大明皇家科學研究所，坐落在南京西郊，位于雨花台以南至將軍山之中。這個位置選的甚妙，如果朱怡成拿著後世的地方比較的話就能發現，所選研究所的位置同後世的南京科技館幾乎重合。
名稱雖只是研究所，但其佔地極大，並且為保密，研究所築著高高的圍牆，還有精兵把守，從外表來看，幾乎和個小城沒什麼兩樣。
而在其內，更有不同的區域和建築劃分，從大的來看，分別有核心區域（主要是研究室、實驗室、行政辦公等等），工廠區（為進行實用和實驗性質的各小型工廠），生活區（供研究所人員平日住宿生活的區域）。除此之外，在研究所外，向西二十里的地方，還有一片劃歸研究所的荒地，這地方是用來進行一些必要的，具有危險性的實驗所用，比如說武器軍械等等，這些東西的實驗在研究所內危險性極大，而且有許多不控因素，所以再設置一個專門的外至區域是必不可少的。
研究所的當家人當然是剛剛歸京的黃履莊，為了保證研究所的獨立性，朱怡成前些天新設了一個機構，這機構名為工科司，工科司主官為工科使，正四品官餃。黃履莊也從工部主事直接調任工科使，同時也升了官。
從六品主事直接升任四品，黃履莊等于升了四級，這也算是對于他在寧波工作成績的表彰。至于工科司，直屬于朝廷，同時獨立于六部以外，由皇室和軍機處直接統屬。
整個研究所如今擁有科研人員一百三十人，這些人中有的是從工部抽調的，也有的是從寧波工房遷移過來的，還有些是從民間推薦錄用的。除了這些科研人員外，另外還有三百六十人的警衛部隊，這支部隊裝備精良，忠誠可靠，骨干由錦衣衛組成，以確保這里的安全和保密工作。
今天，是皇家科技研究所正式成立的日子，為讓人知道自己的態度和對研究所的重視，朱怡成出宮親自主持了研究所的成立儀式。
皇帝出宮，雖朱怡成提前有所交代，不得大張旗鼓，但必要的儀仗依舊免不了，同樣陪同的大臣也是無可避免的，所以最終來到研究所的不僅是朱怡成，還有軍機處的首席軍機廖煥之，此外工部尚書蔣瑾因為工部同研究所之間的淵源，他也跟了過來。
吉時已到，朱怡成在經過一番簡化的儀式後正式宣布皇家科學研究所就此成立。完成儀式後，朱怡成等人在黃履莊的陪同下步入研究所，視察著研究所的內部，同時听取匯報。
整個研究所的規劃和建造是由蔣瑾負責，並報與朱怡成拍板的，但當步入研究所內，看著那一座座規劃整齊的建築和內部完整的設備時，朱怡成不由得微微點頭。
尤其是在一幢建築內，看到了許多精密的儀器所組成的實驗室後，朱怡成更是滿意。這里，雖無法達到後世真正科研機構的先進，但在這時代已是出類拔萃的了，朱怡成相信，研究所的設施和規模，在這時代可以說是最為先進的，也是最為完善的，這點從威廉來到研究所後所表現出來的驚訝就能得知。
如今時代，劍橋大學的科技水準已是一流，但相比這個研究所，其專業性和完整性已超過了劍橋大學。但是，研究所真正起作用的不是那些死物，關鍵還在于人，那一百三十名科研人員，這才是研究所的核心和未來。
威廉現在已接受了朱怡成的提議，正式留在了大明，並且成了研究所的一員。但他的職務依舊是工部主事，行政方面調任工科司，以協助黃履莊。
這倒不是朱怡成不想讓威廉直接在工科司任職，而是威廉特意向朱怡成提議的。雖然威廉畢業于劍橋大學，對于科學方面較為了解，在寧波時期也協助黃履莊做了不少科技改革的工作，而且取得了成效。
但威廉並非真正的科學家，如果他真對于科學有濃厚興趣的話，那麼威廉在劍橋大學畢業後也不會接受邀請跑到東印度公司任職了。從這點來講，威廉並不想把自己同科技劃上等號，在他看來，自己的能力並非只在科技一方面，而更多的是商業和政治，或者說外交方面。
如果直接調任工科司，成為其真正一員，那麼威廉就把自己定性為一個科技人員了。這是威廉所不願意的，也不是他所想的。正是因為如此，威廉向朱怡成闡述了自己的想法，經過考慮後，朱怡成答應了他的請求，所以他如今在工科司只是行政調任，其職務依舊在工部，而負責的主要工作除了暫時協助黃履莊外，還有對西方科學的書籍翻譯和整理等等。
