1965年，龍森湖一帶出現巨型怪獸，日本自衛隊全軍覆沒……
1998年，日本海豚灣遭巨型生物襲擊，小鎮被巨型生物摧毀……
不僅僅是日本，世界各國都發現了不明生物的蹤跡，為了應對氣象異變、地外智慧生命體帶來的危機，在澤井聰一郎的倡導下，世界各國暫時建立起了地球防衛軍，簡稱UNDF，地球防衛軍的力量名義上由聯合國統一管理。
為了應對可能出現的危機，日本防衛廳長官吉岡哲司開始著手擴充UNDF日本支部的軍事力量，並在千葉的房總半島建立海上本部基地，此舉遭到國內外反對。
然而，就在同一年，千葉縣接連遭到兩次不明生物襲擊，在此背景下，吉岡哲司擴充防衛軍力量的提議得以順利通過。
次年，日本防衛廳正式改組為地球防衛軍日本支部，防衛相吉岡哲司轉為UNDF日本支部提督。
寂靜的深夜，一顆流星從天空劃過，墜落在小笠原群島的一處無人島上，接到消息的UNDF立即派遣了調查小隊前往調查。
「這好像不是隕石啊…」前來采集樣本的飛鳥和馬仔細打量著面前十多米高的隕石搖頭道，「怎麼感覺像是一個……蛋？但是未免太大了一些吧？」
同行的禮次郎拿著儲物盒從周圍海灘上收集了一些碎片，這才走過來道，靠近那隕石，又從上面刮了一些樣本，「除了這個像蛋一樣的隕石，其他的都被燒的差不多了，先采集一些，帶回去化驗。」
「跟你一起還真是輕松啊……」和馬拍著禮次郎的肩膀笑道，「這樣的話，我們回去就行了……」
「辛苦你們了，不要讓其他人靠近這個隕石。」禮次郎走向負責這邊警戒的幾名警察，雖然是無人島，但是難免也有其他人得到隕石的消息，出于好奇跑過來。
和馬、禮次郎剛趕回基地，就被叫去開會，除了他們，吉岡長官、立花準將還有另外四名成員都已經在會議室里了。
見防衛相都親自過來了，和馬、禮次郎慌忙敬禮，隨後才在立花準將的示意下坐到空位上。
「和子隊員，可以開始了……」吉岡對會議室里唯一的一位女成員說道。
「是……」那名被稱作和子的隊員手指快速的在面前的電腦上操作了起來，隨即一副外太空的圖片被放到會議室的大屏幕上，「這個是UNDF衛星昨天晚上拍攝到的圖案……」她將鼠標指向其中的幾個亮點，然後一點點放大，「大家仔細看這些東西……」
「那是……」隨著圖案放大，和馬幾人驚詫的發現，那幾個亮點竟然是幾只鳥類一樣的巨型生物。
「這些是怪獸嗎？」和馬忍不住問道。
「嗯……」立花準將點了點頭，「拒估計，他們的體型有50米左右……」
「不僅僅是在地球附近，在月球、火星、金星附近也都發現了他們的蹤跡……」和子又接連放出了幾張衛星拍攝到的照片，「目前已經發現的怪獸數量，已經有三十多只……」
「怎麼會有這麼多怪獸？這簡直是怪獸軍團啊？」禮次郎不由擔憂道，「如果這麼多怪獸同時出現在地球上，那後果不堪設想……」他可是參與了四年前海豚灣的戰斗，人類的武器在怪獸面前顯得那般不堪……
「澤井秘書長已經召開UNDF會議，正在商討對付這群怪獸的方法。」吉岡哲司說道，「我們不能把希望都寄托在別人身上，所以為了應對此次事件可能對日本造成的危害，我決定成立一只怪獸防衛隊，由立花準將直接負責。」實際上，成立專門的對怪獸作戰部隊，正是由立花瀧本人提議的。
「怪獸防衛隊，簡稱MDT，由于時間緊急，所以成員都是從有豐富飛行經驗的人員中選拔，你們五人是我和吉岡長官最初擬訂的名單……」立花準將說道，「和子隊員，把文件發給他們，如果有不願意加入的可以選擇退出……」
「是……」和子將身旁已經準備好的五份文件遞給幾人。
為了不引起恐慌，關于外太空出現大量宇宙怪獸的消息並未公開，雖然部分天文愛好者發現了什麼，卻都被當做謠言。
為應對可能出現的怪獸危機，由立花瀧準將組建的怪獸防衛隊MDT秘密成立，主要成員為負責通訊及收集資料的西鄉和子，副隊長三浦勝人，作戰員飛鳥和馬、禮次郎、疾風真、岸勇信。
「根據我們SET（地球外生命體交涉計劃班）的調查，這群怪獸並不是極具攻擊性的怪獸……對了，為了區分之前出現的那些怪獸，我們將這只怪獸命名為巴魯……」一個十五六歲的少年在幾人面前做著介紹。
「巴魯是他想出來的名字。」居間惠對立花瀧道，「千崎隊員認為這些怪獸就像候鳥一樣，是一種性格溫順的怪獸，不過因為某種原因，被困在地球附近，但他們本身並不會對地球造成傷害……」
「這種事情怎麼能靠猜測呢？」勝人瞥了一眼那個叫千崎的少年，「沒有確定的事情不要輕易下結論，這可是涉及整個地球的安危，你也太天真了，小惠……」
「咳咳……」立花瀧忙打斷勝人，說道︰「不管怎麼說，MDT既然已經成立了，我們該做的準備也不能少，如果千崎的猜測是正確的，那對地球而言再好不過。」
「掉落在無人島的隕石，根據化驗，確實是怪獸的蛋，那群怪獸會不會是因為那顆蛋，才在地球附近徘徊的？」禮次郎這個時候提出了自己的看法。
「我們的怪獸專家千崎隊員也是這麼推測的……」居間惠調侃道，「所以這也是我們這次過來的目地，我們希望MDT能協助我們，把那顆蛋送回宇宙……」
（按照時間線設定，迪迦出場時間為2007年，現在為2002年，劇情以迪迦、戴拿世界觀為主，劇情從1965年開始就出現偏差。）