二月，大明內閣首輔申時行接到朝鮮戰報，得知戰況陷入僵局，遂找來吳兌、王錫爵及兵部尚書周詠、兵部侍郎蹇達商議。
蹇達本來是在伐元之戰中接替得罪高務實的李松做薊遼總督的，戰後因功回部做了兵部侍郎——不過真正的原因當然不是如此簡單。
事實上是高務實非常重視朝戰，因此要統一遼東的指揮權，于是現在就變成了顧養謙一人身兼任督、撫二職，將遼東徹底掌握在實學派手中。這可以避免前線在朝鮮打仗，後方卻出現各種扯皮導致補給不暢的麻煩。
此時申時行說道︰「听聞大軍初至朝鮮便收復四道，大獲全勝，為何現今停駐不前？朝鮮也上奏大明，請求朝廷令宋應昌再度出擊，皇上正等著我等回復，這不戰之因是否真如宋應昌所言，兵部可有核實？」
周詠答道︰「秉元輔，兵部時刻關注朝鮮戰事，探查來往不斷。此次事情起因是軍中因上報軍功所奏不實引起南北之爭，軍心動蕩，再加上李如松部嫡系在碧蹄館之戰損失不小，也挫了聲威，面對南軍不滿無力壓制，目前宋應昌正在設法穩定。
元輔自然知道，若軍心不齊，南北敵視，戰必難勝。碧蹄館戰後倭軍集結一線，軍勢大漲，防備嚴密，無機可趁。我軍人數遠不及倭軍，貿然開戰或將損失慘重、無功而返，因此只得暫行觀望。」
王錫爵對于鐵嶺李氏背叛心學派一事耿耿于懷，此時便作處一番深憂軍心的模樣，語氣沉重道︰「正值大戰，軍心大亂不僅不利于戰事，也將淪為藩國笑柄。依我看來，此必是北兵爭功所致，而李如松出自遼東名門，軍中大多為其家門親信舊部，此次事件李如松難辭其咎，應嚴令宋應昌將那軍功論賞據實上報，以此穩定軍心。而對李如松本人，朝廷也當嚴飭，甚至追究責任。」
蹇達這位原薊遼總督、新任兵部侍郎相對中立，聞言說道︰「軍中爭功內斗為兵家大忌，所幸有宋應昌在，必能穩定軍心，而後兵事謀劃才有可為。兵部也將督促宋應昌盡快平復此事，以免倭寇察覺趁機來攻。眼下大軍糧草每日消耗極多，豈能因內訌而被迫拖延戰事？」
蹇達這番話故意沒搭理「嚴飭李如松」的說法，吳兌在一邊自然聞弦歌而知雅意，再加上他也反對拖延戰事，于是一邊盤算軍需，一邊道︰「此前我曾听戶部核算及前線回報，大軍口糧每人每日便是一升五合，戰馬每匹每日需料豆三升，也便是說大軍一日耗糧便將近八百石，馬匹一日用豆量則近九百石。
眼下各處糧船、糧車正逐批運往朝鮮，朝鮮當地也在盡力籌措，但由于此時天寒地凍，仍難齊大軍每日所需，故戰事若拖延日久，恐怕于我不利。」
周詠稱贊道︰「吳閣老所言極是，大軍糧草情況確是如此，吳閣老對軍需糧草一事如此關心，實乃官兵之福。元輔，兩軍對戰必時刻謀劃周全，若一時不慎便可能會使全軍潰敗，而目前尚無戰機，不可輕易出戰。
眼下最新的戰報是宋應昌及李如松已命楊元鎮守平壤，防控大同江；李如柏鎮寶山，查大受守臨津，互為聲援；祖承訓鎮守開城，兵分四路，穩固後方。好在糧草軍需僅是押運稍慢，我也將再遣專人于各地沿路督導，同時聯系了海貿同盟在海運事宜方面予以協助。」
王錫爵這次倒表示認可，道︰「我贊同本兵之見，所謂將在外君命有所不受，具體如何行事還是交由宋應昌決斷為好。當務之急應是軍心穩定及軍需供應，而後可再尋戰機。若能盡早結束戰事，班師回朝，天下安定，也好省下錢糧應對西南亂事。」看來在王錫爵眼里，也是內亂的優先級更高。
吳兌同樣附和提議，道︰「王閣老所言也是天下臣工、黎民百姓所盼。我看內閣也需給宋應昌回個信，明確告知其朝廷意圖、內閣意見，從大局著眼，必須盡早殲滅倭寇，收復朝鮮全境。因此，若有戰機，不得延誤，如有所需則火速上報朝廷。」
申時行轉而向蹇達詢問︰「倭寇狡詐，生性殘忍，若不能擊敵要害，必難速攻得勝。听聞倭寇所持鳥銃威力不弱，且倭軍有半數持此火器，我軍所長者則是火炮眾多而騎兵更雄，我看揚長避短也能在戰場之上減少傷亡，不知少司馬有何見教？」
