張居正見了朱翊鈞的批示，心中給朱翊鈞點了贊，知道皇帝終于明白了他的意思，對日後展布改革事也多了些信心。
他的角度和朱翊鈞截然不同，在他內心深處，恨不得把離間君臣、敗壞國事的余懋學給宰了，以為亂政者戒。
然而，作為文官之首，儒學門徒，張居正必須堅持大明朝的政治正確——御史、科道言論自由。
反之作為皇帝的朱翊鈞，心里面是不想抓余懋學的，雖然其心可誅，但制衡之道也在這「可誅之心」上頭，不然的話就把言官的操守看得太高了。
不管皇帝和首輔心里怎麼想，令人無語的現實卻是，想殺余懋學的一本本的上奏要保他；想輕輕放過余懋學的，卻派錦衣衛將他從南京抓來，投入北鎮撫司的大牢。政治的吊詭之處，即在于此。
首先被處置的，是「受賄妄言亂政」的王琢玉。錦衣衛拷掠不到兩個時辰，王琢玉就如同竹筒倒豆子一般，把兩淮鹽商重金賄賂，買奏章杯葛曬鹽之法的實情交代了出來。
說實話王琢玉做夢也想不到朱翊鈞清楚知道以後曬鹽法才是主流。他的想法和全體朝臣差不多，應該是某個希求媚上的中官向皇帝說了曬鹽法之利，皇帝在深宮拍腦袋決策才大興曬鹽。
既然可被言語動之，也會被言語反之。王琢玉在奏章里煞費苦心，說自己訪了老鹽工，「為之哂笑」。心說以皇帝年齡，被人恥笑了還不惱？只要惱了，必派員查看，那時才是上下其手的時候——鹽商所要的，不過是朝廷派出欽差而已。
可惜這價值三千兩的一本，把自己栽了進去。錦衣衛順藤模瓜，把賄賂御史的鹽商一股腦提溜出來，全部押進京受審。
朱翊鈞行事不像武宗，常有混不吝的時候，不跟朝臣講道理。他最擅長的是後世我軍的破敵要義︰全力突破一點，然後以點帶面，接著迂回包圍——偶爾條件成熟了還有中心開花大餐等等。鹽政和京營興革，最能體現他的治政特點。
此次從王琢玉身上打開缺口，還不大挖特挖的話，如何對得起自己身上這身皇帝皮。
鹽政官商勾結，朱翊鈞用腳指頭想，都知道早成痼疾。在鹽政改革即將推出的時候，不把這鹽政官收拾穩當，談何興革。
被捕鹽商哪里受得了被朱翊鈞親自教、指點過的錦衣衛，沒留任何外傷，北鎮撫司已讓鹽商們求死不能。
鹽商金某交代兩淮鹽司每年私吞余鹽一萬萬多斤，超過兩淮幾十家鹽場正鹽產量的兩倍半——都混在他們鹽商持引銷售的正鹽內一起發賣，沿途鈔關等關節早已被他們盡數打通。
這大雷爆出，讓已成為錦衣衛同知的王通大喜過望，立即密奏朱翊鈞。
這每年一億多斤的余鹽之利，被官、商和沿途地方官盡數瓜分，中央大員以「冰敬、炭敬」方式分利。朱翊鈞雖對大明鹽政腐敗早有所料，但沒想到他們干的如此奔放，命王通繼續秘密深挖。
而後鹽商王貢俞咬出戶部鹽司員外郎等明知兩淮販賣私鹽之事，隱而不報，年收例銀三千五百兩，並有受托請超發鹽引給勛貴之事，王貢俞是新進大學士王國光夾袋中私人，這里面的道道也不用多說。
王通取得供詞，把證據鏈查的基本完整後，就領了密旨，近半數錦衣衛出動，把兩淮都轉鹽運使司衙門和南直隸、安徽、江西、湖廣、應天府的涉鹽官員，包括戶部鹽司等官吏，幾乎大半抓進了南苑專案營地跟鹽商做伴。
