被後來人民黨奉為圭臬的、也被稱為張漢卿軍事思想的軍事著作《奉軍建軍綱要》主要吸收了毛偉人終其一生的一系列的成果，也借鑒了國民黨成形的制度，分為︰
軍隊在團級及以下實行「三三制」原則。這是借鑒了由毛偉人著名的「三灣改編」得來的靈感，畢竟三角形具有穩定性嘛。改編後，所有奉軍主力部隊均以師級為建制，師下轄兩個步兵旅及師屬炮兵團、騎兵團、工兵營、偵察營、通信營、輜重營、特務連。
每步兵營下轄三個步兵連（有9挺輕機槍）、1個重機槍連（有6挺重機槍）、1個步兵炮排（有2門步兵炮）。
每團除轄三個步兵營外，尚編制有一個小炮連和一個通訊排。當然，炮兵現階段是做不到的，只是，大家都要為此而努力，以形成奉軍同樣一個師對于關內北洋軍一個師的火力優勢。
這樣，整編師的總人數達到1.4萬人。為統一編制，以後各師下屬的炮兵團、騎兵團…一律改編號為與師屬番號相同的編號，如27師的炮兵團的番號就是炮兵27團、28師的騎兵團的番號即是騎兵28團…
將來如果有需要，可以非常容易地把兩旅四團制改為兩旅六團制，各旅多出的一個團為新兵；如果還要擴充的話也很容易，在此基礎上，各旅再出一個老兵團實現以老帶新，可以容易地變成三旅九團制。未來的軍官，將以奉軍現有六個師的各級軍官作為種子。
衛隊師需要給番號嗎？用不著，衛隊師本身就是一個番號。
作為守備一級的保安旅從本身即開始執行「三三制」，旅直轄炮兵營、騎兵營等，但這里的炮兵同樣是虛的。同缺少山炮的炮兵部隊一樣，編制和人力都規劃好了，每支部隊給一、兩門大炮做為日常訓練之用。用張漢卿的話說，應該做到「人等設備，而非設備等人」。沈陽兵工廠現在還做不出炮來，但是將來一定可以的。
《奉軍建軍綱要》的一個重要成就是落實了參謀長制度，此項被張作霖全盤演用。
此前，張漢卿不遺余力地要提升參謀長的地位，主要是為時任參謀長的張作相鋪路。他只是本能地覺得一師二旅制度對師長控制軍隊而言有一定的風險，還沒有上升到建立現代軍事學說的高度。他最初在衛隊旅實施正、副旅參謀長兼團長的職務只是為了提升參謀長地位而作的一次預演，嚴格意義上說，標準的排位順序應該是團長兼旅參謀長而非相反。至于副旅長、參謀長兼團長在別的軍隊里就是一個笑話。
從北洋時期到國民政|府時期，參謀長的職責規定的一如既往的籠統。比如1911年清禁衛軍《師司令部處人員職掌規則》中，有關參謀長的職責就一句︰「參謀官輔佐統制，籌劃機務。」到了1933年國民革命軍《陸軍步兵師司令部組織條例》中，有關參謀長的職責仍然也只有一句︰「輔佐師長參劃機要，指導部內一切事務。」在舊軍隊的八大處時期，參謀長主要扮演部隊長軍事助理亦或幕賓的角色，其職責只是輔佐部隊長處理一切軍務，本身並不負責具體的業務機關。
所以在這個時代，如果一個軍的參謀長轉任某個旅的旅長了，他肯定要辦幾桌酒席請客的，因為這意味著他得到重用了。換句話說也就是，在多數情況下，盡管軍的參謀長階級上略等于旅長，但在地位上是明顯低于旅長的。而若某個軍的參謀長去當了師長，那麼他就是做夢都會笑出聲兒來，但這樣的美事兒也只能存在于夢中，因為舊軍隊中很難找到這樣的例子。也就是說，軍的參謀長不管從階級上說還是從地位上說，都是遠遠低于所屬師的師長的。
這也可以理解為什麼當初張作相從27師炮兵團的團長轉任師參謀長、督軍署參謀長時張作霖一直認為對不起他了。
正史上國民黨在解放戰爭時期移植了美軍的參謀體制後，參謀長規定為部隊長的主要助手，部隊長的作戰命令必須經參謀長副署才能生效，參謀長的地位無疑從法規的角度得到了提升和保障。但這多數是一紙空文，國軍直到戰敗逃台為止，這一體制基本沒能貫徹落實。
張漢卿決定提前實施變革。在衛隊旅時期，他已經把作戰、偵察等業務都放在參謀部下，並把參謀長提升到部隊首長的地位。因為衛隊旅軍令條例規定，由旅長、旅參謀長、旅政治部主任集中決定軍隊重大事務。其後升級到衛隊師及擴充了第一師，這個條例也被沿襲下去。
