朱翊鈞讓李時珍進京，其實是相中了他所創造的人為分類方法，這是一種按照實用與形態等相似的生物和礦物，將其歸之于各類，並按層次逐級分類的科學方法。
在朱翊鈞看來，李時珍能和祖沖之並列，在世界科學史上享有崇高地位，根本不足為奇。《本草綱目》雖然謬誤不少，但其科學分類方法比西方現代植物分類學創始人林奈的《自然系統》早了一個半世紀，被譽為「東方醫藥巨典」。對世界醫藥學、植物學、動物學、礦物學、化學的發展產生的深遠的影響，可謂無遠弗屆。
後世的生物學學生，將界、門、綱、類、科、屬、種七種分類背的滾管爛熟，覺得天下萬物井井有條，想當然的就認為此種分類方法很簡單。
殊不知在人類文明史上，分類學正是科學的萌芽之始。中國人之所以將科學命名為「科學」，即取意「反映自然、社會、思維等的客觀規律的分科之學」。一句話，無分科無以成學！
華夏先民最早的生物分類記載于西周，比西方科學家林內的生物分類方法少了兩種，卻領先兩千年。
之後的中國分類學思想體現在諸多文獻之中，而最為璀璨的，即為《本草綱目》。無論其中記載了多少謬誤，僅在生物、礦物分類學上的思想，足以光耀千古。
朱翊鈞在後世黨校的學習內容，不僅是簡單的飛梭和珍妮機誘發工業革命之類的初中歷史。
他記得很清楚，一次在黨校上課時，一個年輕的女教師旁征博引，講述了歐洲貴族和部分附庸風雅的資產階級，在地質、礦物、生物乃至昆蟲等方面的愛好研究，大大促進了新的地理發現，並為現代科學奠基。
後世工業革命和啟蒙思想催發的第一批成果，即為歐洲有閑階級流行的科學考察和探險。
他們一方面資助數學家和科學家，一方面自己也從事地質、礦物、生物等方面的粗淺研究，這直接誘導了化學和物理學的大踏步前進。而最開始的那批有錢人，都是從看似簡單的地質、礦物和生物分類開始做起。
後世達爾文曾受益于《本草綱目》，將之稱為「中國古代百科全書」。——而後世的某些中國人，那些拿著《大英帝國百科全書》、《美國國家地理雜志》放在書房內的附庸風雅之徒，何曾有一個在旁邊放著《墨經》、《本草綱目》、《考工記》、《水經注》、《夢溪筆談》、《天工開物》等等數之不盡的中華瑰寶？
朱翊鈞讓李時珍返京，除了要利用這個時代為數不多具有科學素養的大腦之外，還要利用他喜歡考證、鑽研的性格，從事對牛痘的研究。
明代嘉靖初年之後，天花在帝國廣泛流行。朱翊鈞在萬歷二年初曾經接奏報，寧國府有醫名傅思川者，掌握「人痘熟苗」之法，以為小兒種痘獲利，「百余小兒種痘，僅一、二不存。」
朱翊鈞不知道的是，從傅思川手中流傳出去的人痘術，簡直是以光速傳播到阿拉伯世界，又把西方從天花肆虐中給挽救了出來。
人痘曾經被大哲學家伏爾泰這般評價︰「我听說一百年來，中國人一直就有種痘的習慣；這是被認為全世界最聰明、最講禮貌的一個民族的偉大先例和榜樣。」在西方思想啟蒙發生之時，若沒有傅思川的人痘術，不知多少人才將死于天花病毒
這奏報提醒了朱翊鈞，必須將牛痘在帝國的普及提上日程。他知道天花是人類消滅的唯一一個傳染病，也知道其疫苗來源于牛痘，但他不知道，直接用牛痘中的膿液來種痘，是否可行。
于是他將傅思川從寧國府召入京師，指導一番後，令其研究牛痘。但傅思川的人痘之法來源于其祖上，自己並無科研能力，用擺弄人痘的方法來從事牛痘的藏苗和貯苗，無一成功。
此時，朱翊鈞又想起了李時珍，即下令錦衣衛湖廣局尋找他，並讓他進京——但因為湖廣局開始時沒跟李時珍說清楚，到了八月底李時珍才進京接了這個任務。
比李時珍提前進京的，還有「醫聖」萬全萬密齋、精通外科的陳實功等多名此時已經名顯當世的醫學大家。
萬全雖此時已經年逾古稀，但在皇帝諭旨召喚之下，還是將包括《內科要訣》、《幼科發揮》、《育嬰秘訣》在內的《萬密齋醫書十種》包在行李內，和六個徒弟一起帶到了京城。
因為名顯天下，萬密齋一進京，滿京城轟動。這勛貴重臣之家，險些把帖子和禮物堆滿了萬全賃居的宅子。因為這老頭醫德高尚，「視人之子如己之子」，不會拒絕人，這請他去看病的從第一天開始就排到了兩個月之後。
朱翊鈞見不是頭，怕他累著了，連忙派人將他請進宮，又如同菩薩一樣供奉在太醫院。這太醫院的諸位太醫見萬密齋來了，連爭勝的念頭都沒有，個個扁扁的服，把老爺子哄得日日開心，一點都不水土不服。
讓萬密齋給兩宮太後和自己檢查了身體，並上了一堂養生課之後。朱翊鈞正式召見萬密齋、陳實功等人，將自己的目的和盤托出——要趁著此際手頭寬裕的機會，重立太祖初期設立的醫學提舉司，並設立明代第一個真正意義上的大學——京師醫學院。
按照後世的醫學院產學研一體的辦學模式，此醫學院也仿照南苑武學院建制，首任山長即為萬全萬密齋。朱翊鈞在西苑西北角里面砌了一道宮牆，再把原來的宮牆上開了一個大門，即把已經荒廢掉的小校場從西苑割了出去，作為醫學院的校址。
同時，朱翊鈞還在新砌的宮牆上開了個小門，作為醫學院的後門。如此一來，此後他若身體有恙，打開這小門就能立即組織大規模會診。盡管這可能讓太醫院的太醫們感到心里不太舒服，但已經當了快兩年皇帝的朱翊鈞，此時哪里能照顧到他們的想法。
醫學院的設立，從體制到機制和後世的大學並無不同。在朱翊鈞和萬密齋等人交流之後，醫學院將設立醫學系、護理系、藥學系等大系，下設內科學、外科學、婦科學、兒科學、傳染病學、藥學、病理學等專科。
南苑武學院建立時，朝廷尚有些雜音不同，這京師醫學院的設立，滿朝廷全是稱頌之聲。朱翊鈞在領教了言官的馳名雙標之余，當然也要撩閑刺激他們一下，經過與陳實功商量，在醫學院內還設立解剖學——從事人體解剖研究。
讓朱翊鈞更沒想到的是，這在京師百姓中引出好多版本恐怖故事的新學科，卻仍未引起御史、言官得任何反彈。
朱翊鈞這才知道，這些所謂「秉正道而行，養浩然之氣」的老兄們，在涉及到他們自身生命安全的事情上，馳名雙標早已突破了大明朝的天際。
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