蹇達答道︰「我軍火器總體皆佔優勢，只是倭寇相對精于火槍，在火槍上與我差距略小而已。至于火炮及騎兵，則正如首輔所言，是我軍大勝倭軍，這也正是李如松出兵之時一舉奪回四道之根由。」
周詠听罷則補充道︰「蹇公所言不虛。首輔明鑒，我軍此次不僅遠近火器皆勝倭寇，且攜帶了大量舊式火器，可以發揮余熱，這些火器雖然已顯老舊，卻適用于北兵突進作戰，仍有可用之處，實在不行也可作為援助下發朝鮮軍中應急。
另外關于南北之爭，實則南北兵各有所長，此次選調皆是久經戰陣磨礪之精銳，從戰報來看，倭寇野戰即便集中數倍兵力也萬難勝我，因此只要據城堅守，相互支援，便至少可以確保戰線穩固。此時我與倭寇皆在等待戰機，同時也是等待開春轉暖方便作戰，此時首輔還是當以鼓舞宋應昌為佳。」
眾人議定，申時行隨後總結道︰「兩軍對峙互為顧忌，正是等待良機以用奇計之時，糧道、帥營、疲兵、軍械、或誘敵圍殲或包抄突襲其震動全局之地，皆是破解對峙之法。我等遠在千里之外，難知朝鮮瞬息之變，惟有寄希望于宋應昌能扼守險要，把握戰機，打破僵局。
傳信宋應昌，命他不可心急，當專心搜集軍情尋找戰機，爭取一戰大勝。同時也需嚴厲告誡李如松，讓他嚴厲整頓軍紀，不可欺侮朝人，不可濫殺俘虜。
至于其在我軍之中，就更要一視同仁，萬萬不可霸凌南軍，造成軍心撕裂，不能同仇敵愾，以免為倭寇所乘，為藩邦所笑。」
這番話看來倒沒有多少私貨，吳兌、周詠等都表示贊成，于是內閣、兵部各自傳信宋應昌，告知合議意見。申時行也上報皇帝，恭請寬心。
這次會議沒有高務實參加，倒不是申時行故意為之，而是高務實近來忙于另一件大事，無暇與會——萬歷二十一年正值京察大計。由于大戶部改革之後，戶部審計署手里有很多經濟審查數據需要向吏部通氣以作為京察的重要指標，因此高務實這段時間很忙。
這次京察其實也有大事發生，不過詳述過于復雜，簡而言之就是趙南星等「道德實學」後起之秀見心學派「日漸式微」而起了「彼可取而代之」之心，對申時行、王錫爵等人的一些門生故吏下手痛擊，結果引起了心學派的強烈反彈——我斗不過實學派也就罷了，你們這些小輩也敢太歲頭上動土？
于是在申時行、王錫爵的示意下，刑科給事中劉道隆上疏彈劾吏部尚書陳于陛與吏部考功司郎中趙南星。隨即王錫爵也借此良機上疏彈劾吏部、督察院中某些人專權結黨。
朱翊鈞在宮中看罷大笑，對身邊人道︰「看吧，這幫官員京察前斗，京察時斗，京察都要結束了還接著斗，不過他們想借著朕來斗，朕也想借著他們斗。」
司禮監首席秉筆張誠連聲稱贊︰「皇爺洞若觀火，朝廷大事了然于胸，只是奴婢不明白，這京察百官如此胡鬧豈不會有失公允，阻礙皇爺治世。」
卻不料皇帝忽然變色道︰「張誠，你少在朕面前煽風點火，這是欺君！」
張誠急忙跪地請罪，朱翊鈞冷冷地道︰「朕對天下官吏了如指掌，選官任用自在朕心中。朕治罪者必有過，罷免者必無用，提拔者必有才，留任者必有功，還有一些人留下是為將來之離去。
閣部相爭不過爭一個權勢，趙南星癸巳京察之中大義滅親，公正之舉令人稱快，轉眼間就以評議差等，奏請罷免閣臣舉薦之人，其余不職之官朝野皆認，並無問題。
至于陳于陛，他並非此中主謀，但也在有意為打擊申、王二人作掩護，結果欲蓋彌彰罷了。朕早知此事申、王二位必不會坐視不理，果然這些奏折就來了。
原本吏部與督察院會同考察是為互相監督，現在卻同心協力，難免不令人起疑結黨營私，只是沈總憲此番如此配合吏部卻有些奇怪，不知是不是承認了前些年疏遠務實是其行差步錯……且再看看，這幾天就等著吧，這些奏疏天天都得來。」張誠領命。
結果次日吏部尚書陳于陛見內閣上疏，也再度上疏申辯，力保吏部考功司郎中趙南星所言並無過錯，都是一心為公。
朱翊鈞看罷冷哼道︰「朕早說陳于陛此舉不過是為人打掩護，現在看來果然如此！」
陳矩立刻跪請皇帝息怒，勸道︰「皇爺，部堂庇護屬官乃是常情。」
