史可法和錢謙益等人的聯虜討逆之議，終于得到了桂王朱常瀛的認可，馬士英雖然反對，可靖北軍大軍壓境在即，又急于扶持桂藩監國，也不得不認可此計。
四月初一，在得到南都各方勢力最終認可後，桂王車駕終于抵達南都城外燕子磯。
南都留守禮部尚書王鐸和鎮守太監韓贊周在桂王抵達燕子磯後立即著手清理皇城，征用南京百姓數千人打掃皇城衛生，又命工部重新裝飾皇城。
各大城門及主要街道都是張燈結彩，喜氣無比。那些原崇禎朝貶到南都的官吏，亦是歡天喜地，如過大年一般，每日城門處都聚集無數百姓，只為一睹監國殿下龍顏。
正位監國一應禮儀朝廷自有定制，南都又是大明兩京之一，雖然地位不如神京，但到底是朱元璋欽定的都城，城中熟悉前明典制的官員卻是一抓一大把，根本不愁無人可用，況且有周延儒、姜廣曰等東林魁首在，出了什麼紕漏也能及時糾正。
次日辰時，桂王車駕至正陽門，王鐸、周延儒、福建總兵鄭鴻魁以及以魏國公徐允爵為代表的南都勛貴出城行駕，恭請桂王正監國之位。
「諸位臣工，不必多禮，馬逆亂軍名為官軍，實為流寇，如今奉燕王令，大掠湖廣地方，孤在衡陽是一日三驚，此來南都非為權位，而是欲往浙東投潞王，求一個安身立命之所而已，監國之位，孤萬萬不可承受。」
按朝廷章程，凡皇帝繼統，又或者監國攝政，都須三請三讓，桂王是萬歷皇帝第七子，自然也懂這個道理，在山呼聲中，掀開了車輦上的轎簾，言辭懇切地對南都諸官行了一個羅圈禮，堅決不同意即監國之位。
姜廣曰再次叩首道︰「天下殘破至此，殿下不出，乃蒼生何？還請殿下憐憫。」
朱常瀛再辭道︰「姜先生速速請起，孤德薄智寡，恐當不得天下人望、先帝自有子嗣，卿等何不尋得皇子，承繼皇明正統。」
「殿下乃顯皇帝子嗣，難道坐看天下淪落至奸賊之手？臣等素知殿下仁德無雙，今太子被遷，皇子遇難，李逆興之懷操莽之志，立一假子以蒙蔽世人，還請大王以皇明三百年基業為念，萬勿推月兌，正監國之位。」
前崇禎朝內閣首輔周延儒越眾而出，再一次請求桂王朱常瀛即監國之位，雙方一個說靖北軍裹挾流寇殘部禍亂地方，一個說京師永歷天子真假難辨，言語之間，卻坐實了北京朝廷不合理法，乃是竊國大盜李興之偽詔亂命。
「唉……才疏學淺，恐難當監國大任矣，然天下糜爛至此，孤身為太祖嫡親血脈，只能勉為其難，待剿除逆軍，尋回太子，孤當立即還政，所擅專之罪，罪在孤一人，還請諸位臣工與孤，戮力同心，共誅國賊，復我皇明正溯。」
諸人一唱一和之間，朱常瀛終是答應了監國之事。
姜廣曰、高弘圖等人大喜，簇擁著桂王車駕就欲入宮，行那監國之禮，好早日瓜分擁立之功。
錢謙益卻是推開諸人，拜倒在桂藩車駕之前，洪聲說道︰「殿下是先入朝耶？先祭陵耶？」谷
錢謙益這句話卻提醒了一幫想著封官加爵的官員勛貴，先謁孝陵和先入城登基再謁孝陵有著巨大的政治意義區別。若先謁孝陵再入城登基，乃是報于祖先，向天下宣示桂王得位極正，此舉等同于當日成祖靖難；可若先登基再謁孝陵，這就說明桂王政權不忠不孝，這對日後桂王登基稱帝的合法與正統性很是不利。
周延儒也回過神來了，他親自操持監國之事，就是想借此事整合南方勢力以對抗有可能南下的靖北軍，作為謀劃刺殺李興之的主使之人，他知道一旦靖北軍渡江，自己的九族恐怕立時便要鎖拿京師，故而忘記了祭拜孝陵之事，這會連忙借口道︰「殿下入城，正是為祭拜太祖陵寢而來。」
馬士英、史可法二人這會也反應過來，亦是跪伏于地，恭請桂王祭拜孝陵。
圍觀的文人士子，軍民百姓看到官員們簇擁車駕直奔鐘山，亦是紛紛跪拜，山呼萬歲，跟著車駕往鐘山方向而去。
祭拜完孝陵，桂王車駕走正陽門入宮，至社稷壇，升寶座，行監國之禮。
桂王遂從諸臣所請正式登壇祭天，監國稱制，行告天之禮時，早上有甲士設香案于社稷壇上，設駕大樂鳴鐘鼓監國殿著冕服社稷壇上，文武百官身著朝服于社稷壇左右，行八拜禮。
社稷壇兩側是千余靖南軍直屬，一個個手執金瓜，斧鉞，端得威風凜凜，至于那些金瓜卻是花架子，皆是木制，刷滿金漆而已。
待監國祭天完畢，諸臣紛紛拜倒，恭祝監國殿下千歲。
桂王即以監國名義授原鳳陽巡撫史可法為東閣大學士兼領禮部侍郎，入閣辦事；馬士英加東閣大學士、兵部尚書、右副都御史餃，改任鳳陽總督，又以原詹事府詹事姜曰廣為禮部左侍郎，與原禮部尚書王鐸，二人皆兼東閣大學士入閣辦事。以張慎言為吏部尚書，召劉宗周為都察院左都御史。
原崇禎朝內閣首輔周延儒為禮部尚書，武英殿大學士，擁立功臣錢謙益為戶部尚書，路振飛為吏部尚書、呂大器為工部尚書，原南都留守太監韓贊周、盧九德二人為司禮監秉筆太監，誠意伯劉孔詔為提督操江，魏國公徐允爵總督南直隸軍馬。
福建提督鄭芝龍，授平南侯，閩浙總督、原廬州總兵劉良佐授東平伯，安慶總兵、原泗州總兵李芳改任鎮江總兵，拱衛南都。
這樣的安排也是題中應有之義，畢竟朱常瀛此刻只是監國，內閣首輔只能降級任命，同時又能籠絡南都勛貴以及南渡的各路總兵。
行完監國之禮，魏國公徐允爵和內閣首輔周延儒又獻上早已準備妥當的監國之寶，率領南都諸官向朱常瀛山呼千歲。
在韓贊周替桂藩接過玉璽後，桂王便洪聲說道︰「去歲山東逆軍入京，天崩地裂，皇帝大行，孤德行淺薄，本不堪社稷之重，然諸官力請之，孤又恐海內無主，大明社稷傾頹，故權掌軍國重務，以待尋回天子骨血，諸君務必戮力同心，共伐逆軍，前者閣臣史公有言，逆軍勢大難制，唯聯絡東虜，行以夷制逆之計，或能剿除逆軍，為國家撥亂反正，孤深以為之，今逆軍雲集中原，不日南下，為大明計，為社稷計，孤有意遣官航遼，借東虜之強兵，挽天地之將傾！」
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