第二日一早，楊廣便下詔，將遼東新平之地設置為遼東郡，至于原遼東郡則改名為玄菟郡。設遼州總管府，統轄遼東郡、玄菟郡、燕郡三郡軍事。
楊廣沒有留下李景鎮守遼東，在他看來，雖然李景資歷更高，但也容易在遼東割據。而且將李景留在遼東，等到黃明遠回來之後，反而容易與黃明遠爭權。
楊廣以黃明禎為檢校右御衛大將軍，遼州總管，鎮守遼東之地，表示了對黃明遠的充分信任。而黃明禎年輕，威望不足，也很難在遼東進行割據。
楊廣又以觀王楊德雄三子通事舍人楊續為燕郡太守，以崔弘升的五弟左監門郎將崔弘壽為玄菟郡太守，遷達奚暠為遼東郡太守。楊續、崔弘壽三人不是皇親國戚，就是功勛之後，如此安排既保證了三郡的政令通達，又使得三人因為身份，不可能叛亂。
又設副總管一名，以楊廣昔日舊將史祥擔任。
史祥昔日是楊廣心月復，只是後來為楊廣所厭惡，只擔任左驍衛將軍，比隋文帝時還低。及遼東之役，史祥奉命出蹋頓道，不利而還，由是除名為民。這一次若不是走通了虞世基的路子，還不能復職。
不過遼東之兵，盡是黃明遠所統帥，史祥在黃明禎這里，也就只剩下一個資格老了。
遼州總管府特設與幽州同級，因此置四名虎賁郎將。黃明遠倒是不藏私，以黃明溥、李進、劉黑闥、高聶四人任之，除了堂弟黃明溥，都是他豐州的舊部。現在利益爭奪已經到了刺刀見紅的時候，也顧不得其它了，遼東要保持穩定，勢必要控制全部軍隊。
對于北面的胡人，楊廣雖然並不在意，但還是听從了黃明遠的建議。黃明遠信誓旦旦，這種時候，自然得听。
因此以薛世雄調任代州總管，李景兼任平州總管，鄭言慶繼續擔任豐州總管，王仁恭繼續擔任朔州總管，鄧暠則繼續擔任營州總管。
其余隨黃明遠征討遼東之人，也各有獎賞。雖然楊廣很想賴了此事，但黃明遠卻言，若要平叛，還需要各軍奮勇爭先，此時切不可給楊玄感拉攏諸將軍之機。
楊廣只得同意。
五月十三日，黃明禎也趕到了遼東城。
他率四萬主力奉命東進木底城，已經破之，兵鋒直指國內城。後來黃明遠急信，黃明禎這才趕緊撤回了木底城。
黃明禎所部一路東進，直到木底城下。木底城守軍根本沒有防備姜以式敗的這麼快，且城中兵力也沒有多少，因此不備之下，被黃明禎所趁，搶佔了城池。
佔領木底城之後，黃明禎乃繼續向東，劍指國內城。
國內城是高句麗遷都平壤之前的都城，為都城四百多年。其與高句麗第一個都城紇升骨城（今遼寧桓仁縣五女山城）、尉那岩城（後稱丸都城），相互依托，共同組成高句麗的國內城防線。
這里也是高句麗首相淵太祚的老巢，淵太祚在此統御高句麗的北方部落，並與高元分庭抗禮。
此時從木底城通往國內城的道路有兩條，一條是北道，地形平闊；一條是南道，地勢險要狹窄。此時隋軍人馬、裝備眾多，眾人都想走北道。
黃明禎對眾人說道︰「木底城失陷的消息瞞不了多久，淵太祚肯定會知曉我軍東進一事。其據常情忖度，必定認為我軍會走易行的北道，防御上肯定是重北而輕南。我軍當以精兵由南道攻擊，出其不意，直襲國內城，迫使淵太祚與我軍決戰。另外派遣偏師由北道進發，吸引高句麗人注意，即使遭受挫折，但他們的月復心已經潰敗，四肢便無能為力。」
黃明禎乃以劉黑闥為先鋒，親率三萬五千人從南道出擊，又命蒙陳其率領五千人從北道出發，攻打國內城。
果不其然，淵太祚听到木底城失陷的消息之後，大吃一驚。聞听隋軍前來，便親自率領五萬人馬在北道迎戰，又命其弟淵全淨率領羸弱的士兵防備南道。
不出黃明禎所料，劉黑闥所部長驅直入，一路勢如破竹，擊破淵全淨所部，攻打到國內城五十里外的地方。
淵太祚聞听消息之後大驚，馬上回師救援國內城。
黃明禎趁機在淵太祚回援之路設下了埋伏，劉黑闥親率騎兵先行沖擊高句麗的戰陣，所到之處高句麗軍均遭挫敗。高句麗的軍陣騷動，隋軍乘勢攻擊，高句麗軍隊大敗。
此戰淵太祚折損近萬人，陣亡大將二十多人，狼狽逃回國內城。
隋軍兩路會師，乃進抵國內城下。
淵太祚一邊向四周求援，一邊撤往丸都山城。
國內城和丸都山城共同組成高句麗的前都城。原本的高句麗中樞系統平日里居于國內城，到了戰時便遷往丸都山城。
丸都山城地形險峻，是沿山勢走向構築的城牆。淵太祚雖然兵敗，但在丸都山城居高臨下，又兵力充足，黃明禎始終不能破。
黃明禎圍攻丸都山城二十多日不下，便下令收繳國內城府庫中歷代積累的財寶，又擄掠城中大批人口，並焚毀了高句麗的宮室。
但淵太祚眼看無動于衷。
黃明禎最終沒有攻破丸都山城，在得到黃明遠的信之後，他下令燒毀了國內城，便匆匆撤回了木底城。
黃明遠不得不佩服自己這個弟弟，還真是人狠話不多啊。
黃明遠乃與黃明禎詳細談了關于遼東的防務問題。其部除了平州軍萬人，還有十二萬府兵和兩萬多高句麗降兵，相比較高句麗人的實力，壓力很大。
黃明遠告訴黃明禎會命黃明俊的海軍北上來支援，而他的底線便是守住遼東城即可。
這一次平叛，黃明遠也不知道何時才能返回遼東，因此更希望黃明禎能夠鞏固佔領區域，清理高句麗各部的殘余，穩定局勢。
現在時局動蕩，誰也說不清接下來會發生什麼，遼東將會是黃家的一條後路了。
黃明遠也準備抽調大量的人力、物力來經營遼東，前幾年南洋的海貿、西域的絲綢之路等賺的錢，這一次便一口氣砸到遼東了。