寧馬元利的軍中。他們本想著等張獻忠怒氣消退之後，再行返回成都請罪。
可隨著成都傳來的消息越來越荒唐可怕，二人說什麼也坐不住了，當即不顧香蓮的勸說，辭別了馬元利，策馬直奔成都而來。
到達成都後，定國和文秀並沒有直接去見張獻忠，而是先行來到東府謁見張可旺。
見是定國和文秀到了，張可旺不禁喜出望外，一把拉住二人，垂淚言道︰「兄弟啊，你們可算是回來了！父皇一意孤行，哥哥我已是無能為力了！」
兄弟三人互相寒暄了一番，可旺旋即將二人引至一間密室，這才繼續說道︰「我大西朝已到危急存亡之秋，父皇喜怒無常，眾大臣自保不暇，無人敢于進諫！我雖曾在父皇面前勸過幾次，可父皇總是听不進去，我等還須另想辦法，使父皇能夠回心轉意，停止殺戮！」
說起除城盡剿之事，定國和文秀亦是嘆息不已。
「依我看一切禍根皆在汪兆齡身上！咱們兄弟必須聯手除掉汪兆齡！否則大西基業將毀于一旦！」文秀突然拍案而起，憤然說道。
定國輕輕拍了拍文秀，示意他坐下，然後不緊不慢地說道︰「我倒是有一個辦法，我和三弟這就去向父皇請罪，然後以歲暮之期，本年國運未順，天子須前往青羊宮齋醮祈福的緣頭邀父皇同行，讓父皇親眼看一看如今成都城中的蕭條景象，或許對他能有觸動。」
張可旺點了點，贊同道︰「老二這個辦法挺好，不妨一試！事不宜遲，我這便隨你們同去，父皇向來器重老二，想必不會太過為難你們！」
三人拿定主意，立刻出了東府，直奔御府中營求見張獻忠。果不其然，見定國和文秀服軟，張獻忠當場就赦免了二人的罪過，並答應次日隨他們前往青羊宮祈福。
臘月二十一日，張獻忠果然早早便沐浴更衣，與汪兆齡、張可旺、張定國、張文秀四人一同乘馬，緩轡出城。
一路行至南門，只見街巷冷落，行人稀少，亦未見到御林軍站街警蹕，張獻忠不禁奇怪地問道︰「今日並未見得將士沿街警戒，為何百姓竟如此自覺回避？」
張可旺趕忙答道︰「父皇，並非百姓刻意回避！自從屠城令頒布以來，城內一直都是如此荒涼。」
張獻忠听罷不禁一驚︰「甚？老子不過一句氣話，你們居然真的把全城的人都殺空了？」
說罷，只見張獻忠翻身下馬，帶著眾人快步向城樓上走去。站在城樓之上，極目遠眺，原先繁華的市集，如今全是鴉雀群飛。轉身再望向城郊，更是到處野草叢生，罕見人煙。
張獻忠臉色瞬間變得慘白，忍不住扭頭發問道︰「文秀，現在城中到底還有多少人口？」
文秀抱拳言道︰「稟父皇，城中原先居民已盡數死絕，後經四郊百姓填充，現有居民不到十萬人。」
「什麼，就剩這麼點了？」張獻忠不可置信地瞪大了眼楮。
定國見時機成熟，突然伏跪在地，唏吁啜泣道︰「父皇，全城百姓同日而死，繁華京師，一朝淪為墟墓，每每念及至此，兒臣皆是痛心不已！自古以來，國以民為本，惟培民本方可治國，濫殺百姓，乃是自取滅亡之道也！」
張可旺亦跟著進言道︰「父皇久居深宮，未悉民情，本不足怪！然諸臣工知情不言，坐視敗壞，實屬不忠也！」
汪兆齡乃百官之首，听張可旺此言一出，他立刻猜出張可旺針對的就是自己，猝不及防下，汪兆齡的臉色瞬間變得慘白，他怎麼也想不通，為何一直跟自己同進退的張可旺，竟會在這關鍵時刻對自己反戈相向。
張獻忠心亂如麻，並沒有發現汪兆齡臉色的變化，不禁一聲嘆息道︰「老子只知城中百姓私通明朝當殺，不想居然殺了這麼多人！這些大臣吃著老子的俸祿，竟無一人諫阻，著實可恨！都該剝皮填草！」
汪兆齡猛地一個激靈，慌忙跪倒在張獻忠面前，連連叩首，顫栗請罪。
誰知張獻忠卻是看也不看汪兆齡一眼，自言自語地呢喃道︰「老子干下如此人神共憤之事，如何面對天下人？倒不如自殺謝罪吧！」
說罷，張獻忠突然抽出佩刀，徑直就往脖子上抹去。在場諸人皆是一驚，連忙一擁上前，硬生生將刀奪了下來。
經這一番鬧騰，再沒有人去顧及汪兆齡，他就這麼又幸運地逃過了一劫。
見張獻忠切齒怒目，依舊自恨不已，定國趕忙勸慰道︰「父皇，亡羊補牢，為時未晚！只要咱們從此施以仁政，善待天下百姓，必然能夠重新獲得百姓的擁戴！」
張獻忠深以為然，立即頒布諭令，停止征剿百姓，安撫良民。然而此時，天下大勢已經悄然改變，在虛耗了一年多後，張獻忠再沒有多少時間來鞏固他的大西政權了。
