自從多功兵敗後，定國與馬元利遂奉命引軍退往順慶駐扎。這日，忽有張獻忠聖諭傳來，令定國即刻返回成都。
臨行前，定國找來馬元利，對其言道︰「想當初咱們入川時，這川中諸府何其繁華？只要有兵，何愁無餉！不想這才過了一年光景，蜀地已然荒涼至此，有民之處盡是敵人，無民之處一片瓦礫！各處鄉村，我大西軍來則收耕閉寨，去則出耕回家，我軍屢屢籌糧不得，只能破寨取糧，屠戮良民無數！每每念及至此，我皆痛心不已，卻又無可奈何！」
馬元利亦點頭稱是道︰「殿下所言極是，如今川北各州縣皆是如此！長此以往，我大西朝必將民心盡喪！此去西京，殿下何不奏請老萬歲，將討伐叛逆之事暫緩，令各軍購牛屯墾，先行解決軍需供給問題。一旦解決軍需困境，便可以不再擾民，繼而撫民歸耕，填實州縣，此方為長久之計啊。」
定國雖深以為然，但還是不禁嘆息道︰「如此雖好，但即便我不去攻人，別人卻亦要來攻我，如之奈何？」
見定國心有疑慮，馬元利當即又說道︰「殿下差矣，曾英和王祥的境況又能好到哪里？當今之勢，用兵者速亡，不用兵者方能長久！我軍雖無力反攻，然防守依舊綽綽有余，倘若明軍來攻，乃是自取滅亡之道也！」
定國听後終于下定了決心，旋即留下馬元利駐守遂寧，而後獨自返回成都，面見張獻忠去了。
待各路主將齊聚成都，張獻忠遂在承天殿召集文武百官前來，共商攻略重慶之事。
張可旺率先言道︰「我軍日前大破楊展、王祥等諸路明軍，兵鋒正盛，士氣可用，奈何錢糧不濟，無法持久。只要能確保軍糧正常供給，兒臣便有把握一舉奪回重慶！」
張獻忠听罷，重重地一拳砸向御案，憤而言道︰「鳥！過去打戰，老子從來都是指哪打哪，何曾像過今日這般磨磨唧唧？咱們從前何時考慮過糧草之事，為何到了今日，沒有糧草反倒不能出兵了？」
定國連忙上前解釋道︰「父皇息怒，今時不同往日，那時我軍流動作戰，並無巢穴羈絆，哪里有糧，便往哪去，糧盡則另走他處。如今既已立國，出師征剿，進有目標，退有歸宿，如此一來便難以再隨地就取了。譬如此次攻取重慶，大軍經行之處，皆是我大西領土，百姓皆我子民，必須顧恤民力，不能強加攤派，如此一來，行軍作戰，自然必須先保證糧草供給，無法再如過去那般隨心所欲了。」
張獻忠听後沉默了良久，方才說道︰「鳥，人人都說當皇帝好，為啥老子自從稱了帝，建了國，反倒沒有從前痛快了！」
面對糧草不濟的窘狀，張獻忠不得不放棄了繼續攻打重慶的計劃，吩咐散會，並把汪兆齡單獨留了下來。
「汪丞相，老子尋思著，從前四川一省能有多少官吏，可自打老子登基，又增加了多少官吏？以四川一省之力供養這麼多官吏，如何不會坐吃山空？你且去替老子查查，將所有不重要的衙門，還有多余的官吏，全都給老子裁了！」張獻忠捋著長髯若有所思地說道。
汪兆齡抬起頭，試探地問道︰「陛下，當裁汰多少官吏合適？」
張獻忠思忖了片刻，這才發話道︰「就比照舊明時蜀地官員的數量定吧，只少不多！」
汪兆齡眼珠一轉，繼而向張獻忠建議道︰「但是當初咱們設置這麼多官吏，乃是為了羈縻那些縉紳，使他們為我所用。如今驟然裁汰，怕對我朝不利！依微臣之見，與其將他們散歸州縣，倒不如加以罪名逐一誅殺！一來可以震懾那些搖擺不定之人，二來可以抄沒其家產充入國庫，以為軍餉。如此殺一官即裁一缺，可謂一舉多得也！」
