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康熙十八年，劉國軒、吳淑、何佑等佔據郭塘歐溪頭，準備毀斷江東橋以攻取長泰。
姚啟聖偕賚塔、楊捷及巡撫吳興祚協力追殲，大敗鄭錦軍隊，先後招降官吏400余名、士兵14000余人。
五月，劉國軒、吳淑等率萬余人謀奪江東橋、榴山寨，姚啟聖同賚塔、石調聲擊敗之，至太平橋、潮溝，殺敵千余。
康熙十九年二月，姚啟聖與賚塔、楊捷、石調聲督兵攻復海澄縣，提督萬正色攻克海壇，姚啟聖同賚塔及總兵趙得壽、黃大來等分兵七路合擊，破敵19寨。
另派遣軍隊渡海，攻下金門、廈門，招降偽將軍朱天貴、楊彪等。敘恢復長泰等縣功，進封兵部尚書、太子太保。
康熙二十年四月，左都御史徐元文上疏參劾姚啟聖︰
「姚啟聖自為香山知縣，穢跡彰聞，革職提問，永不敘用。祗以逆孽變亂，孑身戎行，遂冒軍功，驟致節鉞，正當殫力竭忠以報恩遇。不謂素性乖張，舉措輕妄，以虛詞為實事，以乾沒為己貲，其言欺罔無據，其心險側不平。
臣請略舉數端有大可駭者︰大臣官員侵佔民利，煌煌嚴禁，而姚啟聖前者妄請借司庫銀十二萬兩，經營取利，可駭者一。
姚啟聖自陳疏，稱家無片瓦，而以臣所聞，姚啟聖揮霍金錢，不異泥沙，題報軍前捐銀十五萬兩有奇，此銀不從天降地出，謂非軍餉、 民膏，臣不信也，可駭者二；
閩省民困已極，姚啟聖不能加意存撫，乃拆毀民居，築園亭水閣，日役千人舞女、歌兒充實房闥，又強娶長泰縣鄉紳戴璣孫女為妾，委其兄戴法署教官，物議沸騰，可駭者三；
海壇進師，姚啟聖力為阻撓，一則曰不敢輕舉喪師辱國，一則曰不敢以封疆為兒戲，及恢復海壇，繼取金門、廈門，又言當直取台灣，其始則欲養寇，其繼又欲窮兵，可駭者四；
姚啟聖有卒數萬，與海壇萬余之賊相持三載，不能成功，乃欲令水師提督統新降之眾，遠涉波濤，以圖萬一之僥幸，繼因詞窮理屈，即自請出師，漫無布置，始為是語以塞人言，可駭者五；
吳興祚、萬正色平海奏功，姚啟聖心懷慚妒，跪向侍郎溫岱雲萬正色密遣人與偽都督朱天貴約定投誠，隨讓海壇而去，其言尤為不根，海壇賊遁之後，朱天貴尚爾狂逞，姚啟聖疏雲廈門雖恢復而朱天貴實為後患，則所雲讓去者顯系妄造，臣不知姚啟聖何心，與驅除海逆者作難如此，可駭者六；
總督封疆大吏，乃因欲行讒譖，長跪部臣之前，失大臣體，可駭者七；
兵部據姚啟聖之言，以為吳興祚等冒濫軍功，賴皇上聖明，洞見萬里，令即行議敘，自此勞臣吐氣，人心莫不鼓舞。克海賊者既有功，則妒功者自應有罪。
總之，姚啟聖恣睢放誕、險詐欺誣，委以岩疆，甚非八閩蒼生之福，乞部確察嚴議，以為人臣譎詐行私者戒。」
康熙二十一年二月，姚啟聖因攻克海澄、金門、廈門之功，被授予世襲騎都尉，加一雲騎尉。
當時鄭經已死，其子鄭克塽襲位，稱延平王，凡事皆決之劉國軒等，表示願意對清稱臣進貢，不剃發登岸如琉球、高麗那樣。姚啟聖上奏，康熙帝不許，命水師提督施瑯攻取台灣。
康熙二十二年六月，施瑯取澎湖。八月，姚啟聖至澎湖經理糧餉，施瑯攻克台灣，鄭克塽、劉國軒等人皆降，姚啟聖還兵福州。
疏入，命姚啟聖回奏，不久姚啟聖奏言︰
「臣于康熙十七年十月，進兵至鳳皇山，因一時投誠者甚多，犒賞不繼，與撫臣吳興祚議及外省貿易頗有微息，前督臣李率泰、經略臣洪承疇曾借帑為之，遂冒昧上疏未蒙俞，允臣等雖因公起見，然不應以細事上瀆宸聰。
臣自入任京中，未有產業，而軍前捐銀十五萬有奇者，香山革職後貿易七年，頗積微貲。並臣浙江祖業變價，及親朋借貸經年累月，而後有此數。
臣視師漳南於康熙十七年七月，巡邊至省，見總督衙門被耿精忠屯兵居住，以致拆毀倒塌。臣因捐貲修整，每日所用匠夫不過數十名，各給口糧，工價柵外。
有員役搭蓋小房，令其自行拆去。至臣妾數人，俱有子女，年已老大，並無歌兒舞女。強娶戴璣孫女更無其事，教官戴法乃前督臣郎廷佐批委者，臣到任時，戴法已署事八月矣。
康熙十八年十一月，臣有密陳進剿機宜清字一疏，請水陸各分五路進兵，內稱轉盼來春。南風一起，船只難行，又須坐守一年，徒費錢糧。
臣彼時尚爾踴躍，豈至次年輒肯遲滯，且撫臣一經拜疏出師，臣即會同將軍楊捷親領官兵進攻烏嶼、海倉並十九寨，上下夾攻，以分賊勢。
至得廈門之後，即攻台灣，臣先於十八年九月有密陳一統規模清字一疏雲，前得廈門棄而不守，亦不再攻台灣，將船只盡毀，以致海賊復起。
我兵無船可用，今托皇上洪福，如得廈門之後，即進剿台灣，不難破卯覆巢。是臣欲攻台灣始終如一，非既得廈門，方請直取台灣也。
又十七年九月，臣等大敗海賊於蜈蚣山，實因兵單不能分取海澄、觀音山等處。至十月中，催各路官兵到漳，而賊已深溝高壘矣，平南將軍臣賚塔、撫臣吳興祚、提臣楊捷及臣等會商，若止於陸路進兵，斷難必勝決，須水陸夾攻，臣百端籌畫，不敢輕舉遺誤封疆。審有可取之機，方敢上疏自請督師，非姑為是言也。侍郎臣溫岱入奏之言，臣得之朱天貴，天貴六月到漳招撫投誠之說，天貴言之，而後臣知之。
總之，撫臣、提臣拜疏出師，則平賊之首功已定，臣何所容其慚妒乎？溫岱曾雲總督、提督俱要和衷，臣因望闕跪，誓不肯負恩，豈跪部臣乎？
臣任閩三載雖無妒功之心，實有溺職之罪，伏祈部嚴加議處，另簡賢能，庶臣心安而臣心白矣。」
康熙二十二年十一月，姚啟聖還兵福州不久背部舊疾復發，很快病故，終年六十。
康熙二十三年九月，朝廷商議姚啟聖修造船舶、軍械虛報帑金四萬七千兩有奇，應予追繳。康熙念姚啟聖生前勞苦，免于追繳。