不過這也並不是拜仁的全部，因為拜仁的替補陣容也是非常強大的，甚至于張衛對他們的替補更為看重。
首先要介紹的應該就是穆勒了，1989年9月13日托馬斯‧穆勒出生于慕尼黑郊外四十公里的威爾海姆市。1993年四歲的托馬斯‧穆勒便成為了威爾海姆的帕爾俱樂部一員，開始了自己的足球生涯，在帕爾的七年時間，為穆勒日後的足球生涯打下了良好的基礎。
2000年5月19日穆勒加入拜仁慕尼黑足球俱樂部青訓營，在2007年的德國A級青年聯賽中，穆勒出場二十六次打進十八球，幫助球隊奪得十九歲以下德甲聯賽亞軍，在拜仁青訓營的八年時光，穆勒除了每日的訓練之外，還完成了中學的學業，每周他都要坐火車往返于學校和訓練場之間。
2008-09賽季他代表拜仁二隊參加德丙聯賽，三十二場攻入十五球，在德丙射手榜中排名第五，順利進入一隊大名單。2008年夏天拜仁歷史上的傳奇球星蓋德‧穆勒在一次專訪中，點名稱贊了托馬斯‧穆勒出色表現，看好他成為拜仁青訓營月兌穎而出的球星。在拜仁青訓營嶄露頭角的穆勒很快吸引了眾多德國勁旅的關注，慕尼黑1860和斯圖加特都曾派出球探考察穆勒。2008年8月15日拜仁慕尼黑對陣漢堡的德甲聯賽中，最後十分鐘穆勒替換米羅斯拉夫‧克洛澤出場，完成了其在一線隊的正式首秀，在2008-09賽季穆勒獲得了三次德甲出場機會。
2008年年底剛剛奪得德甲半程冠軍的霍芬海姆私下接觸穆勒，打算用一份豐厚的合同將其簽下，並且許諾給他比在拜仁多得多的出場機會，但穆勒拒絕了，他表示自己在拜仁已經待了九年，更願意在拜仁證明自己。
2009年2月穆勒與其二隊隊友霍爾格‧巴德施圖伯得到了一份為期兩年、截止到2011年的新合同，從2009-10賽季起生效。2009年夏天穆勒被提拔上拜仁一隊，成為了一線隊的正式一員，從一開始穆勒就被定位為克洛澤、戈麥斯、托尼和奧利奇之後的拜仁第五前鋒。
2009年3月11日歐冠18決賽第二回合，拜仁慕尼黑主場對陣里斯本競技，第七十二分鐘穆勒換下施魏因斯泰格，而第九十分鐘，索薩開出角球，替補登場的穆勒混戰中近距離破門，成功地完成了其個人在歐洲賽場的首演，最終拜仁在主場七比一大勝，總比分十二比一淘汰里斯本競技晉級八強。
2009年9月12日拜仁和多特蒙德的比賽，穆勒再次替補登場，本場比賽他獨中兩元，幫助拜仁五比一橫掃對手，不僅打入德甲處子球，還超額完成了任務，他也在賽後被媒體評為本場比賽的最佳球星。2009年9月13日蓋德‧穆勒將托馬斯‧穆勒欽點為自己的接班人，2009年9月16日2009-10賽季歐冠第一輪，拜仁對陣海法馬卡比，比賽第八十五分鐘，奧特爾禁區內接普拉尼奇直塞球回敲中路，穆勒在禁區弧頂處得球後右腳抽射球門底角得分，將比分擴大為二比零，三分鐘後戈麥斯利用速度擺月兌後衛防守後右路傳中，穆勒門前近距離右腳捅射破網，將比分定格為三比零。
2010年5月1日2009-10賽季德甲第三十三輪，拜仁主場迎戰波鴻，第十八分鐘穆勒門前兩米處接拉姆傳中搶點破門，第二十分鐘穆勒接里貝里傳球頭球攻門，第六十九分鐘穆勒在禁區中接到範博梅爾的助攻，一腳射門穿過後衛直奔球門死角，黑爾瓦根撲救不及，穆勒完成了自己在拜仁一隊的首個帽子戲法，最終幫助拜仁三比一擊敗波鴻，力壓主場零比二負于不來梅的沙爾克04提前奪得德甲聯賽冠軍。
2012年5月20日第五十七屆歐冠決賽，拜仁主場迎戰切爾西，第八十三分鐘克羅斯左路斜傳，穆勒後點距門五米處沖頂彈地越過切赫指尖貼橫梁入網，頂進冠軍聯賽決賽史上第五十球，拜仁一比零領先，穆勒是2001年埃芬博格之後首位歐冠決賽進球的德國球員，但德羅巴隨即頭槌扳平，點球決戰中拜仁三比四告負，2012年12月19日拜仁慕尼黑宣布與穆勒簽約至2017年6月30日。
2013年4月24日歐洲冠軍聯賽半決賽首回合，拜仁主場迎戰巴塞羅那，第二十四分鐘丹特頭球擺渡，穆勒右門柱邊沖頂首開記錄。第四十九分鐘穆勒接羅本右側開出的角球，後點頭球擺渡，助攻戈麥斯，穆勒成為歐冠近十個賽季首位對陣巴薩同時貢獻進球和助攻的德國球員，第八十二分鐘穆勒在門前五米處推進空門。穆勒2012-13賽季歐冠攻破了所有六個對手的球門，成為繼齊克勒和埃芬博格之後，歐冠第三位攻破巴薩球門的德國球員，他也是繼齊克勒對陣皇馬之後，歐冠第二位單場兩破西甲球隊大門的德國球員，最終拜仁慕尼黑以四比零取勝，創造冠軍聯賽半決賽最懸殊比分。
2013年5月26日2012-13賽季歐洲冠軍聯賽決賽中，穆勒也多次幫助隊友獲得得分機會，最終拜仁慕尼黑二比一戰勝多特蒙德，捧得第五座大耳朵杯，拉姆、施魏因施泰格和穆勒共同創造德國球員參加冠軍聯賽決賽紀錄，穆勒也成為第七年輕的三次出戰冠軍杯決賽的球員。
2013年3月31日德甲第二十七輪，拜仁九比二大勝漢堡，穆勒在漢堡隊禁區上演了一幕狗刨式突破法，連滾帶爬地晃過了漢堡隊兩名防守球員，這一幕也讓球迷們開心不已，2013-14賽季德甲聯賽中穆勒出場二十九次，打進十三粒進球，貢獻十次助攻，幫助拜仁慕尼黑衛冕德甲冠軍。
在歐冠聯賽中穆勒出場十二次，打進五粒進球，貢獻一次助攻，卻依然無法阻止拜仁慕尼黑在歐冠半決賽兩回合零比五慘敗給本屆歐冠冠軍皇家馬德里，在德國杯中穆勒出場六次，打進八球，幫助拜仁慕尼黑奪取德國杯冠軍並奪取德國杯金靴。