此外，總參謀部原本屬于五軍都督府，朱怡成準備把總參謀部連同五軍都督府進行重設。
按照明制，五軍都督府分為前、後、左、右、中五個都督府，按照五府結構分設，分別管理京師和天下各衛所軍隊，從品級上同兵部相等，規定五軍都督府對軍隊無調遣權，其調遣之權由皇帝直接掌管；兵部在軍隊中雖有任免、升調、訓練之權，但不統兵。每逢戰事，由皇帝臨時委派專人擔任總兵官，統率衛所部隊出征，戰事結束，總兵歸還將印，軍隊歸還衛所。
從這點就能看出，朱元璋當年設置五軍都督府是按照當初反元時的大都督府結構基礎再加上宋時的樞密院來進行的，同時避免兵部過于染指軍權，從而把日常軍隊的管理、統兵等職權直接交由五軍都督府，可同時又限制調遣權歸皇帝直接掌管，從而確保皇帝對軍隊的掌控。
不得不說，朱元璋的這種設置有獨到之處，而且在前明早期起到了極好的效果。但由于土木堡之變後，前明勛貴集團在土木堡幾乎被一掃而空，從而使得文官掌握的兵部權利大增。
英宗之後，五軍都督府的地位開始逐步下降，等到前明中後期，勛貴在朝中已徹底失去了同文官抗衡的能力，五軍都督府也就此成了擺設。
但對于朱怡成來講，朱元璋設置的這套機制還是有可取之處的，而且朱怡成同當年的朱元璋一樣，為了防止未來文官獨大，從大明復國起就重新建立了新的封爵制度，以其來形成勛貴集團來牽制文官集團。
至于在軍隊方面，朱怡成在南京時就增設總參謀部，以確定五軍都督府對于軍事的權利，而之後又在五軍都督府內部劃分五軍都督的職權，把原來按五府分設的結構調整為按軍種和所職進行。
現在大明的五軍都督府名義上掛著羊頭，實際卻是賣著狗肉。
其中中軍都督府實際上就是京營或者說中央衛戎部隊總司令部。前軍都督府已成為陸軍總部，後軍都督府為海軍總部，左軍都督府統管預備役，右軍都督府為總後勤部。
這五部，再加上總參謀部，連同六部之一的兵部，從而形成大明現在的軍事結構，由皇帝朱怡成全權掌控。此外，地方上再劃分軍區，以分設總鎮，確保大明軍權的控制。
而這一次軍機處調整，朱怡成不僅要增設鐵道部和商部，同時還要重新確認總參謀部和五軍都督府的職權。對于這個調整，其實在返都北京時朱怡成就在一直考慮的了。
此外，宣傳部朱怡成暫時維持現狀不動，但禮部這一塊朱怡成卻要再動上一動。
其實在滿清時期，滿清為了處理民族和藩國機制，已增設了理藩院，理藩院主官同為尚書等同六部，由此來看，滿清六部其實並非六部，而是七部，而且理藩院的建立的確為處理這些事務解決了不少問題。
對此，朱怡成準備從禮部和鴻臚寺中的職權中劃出部分，增設外交部，以替代滿清的理藩院職權。但相比理藩院，外交部的職責卻要重了許多，要知道滿清的理藩院僅僅只是處理邊緣民族地區和周邊藩國事宜，而如今大明除了這些外，更多了還有同天下各國之間的交往。
隨著大明邁向世界的腳步越來越快，如今大明已開始同西方各國有了密切接觸。其中英國、葡萄牙兩國早就同大明建立正常外交關系，甚至還分派了公使，設置了公使館。
除去這兩國外，荷蘭也已提出同大明建立正常外交關系，並且得到了大明的同意，在京師的公使館也在修建之中，等到荷蘭公使由歐洲抵達京師，那麼荷蘭就是續英國和葡萄牙王國同大明正式建交的第三國。
之外，之前來聯絡的羅剎國，甚至包括已在新明進行接觸的西班牙王國，說不定很快就連法蘭西帝國也會向大明提出這樣的要求。除去這些國家，歐洲還有瑞典、普魯士、奧地利、丹麥等國，甚至還有橫跨亞歐非大陸的奧斯曼帝國等等。
大明走向世界，必然會和同這些國家進行接觸和來往，所以設置專門的外交部已迫在眉睫。
這樣一來，在朱怡成的構思下，接下來大明的中樞機構為皇帝—軍機處—原六部機構再加鐵道部、商部、外交部三部。此外總參謀部連同五軍都督府重新確立，改前軍都督府為衛戎總司令部，後軍都督府為海軍總部，左軍都督府統管預備役，右軍都督府為總後勤部。
這個動作看起來似乎挺大，可實際上朱怡成真正改動的也只有鐵道部、商部和外交部這三個新設而已。而在這三部中，前兩者同工部有著極大關聯，所以朱怡成這才會提前同蔣瑾告知，並希望作為工部尚書的他以準軍機大臣的身份主動上書，提出方案。
至于外交部，這倒是簡單。畢竟滿清時期朝廷就有理藩院，而大明現在增設外交部也是順理成章。而總參謀部和五軍都督府，這關于軍隊方面，作為皇帝的朱怡成自然可以一言絕之，再說在經過幾年的準備，眼下僅僅只是改個名稱而已，一切等于水到渠成。
听完了朱怡成所講，蔣瑾心中倒有幾分震驚，他沒想到朱怡成心中早就有了如此大範圍的調整，而且對于朱怡成為什麼對他說這些自然心里也很清楚。
蔣瑾不是傻瓜，何況他又是馬上入軍機的人，無論是鐵道部還是商部的設置，對于原本就是掌握工部的他來說只有好處沒有壞處。一旦這兩部設立成功，蔣瑾在軍機處的話語權就大大增加。
按照軍機處的前後規則，等廖煥之等人退下後，軍機處資格最老的就是史貽直了，如果不出意外的話史貽直就將取代廖煥之為首席軍機。
而按照朝中資歷，蔣瑾對于史貽直是不滿的，畢竟當年他未能入軍機就有著很大情緒，而如今雖然如願，可是還要被史貽直壓上一個頭，這在心高氣傲的蔣瑾看來依舊不甘。
可一旦能夠直接影響三部，再加上他蔣瑾在朝中的威望，就算到時候史貽直是首席軍機又如何？他蔣瑾依舊可以在軍機處內部取得比史貽直更大的話語權，所謂的首席軍機僅僅只是個名義罷了，想到這蔣瑾心頭頓時一片火熱。
最後的結果正如朱怡成預料的那樣，望著蔣瑾帶著喜色離去，朱怡成的嘴角同樣露出了笑容，隨後讓小江子去請廖煥之過來，他要見一下這位勞苦功高即將退出軍機的重臣。