孫逸仙食言，讓陳炯明對此也非常反感，他認為「我們之所以一直鬧革命、試圖武力顛覆北洋政|府，無非是因為北洋軍閥忘掉了《臨時約法》、蹂躪了皿煮憲政，現在既然《臨時約法》已經恢復了，我們自然也就不必造反了。」
因為北洋政|府幾乎同時宣布實施孫逸仙堅持恢復的約法，孫逸仙的護法運動應該宣布成功了。可是孫逸仙仍然不顧陳炯明的反對，堅持要通過軍事北伐，暴力推翻北洋政|府，他這是哪一出？為反對而反對嗎？連直奉一齊吃掉嗎？真有些不自量力！
直系6師8旅共有15萬人集中在軍事強人吳佩孚手里，奉系連人民軍帶奉軍有23個師三十多萬人，都是野戰部隊，憑粵軍的幾個師？螞蟻吃象嗎？
歷史上若不是直奉之間打了場大仗、吳佩孚又被馮玉祥等人抄了後院，北伐軍怎麼也打不過他；奉系也是因為郭松齡叛變打得內部天翻地覆死了幾員大將而元氣大傷，否則歷史怎麼寫還真得有看頭。張漢卿已經初步扭轉了奉系在歷史上的錯誤，陳炯明便不想犯這個錯誤了。
而且眼見得人民軍勢大，福建督軍李厚基開始親皖系後來改投直系，目前被皖系殘余藏致平擊敗，傳聞閩督李厚基已向新上任的贛浙閩邊防使孫傳芳求救。孫傳芳是張漢卿委任的官，若是入閩，勢必要與其產生齷齪。而且現在直奉系入主北京，這北伐，伐得究竟是誰？
陳炯明一直主張先在廣東搞好皿煮憲政，仿照美國，建立與美國相仿的聯邦制度，逐步走向和平統一，即「聯省自治」。但孫逸仙主張「中|央集權」，要用武力北伐，以便自己奪取政權。兩人脆弱的表面和氣在他的參謀長鄧鏗被刺殺後變得不堪一擊。
他之前已經與孫逸仙有了齷齪了，那是去年4月非常國會選舉孫逸仙為非常大總統的時候。這里，他是反對孫就任大總統的，他甚至不參加孫的就職典禮。
他認為依照總統選舉法，總統由兩院聯席選出，出席議員至少須全部的三分之二，即580人才可以，而廣東只有二百多人，還不夠原眾議員的一半，而且實行記名投票，這不是自毀法律嗎？和北方毀法又有什麼本質不同？一旦廣東成立正式政|府，結局只有一個，南北將再次陷入戰爭之中。
孫逸仙還是做了，因為非常時期議員的人數不夠，便稱之為非常國會，他這個非正常國會選出來的總統，自然就是非常大總統了…
不過陳炯明畢竟是實力派，「北伐」還是要靠他的，盡管心里怎麼想的不知道，孫逸仙還是任命陳為陸軍部長兼總務部長，並說服他加入國民黨——這個國民黨已經是第四次改組過的，不需要蓋手印並向孫逸仙本人宣誓效忠了。
這種紛爭在陳炯明部將葉舉擅自率領駐桂粵軍東返廣州、向大元帥府索要軍餉、尋釁滋事時開始激化。孫逸仙大怒之下，撤銷其粵軍總司令、廣東省長、內務總長職，只保留了陸軍總長，不願北伐的陳炯明辭職回老家惠州。
見北伐軍在贛南節節勝利，進迫贛州，大有與人民軍相會南昌之勢，孫逸仙于是讓胡漢民留守韶關，自己于夏天自桂返粵，他要親自安頓大後方的局勢。
粵軍是陳炯明的部隊，他雖然撒手，孫逸仙的人卻接不動。沒辦法，孫逸仙委任陳炯明的部下葉舉為粵桂邊督辦以示信任。但葉舉並不領情，竟然打著迎陳復職的旗號帶著六十多營粵軍來到省城。
不過這時候粵軍內部已經分化，一派要求陳炯明馬上回省，恢復所有職務，鎮攝大局；一派則不滿陳炯明對孫逸仙過度軟弱，希望由葉舉領導，與孫徹底決裂。如果陳炯明不同意，就派他出洋（這個時代政治人物下台常見的作法）或繼續在惠州休養。
葉舉宣布廣州戒嚴，大街通衢，遍布崗哨，意圖恐嚇——畢竟以孫逸仙的威望，葉舉也不敢亂動，能把他逼走就是勝利。此時孫逸仙與夫人宋慶齡駐廣州總統府觀音山的粵秀樓，葉舉在廣州城中駐兵數萬，他就一個警衛團，可見他應該知道葉舉的意圖，否則就不至于如此托大。
他在總統府設宴接待粵軍將領，竟沒有一個高級軍官應邀前來，只來了幾個中下級軍官，這讓孫逸仙大為難堪。
他警告粵軍幾個下級官員說︰「告訴你們的長官，不要以為據守白雲山，便可胡作非為，我立刻上永豐艦，升火駛入東江射擊你們，連你們的根據地也一並鏟除！現在東江水漲，永豐炮艦可以直行駛入陳炯明的老巢！」