朱翊鈞再次冷哼一聲，道︰「朕自然知道這‘常情’，不過就算趙南星找的那些理由都算正理，可是如今天下多事，朕豈能任他破壞內閣團結？
傳朕旨意，吏部尚書陳于陛是非不明，包庇屬官，罰俸三月；趙南星是已非人，抑揚太過，官降三級，另外立刻罷免虞淳熙、楊于庭，永不敘用。」陳矩、張誠領命。
之後申時行以內閣名義上疏為趙南星開月兌，但實際上是給趙南星坐實「是己非人，抑揚太過」的劣評。
陳于陛知道皇帝的意思，也知道自己並無太大危險，于是上疏以辭職相威脅，宮中果然對此留中不批，陳于陛便再次上疏申辯，把戲做個全套。
同時，禮部尚書于慎行、工部尚書石星、督察院左都御史沈鯉、督察院左僉都御史王汝訓、右通政魏允貞、大理寺少卿曾乾亨、禮部郎中孔兼、員外郎陳泰來、主事顧憲成、張納陛、賈岩、助教薛敷教等也紛紛再為趙南星求情。
這些人其實分屬不同派系，但這次偏偏都出來為趙南星說情，顯然說法各不相同，也都各有不同的意指。
萬歷皇帝听著司禮監給他念著各人的奏疏，疏中時而便有內閣與各部互相指責之處，有些地方甚至含沙射影皇帝本人，不過朱翊鈞經過高務實這麼多年的影響，對這些說辭基本免疫，不動聲色地听完，面色也沒有太大變化。
陳矩、張誠皆不敢隨意發表意見，只能等皇帝開口。朱翊鈞略微沉默，忽然道︰「這麼多各級官員力保趙南星，如此看來主謀之人應當就是他了。此人朕倒也有些了解，清正剛直倒也不假，可惜志大才疏又心胸狹窄，不過狂愚之徒而已。既然他們肝膽相照，那朕就成全他們。
傳旨，趙南星、虞淳熙、楊于庭、袁黃罷職為民；陳泰來降級外調听用；于慎行、石星、沈鯉、王汝訓、魏允貞、曾乾亨罰俸三月；曾同亨、孔兼、顧憲成、張納陛、賈岩、薛敷教等朋謀亂政，降三級外調離京。」司禮監領旨。
內閣首輔申時行得知眾人上疏中有提及自己，也上疏請辭，但很快得朱翊鈞手詔，其中說「朕因新春積火上升，兩目疼痛，卿可即出，待朕火愈，詔卿面商國事。」
從這里皇帝的反應來看，似乎是對申時行無比信賴，依舊將國事委于內閣。申府管事拜道︰「老爺深受聖上信賴，恭喜老爺渡過此關。」
申時行道︰「老夫與皇上君臣相知，豈是陳于陛、沈鯉、趙南星、顧憲成等人可比？不過此事倒並非我手段如何高明，而是皇上心意如此，聰明人本就不會參與——你看高南寧便一言未發。不說這些了，快去備車，我需入閣議事。」管事受命，出門備車，送申時行往東華門而去。
內閣之中申、王二位談及京察之事，王錫爵賀道︰「此番閣部之爭吏部完敗，此後我等可盡心國事了。這陳于陛實在是頑固不化，通過此前吏部尚書可不避內閣座轎一事可以看出，以往天官為緩解閣部矛盾，總是預先囑咐轎夫避開閣轎。
而陳于陛不知是不解其中奧妙還是故意為之，只遵循舊例，不避閣轎，對等相向，可見此人或是孤高而不知變通，或是故意爭權立勢，殊不知他背後的高求真如今也是閣臣，他這般做不僅得罪我等，同樣也會讓高求真不滿，因此便有今日一敗。」
申時行嘆息道︰「只是這次爭得有些大了，皇上一下就處置了這麼多官員，他們定會認為是內閣閣臣——尤其是我二人從中作梗，這才引皇上大怒降罪。將來，他們會把這些帳都算在你我頭上，而閣部之爭恐怕也永無止境，如此國事如何可為？」
王錫爵答道︰「元輔勿憂，這也是迫不得已之事，我雖一直反對堵塞言路，不過時至今日倒也覺得言路不能過于猖獗。欲求天下大治，除君臣同心之外更需令行禁止，朝野一致。」
申時行思索著道︰「我料此次大爭之後尚有余波，尤其六部之中或許還有要職調整，你我皆需留意，以免錯失機會，為人所乘。」
王錫爵贊道︰「元輔此言極是，未雨綢繆理所應當。」頓了一頓，又問︰「之前有件事不好明說，如今只元輔與錫爵二人在，卻不得不問了——宋應昌與李如松此番表現都頗有差錯，我等是不是能想個法子換掉他二人？」——
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