獻忠聞言大喜，立刻令張可旺照此去辦，盡快羅織罪名，誅殺朝中多余官吏。
當此時，邛崍、雅安一帶的縉紳、土豪糾集武裝，接連反叛大西，又有曾英控扼重慶；樊一衡佔據瀘州；馬乾坐鎮內江；涂龍屯駐納溪。原本已經歸附大西朝的搖黃十三家也見風使舵，突然反戈一擊，接受了督師王應熊的招撫，與大西軍作對。一時間，大西政權可謂是四面楚歌，危機重重。
隨著形勢愈發惡化，川北地區的縉紳、土豪俱將大順年號用馬糞涂抹，改作弘光年號。同時組織民軍襲擊大西軍，攻打地方州縣，屠殺大西官吏。
那些被抓到的大西官吏，或在署衙被當場殺死，或被架到火上烤死，或投入水中溺死，或被抽筋剝皮，活活疼死。許多大西官吏赴任不到數日就被殺死，有的縣甚至短短數月就有十幾名知縣接連被殺。
在這場曠日已久的川中內戰中，張獻忠的兩名義子右軍府都督張化龍，及張廣才也相繼在民軍的襲擊中殞命。
坐在承天殿上，望著如雪片般紛至沓來的告急文書，張獻忠暴怒不已，只見他一把掀翻御案，大聲咆哮道︰「老子待蜀獠最好，而蜀獠每每要反，負朕之極！負朕之極！」
張獻忠感覺自己肺都要氣炸了，現如今一心想著只有殺人！偏執報復的情緒早已攫取了他的心智，令他無法冷靜下來。但見張獻忠突然抬起頭，望著承天殿上方金碧輝煌的穹頂，口中不停重復地喃喃自語道︰「我命在天，人命在我，四方有路，在劫難逃！川人負我！必須以血還血，以牙還牙！」
在這場席卷四川的叛亂浪潮中，到處活躍著讀書人的身影，汪兆齡早就模透了張獻忠的心思，當即迎合道︰「農、工、商、士是為四民，而士又乃四民之首！陛下不如再設科舉，假托遴選真才之名，將那些兩面三刀的讀書人全都誘來西京，然後一網打盡！正所謂鳥無頭不飛，人無頭不走，只要除掉這些人，縱使百姓再多，又能鬧騰出什麼事來！」
張獻忠听罷，不禁拊掌叫好，立刻傳旨各州縣，曰︰「朕因兩科取士無人，定于本年八月再開特科，網羅文武全才。全川士子即刻赴京應試，凡屬貢生、秀才、監生，有規避不赴者，著州縣官拿辦，本人剝皮，全家處斬，鄰里連坐，地方教官砍頭！」
在張獻忠這份殺氣騰騰的聖諭督促下，各州縣士子相繼來到成都，張獻忠于是下令將他們安置在大慈寺，並派數千名士兵嚴加監管。
這大慈寺內原有近千名僧人，當初大西軍破城之時，因藏匿了一名宗室，全寺僧人皆被大西軍屠戮殆盡，荒廢了許久，現如今正好供諸生居住。
除了無法自由行動外，這些士子的伙食倒還不錯，每天半升小米，每三天還有一頓肉吃。就這麼過了十幾天，一日清晨，汪兆齡突然全副戎裝，帶著張獻忠的聖旨來到寺中。
諸生趕忙跪倒听旨，只听汪兆齡捧著聖旨，高聲誦讀道︰「奉天承運皇帝，詔曰︰朕每日勞碌，無暇顧及大家，讓大家久等了！今特令各處教官將所轄諸生領回原籍，待明年春天，再另行組織考試。欽此！」
士子們听說可以回家，不禁歡呼雀躍，一齊高呼萬歲，連連謝恩。
