經過一場激戰，盡管清軍稍稍退卻，但明軍也損失了近三百精騎，以及兩頭戰象。
望著隨軍難民哭號動天的悲慘景象，定國不禁五內俱焚，他知道如今形勢已是萬分危急，一旦清軍再度追上，以自己目前的兵力怕是很難抵御。念及至此，定國當即決定燒毀浮橋，然後由賓州連夜撤往南寧。
臘月二十四日，定國帶領著數十萬軍民終于艱難地退到了高州。
為了掩護軍民繼續退往廣西，定國旋即下令以尚義、冷雄杰堅守化州，姚奇、余元璣堅守高州，靳統武堅守羅定州，務必竭盡全力阻滯清軍追兵。諸將雖知此去九死一生，但還是毫不猶豫地領命而去。
在高州城內休整一日後，定國遂帶著逃難軍民拔營起寨，繼續向著廣西進發。
沒過幾日，清軍便重新修好了浮橋，繼續向西追擊明軍。清兩廣總督李率泰在藤縣等地接連擊潰了前來阻擊的明軍李先芳、廖鳳、廖篤增諸部，又在高州城外大破天威營嚴捷將軍高文貴所部兵馬。
清軍很快兵臨城下，留守化州、高州的數千明軍將士為了拖延清軍，早已抱定了必死的決心，他們堅守城池直至最後一人，直到全部壯烈殉國。
只有羅定州由于不在清軍的主攻範圍之中，方才僥幸逃過一劫，靳統武在羅定州一直等到數十萬軍民盡數月兌離險境，方才于次年正月，帶著數千將士回到了廣西境內。
至此，廣東高州、雷州、廉州三府，及肇慶、羅定等十八縣，廣西橫州、郁林二州，並北流、興業、容、岑溪四縣，全部落入了清軍手中。至于瓊州一帶的抗清義師，雖然仍尊奉大明永歷正朔，但畢竟勢單力薄，已經無法再組織展開大規模的軍事行動了。
定國精心籌劃的恢復廣東、進取江南的戰略，經此一役徹底宣告失敗，積攢多年的百戰精銳也都毀于一旦。而在基本肅清廣東境內的大股抗清義師後，清廷在佔領區內的統治也愈發牢固。此消彼長，此後明朝再也沒有力量和機會進入廣東了，大明復興的希望從此化作泡影。
隨著明軍敗走，朱馬喇為報當年兵敗桂林之仇，下令但凡有俘獲滇、黔之兵或曾經追隨定國者，皆殺無赦，一時間兩廣大地陷入了一片血雨腥風之中。
永歷九年二月，當定國率部退至南寧時，跟隨他的將士就只剩下了一千余人。
南寧府古稱邕州，其間山水環繞，緊臨大海，進可以攻，退可以守，可謂是兵家必爭之地。憑借著南寧府這一得天獨厚的戰略位置，定國總算擺月兌了清軍的追擊，重新站穩住腳跟。不久又有李先芳、高文貴、靳統武等部先後率軍來歸，陸續聚集起了六千余眾。
定國不甘心就此失敗，于是命天威營高文貴、安仁將軍李永爵、水師忠明將軍李先芳諸部分兵東下潯州、橫州，謀求再度恢復兩粵。
與此同時，孫可望在貴陽也沒有閑著，他以秦王的名義頒布《忠孝經》，要求天下士子研習，並將其列為考試內容。此外，還派遣堂弟孫自英與總兵白繼佐等人，喬裝打扮成販運的商隊，去往川陝一帶刺探清廷的情報，並尋找其他可以聯合的抗清盟友。
然而由于孫可望曾經派兵襲擊過忠貞營的高一功，又與永歷朝廷派去夔東督師的文安之交惡，當初的抗清聯盟已然名存實亡，根本沒有絲毫配合的默契可言，此時此刻又有何人願意再與孫可望結盟？
