經過反復搜索，艦隊確定沒有漏網之魚了，水手們就將被捆綁好的西班牙人推到船舷邊射殺，尸體直接丟進大海！西班牙人雖然試圖反抗，但還是被干淨利索的全部殺掉了！
動手的陸戰隊士兵不僅對對屠殺西班牙人很感興趣，還紛紛爭搶動手的機會。因為在戰前劉佩就讓教導員們告訴過士兵們，我們不是殺俘，而是正義的復仇！
教導員們從各種史料中翻出了不少東西，給大家講的就是西班牙屠殺華人的事情！
1574年，大海盜林鳳率眾進攻呂宋島（菲律賓主島），目標直指馬尼拉城，但兩次進攻均以失敗告終。西班牙殖民當局雖然擊退林鳳的進犯，但由此也對華人的能量產生恐懼。
1593年，菲律賓總督達斯馬里納斯在遠征摩鹿加群島期間，因虐待華工被潘和五等人殺死，更是強化了殖民當局這種認知。在這種情況下，殖民當局開始煽動排華浪潮，使得雙方的關系日益激化。
雖然殖民當局對華人的迫害越來越嚴厲，但通過偷渡的方式來菲謀生的華人仍然是越來越多，到1602年時，在菲的華人總數已增至四萬余人，而西班牙人僅有二千多人。華人數量的激增，引起殖民當局的恐懼，為消除這種恐懼，唯一可行的辦法便是進行殘酷的驅逐或屠殺。
恰在此時，明政府的一個「無厘頭」舉動，給殖民當局帶來實施大屠殺的良機。原來在1603年，一個名叫張嶷的男子，為希求富貴，便向明神宗上書，妄言菲律賓島上有一座機易山盛產金豆，如果派人前往開發，可獲得難以估量的收益。神宗本是個嗜錢如命的主兒，看到張嶷的上書後欣喜若狂，不管大臣們如何力陳這種說法的荒謬，毅然決定派王時和等人前往勘察。
其後又有機易山之事，自采金中貴蠆尾四，出一妄男子張嶷更為新奇。其說上疏曰︰呂宋有機易山，其上金豆自生，遣人采取之，可得巨萬，無禁。有詔下閩，廷臣力言其謬，不報。閩當事持之，乃遣海澄丞王時和及百戶干一成往勘其地。見《東西洋考‧卷五‧呂宋》。
王時和一行人到達菲律賓後，經過向當地華人求證，發現根本沒有「金豆自生」的機易山，張嶷所說純屬胡言亂語。王時和等人自討沒趣，隨即回國復命。雖然此事件以戲劇性結局收場，但西班牙殖民當局卻以此為借口，造謠說華商陰謀叛亂，將配合明朝軍隊入侵菲律賓。
同年10月，殖民軍對當地華人展開大屠殺，用大炮將華商的聚居地「澗內」轟為平地，迫使華人紛紛逃往大侖山避難。然而大侖山的華人由于缺衣少糧，很快便陷入大饑餓當中，最終只能鋌而走險，冒死進攻馬尼拉城。但面對殖民軍優勢火力，僅以血肉之軀與之對抗的華人很快敗下陣來，被殺及餓死山谷者多達2.5萬人，而僥幸存活下來的不過300人而已。
初三日，華人在大侖山饑甚，不得食，冒死攻城，夷人伏發，燃銅銃擊殺華人萬余，華人大潰或逃散，餓死山谷間，橫尸相枕，計損二萬五千人，存者三百口而已。見《東西洋考‧卷五‧呂宋》。
大屠殺結束後，西班牙殖民者雖然一次性便清除華人的「威脅」，卻也因此有得罪明朝的危險。殖民當局擔心明朝會采取軍事進攻、斷絕通商等報復行動，便于次年遣使向明廷進行「解釋」。福建巡撫徐學聚將事件上奏朝廷，萬歷帝听聞後暴怒，下詔將張嶷梟首示眾，同時令徐學聚嚴厲斥責西班牙殖民當局。