等一年後，朱怡成就將按照威廉的要求把他從工科司在調出來，至于是回到工部還是去其他部門，那要根據威廉在這一年中表現出來的能力和意願再決定。
身著官服的威廉如今跟隨眾人一起陪同朱怡成視察研究所，雖然他有著一張西方人的面孔，但是在眾人中卻沒絲毫異樣。實際上，當得知威廉即將成為自己的同僚，最為高興的當然是黃履莊了。在他看來，威廉能夠留在大明，同自己一起在研究所內任職，這不僅是朱怡成英明，更是自己舉薦有方，有這樣一個人協助自己，黃履莊對于在研究所的工作開展是信心倍增。
在研究所正式成立之前幾日，威廉已對他在東印度公司的工作進行了安排。來到遠東，他當然不是一個人，手下還有幾個隨從的，只不過這些隨處並不是專業人士，僅僅只是自己的叔叔派給他的護衛。
威廉給遠在印度的叔叔寫了份信，信中把大明對于同東印度公司開展正常貿易的決定傳給了東印度公司那邊，並且告訴叔叔可以派遣正式的商務使團前來大明協商接觸，至于如何開展貿易，威廉也闡述了朱怡成的態度，只要在大明法律的允許範圍內，通過許可即可進行，而他也會在南京等待使團的到來，為雙方接觸和談判做好準備。
此外，威廉正式向東印度公司提出辭職，辭職的原因是因為他已接受大明皇帝的邀請加入大明國籍，並且成為大明的官員。對于這點，威廉相信無論是自己的叔叔還是東印度公司的其他高層都不會反對的。
原因非常簡單，在這時代，歐洲各國的人才流動是非常正常的，就比如說大名鼎鼎的牛頓爵士，他既能在劍橋大學任職，但同樣也可以在法國科學院任職。至于一些國家的貴族和大臣們也是這樣，由一國去另一國擔任重要職務，甚至擔任國王的也不在少數。
何況，威廉能留在大明，為大明皇帝所看中並授予官職，這對于東印度公司在遠東的貿易開展只有好處而無壞處。有了威廉這個人在大明當官，那麼將來東印度公司和大明的貿易乃至英國同大明的正式交往都將有了一座溝通的橋梁，這是對于雙方都是極好的，如何會阻止呢？
威廉的信件已隨著他的隨從返回一並帶去，如果一切順利的話，大約兩個月左右就會到達印度。至于東印度公司那邊，威廉也相信得知這消息會盡快做出回復，最多半年內，東印度公司就將派出正式商業使團前來大明，從而開始雙方的貿易合作。
這些，朱怡成都是一清二楚的，把威廉留下來，朱怡成不僅是因為威廉對于科學方面的能力，更是看中他的特殊身份。留下威廉，不僅能加快對英國東印度公司的貿易開展，此外朱怡成還有別樣的考慮。
大英帝國，這個日不落帝國如今已經走在它原本的歷史步伐中，雖然現在歐洲最強大的國家是法國，太陽王的光芒幾乎籠罩了歐洲所有國家，但路易十四已經年老，這位歐洲著名的君主，終究要到他謝幕的一刻來臨，在十年後，當他離開這個世界，強大的法國就將逐漸衰弱下去，而英國也將迎來它的輝煌開始。
大航海時代已進入尾聲，世界的搶奪幾乎到了最後時段。統治海洋的西班牙、葡萄牙和荷蘭三國，也將在新興帝國的崛起後逐漸黯淡。所以說，大明還有最後一次機會，一旦錯失了這次機會，那麼對全世界的勢力劃分就徹底到了尾聲，今後再想分一杯羹，那已是千難萬難了。
其他的不說，僅僅說北美吧。如今的北美主要勢力是法國和英國，而在南美是由西班牙、葡萄牙和荷蘭三國勢力組成。相比富饒的南美，後來的法國和英國對于北美的殖民眼下僅限于大西洋一岸。也就是後世美東區域，其地盤也並不大，僅僅只有二三個州的樣子。
至于太平洋一邊，也就是美西區域，還未有任何西方國家涉足，大明如果要在瓜分世界最後一場中得到利益，那麼其下手最好的地方就是美西。面對那些老牌帝國和強大的法國，如今正在崛起之路上的英國從這點來講和大明是天然的合作方，只要兩國心照不宣，一起在北美發力，就能在其中取得極大利益。
至于威廉府中的那些人，不僅有著錦衣衛的密探，更有著通事處的人。實際上，就在研究所內，除了守衛部隊是錦衣衛的外，那些科研人員中也有不少是錦衣衛和通事處的，只不過他們這些人都是雙面人，各自在為人不知曉的情況下秘密執行他們的任務，而在必要的時候起到他們所存在的作用。