要讓朝廷下棄保漕運的決心和讓朝廷放棄運河，完全是兩回事。京杭運河的功能，不僅是保漕糧運輸，它還有一個作用不容忽視——將南北兩京的空間距離拉的很短。
運河全部無法通航的時候，商賈行人在兩地陸路通行時間從原先的十天一下子能拉長到一個月——這般低效絕對影響朝廷對整個江南這一賦稅重地的治理，也影響南北的商品流通。
因此，潘季馴所謂棄保漕運，僅僅是說棄保漕糧運輸。也就是說如果不用運河來運漕糧，那麼就不必讓三千里運河隨時保持貫通狀態——會極大的減少黃河的治理難度。
最初，為了滿足朱翊鈞保漕運、保祖陵、保民生的「三保」要求，潘季馴的第一版治河報告中，向朝廷提出的治河之法受限很大，他既不敢加高家堰大壩蓄水攻沙，又不敢擴大微山湖影響民生保運，因此所做的工作全數是小打小鬧，修修補補，和朱衡的手段差不多。
即使朱翊鈞這個半外行看來，這一版方案也無法解決黃、淮密集泛濫的問題。
萬歷時期的黃河，已經固定在新鄭——徐州——淮安一線數百年，直到清末才在河南銅瓦廂再次決口北歸，結束了黃淮合流的歷史。
永樂十八年，成祖遷都北京，京杭大運河成為了命脈。而大運河中徐州到清口的長達五百里的運道，必須得到黃河水的接濟才能保持暢通。
而黃河在兩淮和魯西南地區的橫沖直撞，分流眾多，嚴重影響漕運。
于是，這段時間明代朝廷的治水思路是「南堵北疏，抑河南行，以保漕運」，利用長堤約束，把淮河及其支流作為黃河洪水的下游通道。弘治帝和嘉靖帝分別修建金堤和南堤，就是這種思想指導下的產物。
這樣思路和做法，帶來的直接後果是將黃河的泥沙淤積到淮河下游，導致原來深廣的淮河被淤積成地上河，淮河水系遭受了巨大破壞。而爭不過黃河的淮河，又另闢蹊徑，沖入長江，導致長江下游水流增大，給蘇松地區也帶來了巨大的防洪壓力。
可笑的是，朝廷只要保住漕運，兩淮地區生民之苦，根本不在明代朝廷的考慮範圍內。永樂十四年，黃河在開封決口，泛濫十四州縣，由渦河入淮。因未危及運道，當時朝廷居然听之任之，讓黃河漫流四十余年，听之任之。
其後的正統、景泰、弘治、嘉靖年間，黃、淮河數次超級大水災，朝廷的思路一直不變，仍以保運道為主，將黃淮大地的生民置之不理。
當時的豫東南、皖西北一帶，簡直成了水鄉澤國，鳳陽、泗州、淮安等地，長受災患，朝廷漠視災民流轉哀號而不救。
後世廣為流傳的一段鳳陽花鼓道出了明廷給生民帶來的錐心苦楚︰「說鳳陽，道鳳陽，鳳陽本是個好地方，自從出了朱皇帝，十年倒有九年荒。大戶人家賣騾馬，小戶人家賣兒郎」
這段歌詞即為明人所寫，第一句的原文為︰「家住廬州並鳳陽」，後世的鄧麗君還根據這首民歌創作了流行歌曲
隨著潘季馴調研的深入，以及朱翊鈞棄保漕運政策在腦海中逐漸成型，潘季馴在摒棄了「南堵北疏」治河思路的基礎上，完整提出了後世讓其得享大名的方案︰加高加寬高家堰，積蓄洪澤湖水，利用洪澤湖水實施「束水攻沙」工程，刷深黃河淤積的水道，增大下游流量，從而減少兩河泛濫。
這一治河思路，原時空一直被貫徹的滿清末年。但在明代，有一個死結難以解開——高家堰加高，洪澤湖擴大加深，黃、淮河汛期到來時，會威脅到祖陵安全。因此，「束水攻沙」一直到明代滅亡，也始終是一個半吊子工程，黃淮河的泛濫還是多發。
朱翊鈞和張居正等閣臣反復商討，又請示了陳、李兩位太後，到最後也下不了動遷祖陵的決心。——現在真要這麼干，政治阻力太大了，說動搖國本都不為過。
但不遷祖陵，「束水攻沙」的效果就大打折扣，大明朝始終就要在這兩條河流的威脅下苟延殘喘，大量的資源投入到救災補漏的惡性循環之中——這又是朱翊鈞所不能容忍的。
而且，因為本時空潘季馴調研的比較深入，在第二版報告中，還提出了「束水攻沙」這一策略的短板。由于「黃淮合流」這一根源問題沒有解決，且「黃強淮弱，黃高淮低」這一因素的作用，當汛期之時，淮河水道並不能全部容納下泄的洪水，會導致回水倒灌洪澤湖，將洪澤湖的清水口淤塞。
長此以往，一方面影響「束水攻沙」的效果，另一方面水流變緩後，徐州以下還會形成懸河。
潘季馴在第二個方案被皇帝否定之後，終于再次大其心，這次終于大的沒邊了——他居然想用一連串堤壩工程和開挖新河，單獨恢復黃河、淮河的入海通道！
具體思路是，先把黃河進入洪澤湖和原淮河的入水通道都截流，利用一連串的堤壩和舊河道，迫使黃河北上入海。然後以洪澤湖為樞紐，將淮河水放入舊河道，並截斷淮河和長江的聯系。
這一宏偉工程，將利用新開的加上以前的，共兩條河道交替使用，來徹底解決黃河的淤積問題。施工方案如下︰