巡撫徐學聚等亟告變于朝，帝驚悼，下法司議奸徒罪。三十二年十二月議上，帝曰︰「嶷等欺誑朝廷，生釁海外，致二萬商民盡膏鋒刃，損威辱國，死有余辜，即梟首傳示海上。呂宋酋擅殺商民，撫按官議罪以聞。」見《明史‧列傳第二百二十一‧外國四》。
徐學聚等人奉命「問罪」西班牙殖民當局，然而在他們頒布的《諭呂宋檄》中，雖然一開始也宣稱「爾呂宋部落無故賊殺我漳、泉商賈者至萬余人」，實屬嚴重罪行，但考慮到對方認罪態度較好，況且「海外爭斗，未知禍首；又中國四民，商賈最賤，豈以賤民，興動兵革?」，竟然為對方的暴行進行辯解。
殖民當局見到這份「問罪狀」如釋重負，自此看清明朝色厲內荏、糊涂顢頇的本性，在之後剝削、屠殺華人的行動中變得更加肆無忌憚。
去世明朝沒有向西班牙還擊也有深層次的原因。在17世紀，美洲白銀的流入，加上大明朝廷超量印發寶鈔，徹底擊垮了以寶鈔為基礎的明朝信用貨幣體系。所以自嘉靖後期，國家貨幣財政開始陷入危機。
但是在寶鈔制度名存實亡和鹽引制度被廢除後，大明朝廷事實上已經沒有能力發行公債或信用貨幣來解決財政赤字。而且萬歷三大征也耗盡了帝國的元氣，已經無力對外征伐了！
根據達維南特的計算，17世紀的英國，政
府每年收入的330萬英鎊中，僅來自海外貿易的進口稅就大約有130萬鎊，約佔39。14%。而光榮革命後，政府得自貿易和國內制造業的收入每年可達200萬英鎊。同期荷蘭公民在戰時繳納給政府的賦稅佔年收入的比例超過1/3，和平時期的賦稅約為年收入的1/4，其中大部分由商人承擔。
而同時代的中國情形卻不然。估計明末全中國每年總收入為3700萬兩白銀，其中田賦收入在並入許多雜項稅目後，總計約銀2100萬兩；役銀1000多萬兩；鹽課價值200萬兩，雜色項目400萬兩。向長途販運的大商人和海商主要征收鈔關稅和番舶抽分(列入雜色項目之內)，分別為34萬兩和7萬兩，兩項總和僅佔全國總收入的1.11%左右，約為帝國來自土地收入的1/90。
從以上數字可以看出，明代末年，在朝廷官員和士紳階層的掩護下，國家根本無法從商人集團的發跡中獲得更多經濟上的好處，因此出面支持對外擴張和貿易掠奪的「決心」和「意志」明顯不足。
晚明的幾位皇帝對于海上貿易和擴張的態度最能說明問題。雖然嘉靖時期統治者解除了海禁，海上私人貿易被合法化，但是大明朝廷不但沒有形成以國家的名義對外擴張的企圖和，而且對于中國海外的貿易勢力，也不給予任何支持。
簡單來說，大明政府沒有從這種海外貿易中獲得足夠的利益，因此對這些從事海外貿易的商人則視為麻煩和累贅；雖然西班牙人屠殺了2萬5千華人，但畢竟這些華人並不在明朝本土。
而與西班牙人交惡的後果，明朝萬歷皇帝和官吏是看得很清楚的——明朝巡撫南居益認為︰「夷舟堅銃大，我舟當之無不糜碎。即有水犀十萬，技無所施。」
明軍將領朱文達認為︰「紅夷勇鷙絕倫，戰器事事精工，合閩舟師，不足攖其鋒。」
也就是說，明朝認為沒有必要為了這些海外華人引起邊境動蕩，因為為這些海華華人出頭並沒有什麼實際好處，反而可能導致與西班牙人的戰爭。
不過雖然力有不逮，但明朝也算在力所能及的範圍內有所表示，雖然做的並非完善，但至少是負責任，有擔當的。而1639年菲律賓西班牙人第二次屠殺華人距離崇禎皇帝殉國只有五年了，明朝政府已經內憂外患，無力聲討了。可見中國之強弱，與海外華人也關系菲淺。