至于文秀，盡管被再度啟用，可他與孫可望之間隔閡甚深，當年的兄弟情義早已不復存在，兩人貌合神離，互相猜忌，都擔心對方會在背地里算計自己。因此當定國在廣東與清軍鏖戰的大半年時間內，文秀始終都沒能出兵，白白在貴州蹉跎歲月。
趁著明軍各股勢力互相勾心斗角的功夫，清廷任命的五省經略洪承疇卻沒有絲毫懈怠，他會同寧南靖寇大將軍陳泰的八旗軍，利用這段時間緊急向湖廣地區集結兵力。隨著清軍布防完畢，留給明軍的機會已經愈發渺茫了。
一直等到四月，為了配合魯王政權張名振、張煌言所部發起的長江戰役，文秀方才奉孫可望之命，統領盧明臣、馮雙禮等部馬步軍共計六萬、戰象四十余頭、戰船千余艘，踏上了東出湖廣的征途。
離開貴州後，文秀將大軍集結于湖南辰州，計劃先行攻佔常德，切斷洞庭湖西面湖北與湖南之間的聯系，然後趁勢一舉收復長沙、衡陽、岳州，最後畢其功于一役，合圍武昌。
按照既定的戰略部署，文秀命盧明臣率水師沿沅江前進，自己則親領主力大軍走陸路，水陸並進向著常德方向進發。
此時正值雨季，江水暴漲，盧名臣的水軍得此便利，搭乘著一百多艘戰船順江而下，于四月十七日攻克桃源縣，生擒知縣李瑢。不料文秀率領的主力大軍卻因連日降雨，溪水猛漲，道路泥濘難行，被迫滯留了數十日，以至于水陸兩軍相距甚遠，無法互相配合作戰。
洪承疇與陳泰在得知明軍大舉入湘的軍情急報後，迅速作出反應，除了從衡州等地抽調軍隊回防省會長沙以外，五月初十日，洪承疇又緊急從荊州一帶抽調了數千滿洲八旗軍趕赴常德增援，加強防御力量。
五月二十三日午夜時分，當盧明臣率水師孤軍深入，抵達常德城外時，突遭清軍優勢兵力的伏擊。雙方整整激戰一夜，由于沒能得到陸路明軍的支援，至次日清晨，明軍終于全線崩潰。盧明臣在突圍時中箭落水而死，明軍水師幾乎全軍覆沒。
緊接著，清軍又乘勝向陸路明軍發起了全面反擊，並于龍陽大破馮雙禮率領的明軍前鋒。文秀水陸夾擊常德的作戰計劃至此徹底失敗，由于盧明臣的陣亡嚴重影響了全軍士氣，為了避免遭受更大的損失，文秀不得不放棄了繼續進攻常德的計劃，收攏兵馬，徐徐退回了貴州。
孫可望本打算通過這次長江戰役樹立威望，為自己將來登基稱帝增加籌碼，不料文秀卻是再度兵敗而歸，孫可望對此大失所望，惱羞成怒下又一次罷免了文秀，將他趕回了昆明。
自湖南戰事失利後，形勢已然朝著越來越不利于明朝的方向發展，但孫可望似乎對此並不關心，他在貴陽不但以皇帝自居，還大興土木營建了許多雄偉壯觀的行宮，供他隨時巡幸玩樂。同時為了防止定國返回雲南對自己的統治構成威脅，孫可望又命劉鎮國、關有才率領三營兵馬共計四萬余人前往田州駐防，並下令但凡定國可能途經之地，盡焚芻糧，以絕其歸路。
回頭再說東南方面，就在定國率大軍在新會城下與清軍苦戰的同時，鄭成功也于十月初一日發牌調集兵將，部署南征事宜，授輔明侯林察為正提督，閩安侯周瑞為副提督，率三百余艘大船前往新會與定國會合。
