他回到長安後，先將傀儡皇帝李繼玄身邊的宦官都換了一通，繼續任命徐賓為中書令、岑參為侍中，並且命令二人著手開始進行秋闈科考，選拔天下人才為用。
科舉開始的同時武舉也在緊鑼密鼓的準備中，自武後開設武舉以來，武舉考試為大唐社稷選拔了許多優秀將領，其中最為出名的便是郭子儀。李嗣業決定在此基礎上開設長安軍事學院，與國子監地政治地位想等。他將選拔合格的武舉投入學院之中，進行為期限為五年的軍事學習，為軍中培養能征善戰的干才。
軍事學院的山長，他決定請李光弼出山擔任，學員們學習排兵布陣和軍事理論，三年齊滿後可在軍中實習，等實習期滿後可獲得官職，一般為校尉和中郎將，之後再根據戰功和表現擢升。
為了解決節度使權柄過大的問題，李嗣業開始著手進行軍隊的改制，改變二一制為三三制，軍中基本單位為什、隊、旅、團、營、都、軍，一什的人數為十五，三什為一隊，如此類推一軍的人數為一萬兩千多人。節度使不再直接掌管軍隊，而開始負責地方管理，軍使由朝中直接任命。
他將朝廷自上而下設立參謀體系，在中書省和門下省之外設立了參謀台，任命李光弼為參謀侍中，下屬的參謀成員總共六七人。各邊鎮設立參謀部，治下的軍使調動和地方軍隊將領提拔由參謀部決定，節度使不再參與軍中的事務。
他把所有的規劃通過皇帝的聖旨下達到地方各邊鎮，消息傳出輿論一片嘩然，雍王終于要對邊鎮下手了。河西北庭安西是他的舊有勢力，對于雍王的決議自然是大力支持。河東節度使本來由河東內部將領控制，但經過一系列的運作之後，河東節度使已由阿史那‧啜律擔任，河東內部的高層將領也換了一批，對于這件事情也沒有異議。
幽燕節度使如今是李崇豹，由于李嗣業對河北等地的軍隊進行了分化安置，幽燕的所有權力都集中在李崇豹手上，只要兒子沒意見，別的人也不必有什麼怨言。
北都幽州留守薛嵩主動找到李崇豹問他︰「二公子，主公要削去節度使的兵權，不知你怎麼看？」
「我能怎麼看？」李崇豹笑道︰「削節度使兵權是遲早要做的事情，父親年紀也不小了，他提前這麼做，無非是給繼任者掃清障礙，我身為兒子，自然要舉雙手贊成。」
薛嵩嘴角溢出微笑叉手道︰「公子能想到主公的心里確實是仁孝，不過，公子剛剛也說了，主公年事已高，還能夠維持多長時間？從現在的形勢來看，繼承他位置的必然是李旭。您半輩子跟著主公南征北戰，到頭來無法繼承大業，難道連兵權也要拱手讓給弟弟嗎？」
李崇豹陷入了思索，薛嵩說得沒錯，先前他還抱著期望認為父親會將大位傳給他，但是經過這麼長時間，他只能看著弟弟李旭身處長安坐擁御林軍，能夠留在父親身邊得到諄諄教誨，這讓他的心底產生了強烈的不平衡感。
他心中有些不情願了，但不知該不該違逆父親，只能求問身邊的薛嵩︰「但這是父親的旨意，我如何能夠違背？」
薛嵩給他出主意道︰「主公對公子你愛護有加，他削弱節度使兵權，是針對那些外姓將領。你是他的兒子，削弱你也只是向外人表示他一視同仁而已。公子可以向主公進言，表示幽燕可以特殊對待，不必接受軍隊內部的編制改變，也不要派什麼參謀部過來。」
李崇豹也許是對眼前的事情看不清楚，竟然听信了薛嵩的忽悠，給父親李嗣業寫了一封信，表明出自己對削去藩鎮兵權一些不切實際的想法。
