2013年1月16日德甲豪門拜仁慕尼黑在其官網上宣布，前巴薩主教練瓜迪奧拉將從2013-14賽季正式擔任球隊主教練。
2013年7月21日瓜迪奧拉率領的拜仁慕尼黑隊以五比一戰勝門興格拉德巴赫隊，奪得冠軍，捧得德國電信杯。2013年07月25日瓜迪奧拉率領拜仁2-0擊敗巴塞羅那，奪得赫內斯杯冠軍。2013年08月03日瓜迪奧拉率隊拜仁二比一戰勝曼城獲得奧迪杯冠軍。2013年8月31日瓜迪奧拉率領拜仁與拉齊奧一百二十分鐘戰成二比二，比賽進入點球大戰。在點球大戰中，拜仁五罰全中奪得2013年的歐洲超級杯冠軍。2013年12月22日瓜迪奧拉率領拜仁擊敗東道主卡薩布蘭卡，奪得第十屆世俱杯冠軍。
可以說張衛和他都是這個賽季中最耀眼的教練，而相比之下他的戰績好像強于張衛，所以能不能過得去他這一關才是張衛面臨的最大考驗。
瓜迪奧拉主張防守壓迫、利用球場寬度進攻、善用定位球等打法特點更加鮮明，從而讓隊伍變得更加靈活果敢，培養了團隊精神。在比賽中全面的能力還能從戰術變化上體現，球隊可以順暢地從343變陣為433，不論對手是誰。他也是個一絲不苟的教練，注重最微小的細節。瓜迪奧拉把刻苦精神和個人犧牲放在了首位，對球隊的每一步都有著明確的計劃，一切都要在掌握之中，在戰術方面，力爭做到完美無缺，瓜迪奧拉每場比賽前都認真研究錄像，從不考慮下一場比賽之外的事。瓜迪奧拉是個聰明的激勵者，讓每個球員發揮出最佳實力。
同時瓜迪奧拉進取心強，而且擁有犀利的戰術意識。在球場外他用清晰、明了的方式向球員傳輸自己的戰術思想；在比賽過程中，他也能讓球員精確執行自己的意圖，簡直就是張衛的另外一個版本，他們之間相比較真的有點太像了。
而拜仁慕尼黑的球員儲備也要比馬賽強了不知道多少倍，以前的巴塞羅那也許只有一群天才球員，可他們的身體素質並不出色，可現在的拜仁卻有著完全不一樣的東西，應該說這支球隊當中並不缺乏技術天才，而且更多都是身體素質強大的天才，這一點已經遠遠的超越了巴薩。
他們的主力門將是諾伊爾，2001年3月1日諾伊爾加盟沙爾克04足球俱樂部，經歷了沙爾克04每一年齡級別的賽事，2004年入選沙爾克04二隊，2005年諾伊爾與沙爾克04簽訂了職業合同，並且在2005-06賽季的德甲參賽名單中位列第三號門將。他在2005-06賽季曾兩次入選替補陣容，其余時間則主要代表二隊參加德國足球高級聯賽，2006-07賽季逐漸取代球隊隊長弗蘭克‧羅斯特成為主力門將，羅斯特隨後轉投漢堡足球俱樂部。
2006年年初諾伊爾被評為蓋爾森基興市年度最佳運動員，此前還曾贏得過弗里茨-瓦爾特獎。2006年8月19日2006-07賽季德甲第二輪客場對陣亞琛隊，由于主力門將羅斯特小腿受傷，諾伊爾迎來個人職業比賽處子秀，幫助沙爾克04客場一比零勝亞琛隊，從第十輪主場二比二戰平拜仁慕尼黑一戰開始，諾伊爾徹底取代羅斯特成為沙爾克04一號門將。
2006-07賽季有十三場比賽保持球門不失，撲救成功率高達百分之七十八點六，2006-07賽季諾伊爾隨同沙爾克04獲得德國足球甲級聯賽亞軍，諾伊爾以二點六一分成為kicker評分最高的球員，當選2006-07賽季德甲最佳門將。
2007-08賽季諾伊爾參加了德甲的全部三十四場比賽，並隨隊出征2007-08賽季歐洲冠軍聯賽。2008年3月5日2007-08賽季歐冠聯賽八分之一決賽次回合，沙爾克客場挑戰波爾圖，諾伊爾化解了對方的多次射門，沙爾克在九十分鐘內零比一不敵波爾圖，雙方總比分戰成一比一，加時賽雙方均無建樹。點球大戰上諾伊爾撲出對方兩個點球，沙爾克四比一淘汰波爾圖，挺進八強，沙爾克04創造了自參加歐冠以來的歷史最佳成績。
2008-09賽季諾伊爾由于在賽季前腳部骨折，休息了較長的一段時間，球隊在歐洲聯賽被及早淘汰，在德國杯也止步八強，這是諾伊爾在沙爾克04期間的最差成績。
2009-10賽季諾伊爾再次保持全勤，打滿全部德甲比賽，該賽季沙爾克04再次獲得德甲亞軍，這也是諾伊爾自己的第二個德甲亞軍。2010年5月9日德甲第三十四輪沙爾克客場對陣美因茨，諾伊爾撲出包括一粒點球在內的多次射門，零封對手幫助球隊戰平從客場帶回一分，成為本輪最佳球員，沙爾克04在獲得2009-10賽季德甲聯賽亞軍的同時還成為2009-10賽季失球最少的最佳後防球隊之一，整賽季失三十一球.
2010-11賽季當德國杯決賽原沙爾克04隊長海科‧韋斯特曼轉投漢堡後，諾伊爾被主教練菲利克斯‧馬加特任命為新任隊長。2011年2月4日2010-11賽季德甲聯賽第二十一輪，魯爾德比戰沙爾克04客場挑戰多特蒙德，諾伊爾十次撲救零封多特，沙爾克04最終零比零逼平多特，客場帶走一分。
2011年3月3日2010-11賽季德國杯半決賽，沙爾克04客場對陣拜仁，依靠上半場勞爾的頭球和諾伊爾零封對手的表現，沙爾克一比零戰勝拜仁，挺進德國杯決賽。
2011年4月20日沙爾克04宣布諾伊爾不打算在2011-12賽季結束後延長與俱樂部的現有合同，2011年4月27日歐冠半決賽對陣曼聯，兩回合沙爾克04以一比六的總比分不敵曼聯，止步歐冠半決賽。
2011年5月22日，德國杯決賽沙爾克04在德國柏林五比零大勝杜伊斯堡，奪得沙爾克04歷史上的第五個德國杯冠軍，也是諾伊爾以隊長身份首次捧起自己在沙爾克04正式出道五個賽季以來的首個冠軍杯。
2010-11賽季，諾伊爾被德甲球員和德國權威踢球者評委會選為2010-11賽季德甲最佳門將。