大明使團在馬尼拉足足修整了二十天，等到全員身體和精神狀態基本恢復後，方以智、鄭芝鳳方才與張文耀等人告別，拔錨起航後向大明返航而去。
崇禎十四年十一月初九日，船隊在北海艦隊派出的幾艘戰艦的護衛下抵達天津衛碼頭，在離開大明五年後終于回到了故土。
踏上碼頭的那一刻，自恃心志堅定的方以智也不禁雙眼濕潤，而隨後下船的使團成員中，有的人則是放聲大哭，但更多人則是歡呼和雀躍著，表達著對回到故鄉的那種激動的心情。
十天之後，回到京師的方以智和鄭芝鳳奉詔入宮覲見，陪同他們一起入宮的還有溫體仁、孫傳庭、陳奇瑜以及禮部尚書鄒維璉、鴻臚寺卿李進番等相關人員。
雖然朱由檢已明令廢除了叩首禮，但首次覲見天顏的方以智和鄭芝鳳，依舊是堅持著行了三跪九拜的大禮。
尤其是方以智，以一介白身直接被擢為禮部侍郎餃出使歐洲，這種天大的恩遇可以說是自古罕見，尤其是在他自知名氣並不大的情形下，驟然有此榮耀加身，這種等同于再造的知遇之恩，是他無論如何都會感激涕零的。
「方卿、鄭卿且起！
卿二人在明知前路吉凶未卜，甚至隨時極有可能葬身魚月復之危時，依舊毅然奉命橫跨數萬里之大洋，率團出訪極西之歐洲諸國，其心性之堅毅、勇于任事之擔當，用心辦差之能力，實為天下官員之楷模！
朕對二位卿家于此行之諸多表現極為滿意！
還望二位卿家今後戒驕戒躁，始終保持此優良作風，將此風格貫穿始終，在本職中充分發揚光大，為建設一個嶄新之大明做出更多貢獻！
二位卿家對歐洲之行有何看法，現下可以大致講說一番。
方卿，你便代表鄭卿講一講吧！」
朱由檢打量著方以智這位後世傳頌的名人，心里頭不禁暗嘆︰「果然是盛名之下無虛士！」
對于此次歐洲之行的所見所聞，方以智都做了詳細的筆錄，對歐洲各國的風土人情及所看到的國情大政都有描述，並在其間添加了自己的思考和評論，可謂是十分用心之至。
這本多達十幾萬字的游記體的著作，朱由檢已經在數日內瀏覽完畢，並且對現在歐洲各國的概況有了一個大致的了解和認識，這本筆記可以說是相當珍貴的資料，對于大明制訂相關政策有著很好的借鑒作用。
這種極其認真敬業的態度，也是大明官場所需要的。
「微臣等愧不敢當！
若非聖君在位，臣與鄭鳴山此生怕是絕無機會能有如此見識。
臣等只願此行所獲能有助于我皇明日後之發展。
他山之石可以攻玉。
此次歐洲之行，臣等認識到天下是如此之大，有諸多國家在某些方面之建設中，還是有許多值得借鑒的地方。
比如歐洲幾個強國所建立之大學，其為人師者所教授之知識，俱是以日常實用為主，許多工具若是于我皇明大力推廣，對于我國國力之提升還是有相當之裨益。
若非聖上如此開明睿智，臣等也是一直以為，我煌煌大明，乃是全方位領先于天下，並且不管多少年月，也會始終保持此等優勢。
但臣等在游歷諸國之後，心里似有所感，要是照此境況發展下去，歐洲一些國家，諸如法國、普魯士國等，很可能在不遠之將來，在國力上超越我國。
臣觀歐洲諸國行事，皆以強者為尊，舉國上下皆以物質財富為尊︰無論你是如何獲取財富，眾人都是只講結果，不計較過程。
此等行舉，實與強盜無異，與我華夏之國千百年來倡導仁義禮智信截然不同！
臣觀此後亦是心生隱憂。
若有朝一日，歐洲些許國家國力強盛，說不得便會覬覦我國之財富，若其憑強橫之武力來犯我，最終結局如何實是難以預料！」
感受到朱由檢對自己既欣賞又親切的態度後，方以智心頭的一絲拘謹與忐忑瞬間消失的無影無蹤，于是他接著朱由檢的話題，洋洋灑灑發表了長篇大論，昭仁殿中端坐的溫體仁等人有的在凝神靜思，有的則是流露出不以為然的神情。
「大善！」
方以智講完之後，朱由檢不禁拍手贊道。
如果說徐光啟是大明睜眼看世界的第一人，那在這位名臣離世之後，經過此次歐洲之行的鍛煉，方以智將會成為當世當之無愧的大明對外第一人。
朱由檢獲悉，方以智為了能夠更好地與歐洲各國政要交流和接觸，在這近五年的時間里，已經學會了法語與葡萄牙語，在平時能夠較為熟練地用法語與笛卡爾交流，這種語言上的溝通也促使兩人的關系得到迅速提升。
工欲善其事必先利其器。
方以智這種態度值得予以特別的夸贊。
「方卿上述言論甚合朕意！
方卿能于諸多細節中察端倪、識趨勢，如此思想遠超諸多世人！
卿以為，接下來我大明該采用何種舉措加以應對？」
在稍微夸贊幾句後，朱由檢提出了自己的問題。
他現在非常期待方以智提出的解決方案能與自己高度契合，那樣的話，自己的計劃就會增添更強的主動力。
「啟奏聖上，臣以為，我皇明若想不被趕超，那就當學其重視實用人才之培養方法。
臣建議設立專門學堂直至大學，從幼童少年中發掘並培育人才，教授其數學等相關知識，多多與歐洲相關方面進行合作交流，並將其定為長期之策，不因一時之成敗而止步不前。
長此以往，我皇明焉有不強之理！」
方以智從容施禮後給出了自己的答案。
「甚好！
卿可願意擔此重任？」
方以智的回答讓朱由檢非常滿意，這與他創立皇家理工學院的思路完全一致。
「若能遂君王之志，臣願用畢生投入于此！」
方以智躬身慨然道。
「好！
方卿可能不知，朕已創立皇家理工學院，其目的與卿別無二致！
既是卿願意為國育才，那學院祭酒之位便是卿的！」
方以智、鄭芝鳳陛見數日之後，聖旨發出。
方以智以禮部尚書餃出任皇家理工學院祭酒。
鴻臚寺卿李進番調任禮部左侍郎一職，其職位由鄭芝鳳以禮部侍郎餃接任。
與此同時，鴻臚寺升格為正三品衙門，署衙所需人才以及職官升擢，由吏部及鴻臚寺堂官議定。
出訪歐洲使團成員中病歿者入英烈祠祭祀，有親屬者領燒埋銀五百兩；使團官吏均升兩級，擔任使團護衛的錦衣校尉同例。
選派留學的孤兒都進入理工學院繼續學習，照顧他們的護從全部轉為學院吏員，俸祿照其他衙門人員例發放。
方以智、鄭芝鳳的正妻均獲五品宜人封贈，其余人等每人賞銀一百兩。