不過在新賽季當中，姆巴佩卻表現出了更好的狀態，並且在歐冠聯賽當中他也是拿出了一份非常合格的答桉。
2017年2月21日在歐洲冠軍聯賽八分之一決賽首回合摩納哥客場對陣曼徹斯特城足球俱樂部的比賽中，姆巴佩打入一粒進球，最終摩納哥客場以三比五的比分不敵曼城。
3月15日在歐洲冠軍聯賽八分之一決賽次回合摩納哥主場對陣曼城的比賽中，姆巴佩又打入一粒進球，最終幫助摩納哥以三比一的比分戰勝曼城，從而以總比分六比六且客場進球數多的戰績晉級歐冠四分之一決賽。
4月13日在歐冠聯賽四分之一決賽首回合摩納哥客場對陣德國多特蒙德足球俱樂部的比賽中，姆巴佩打入兩粒進球，最終幫助摩納哥以三比爾的比分戰勝的特蒙德。
4月19日在歐冠聯賽四分之一決賽次回合摩納哥主場對陣多特蒙德的比賽中，姆巴佩在比賽第三分鐘就打入一粒進球，最終幫助摩納哥以三比一戰勝多特蒙德，從而以總比分六比三的成績晉級歐冠半決賽。
5月9日在歐冠聯賽半決賽次回合摩納哥客場對陣尤文圖斯足球俱樂部的比賽中，姆巴佩打入一粒進球，最終摩納哥客場以一比二的比分不敵尤文圖斯，以總比分一比四的戰績止步歐冠半決賽。
5月16日姆巴佩獲得2016-2017賽季法甲年度最佳新人稱號。5月18日在法甲聯賽第三十一輪補賽摩納哥對陣聖埃蒂安足球俱樂部的比賽中，姆巴佩打入一粒進球，幫助摩納哥以二比零的比分戰勝聖埃蒂安並提前一輪獲得2016-2017賽季法甲聯賽冠軍。
在2016-2017賽季中姆巴佩在法甲聯賽出場二十九次，打入十五粒進球並貢獻十一次助攻；在法國聯賽杯出場三次，打入三粒進球；在法國杯出場三次，打入兩粒進球並貢獻三次助攻；在歐冠聯賽出場九次，打入六粒進球。這個成績已經驚為天人了，讓全世界都對這個不到二十歲的年輕人矚目起來。
2017年8月31日姆巴佩以先租借後買斷的形式從摩納哥足球俱樂部加盟至巴黎聖日耳曼足球俱樂部。
9月9日在法甲聯賽第五輪巴黎聖日耳曼客場對陣梅斯足球俱樂部的比賽中，姆巴佩在比賽第五十九分鐘打入一粒進球，這也是姆巴佩加盟巴黎聖日耳曼之後的聯賽首球，最終巴黎聖日耳曼以五比一的比分戰勝梅斯。
9月13日在歐冠聯賽小組賽b組第一輪巴黎聖日耳曼客場對陣蘇格蘭凱爾特人足球俱樂部的比賽中，姆巴佩在比賽第三十四分鐘打入一粒進球，幫助巴黎聖日耳曼以五比零的比分戰勝凱爾特人。
9月20日姆巴佩入選2017世界最佳陣容候選名單。10月9日姆巴佩入選2017年國際足聯世界足球先生候選名單，這也讓人更加認識了這個年輕人的潛力。
10月19日在歐冠聯賽小組賽b組第3輪巴黎聖日耳曼客場對陣比利時安德來赫特足球俱樂部的比賽中，姆巴佩打入一粒進球並貢獻一次助攻，幫助巴黎聖日耳曼以四比零的比分戰勝安德來赫特。