張作霖擔任東三省巡閱使後，手下督軍、師長一大把，如何有效控制膨脹的軍隊立刻成為攸關生死的大問題。完全掌握每支部隊，精力完全不夠用；但失去控制的督軍和師長們極易在自己的地盤里尾大不掉，權力控制不能全靠忠誠。張作霖自己是軍閥出身，卻不想再在手底冒出新軍閥來。
這時候，張漢卿的這個參謀長制度就很有效地限制了各省督軍的權力，因為督軍的軍事命令需要督軍署參謀長的副署。各督軍署參謀長是由張作霖一手任命的，在業務上受巡閱使署總參謀長直接指揮…同樣，各師的師長及混成旅的旅長也受到同級的參謀長的制約，而這些參謀長亦在業務上向督軍署參謀長報告…約束多了，起亂心思的想法也就少了。
《奉軍建軍綱要》的另一項成就，是提升了軍紀。
在民國史上，以軍紀來講，國民黨的黨軍最好，馮玉祥的陝軍其次，吳佩孚的直軍也不錯，就數奉軍的紀律為最差（當然，張學良、郭松齡帶的軍隊算是例外）。所以從戰斗力上講，直奉兩次大戰，人數、裝備都佔優的奉系都落在下風並不意外（當然，正史上的第二次直奉戰爭吳佩孚輸在馮玉祥的背後一槍，否則奉軍能不能勝還要兩說）。
張作霖就本人來說還是很希望軍隊有軍隊的樣子的，他也極力反對擾民，但是由于奉軍上層、中下級軍官的主要來源是馬匪，兵員的素質也參差不齊，要達到理想化的「文明之師」基本無望。可是有張漢卿在，一切就都不同了。衛隊師和第一師搞的「三項紀律八項注意」反饋相當不錯，實踐中為內外所褒揚。
張作霖內舉不避親，命令全軍執行。從這些條例的普及起，奉軍官兵知道了自己是東北人民的軍隊，保家衛國是軍人的職責。既初步解決了軍人們「為誰打仗」的疑問，也豎立了軍人在社會上的正面形象，軍人士氣上來了，戰斗力自然不會差。
對衛隊師和第一師的控制是張漢卿的禁臠，當然開始進行成熟的修訂，從上到下開始講述軍人無條件服從于政治的原則——這條後來演變為「堅持黨對軍隊的絕對領導」，後來張漢卿更簡化為「堅持黨指揮槍，而不是槍指揮黨」。
是時候給軍隊正名了。有了統一的編制，不能讓各部隊五花八門地各自為政，也需要在全軍樹立起一個統帥的認知，張作霖接受張漢卿的提議，整合東三省的軍隊，稱之為奉軍。
沒有省防軍之分、沒有保安軍之分、沒有護路軍之分，大家都是奉軍。
自然，張作霖是當之無愧的奉軍總司令。在司令部下轄一長八處，即總參謀長和秘書、參謀、副官、政務、教育、軍械、軍醫、軍法八處。完善「軍令」與「訓令」制度，全部奉軍受張作霖節制。吳俊升、孫烈臣為副司令，張作相為總參謀長，張漢卿為副總參謀長兼參謀處長。為了減少軍令分歧及人員混亂，巡閱使署與奉軍總司令部實行兩套班子一套人馬。
吳俊升先後在剿滅巴匪、胡子之戰中盡心盡力，且為張漢卿背過黑鍋，也曾經為張作霖得到黑龍江作出了汗馬功勞，又對張作霖、張漢卿的調令言听計從。由于之前種種及這兩「黑」的功勞，作為老奉系（27師、28師、29師三大王牌師）的奠基人之一的角色，他被任命為奉軍的副總司令是得到上下首懇的，這也奠定了吳俊升在奉系元老地位。
孫烈臣更不用說，完全是張作霖的代言人；張作相則由于參謀長地位的提升而水漲船高，與吳、孫共同形成了奉系的三駕馬車。
張漢卿也由于巡閱使署總參議的職務而正式躋身奉系最高權力層，除此之外，東北講武堂「監督」、奉軍副總參謀長的身份也給他添了許多彩。當然，更讓他不輸奉系三駕馬車而成獨立一極的是他人民黨主席及完全控制兩個師的事實。
由于財政的好轉，軍人的待遇能夠顯著提高。而軍人除可以得到津貼外，入伍期間均可在籍貫地獲得免稅的10畝土地，極大地鼓舞了士氣。而裝備也鳥槍換炮，到1918年底，第27、28、29三個師都裝備了制式統一的師屬炮兵團，衛隊師、第16師、第1師都裝備了師屬炮兵營。