行動雖然做不到後世那般保密，但在錦衣衛近年來嚴酷家法約束下，只跑了應抓基層官員十幾個——高官也沒有跑的，其余全數落網。
皇帝指揮錦衣衛的這一雷霆行動，把朝廷內閣以下所有官員全數打懵。為了做到行動的突然性，朱翊鈞除了和張居正密議一次之外，宮內宮外無人得知。
偌大一個兩淮所轄的鹽政官幾乎一掃而空——涉案人數很快超過八百多人。張居正雖然提前知道，但這般規模仍大出他意料之外。
他也顧不上營救余懋學來換好名聲了，和吏部開了小會，緊急調派歷年來的巡鹽御史作為欽差，又就近從山東、南直隸、應天府、北直隸等鹽運司抽調人手，來補空缺，一時間給朱翊鈞擦就忙的他手忙腳亂。
大案剛發時，全國其他鹽運司主官個個嚇得抽風，趕緊往賬上回吐銀子，做假賬的同時還要燒檔案，包括殺人滅口，轉匿財產等事，忙的是面色憔悴，神經兮兮。後來見皇帝沒有擴大打擊面的意思，這才把心暫時放在肚子里。
等張居正和吏部緊急抽調人手到兩淮，他們又個個彈冠相慶——各地鹽運司成立以來，這官員比位置少的情況，還是頭回經歷，個個如在夢中。
為防止兩淮動蕩，朱翊鈞下旨命操江御史何寬和應天巡撫都御史楊成分別帶漕兵二千五百和南京守備兵三千，到杭州扎營，便于就近彈壓。
隨後又緊急起復被罷官的俞大猷為兩淮巡鹽提舉，總理兩淮鹽丁事。負責安撫軍心並操練巡鹽兵丁，並剿滅鬧事鹽梟。
其實，朝廷大張旗鼓，雷霆一擊，各大、小鹽梟除非要反，誰敢作聲？所謂的綠林好漢，粘上毛比猴都精，腦子進多少水才能給這些貪官污吏出頭？個個偃旗息鼓，解散幫眾，自家躲藏好才是正辦。
錦衣衛隨後抽調精干力量，繼續深挖這些官員。朱翊鈞始終在內宮掌著大局，每天要听一次「專案組」匯報。
他同時命錦衣衛在這些蠹蟲身上多試驗些審訊手段，進行數據分析整理，並盡快形成刑訊教材，大批量培訓錦衣衛的刑訊高手。
到後來，鹽商和官員也說不出新東西，但提供的證詞都能作為佐證，終于給朱翊鈞勾畫出來以兩淮鹽司為核心的完整腐敗網絡，證據鏈條完整，各種旁證齊全。朱翊鈞佯作大怒，將奏報發付廷議，命三法司會審。
等法司會審時，被錦衣衛折磨的靈魂升華，洗心革面的鹽商和官員，個個爭先恐後，你攀我咬，把大理寺眾官驚得目瞪口呆。朱翊鈞主政以來，真正意義上的大案——兩淮余鹽案，就從王琢玉的一本奏章上突破，震動朝野
正可謂一波未平，一波又起，不過這後波因前波而來，直接把王琢玉、余懋學詔獄之事拍的無影無蹤，到了七月末，朝野已無人關心兩人死活。
百官所有精力都放在「兩淮余鹽案」上，四品以上包括御史科道官，每人手中一本活字印刷的《兩淮余鹽案官、商警示錄》，內容觸目驚心。
隨著《警示錄》的散布、傳抄，里面的各種賄賂手段，讓官場新女敕們大開眼界，心向往之。然而想想這麼多的雅賄、俗賄、色賄、房地賄、賀喜賄、親僕賄、典當賄、干股賄、借據賄、退休返利賄等等手段，都被拷掠的一干二淨，眾人都愁，如何開發新的賄種。