黃立極到底是首輔，手下自然也有心月復，紛紛上疏，與彈劾者展開了激戰。只不過人數遠遠少于敵對者，相對處于弱勢。
這種情況下，便是朱由檢也不好辦。
他當然可以把彈劾奏疏全部留中，不對黃立極做任何處理。但對黃立極來說，這麼多人彈劾他，他要是再戀棧不去的話，必然會被滿朝官員唾棄，說他貪戀權位。
而就在此時，另一件事突然爆發，使得朝堂上關注點一下子轉移了。
四川總督張鶴鳴來報，永寧土司奢崇明和水西土司安邦賢再亂，舉兵十萬渡赤水，進逼遵義。
天啟元年九月，永寧土司奢崇明叛亂，率領土兵佔重慶、陷遵義，圍攻成都，隨即貴州水西土司安邦賢也跟著叛亂，佔據了川貴四十多個州縣，兵部尚書右都御史朱燮元總督雲貴川廣西數省軍隊圍剿了數年之久，奢崇明、安邦賢被趕出了四川，卻仍盤踞在貴州水西等山區，遲遲沒有剿滅，到現在已經九年之久。
天啟六年，朱燮元因父喪離職服喪，由南京兵部尚書張鶴鳴接替其位，負責防御奢崇明、安邦賢土司兵，沒想到奢安二人再次發兵進攻遵義。
朱由檢當即召集內閣、兵部議事，商議如何應對此事。首輔黃立極雖然在家待勘，仍被朱由檢召入宮中。
「陛下，張鶴鳴既然上疏，應該是無力鎮壓，臣建議奪情啟用朱燮元為四川、貴州、雲南、廣西、湖廣五省總督，全權負責圍剿奢崇明、安邦賢。」兵部尚書王在晉道。
黃立極也點頭贊同︰「王尚書說得對，朱燮元和奢崇明、安邦賢交戰多年，對他們最為熟悉，由他總督圍剿最為合適。」
朱由檢冷笑道︰「從天啟元年到現在，奢安之亂持續了九年之久，朱燮元總督各省軍隊也有六七年時間，卻遲遲無法剿滅，區區的雲貴土司，牽扯了朝廷多少軍隊？耗費了多少錢糧？再用朱燮元，便能剿滅得了奢崇明安邦賢他們嗎？」
這誰能保證啊？黃立極、王在晉皆沉默不語。川貴那地方到處都是大山密林，奢崇明和安邦賢手下都是善于山地作戰的土司狼兵，想徹底剿滅談何容易。
「可是，若是不用朱燮元的話，又能用誰呢？」黃立極嘆道。
「以朕看來，奢安之亂之所以久剿不滅，根本原因在于川貴等人士兵戰斗力孱弱。這樣吧，京營兵整頓了一年多時間，听說戰力已經恢復了很多，大司馬，朕封你督師，督五省軍隊，帶京營兵三萬前往貴州，全權負責圍剿如何？」朱由檢笑著對王在晉道。
「啊？」王在晉凌亂了起來，他萬萬沒有想到，皇帝竟然讓他帶兵。
「這個，北京距離貴州數千里遠，大軍到達至少要四五個月時間，臣恐怕來不及會耽擱軍情啊！」王在晉推月兌道。
「九年都無法平定，數月時間有什麼耽擱不耽擱的。這樣吧，先奪情啟用朱燮元，讓他接替張鶴鳴為川貴總督，先抵擋一番，等你到達貴州之後，再調動數省兵馬，一舉把奢崇明、安邦賢殲滅。這次朕不要驅逐，而是要完全佔據水西，把奢崇明、安邦賢的地盤統統佔據，廢除土司，設置府縣，對叛軍所在的地方全部改土歸流！
這麼大的事情，朱燮元根本擔不起，否則他早就滅了奢崇明他們，還等到現在？大司馬，只有你能擔當此任！」朱由檢發自肺腑的道。
「這個」王在晉仍然在猶豫，在北京城當兵部尚書多舒坦，他怎麼可能願意千里迢迢跑到貴州那鳥不拉屎的地方和土司兵作戰？
「怎麼，大司馬不肯替朕分憂嗎？」朱由檢臉色沉了下來。
「臣遵旨」王在晉只能無奈的答應下來。
黃立極欲言又止，看看朱由檢臉色，然後便沉默了下來
「陛下，臣反對！」總管京營戎政兵部侍郎李邦華聞听此事後，連忙入宮覲見。
「南方各省，有的是軍隊，何必千里迢迢從北京調兵前往平亂？一路辛苦不說，又要耗費多少錢糧？再說，京營士兵都是北方人，根本無法適合貴州那等濕熱天氣。」李邦華氣呼呼道。
朱由檢自然清楚李邦華說的很有道理，但是
「李侍郎，你整頓京營一年多時間，口口聲聲說京營已經大變了樣，難道你練出的是只能看不能打仗的老爺兵嗎？」朱由檢淡淡問道。
「京營自然比以前強了很多。但是陛下，您知道我說的不是這個，從北京到貴州四五千里之遙，調京營兵真的不合適啊。」李邦華無奈道。
「有什麼不合適的！強兵從來都是打戰打出來的，京營承平太久，若是想煥發出成祖時那樣強悍的戰斗力，非得經過血戰才行。至于你說的耗費糧餉，按照慣例都由途徑府縣承擔，地方上每年截留了那麼多的稅賦，留著干什麼？難道京營不去打戰，留在京中就不耗費錢糧了？京營兵出戰，朝廷倒是省了好多養兵的銀子。」朱由檢不屑的道。
「陛下，賬不是這個算法」李邦華哭笑不得道。
「好了，朕意已決，不必多說。便是京營來不及打仗，一路行軍也可以鍛煉一番。」朱由檢斷然道。
「既然如此，臣請旨帶京營兵出征。」李邦華慨然道，「京營是臣一手教出來，沒有人比臣更了解他們。」
朱由檢卻搖搖頭，直接拒絕了︰「你不合適，朱燮元掛兵部尚書餃為川貴總督，你才是侍郎，去了貴州你和朱燮元誰听誰的？只有王在晉這個兵部尚書，才壓得住朱燮元。再說了，京營出了三萬兵，還剩下一半的人，這些人還需要你繼續操練。」
「好吧，臣遵旨。」李邦華只能作罷
王在晉帶領三萬京營兵出發了，兵部尚書位置空了下來，朝臣們一致推舉，有李邦華繼任，朱由檢卻拒絕了，而是宣布調宣大總督洪承疇入京，擔任兵部尚書之職。
群臣們終于明白過來，皇帝非要讓王在晉為督師出征貴州的用意，原來竟然是給洪承疇騰位置。洪承疇本就是掛兵部尚書餃的總督，現在臨時當這個兵部尚書是順利成章的事。
再加上洪承疇有大破喀喇沁部的戰功，論功績可比李邦華強多了，便是李邦華也沒有話說，表示洪承疇比自己更有資格當這個尚書。
李邦華都這樣表態了，其他大臣自然也無話可說。
更何況，朝臣們的精力還被彈劾首輔黃立極之事牽扯著，根本沒工夫節外生枝。