十月十九日林察率水師大軍誓師出征，至十月二十五日便已抵達了距離新會四百多里的佛堂門，然而此時林察卻突然停下了進軍的腳步，以各種借口裹足不前，直到十二月中旬定國兵敗新會，林察的水師依舊沒能出現在戰場之上。
等林察率軍姍姍來遲，抵達新會地界時，定國早已敗退到了南寧。在得到定國戰敗的消息後，林察遂下令全軍退往海上，又觀望了數月，方才于次年五月回到了廈門。
這時候，鄭成功已攻取了仙游，並將廈門改名為思明州。听聞林察安然無恙地將援粵之師帶了回來，鄭成功心里很是高興，但在表面上還是裝出一副憤怒的模樣。他召集文武官員，當面厲聲斥責援粵諸將道︰「勤王入援，本是責無旁貸，爾等卻坐視西寧王戰敗，逗留觀望而回，視朝典何在？爾等分明是膽怯避戰，當以軍法從事！」
鄭成功也明白自己這事做得實在是有點不厚道，為了挽回顏面，同時也為了能給定國一個交代，他不得不把責任全都推卸到了部將身上，將閩安侯周端削職奪爵，永不敘用。總督林察、統領王秀奇、蘇茂及以下諸將，皆降級留用。
旋即，鄭成功再次致書定國，對失期之事作出了解釋，並希望能夠繼續與定國保持聯絡。
書信曰︰「西寧王殿下惠鑒︰客歲籧使遙來，同仇同袍之訂，甚符夙心。用是敿干救冑，大集樓船，方刻程期，而敝員李景復以台命至，展讀再四，知殿下內急君父之憂，外切仇仇之痛，不佞恨不能征帆倏忽，直掃珠江，同挈故土，以迎乘輿。詎意船師未到，而大師先已班回數日，有貴部官兵自粵來投者，細訊其故，蓋以驕兵致挫。勝負兵家之常，不足深憂，但敝船逗遛，既不能先期會師，又不能奮圖後援，使丑虜長驅，實與有罪焉。已將水陸各將審定功罪，乃知依違不前者，閩安侯周瑞，已重行捆責，革職閑住，乃念其有功，不然已正法矣。尚有貴水師汪都督孫泊大鵬，甚非久計，不佞現遣將員，令其乘董抵鷺，待殿下捷音重至，向我舟師齊發，甚為兩便。爾時腥氣，在在而然，所恃血性男子，堅乃心腸。不佞于客冬十二月，一鼓而下漳、泉、興各郡邑，虜束手莫措，竟無敢逆我顏行者。茲已萃奪滿漢，悉其精銳，傾國而來；復移援粵兩酋之師，以天下全力而來攻我土地，不佞秣馬厲兵，靜以破之，綽綽有余。此一戰也，虜力既挫，必一敗而不可收，不惟江南半壁，在吾目中，即天下大勢，亦約略可審，此不佞所可自信者。今援廣之精銳，已悉來閩，則粵東勢必空虛，乘機襲取，正其時也。殿下幸迅師入粵，或取羊城，或取高、雷、廉，定有摧枯拉朽之勢，從此長驅破竹，共抵金陵，聚首策勛，顧所願也。」
鄭成功在信中委婉地指出定國此番失利的原因主要是由于驕傲輕敵所致，而自己對會師誤期也負有一定的次要責任，並已對相關人員作出了軍法處置。同時勸慰定國，勝敗乃是兵家常事，不要太過悲觀，若下次再度進攻廣東， 他必然親率大軍前來會師，共同北伐，恢復大明江山。
只不過鄭成功對當前形式的估計還是過于樂觀了，自從新會失利後，定國所部損失慘重，元氣大傷，已然失去了主動向清軍進攻的實力。此外，隨著孫可望野心愈發膨脹，定國此時必須在永歷帝和孫可望之間作出抉擇，大舉反攻兩廣的時機已經不復存在了。