一場改革的興起，必將源于思想的變遷和整合。而正是在一次次的軍事交鋒和政治角逐中，吳起逐漸形成了自己獨特而深邃的軍事理論。
《漢書‧藝文志》一書中就集中著錄了《吳起》48篇，可惜後來佚失，流傳至今還剩下《吳子》6篇，即《圖國》、《治兵》、《論將》、《料敵》、《變化》、《勵士》，這應該是後人借著吳起的名聲而作。當然，其中也繼承了吳起大量的謀略和思想，吳起注重國家軍事力量的加強，同時還爭取國家和軍隊集團內部的協調與統一，一旦國家出現「四不和」，就只能止戈息武。換一個角度說，就是強調一個國家內部要「和」才可以出兵打仗；打仗之前軍隊內部要「和」才可以出征；出征列陣，每一個環節都要「和」才可以進戰；具體到戰場之上，軍隊作戰相「和」才可以獲勝。也就是通常所說的︰「內修文德，外治武備」。
在《吳子兵法》的《國圖篇》中也提到，對于士兵而言，如果知道君王能夠愛其命、惜其死的話，即使踫到危難，將士也會以進死為榮，以退生為辱。如此，便能夠上下一心、眾志成城。
孫武在《孫子兵法》中早就提出了「知己知彼，百戰不殆」的思想，被後人引為軍事上的不朽概論。吳起在其軍事思想中，也繼承了孫武的思想，並在《料敵》篇中提出，了解和分析敵情，對整個戰場敵我雙方的優劣進行評估，具有十分重要的戰略意義。
在《應變》篇中，吳起根據戰場局勢千變萬化，隨時根據實際調整戰略部署的思想，論證了如何應對倉促迎敵，敵眾我寡、敵人斷我後路、敵人憑借險要殊死頑抗甚至是四面楚歌等戰場情況。
此時的魏國，雖然表面看起來無比的強大，但是在軍士的戰力和勇力上，比之秦國的老弱殘兵尚且有所不如。運籌帷幄之中、決勝千里之外，在吳起的眼中，不過是一句大話、空話。面對戰場局勢的千變萬化，再完美的計劃也趕不上變化，一支軍隊要在戰爭中取得勝利，完全依靠數量是不行的。相比于數量，其質量更為可貴。一支戰無不勝攻無不克的軍隊，必要有優秀的將領和卓越的士卒，二者相輔相成，嚴格賞罰和訓練，統一號令。
于是，訓練魏武卒的思想，便在吳起的心中產生。
吳起認為，要讓一個士兵安心地離開家園、離開父母、離開妻子兒女，就必須要免除其後顧之憂，使鰥、寡、孤、獨、廢、疾者皆有所養、有所依、有所仗，更要讓軍士齊心、奮勇殺敵。所以，吳起將魏軍帳下的士卒家中的徭役賦稅等全部免除，嚴格標準以選拔魏武卒。
正如一匹劣馬無論多麼拼死勞力，也不可能日行千里一樣，一支素質不合格的軍隊，無論其士卒多麼肯拼命，也無法達到戰略目的。所以吳起開始挑選兵士，他要打造一支轉戰天下而不敗的鐵軍。要想入得吳起的法眼，一個士兵的體力必須過硬，他必須在半日內跑完整整一百里。如果輕裝上路，也許很多人都能進入吳起的軍隊。難就難在參加考試的人必須身著全身鎧甲，另外還要背負十二石的弩 弓（一石約合今天30千克，十二石就是360千克，不過這只是說弩 弓的拉力，而非其重量，否則恐怕無人能夠達標）、50支箭，還要手上持戈、腰上挎劍，攜帶三日口糧！即使在營養豐富、訓練技術已有很大提高的今天，一個士兵要達成這樣的任務也不容易，可以想見吳起的標準是多麼高，又可見他心中對這支未來的鐵軍抱著多大的希望。
在如此苛刻的條件下，吳起還是挑選出了一些人。吳起當眾宣布︰「從今日起，你們家里的徭役和田宅租稅全部免了！」歡聲雷動。但他們也做好了吃苦的準備，因為吳起對他們的要求只會更嚴格，他們執行的任務也只會更危險。千錘百煉，這支隊伍終于可以上戰場初試啼聲了——這就是戰國初期名震列國的魏武卒。
吳起帶兵，不辭辛勞，放著可口的美味不吃，空著華麗的帳篷不睡，而是與貧苦的士卒同吃同住。行軍時，他留著車馬不乘不騎，而他自己的糧食也像普通士兵那樣親身背在身後，兵士們看了，都覺這位將軍與別個不同，他是「自己人」。但是，仔細想想就知道，這個殺了自己的妻子來換取為將帶兵之權的人，他心中不可能有這麼多的溫情，所以這都是吳起收買人心的手段。這些手段都見效了。有一次，一個士兵身上長了瘡，吳起張開嘴巴，親自為這位兵士吸膿，清理潰爛的傷口。這個兵士當時感動得熱淚直流，而周圍看著的兵士也都願意為吳起以死效力。