收到信的李嗣業十分生氣，他沒想到削去節度使兵權最大的阻力竟然來自自己的兒子，他立刻派人去信，把李崇豹大罵了一通說他不知大體。
李崇豹自然誠惶誠恐，連忙向父親認錯，將亂出餿主意的薛嵩給罵了幾句，又把麾下的兵力經過重組成為了十三個軍，並且將軍隊移交給了長安派來的參謀部。
整個北方如隴右，朔方等鎮都對削去節度使兵權表示接受，李嗣業從長安派去的參謀很好地接收了兵權，只有蜀中的劍南節度使發生了些許意外。
劍南節度使崔寧、崔密兄弟掌控著成都城和城內的團結營，按照李嗣業的規定，團結營會被一分為二，崔密只能擔任其中一軍的軍使，劍南節度使也不再管理蜀中的各軍，只管各州刺史。軍官的選拔任命軍隊調動都由長安派來的參謀部說了算。
派往蜀中的參謀部一共五人，房琯在其中擔任參謀長，崔寧不願意手中的權力被剝奪，命心月復將路途中的參謀部五人全部扣留在劍門以北的棧道驛站，但他不敢將事情做絕，害怕李嗣業怒火發作率大軍來攻，只將進入劍閣的沿途棧道給燒毀，繼續自我封閉，妄圖在蜀中一家獨大。
崔寧敢這麼做是經過深思熟慮的，他也非常了解如今的形勢，李嗣業的主要力量都放在長江沿岸和襄陽地區，無法兼顧蜀中，對于蜀中的消息也不會太關注。他把這些所謂的參謀全部扣留在蜀道上，加緊力量準備完全控制蜀中，等清除掉郭英義兄弟等反對派之後，就可以一家獨大形成國中之國，甚至可以和李豫的南唐政權相互聯合共同抗衡李嗣業。
他預想中將來形成的局面和三國非常相似了，這也是他的信心來源之一。
只是在蜀中能與他們抗衡的還有另外兩股勢力，其一是郭英義、郭英干兄弟所率領的東川軍和西川軍，另一支為杜濟所率領的重慶軍。
郭氏兄弟與崔寧的結怨由來已久，甚至可以理解為李嗣業把郭氏放在蜀中，就是為了制衡他。至于這個杜濟，他就是兩面倒的牆頭草，誰贏他才幫誰。
崔寧決定想方設法除掉郭英義，但一直找不到機會將他調來成都，這次李嗣業假借皇帝之名發來的聖旨倒是個很好的借口。這可是個很大的事情，想必二人不會拒絕。
郭英干得到崔寧送來的信函後，連忙去與兄長商議該如何答復。
郭英義捻著胡須點點頭︰「主公要削去節度使的兵權，這對你我兄弟沒有任何影響，只是崔寧這廝要坐不住了。他叫你我二人同去，難不成是想聯合我們共同抵制主公？繼續保有他節度使的兵權？可他明知道我們不會與他聯合，為什麼還要這麼做？」
「肯定是狗急跳牆，病急亂投醫了唄。到時候我們一起去逗逗這條瘋狗，看他還能有什麼作為。」
郭英義凝神思慮，抬手道︰「不可，主公派的參謀團沒有來之前，我們還是要多加提防，你和我只能去一個，萬一有個什麼閃失，他們也不敢輕舉妄動。你留在眉州掌控東西川軍，我去會會崔氏兄弟。」
「兄長腿腳不便，旅途顛簸還是讓我去吧。」
郭英干騎著快馬上路了，渝州刺史兼任重慶軍使杜濟在成都城外的驛站遇上了他，遂結伴而行。
杜濟問他︰「郭兄長為何沒有來？」
郭英干並沒有如實相告，只笑著說道︰「兄長腿腳不便，只好由我來一並代勞。」
誰知杜濟半晌沉默不言，突然感慨道︰「你兄長是個聰明人吶。」