對于自己的身世，朱慈炤一直守口如瓶，但他按朱家傳統，為兒子取名時以「和」字排輩，最後一字都為帶有土部的怪字。這些舉動逐漸為人們所注意，有一天，一個名叫念一的和尚深夜拜訪他，他無意中吐露了真情，不久之後念一和尚起兵反清，並且打出了他名號。如此他身份就暴露了。
滿清將他全家都捉拿下獄。
抓捕之夜，他家中妻妾和女兒都自縊而死，男子都被抓獲。
朱慈炤承認自己皇明四皇子的身份，但否認造反。
可惜身份就是最大的罪過。
最終，朱慈炤被凌遲處死，家中男子則是斬立決。
崇禎子孫——至此死絕。
從十一歲到七十五歲，朱慈炤躲過了一次次的危機，一生謹慎，但最終還是沒有逃過那一刀。
朱慈炤的經歷，足可以寫一本厚厚地書。
「臣弟見過太子殿下。」永王朱慈炤說話還帶著一點女乃聲女乃氣，不過表情動作卻很大氣，已然有皇子的威儀。這一點比定王朱慈炯強，朱慈炯太靦腆，感覺就像是一個小女生。
歷史上，朱慈炤是崇禎十五年的六月才被冊封為永王，所以現在他還不是永王，只是一個皇子。
朱慈烺點頭笑，心說這個弟弟可是比我經歷的苦難多了。
除了永王，永王身後的那個年輕官吏也引起了朱慈烺的注意。
面目清秀，神情淡然，眼神堅定。
「臣翰林院檢討方以智見過殿下。」年輕官員深深一鞠。
翰林院檢討、皇子定王和永王的講官，同時也是明末四大公子之一的方以智！
朱慈烺心中一跳。
四公子中，方以智的名氣遠不如其他三人，尤其侯方域和冒襄更是因為與秦淮八艷中的李香君董小宛的香艷故事，而名聞天下。
但如果說到真才實學，說到忠誠，方以智遠遠勝過其他三人。
清史記載，順治十一年，方以智的老鄉兼好友錢澄之去看望方以智，途中借宿一間寺廟，遇到一位僧人，原來是服侍崇禎帝的內廷太監，兩人聊得投機，前太監听說錢澄之與方以智相熟，于是發了一番感慨。
《清史稿‧方以智傳》記載道︰「昔侍先皇，一日朝罷，上忽嘆曰:‘求忠臣必于孝子!’某跪請故，上曰:‘有一講官之父巡撫河南（指的應該是河南巡撫李仙風），坐失機問大罪。然飾容舉止如常。不孝若此，能為忠乎?聞新進士方以智，父進大獄，日號泣，持疏求救，此亦人子也。
這段話的意思是:崇禎帝拿一個講官(為皇帝經筵進講的官員)與方以智來對比，這個講官的父親在河南做巡撫，因罪問斬，那個講官居然無動于衷，照樣薰衣，服飾、神情、舉止如同平常。崇禎帝感嘆:「不孝若此，能為忠乎?」相比之下，方以智為救父親，日日持血書哭泣申訴，「這同樣也是做人的兒子啊!」崇禎帝因此得出一個結論:忠臣，一定要從孝子中來找。
方以智听這段轉述時，距離崇禎帝在煤山自縊已有整整10年了，明朝早已覆亡，新朝已是順治十一年。《清史稿‧方以智傳》中寫道，听完此言之後，方以智匍匐在地，痛哭失聲。
他一定是想到了崇禎帝的音容笑貌，想到了天崩地裂、衣冠淪喪的國仇家恨。
甲申之變，李自成攻破北京城，崇禎自盡，方以智在崇禎靈前痛哭，不願離去，被抓住，並嚴刑拷打，「加刑毒，兩髁骨見，不屈」，不久李自成兵敗山海關，方以智趁亂逃往南方，但卻被南明小朝廷排擠，四處流浪，饑寒交迫，但始終不肯投降清朝。1650年，他在廣西平樂被吳三桂的手下馬蛟麟抓住，史載:「其帥欲降之，左置官服，右白刃，惟所擇」，方以智毫不猶豫的走向了右邊，表示自己絕不投降。
這麼忠誠剛烈之人，連敵人都佩服，方以智被釋放，當了和尚。
公元1671年，清康熙十年，方以智再次被捕，從江西押往廣東時，途經江西萬安惶恐灘頭，因疽發卒于舟中。但更令人信服的說法是，方以智行至惶恐灘頭，想起前朝文天祥事跡，自沉于惶恐灘以殉國。
還有一種說法，說方以智是反清復明組織「天地會」的創始人，這也是他康熙十年被捕的原因。
方以智忠誠如斯，在著述方面更是有驚人的成就，其傳世者以《通雅》五十二卷、《物理小識》十二卷、《藥地炮莊》九卷為最有名。其中《物理小識》輯錄了各種學科的大量知識，涉及光學、電學、磁學、聲學、力學諸多方面，與西方科學家的發現發明大體都在同一時間，有的甚至還提前了半個世紀。
《四庫全書總目》稱《物理小識》「考證奧博，明代罕與倫比」。《物理小識》傳入日本後，日本學者評價為「牛頓之前、中國可以自豪」的關于自然科學的百科全書著作。
方以智撰有多種醫學著作，通過傳教士的交往，還了解了西醫之解剖學，並撰文介紹給國人。
憤而離開南明小朝廷後，浪跡天涯，一度以賣藥為生——如果方以智不再繼續反清，晚年潛心著述，不過問政治，不冒著危險組織天地會，像黃宗羲他們那樣專心著述，那麼「明末清初三大思想家」，也許就會變成「四大思想家」了。
忠孝雙全，矢志不渝，方以智可稱是明末的完人。
其父方孔炤，官至三品，通醫學、地理、軍事，並且較早地接觸西學，主張研習經世致用的知識，任湖廣總督時，在剿匪中八戰八捷，立下赫赫戰功，張獻忠詐降時，他竭力反對，8次上書，力陳招撫策略的錯誤，上司均未采納，崇禎十二年，張獻忠反叛時，楊嗣昌反借此劾方孔炤，以貽誤軍機之名，逮捕下獄，後經方以智以血書訴冤，才得以從輕處理，遣戍紹興。
方家父子都是忠臣，能臣，可惜都沒有被重用。
朱慈烺腦子里瞬間想到了很多，有點走神，竟然忘記讓方以智平身了。
方以智一直保持不動。