時間一晃又是三年過去了。
這三年里發生了很多事情。
十五年前發生核泄漏的雀路羅市，內部的輻射已經被淨化一空。
這並不是在這里建立了基地的帝王組織的功勞，而是當年引起了雀路羅市核泄漏的那只大型史前輻射生物將所有的輻射能量吸收一光，然後化為覆蓋在反應堆的蛹！
雀路羅市的該基地發生了幾次地震和停電，反應堆上的蛹里面，一只巨獸直接孵化逃出，並大肆破壞基地，最後張開翅膀飛至天際。
海軍上將威廉‧史坦茲將巨獸定名為大型未知陸上生物，簡稱穆托！
穆托摧毀一艘俄軍核潛艇，將其帶到夏威夷檀香山島上進食核彈。
它的存在引出海底的哥斯拉，其因為體形龐大而造成海嘯，海邊一帶被淹沒後，哥斯拉上岸和穆托正面交鋒，穆托在勢單力薄下飛行逃跑，哥斯拉則立刻回到海里追隨。
而這時，另一只體形更為龐大的雌性穆托也從蛹中孵化，它在十五年前的菲律賓尋獲，被美國軍方回收並封存在內華達尤卡山核廢料處置庫中，吸收了大量輻射後，終于孵化，破殼逃出，踩碎拉斯維加斯後往舊金山灣前進。
史坦茲等軍方決定實施靠一顆核彈做誘餌，運至海上引爆以殺死所有怪獸——包括哥斯拉、穆托的方案。
但這顆核彈在半路就被雄性穆托劫走，與到達城市的雌性穆托會合後，在唐人街挖地下洞建立巢穴。
哥斯拉穿過金門大橋趕到城市，和兩只穆托正面交鋒。
而趁著泰坦怪獸戰斗，人類潛入穆托的巢穴，運走了核彈，並將整個巢穴澆油放火炸毀。
哥斯拉在戰斗中成功殺死雄穆托，而雌穆托發現它的卵都被燒死後，憤怒地殲滅駐守碼頭的突擊隊。
哥斯拉用原子吐息噴進雌穆托的體內而將它燒斷頭至死，獲勝後也因力盡而倒在城市里。
軍方到舊金山開始搜救幸存者時，倒下的哥斯拉深吸一口氣後再度站起來，在市民的注視下回到海里銷聲匿跡。
只是哥斯拉雖然回到了深海，回到了地心世界，但是它在人類世界造成的影響，卻是極其深遠的。
整個世界，都知道了哥斯拉這類史前泰坦巨獸的存在！
他們在各個角落，各個時間里討論著這些泰坦巨獸，討論它們存在的意義，討論它們對人類的威脅，討論如何殺死它們，如何如何利用它們……
這些史前泰坦巨獸給人類的壓力可以說無處不在!
原本達成了戰略合作協議的基因能量公司和阿派克斯科技集團在這空前的壓力下，合作不斷加深，可謂是沒有上限的合作！
阿派克斯科技集團關于新能源，反重力，高速磁懸浮方面的科技，通通向基因能量公司開放。
這些科技信息最終被裝入一個個u盤里，落到了何佑曼的手中。
而基因能量公司關于基因方面的科技，也毫不保留地向阿派克斯科技集團開放。
三年的時間里。
基因能量公司借助阿派克斯科技集團打造出一個科技程度更高的太空站，並將制造而成的十二管基因藥劑送上去直面太空輻射誘發變異，最後成功回收！
經過試驗得知，這些基因藥劑可以誘使普通生物產生超乎尋常的進化，能夠在極短的時間內，體型增長到原來的數十倍，乃至幾十倍不等。
另外，還擁有了極其恐怖的再生能力，就像電影里的金剛狼一樣，劃它一刀，轉眼間就恢復如初！
更讓克萊爾欣喜若狂的是，使用了這些基因藥劑的實驗生物，身體發生變異過程中，進化出了吸收核輻射的器官，擁有了更高效的能量吸收轉化系統！
有些實驗生物還因此進化出相應的能量攻擊方式！
這當然是何佑曼貢獻出來的地心世界基因生物的功勞！
克萊爾真是愛死了何佑曼了！
不過，使用這些基因藥劑的實驗生物並不是完美無缺的。
首先它們受到基因的影響，一直不受控制地處于憤怒之中，會不斷攻擊周邊的生物，和物體。
而且它們還會受到某種的電波的影響，基因會迫使它們不斷去追逐這種電波。
這是克萊爾故意在基因藥劑中設下的陷阱。
克萊爾‧懷特可以利用這種缺陷，去驅使這些生物，完成她的目的！
其次，這種進化並不是沒有代價的。
雖然它們變得超乎想象的大和強大，但是其細胞分裂速度也超出想象的快！
按照實驗生物的細胞分裂速度，它們最多只能活一個月到三個月。
雖然有種種瑕疵，但難以抵擋這些基因藥劑的誘惑力。
基因能量公司和阿派克斯科技集團為爭奪它們的所有權，鬧得不可開交。
原本，阿派克斯科技集團的創始人沃爾特‧西蒙斯想打造一種不遜色哥斯拉，乃至更強大的大型機械武器。
為此，阿派克斯科技集團投入了大量的金錢和人力在特種金屬和特種能源方面的開發。
在特種金屬方面，阿派克斯科技集團進度不錯，已經研制出一種可以對哥斯拉的原子吐息有超強抗性的金屬。
但是在特種能源方面，就一直不盡人意，始終研制不出來可以驅動這樣的大型機械的新能源。
不過現在，基因能量公司的基因藥劑，讓沃爾特‧西蒙斯有了一些新想法。
而基因能量公司的克萊爾方面，更加不願意失去這些力量與財富的象征。
兩家大型集團爭吵到最後，才終于定下分配方式。
除掉實驗使用掉的三管基因藥劑，還有九管。
何佑曼獨得一管。
阿派克斯科技集團拿到三管。
基因能量公司拿到五管，但要承諾在後續之中，給阿派克斯科技集團提供不少于五管的基因藥劑！
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