汪兆齡旋即命人在寺門口離地四尺處掛起一根麻繩，下令年幼者及身高不足四尺者，不得邁出寺門一步。結果除了兩個身材矮小的士子被留寺中，其他諸生皆興高采烈地出了寺門，以縣為單位排成十余列，每列皆有一名大西軍士卒領頭，高舉一面白旗，上書「某府某州某縣生員」字樣。
從大慈寺到南城門一路，有數萬名大西軍將士全副武裝，夾道三層站立，中間只留下一條小徑供諸生通行。
諸生尚不知禍在眉睫，互相有說有笑地魚貫來到城門前等候，不想才剛一出城，就被早已埋伏好的刀斧手打落行李，剝去衣服，徑直牽到南門橋上，砍入水中。
如此一隊接著一隊，依次屠殺，直到半夜方才全部斬殺干淨，一時間南門橋下河水皆被血水染紅，積尸阻流，直到十幾天後，方才飄蕩而盡。經此一番，被殺諸生多達兩萬兩千三百余人，惟有兩名高不及繩的年幼士子得以幸免于難。
在殺光諸生之後，張獻忠認為識文斷字的醫師也是危險分子，于是下令將全城醫師盡數聚集至皇宮之中，又讓太監搬出原先蜀王府中的一具醫用銅人，將銅人身上穴位全部用紙蓋住，讓眾醫師上前扎穴，但凡有一個穴位扎錯，即刻處死。
在如此殺氣騰騰的場面下，又有幾個人能夠氣定神閑的認準穴位，一場考試下來，城內醫師便被殺掉了一大半。
緊接著，張獻忠又下旨將成都附近的和尚、道士、工匠藝人全都抓了起來，準備將他們斬盡殺絕。
定國和文秀聞訊急忙趕進宮中面見張獻忠，見到張獻忠，定國和文秀二話不說，撲通一聲跪倒在地，砰砰地連磕了幾個響頭，待他們再抬起頭，額頭上早已是鮮血淋灕了。
「你們這是做什麼？趕緊給老子起來！」張獻忠望著兩名義子，滿臉的驚愕。
「兒臣請求父皇停止殺戮，放過那些無辜百姓吧！」定國和文秀幾乎異口同聲地勸諫道。
張獻忠大怒道︰「鳥！什麼時候輪到你們這些小子來教老子？再不起來，休怪老子不客氣！」
不想等了許久，二人依舊跪在地上沒有起來，腰桿卻挺得筆直，空氣中充滿了緊張的氣氛。見此情形，張獻忠忽然冷笑一聲道︰「好啊！你們兩個翅膀硬了是吧！就連老子的話都不听了！來人，給老子將這兩個不肖子打入大獄，听候發落！」
立刻就有御林軍從殿外一擁而入，將定國和文秀二人按住，徑直押往大獄。
正當張獻忠大開殺戒之時，成都的孔廟忽然驟起大火。張獻忠得報心中忐忑，連忙詢問汪兆齡道︰「汪丞相，這火起得蹊蹺，莫非是孔夫子不願讓老子殺這班讀書人？」
汪兆齡趕忙獻媚道︰「陛下勿擾，此乃孔夫子告訴咱們，四川的文運走到了盡頭！」
張獻忠听罷頓時放心下來，遂下令各州縣將那些被殺戮的諸生家眷全部押解入京，然後將這些人趕至城郊早已挖好的萬人坑前，盡數推入坑中，活埋而死。
至此，全川讀書人皆被張獻忠屠戮干淨，惟有雅州的士子得以幸免。原來當時雅州士子接到張獻忠特科取士的聖諭後不敢怠慢，連忙紛紛啟程奔赴成都。
然而上南道御史郝孟旋听聞此事，斷定這是一個騙局，在良心的驅使下，他火速偽造了一份詔書，派人追上本州士子，令他們速速回轉，這才逃過一劫。
諸生感念郝孟旋的恩德，皆情願追隨其起兵造反。郝孟旋立即聯絡雅州附近的明軍，里應外合逐殺了城中的大西官吏，並在城頭樹起一面「中興大明」的旗幟，正式拉起一支人馬，號稱「匡正營」。