京東大戰期間，為了適應規模不斷擴大的戰爭需要，同舟社軍隊大擴編，由戰前的萬余人暴增到戰後三萬多。
歷次整編，都有大批舊軍隊官兵被淘汰，其中大部分以表明紅五營接受朝廷招安誠意為由，還給了趙宋朝廷。攫攫
即便如此，剩余的人數依然不少，再加上京東各地沒來得及反抗，就被同軍接收的廂軍，總數有上萬之眾。
這麼多的舊軍隊官兵就算再拉垮，也是活生生的人，是可改造的對象，就不能不給他們活路。
同舟社的使命是摧毀舊世界，更是建設新世界，建設一個人人都有飯吃的新世界，只要願意為新世界盡力的，徐澤都不會放棄。
所以，這些廂軍願意老實做事後，徐澤便安排工曹將其中專業精湛的工匠挑出，剩余的人則分成若干工程營，擔負軍糧運輸、道路鋪設、工程營建等任務。
事實證明，只要糧餉給足，又不用打仗的話，趙宋的廂軍遠比禁軍更好用。
大半年以來，同舟社治下京東各地交通狀況得到極大改善，便少不了這些廂軍的功勞。
只是，這些做法終究不是長久之計，徐澤不可能也從來沒有想過一直養這麼多不能打仗的「軍隊」。
世界上沒有廢人，只看有沒有用對地方，必須為這些人以及日後整編剩余的軍隊謀得正確的出路。
另一方面，雖然徐澤對同軍的改造目標是不再以殺人為目的，但實現天下大同的過程中，需要同軍以殺人為手段打敗所有的敵人，二者並不矛盾。
同軍的屬性和使命，決定了月兌胎于趙宋的原軍制越來越制約軍隊的發展，這種現狀也必須改變。
這些問題若不能及時解決，將會為日後同舟社的政權和軍隊建設埋下重大隱患。
徐澤對這些問題早就有思考，且一直在行動，前期組織的三批營以上軍官覆蓋式輪訓，就是其中的步驟之一。
實際上，大戰結束前，徐澤就已經有了進一步改革同舟社的初步設想。
這次改革以軍隊的調整為主，同時涉及政務調整，主要為了達成四大目標︰
其一，優化中央-地方行政體系，進一步加強同舟社對諸多海外領地的控制力和同化速度。
其二，建立軍隊信仰和榮譽體系，加強對軍隊的掌控，嘗試對軍隊去封建化，建立一支為了天下大同之使命而戰的全新軍隊；
其三，設立全新編制，以適應火炮列裝後新戰爭形態的作戰需求，為下步更大規模的作戰任務提供戰力支撐。
其四，裁剪軍隊員額，徹底解決趙宋遺留的廂軍問題，把軍費用在更新裝備、改善官兵福利等該用的方面。
為了達成這四個目標，徐澤不僅安排相關職司研討，拿出相應的改革意見。
自己也深入軍中和民間，做了大量且細致的調研。
在三期軍官輪訓之後，他又利用近兩個月的時間，對全軍進行輪戍換裝和整訓，以統一標準。
改革後的同軍軍制如下︰巘書倉網
軍務部三曹的設置不變。
從上次同舟社大改組至今的運行情況看，兵曹、戰曹職能發揮較好，基本發揮了應有的作用，暫時不作調整。
憲曹主司教化之職，因社務部已有教曹，乃改其名為政曹。
政者，政治、權柄、政令之義。
徐澤並沒有明確憲曹改名的原因，但由「憲」變「政」，足以讓眾人明白軍務部三曹「兩大一小」的局面已經改變。
如此以來，兵曹掌管軍隊征集、編制、軍械、訓練、戎馬之政令以及軍事科研、武將選用、官兵薪給等事務，地位略高于戰曹和政曹，是純粹的「機關」，沒有實際軍事指揮權。
戰曹掌管兵防、邊備、作戰、兵要地志等事務，掌軍機之要，戰曹指導下的各參軍協助掌兵官打仗，事務繁重，但沒有軍事決策權。
政曹原本的軍紀、軍行、軍法之職由其下的憲司履行，主業改為軍中教化，但不干涉行軍打仗，且能對兵曹和戰曹履職情況進行監督。
軍務部之下，原本的登州、遼東、海東三個軍區全部撤銷。
遼東置巡撫衙門，趙遹為首任遼東巡撫使。
「巡撫」一職並非起于原本歷史線上的明、清兩朝，實際上此職早已有之。
南北朝時，北魏驍將來大千隨太武帝北伐，大敗柔然之後，太武帝以其多有戰功且熟悉北境險要，遂詔大千「巡撫六鎮，以防寇虜」，但此「巡撫」並非正式職官。
唐代開始將巡撫使制度化，並且作為使職官正式存在，狄仁杰就曾以冬官侍郎任江南巡撫使，但有唐一朝，巡撫使並不常設。
宋承唐制度，又因雍熙北伐失敗，為防內部「奸邪無狀」，頻繁派遣巡撫使，其職主要是問民疾苦、疏理滯獄，要求「但有所聞，皆達天听」。
徐澤任命趙遹的這個巡撫使顯然跟趙宋不一樣，不僅掌行政、監察、司法等權力，還加「提督軍務」餃，軍政一把抓，權力很大，對遼東所有事務負責。
此舉，並非徐澤對「流放」的趙遹進行妥協或安慰，而是形勢發展的必然。
遼東本是化外之地，同舟社對該地的改造力度雖大，但時間太短，很多傳統習慣根本不及扭轉。
而且，同舟社底蘊不足，人才匱乏，遼東又情況特殊，盲目派漢地官員到彼處，搞不好就會壞事，只能多用舊官，靠他們跟上同舟社的快速發展確實有些困難。
自徐澤回到之罘灣後，遼東的治理水平就一直在下滑，以至于他不得不在遼東設置監御史一職。
京東之戰結束，同舟社總部由之罘灣遷到諸城，對遼東的掌控和指導力度變得更弱。
以後，隨著統一戰爭進程逐步深入，總部還會繼續向內地遷移，再靠一個單薄的監御史對遼東各州的行政事務進行監察，已經無法適應形勢發展的需要了。
作為日後攻擊金國，奪取遼地和同化高麗的橋頭堡，遼東的建設速度必須加快，設置遼東巡撫使是必然之舉，也是京東-遼東一體化戰略中的重要組成部分。