但是，這個長瘡兵士的母親听說了這件事反而號啕大哭，以頭搶地。旁人不解，就問她︰「你兒子不過是一個普通士兵，吳將軍親自為他吸膿舌忝瘡，你不覺高興自豪反而哭哭啼啼，這到底是為什麼？」她哭道︰「你有所不知，他父親也曾在吳將軍麾下做兵士，他也曾生瘡流膿，而吳將軍也俯身為他吸膿舌忝瘡，于是他作戰時就只知有將軍號令而不知有自己，一往無前地向前沖，最後戰死沙場，連尸首都沒有找到。如今將軍又為我兒舌忝瘡，我將來要到哪里去收我兒的尸骨呢？」
帶著練成不久的魏武卒，吳起出任了西河郡守一職。西河是秦、魏兩國交界處，此前兩國已經在此打了七八年的拉鋸戰，雙方互有攻守，互有勝負。然而吳起來了，情形一下子得到改觀，他不想再與秦人耗下去了，他要的是一勞永逸地解決問題，將西河之地劃入魏國的版圖，叫秦人永遠不能染指。于是他不再糾纏于具體戰役的枝節，而是首先布下全面的戰略部署。他從少梁出兵，急行軍，迅速攻佔元里（今陝西澄城南面）、臨晉（今陝西大荔東面），又守之以重兵，在這一片建立了永久的堡壘工事。而臨晉前面就是秦國重鎮櫟陽（今陝西西安市閻良區境內），櫟陽的正前方就是秦國當時的都城涇陽。對于秦人來說，吳起已經達到了他們的家門口，這叫他們如何不心驚？
就在秦人為自己的生死憂慮糾結之時，吳起又以迅雷不及掩耳之勢揮兵直取鄭地。如此，吳起已在秦國土地上狠狠劃了一刀，刀鋒起處在北面的龐繁，收處即是南面的鄭地，兩地之間以東，秦國只剩下洛陰（今陝西大荔東南）、合陽（今陝西合陽）兩個據點，它們當然不久便被吳起輕松收入囊中。至此，整個西河與秦人再無干系，而這距吳起戍守西河之日才不過兩年。
失去了西河，也就失去了東進的機會，若不能將之收復，秦國將始終被困在西方貧瘠的土地上，被人視作夷狄而無法翻身。于是不甘心的秦人屢次發動反擊，想要奪回西河，但均被吳起堅守擊破。
周安王十三年（公元前389年），秦人卷土重來，這次他們集結了50萬的大軍向東殺來，最後在魏國重鎮陰晉城外列陣布營，情勢危急萬分。不過，自以為必勝的秦人再次被吳起打個落花流水，輸得非常難看。
原來，吳起不僅始終未曾放松魏武卒的訓練，而且為了保持其高昂的斗志和士氣，還親自設計出了一整套的激勵機制。每次戰勝後，他都請魏文侯在軍中舉辦慶功宴會。這不是簡單的慶功宴會，而是分成三六九等，正式如宮廷宴飲。首先，在戰場上立了「上功」的兵士給請到第一排就座，他們的桌面上豬、牛、羊三牲俱全，且享用最貴重的金、銀、銅等餐具；而立了「中 功」的兵士則給安排到第二排，只能吃到豬肉，而且只能用銅餐具；最可憐的是那些寸功未立的兵士，他們只能坐在最後一排，而其餐具也不過是些陶罐，他們只能坐在別人看也不看或者投以鄙夷眼色的角落里，默默地看著那些立功的人滿臉笑容地接受魏文侯的嘉獎，聞著他們觥籌交錯之際酒杯激蕩震散出來的酒香，這種感覺就好像自己是給人拋棄的孤兒。這還不算，宴會結束後，還在大門外對兵士的家屬論功行賞，以嘉獎他們對家人投身行伍的支持，讓他們覺得自己的付出都是值得的。
吳起的這種激勵辦法一直持續了三年。三年之後，只要有敵人來入侵，那麼入伍的士兵不待將帥的命令就自發地穿好甲冑，準備好武器，因為他們的心里都憋著一股勁兒——希望自己能在下次的慶功大會上做到第一排，站在舞台的正中央！這次秦國50萬大軍來犯，魏文侯也有些慌了，他問計于吳起。吳起卻胸有成竹，他只是將從未在戰場上立功的士兵里挑出5萬人，準備用他們來對付城外的秦人。
果然，這5萬渴求立功的士兵上了戰場，就像是餓久了的猛虎突然看到肥肥的羊群，于是個個以一當十，拼力廝殺。士兵作戰勇猛，吳起又指揮得當，兩個條件加在一起，終于將秦軍擊潰。陰晉之戰也是軍事史上少數以少勝多戰役中的著名例子。此後，吳起在魏國的戰神地位無人可以撼動。
由此可見，中國自古以來的第一位兵家大者的謀略是多麼的強悍了！