解決好造船和武器供應的問題，毛鈺開始著手處理艦隊和衛所的事情。毛文龍的親兵加上孔有德、耿仲明等人帶過來的人，新加入的遼東兵有1200人，毛鈺讓毛文龍先挑選200人，其中50人將安排在杭州毛府，50人安排在金塘島毛府，另外100人安排在杭州城外的莊園用來加強防備同時處理收租等雜事。
當毛文龍和孔有德、耿仲明等人看到尚可喜、達代應等人率領幾個方陣在校場走過的時候都被震撼了。尤其是桀驁不馴的孔有德，他之前只是羨慕毛鈺的戰船和站船上的火炮，沒想到這些人最強悍的也不過是兩年前從遼東帶過來的。
看到這樣的隊伍，毛文龍等人總算想起了這兩年來毛鈺不斷送來的消息，與某某海盜大戰，如何如何橫掃某海盜，也總算明白當日遭遇李永芳船隊，一千多*毛文龍親兵壓根就沒出手的機會。
而接下來的高層會議，孔有德等人再次感覺到了差距，按照毛鈺的說法新加入的這一千人身體素質不錯，訓練半年即可成軍。孔有德差點就跳起來，不過看到尚可喜那得意洋洋的樣子，他知道現在不是在東江，自己既然選擇跟了毛鈺，那就不再是千戶，就算是千戶身份地位和毛鈺還是有差距的。關鍵是除了自己幾個新加入的將領，先前跟著毛鈺的人都一臉的淡定。
毛鈺的計劃里，將以新加入的遼東兵圍骨干訓練一支海軍陸戰隊，這些人雖然也登船作戰，但平常只作為艦載兵和登陸作戰時候的主力。不過所有的新兵都必須通過訓練考核。考核次等的將會被分配到舟山衛去帶衛所兵或者分到邳山島和大陳島加強當地的力量。最後毛鈺強調了一句包括孔有德和耿仲明在內，所有人都是如此必須通過新兵訓練。
最讓孔有德等人郁悶的是這次新兵訓練的三個隊長就是尚可喜、達代應和毛順。孔有德不知道的是接下來的訓練尚可喜他們不用刻意針對也必定讓這些在遼東已經有些懈怠的老家伙吃盡苦頭。不過還是那句話，訓練雖苦，伙食是真不錯。
而訓練場地周圍那醒目的標語時刻提醒著大家。流血流汗不流淚、掉皮掉肉不掉隊這種標語看起來還高大上。「現在訓練不刻苦等著回家去吃土」就有點血淋淋，不過效果也是最好的，能來這里的大部分都是苦哈哈出身，尤其是東江這麼多年的苦只有自己知道。毛鈺要求雖然嚴格卻真的是伙食好。他們甚至普通士兵比在東江的毛文龍吃的還要好。如果連續三次通不過定期考核就真的只能回家吃土了，這是誰也不願意的。
將大部分訓練任務分下去之後，毛鈺也沒忘記給老爹選的200人重新訓練，除了一般的基礎訓練，大高手張*峰成了他們的教官。這些人跟隨毛文龍多年，心高氣傲，不過張*峰用單挑的戰績告訴了他們人外有人。先是一對一，連贏五場之後是一對二，然後是一對三。這些遼東大漢也沒臉提出來一對四、一對五。一個個對這個年輕的教官心服口服。
金塘島訓練的實際上就是毛家的私兵，不過軍規還是要有的，毛鈺在之前艦隊管理調理上又增加了幾條。這其中就包括違反訓練操典和保密條例最多。最常用的處罰就是蛙跳、俯臥撐、繞場地跑圈、五公里拉練等。
目前金塘島的軍事訓練基地還沒有完全建設好，不過已經有三個包含跑道和足球場以及單雙杠和沙坑在內的訓練場，可以供三千人同時訓練。這樣的訓練場地不說毛文龍孔有德等人，就算一直跟在毛鈺身邊的尚可喜等人也是意外連連。感嘆少爺錢真多，真大方！
這個時代的大明軍隊總是打不過只有幾萬人口的建奴，其實不是因為建奴妖孽，而是因為大明軍隊的訓練太差，也不合理。三日一練習，五日一操似乎就是非常了得的家丁、私兵了。一般的衛所兵估計一年也不會訓練幾次。又缺少馬匹面對騎射和步戰都出色的八旗精銳自然是一觸即潰。甚至很多時候是望風而逃。
毛鈺盡然是穿越者就要合理、科學訓練。陸戰隊，和艦載兵、戰船護衛和水手以及火炮手的訓練重點自然不一樣。當然弄這麼多訓練器材和名目的另外一個目的就是消耗掉士兵們過剩的精力也適當增加趣味性。目前隊伍當中的很多年輕人是沒老婆的，精力過剩的直接後果就是鬧事。
當然區分私兵和官兵之後，今後私兵基本上就在金塘島訓練，作用主要是戰艦護衛和金塘島護衛。至于舟山衛所軍重建，只能慢慢來，反正朝廷也沒剝下來銀子對于他的兵員自然不存在核查。
對孔有德和耿仲明等原東江將領毛鈺承諾讓他們過段時間再決定，如果決定加入舟山衛，毛鈺自然要想辦法幫他們爭取一個千總的位置。
而私兵毛鈺沒有按照大明的軍隊那一套管理，而是分士、尉、校、將四等。每個等又分三到四等。即下士、中士、上士、軍士長、少尉、中尉、上尉、少校、中校、上校、大校……
其中從軍士長晉升到少尉必須通過初級軍官考試。從上尉晉升到少校必須通過中級軍官考試，從大校晉升少將必須通過高級軍官考試。考試的內容包括認識漢字的數量、基礎算數、戰陣、兵法等。貿易這一招出來孔有德、尚可喜等人都笑不出來了。
因為毛鈺規定所有人按照軍餃拿工錢。戰場上如果戰陣被打亂就采取服從軍餃高的人指揮。如今三千多人當中自然大部分是上士和軍士長。少尉網上基本上都是護衛隊長和各船船長。尚可喜、達代應等人目前是對應的等級上尉當然還必須在一年內通過軍官考試。整個軍隊編制才盡量采用後世的模式，不過考慮到目前主要是水師為主，因此並不是一船一個整編排和整編連。而是以營為單位分派船只和戰兵以及火炮手和水手。毛鈺計劃今後隨著戰斗經驗的豐富和船隊規模的擴大團級單位將會成為一個小艦隊或者陸戰隊。