首先開通新河道，將奪淮的黃河引開北上。同時將高家堰加高、加寬，蓄積淮水，再從洪澤湖西南部出湖，利用黃河的舊河道入海，將舊河道刷出來。
當舊河道刷出來一部分後，截斷淮河進入長江的通道，將淮河水全部引入洪澤湖，擴寬洪澤湖西南清水口，加大刷河力度。
當黃河新河道二三十年後逐漸淤積時，將關閉黃河河閘，新修堤壩，將黃河導入洪澤湖，引入已經沖刷完成的淮河之中；同時再打開洪澤湖東北部大水閘或直接破開堤壩，用新修的堤壩將進入洪澤湖的淮水導入「新黃河」中，沖刷已經淤積的新黃河。
如此交替利用兩條河道，一清一濁反復，一方面解決了黃淮河合流後，汛期洪水倒灌，洪澤湖清口的淤積問題；另一方面，交替使用兩條河道，使黃河淤積這一千古難題得到根本性的解決。最後，因為洪澤湖有了兩條出水口，將大大緩解祖陵的壓力。
這一方案唯一短板在于黃河入洪澤湖期間，將導致洪澤湖出現淤塞，樞紐失靈。但是潘季馴判斷，因為淮河位置較低，當再次重新改換河道後，洪澤湖內淤積的泥沙將被沖下去大部分，不會成為大患——為了百年之計，可在洪澤湖外留下一部分土地不予開發，充當泄洪區備用；也可在旱季進行洪澤湖的疏浚清淤工程，擴大庫容。
這個方案若能成功，將一箭多雕，同時滿足皇帝既保祖陵、又保運河，還保民生的要求。而且，利用這全國性的大工程及周邊的配套水利工程，將使常年受災的兩淮和黃河流域成為糧米之鄉——真正的功在千秋。
張居正當時看了潘季馴上交的第三份報告所耗費的錢糧、工役，猛吸涼氣，二話沒說，直接判第三份報告死刑。但朱翊鈞見之，心里大為驚喜。
新中國建國後，治理黃、淮河采用的方式和潘季馴第三方案只有一小部分類似，最大的區別是沒有徹底改變淮河仍為長江支流的狀態，而且也當時黃河也改道了，因此治理兩河均屬于單流域治理。——黃河的淤積問題，到了新世紀其實已經不用解決，因為黃河下游基本上快斷流了。
這一方案，後續效果將非常的鼓舞人心︰一方面將三河聯動，一澇皆澇的水域狀態打破，利用黃、淮河單獨入海的方式，一次性解決黃淮河爭流問題和長江下游水量過大問題。此後，黃河、長江、淮河三條主要河流的防洪和治理以後就成為單流域問題。
第二方面，兩河利用洪澤湖及周邊連串湖泊作為樞紐，輪流使用「束水攻沙」治理黃河的方略，將使黃河淤積危害的問題得到有效控制。
第三方面，兩河齊出，洪澤湖蓄水壓力減小，也保了明祖陵——當然，要想一勞永逸，朱翊鈞打算，將來在時機成熟後還是要將祖陵遷走。
最後，這一核心工程加上配套的相關水利設施，將改變常年受災的黃淮地區濁浪滔天，泥沙俱下的景象，把整個淮河流域、黃河流域都變成魚米之鄉！雖不能一勞永逸，但至少將黃、淮河連年決口並影響長江下游的問題解決一大半——除了工程量大，沒別的毛病。
朱翊鈞判斷，這份方案雖然所動用的人力物力極其驚人，但是在此時確實有實現的可能︰
新中國治理淮河時，淮河周邊已經大小城市密布，根本遷移不得，因此采用了上游建壩，下游分流的方法，主流還是注入長江。
但在本時空的此際，一者由于黃淮河的常年泛濫，黃淮平原一直到蘇北地區一直沒有形成大規模的聚居城鎮，大部分地區都是沼澤和田地，移民壓力不是很恐怖，在承受範圍之內；
二者朝廷現在有一大筆錢，可以啟動這項工程；
三者大規模開發東北將形成一個人口壓力降低的短暫窗口期，等東北開發成熟了，人口壓力還會上行增大，那時候移民將更加困難。
因此，朱翊鈞在通盤考慮了潘季馴的第三方案後，覺得這次黃故道的修復，很可能是改變中華民族常年水患的一次千載難逢的機會！
再說，張居正不敢想的事情，朱翊鈞作為穿越者，還不敢想一想？
萬歷二年年底，潘季馴結束了全國各流域的考察，到京師述職。在朱翊鈞主導下，秉承著邊施工邊完善方案的原則，在萬歷三年先進行準備工程。
因此，這第三方案一直秘而不宣，萬歷三年全國干的的熱火朝天的，其實是第二、第三方案都要干的初期工程和農田水利基礎工程。
直到河漕改海時潘季馴被攻擊時，朝廷才公布出來一部分，主要是加高、加寬高家堰工程——尚不足第三方案總工程量的十分之一。
即便如此，也把集火潘季馴的反海運派壓制到無語。
本時空的萬歷三年年底，隨著河漕改海在朝野上下達成共識，加上黃河在今年的再次大泛濫，終于讓本時空的朝廷痛定思痛。朱翊鈞先說服內閣，後又推動朝廷通過了第三方案，擬第一期即投入一千二百萬兩白銀，並陸續追加到總金額三千萬兩，以二十年為期，完成全部以新黃河入海通道為核心的全流域治水工程！