大順三年正月，清廷改派肅親王豪格為靖遠大將軍，同多羅衍禧郡王羅洛宏、多羅貝勒尼堪、固山貝子吞齊喀、滿達海和吳三桂等統率滿漢大軍十萬，前往陝西。
至五月，豪格已先後擊敗盤踞在陝的孫守法、賀珍、劉體純等大順軍余部，兵鋒直抵漢中陽平關，與大西政權形成對峙。
與此同時，大明督師王應熊又派曾英、王祥二人聯師向大西軍發起了進攻，楊展亦由南面逼向成都。一時間，外有清軍步步緊逼，內有明軍大舉來犯，大西政權頓時陷入了四面楚歌的危險境地。
想當年張獻忠采取「以走致敵」的策略，把楊嗣昌耍得是焦頭爛額，可如今在四川做了皇帝，形勢反倒變了樣，到處都得派兵據守，然而一旦將兵力分散，卻又容易被明軍各個擊破。為此，張獻忠不得不主動放棄了許多地盤，將兵力全部集中到了成都附近駐扎。
趁著大西軍收縮兵力，各路明軍接連收復了大量失地，其中︰李佔春、余大海佔據了夔州、萬縣；熊有瑞、馮有慶佔據了順慶；楊展佔據了嘉定、敘州、邛州；曹勛佔據了黎州、雅州；陳鐵腳佔據了眉州；馬乾佔據了合州，樊一蘅也將行轅遷至納溪，居中調度，督師王應熊亦在遵義傳檄諸將，刻期並進。
禍不單行，就在此危急時刻，大西軍又遭遇了嚴重的糧荒。府庫中雖有許多的金銀珠寶，可糧食卻早已空虛，偌大的糧倉內僅存大米石余，小麥三四石。
萬不得已，張獻忠只得下令三奇、興隆、八卦、永定、三才、定遠、金戈、決勝、治平、志正、七星、果勇、虎略、英勇、太平、果毅、定威、南廠、北廠、中廠、雙勝等三十余營出城就糧，僅留下神策、虎賁、射聲、羽林、天威、天討、宣威、志義、豹韜、鷹揚十營仍駐成都城內，並派出打糧隊，設法四處籌集糧食。
饑餓使大西軍的戰斗力大打折扣，張獻忠對此心急如焚，突然靈機一動，連忙喚來文秀，對其吩咐道︰「打糧隊已經走了數日，想必很快就能回來，全城空宅之中定有很多老鼠，你且命全軍搜殺老鼠來食，再捱個三兩日，或許就會有轉機！」
文秀領命出宮，旋即下令全城搜殺老鼠，大西軍將士饑不擇食，紛紛行動起來，在城中四處翻箱倒櫃，毀屋鑿壁，煙燻牆洞，很快就將全城空宅盡數翻找了一遍，捕獲數百萬只老鼠，另外還打死了幾百條蛇，就著山里采集的野菜一齊煮食，這才又維持了好幾天的口糧。
然而長此以往終究不是辦法，張獻忠認為再繼續困守成都已經沒有多少意義了，遂決定放棄成都，取道長江，返回湖廣休養兵馬，伺機再從湖廣進兵陝西。
拿定了主意，張獻忠于是整頓兵馬，集結大軍三十余萬，乘坐數千艘戰船，于七月一日從成都出發，順江東下。
一時間，密密麻麻的戰船遮蔽了整個江面，綿延數十里，每艘船上幾乎都裝滿了大量的金銀珠寶，還有許多裝不下的銀錠，則被塞進了木頭的夾槽縫中，隨船順流漂浮，準備等到三峽水流狹窄之處，再重新打撈上來。
由于船只超重，吃水過深，因此行進十分緩慢，走了數日方才抵達距離成都一百多里的彭山江口鎮水域。
這里是進出成都的唯一水路要沖，自古便是兵家必爭之地。
大西軍將士食不果月復，皆有氣無力地靠坐在一箱箱無法當飯吃的金銀珠寶旁邊，懶洋洋地曬著太陽。
就在這時，突然只听兩岸山頭戰鼓聲隆隆響起，瞬間殺聲震天。原來大西軍尚未出發，潛伏在成都城內的細作，便已將大西軍的動向報知了楊展，楊展早就在此嚴陣以待，埋伏多日了。
听到喊殺聲，張獻忠趕忙跑出船艙觀望，但見兩岸明軍火銃齊鳴，箭矢更如疾風驟雨般向著大西軍船隊傾瀉而來，大西軍將士猝不及防，頓時就死傷了一片。
張可旺和定國雖指揮眾將士搭箭還擊，奈何明軍居高臨下，又有岩壁掩護，因此基本沒能起到多少效果。
就在大西軍亂作一團的時候，前方江面又有數百艘熊熊燃燒的火船順風飛馳而來，直入大西軍船隊陣中。火借風勢，大西軍船隊瞬間陷入了一片火海。
張獻忠大驚失色，急忙下令全軍調轉船頭撤回成都，可是此處水道狹窄，無數的戰船擁擠在一起，互相磕踫，結果誰也沒能走月兌。眼見火勢越燒越近，不少將士只得棄船跳水逃生。
在御林軍的拼死保護下，張獻忠方才換乘小舟逃出生天，可大部分載著金銀珠寶的戰船和塞滿銀錠的浮木就此沉入江底。