各界請求陳炯明回省的函電鋪天蓋地，前往勸駕的使者絡繹不絕，都認為只有陳炯明能夠收拾得了局面。孫逸仙也一連拍了三封電報，要求陳到廣州面商一切，又派人到惠州催駕。
然而陳炯明認為此舉有兵諫之嫌，他表示在各省軍隊撤出廣州之前，他都不打算去廣州。顯然他不想被人誤解，他說︰「一旦粵軍叛孫，則天下之惡皆歸焉」，這是他不願看見的。
隔空喊話估計不帶勁，幾天後，孫逸仙邀請廣州報界出席茶會，他決心通過報紙向陳炯明攤牌——這個時候他還以為局勢控制在陳炯明手里，可見他仍然沒以為陳炯明會害他。
他宣布︰「我下令要粵軍全數退出廣州城30里之外，他們若不服命令，我就用武力鎮壓他。人家說我孫文是車大炮（說大話），但這回大炮更是厲害，不是用實心彈，而是用開花|彈，或用八英寸大炮的毒氣彈，不難于三個小時之內把他的六十余營的陳家軍變為泥粉！
但殘害六十余營的軍人，且驚動全城的居民，不免過于暴烈。但我不如此做去，他們終不罷休。我只望報界諸君，主持正義，十天之內，做足功夫，對于陳家軍，加以糾正。陳家軍若改變態度，即不啻如天之福，萬一無效，就不能不執行我陸海軍大元帥的職權，制裁他們了！」
這不是恐嚇，因為追隨孫逸仙的原中華民國海軍司令程璧光在反袁的時候基本上把整支艦隊都帶到廣東，讓中|央後來的幾任海軍總長成了空架子。「海圻」、「海琛」、「肇和」等幾艘炮艦都是大艦，特別是「海圻」號，是當年清政|府購買的一艘排水量為4300噸的巡洋艦，裝備有各種火炮34門，一次齊射，趕得上一個炮兵團的火力。
于是6月15日深夜，粵軍高級將領在鄭仙祠召開緊急會議，決定武力驅逐孫逸仙下台。在這危急關頭，陳炯明在惠州派秘書陳猛蓀持親筆信勸止葉舉。但葉舉當著陳猛蓀的面把書信擲落地上，讓他回報說事情已不容不發…
得到消息的陳炯明怒不可遏地把茶盅也打碎了。
矛盾一觸即發。
次日凌晨，葉舉開始行動。他們提出的要求，與蔡元培等社會名流所提出的相同，就是請孫逸仙兌現他的諾言，並非想致孫于死地，所以在開炮前讓人打電話向他透露了消息，讓其趕快逃跑。
後來多位歷史學家研究，六一六事件發生之時，陳炯明絕對不是主謀。孫逸仙炮轟廣州後，陳炯明禁止部下組織大規模的反擊，讓孫逸仙安全離粵，實際上救了他。
俗話說一人巴掌拍不響，這起事件不能全怪陳炯明，孫逸仙也有很大責任︰他先利用陸榮廷趕走龍濟光，然後利用陳炯明、楊希閔和劉震寰三方勢力趕走陸榮廷，然後又想利用楊、劉趕走陳。
如果得逞，後繼會再用蘇聯人建黨軍消滅第三方。整個思路借力打力，能在幾乎手無寸兵、寄居人下時還想得出這些厲害招數，表明孫老也不是蓋的。
可是慣常黑吃黑的孫逸仙也有燈下黑的時候。因為他在陳炯明的地盤上。
粵軍干將葉舉、洪兆麟、熊略等集結了五十個營二萬五千兵力，于6月16日凌晨突然炮轟總統府。宋慶齡以國家為重，再三央求孫逸仙先走，孫逸仙猶豫不決，林直勉等見事急燃眉，于是當機立斷，不容分說，用力挽著孫逸仙強行撤離。
經過多方的曲折，孫逸仙他們終于安全抵達黃埔，登上了永豐艦。
凌晨將近六時，李章達等率領警衛團最後撤出總統府，沖出重圍，輾轉到達長堤海珠島，乘電船登上白鵝潭的永豐艦，跟隨孫逸仙與叛軍決戰。歷盡艱險，他們為保衛孫逸仙、孫夫人等立下了汗馬功勞。
不過蔣介石最終沒有像正史上那樣成其功勞。因為張漢卿比他更快，熟知史實的他在孫逸仙蒙難的次日即在武漢誓師南下。
華中人民軍第8、10師沿粵漢線集結到株洲，向衡陽進發，于6月18日抵達郴州。駐江西的第4、9、11師也停止休整，向撫州集結。
贛南鎮守使方本仁是與北伐軍暗地里「同氣連枝」的，見人民軍由原先的「敵軍」遙身一變為支援孫逸仙的「友軍」，命令本部放開大路，听任人民軍過境。
原本正史上的蔣介石在得到孫逸仙「事緊急，盼速來」的電召後倒是星夜自上海馳赴廣東，在與孫逸仙共患難56天後終于月兌險，並在隨後將此戰經過寫成孫大總統廣州蒙難記》。他起了賊雞心思請孫逸仙作了序，從此在黨內名聲鵲起，也造就了一代梟雄。
不過戰局的發展太快，他根本沒有崛起的機會，這是時勢造成的。