不過宮本直拓還是低估了暴亂隊伍的決心，他們已不是單純勇敢而不畏生死，還充滿了殉道的決心，因此才和此義無反顧，傷亡多少也不後退。而且巡邏隊配備的多是手槍，射程只有30米左右，真要是不怕死的，確實有很大的機率可以沖到巡邏隊的近前。而一但到了近身作戰，巡邏隊的優勢就不大了，一來是人數少；二來是巡邏隊配的格斗武器是一根60厘米左右的短棍，而暴亂隊伍大多都配了長矛、棍棒，即使是武*士刀也有一米左右，打起來自然大佔優勢。
雙方激戰了20余分鐘，暴亂隊伍雖然己傷亡了6、70人，巡邏隊也有20余人的傷亡，而且竟然己經有些不敵，被暴亂隊伍沖到了近前，打得連連後退了3、20余米，再打下去恐怕用不了多久，就要全軍潰敗了。這時宮本直拓就是再著急也沒有用，雖然他開槍射擊打死了6、7名暴徒，但也是孤掌難鳴。
好在是就在這時，又有兩支巡邏隊趕到，加入戰團中來，這才算是扭轉了局面，畢竟暴亂隊伍的人數雖多，而且人人不畏生死，但血肉之軀終是不能和現代武器相抗衡。不過僥是如此，暴亂隊伍仍就又抵抗了20余分鐘，才終于不敵巡邏隊，被打的四散敗逃開去。當然還是留下不少受傷的人。
巡邏隊在追擊抓捕暴亂人員，但宮本直拓卻無心管其他事情，沖進伊藤博文的府邸里去尋找伊藤博文，心里還在不停的禱告，希望能有奇跡出現，伊藤博文平安無事。
但奇跡並不是那麼容易出現的，一沖進府邸的庭院，宮本直拓就看到了躺在血泊中的伊藤博文，而且身上、身邊撒滿了寫有「天誅」字樣的白紙。而這時宮本直拓的頭腦中頓時一片空白，第一次對日本的前途產生了動搖的想法。
而就在伊藤博文的府邸遭到暴亂隊伍攻擊的同時，山縣有朋的府邸也遭到了攻擊。
不過這一次暴亂隊伍的運氣就要差得多了，一來山縣有朋府邸里正在飲宴慶賀，基本一大家子人都沒有睡，雖然不算是早有準備，但暴亂隊伍想打他們一個措手不及己然是不可能的；二來山縣有朋畢競是軍人出身，他家的僕人中有不少是退役的軍人，而且在他家里還有幾支槍，另外來山縣有朋家里赴宴的人基本都是陸軍中的重要人物，即使是來山縣有朋的府里做客，也會帶幾名警衛，加起來也有2、30人槍，並且都是現役的軍人，戰斗力可要比伊藤博文的府邸強多了。
當下立刻依托府邸的建築、牆壁、假山石等掩體奮斗抵抗，暴亂隊伍反而被打了一個措手不及，一下子就被打死了10人，而連山縣有朋家里的大門都沒有模著。
不過進攻山縣有朋府邸的暴亂隊伍也有300余人，其中士兵也有3、40人，一面向山縣有朋的府邸開槍不擊，一面掩護其他人向府邸進攻。雖然在進攻的途中也倒下不少人，但卻是前僕後繼，連綿不斷。
盡管山縣有朋的府邸竭力抵抗，但畢竟人數相距懸殊，而且無論是山縣有朋家里的藏槍，還是警衛配帶的槍支，都不可能配備太多的子彈，因此雙方交戰不到10分鐘，山縣有朋府邸的抵抗力量的子彈就都打光了，雖然也打死打傷了7、80名暴亂人員，但仍然抵擋不住暴亂隊伍的進攻，終于還是被暴亂隊伍攻入府邸里。
但畢竟這時山縣有朋等人都己經做好了準備，而且還有人保衛，因此也是且戰且退，漸漸的退出了府邸的後門。不過暴亂隊伍中也不乏有頭腦靈活的人，早己經分派人手，堵住了山縣有朋府邸的其他各個出口，結果山縣有朋等人打開後門之後才發現，這里己有人在這里守衛，雖然極時將後門關閉，沒讓暴亂人員趁虛攻破後門，但卻己被堵在府里出不來，還是被暴亂隊伍困住。而且這時僕人、警衛也傷死了大半，山縣有朋、寺內政毅、桂太郎等人也都先後受傷。
眼看著山縣有朋等人就要步伊藤博文的後塵，好在是就在這時，巡邏隊趕到了，畢竟鬧出了這麼大的動靜，在附近巡邏隊不可能不被驚動，因此也立刻趕來解圍。雖然只來了支巡邏隊，但這時暴亂隊伍的傷亡己接近了半數，畢競山縣有朋府邸的抵抗也是相當的頑強，否則也不可能堅持到巡邏隊趕來。
巡邏隊加入之後，立刻就扭轉了局面，暴亂的隊伍抵擋不住，也都紛紛逃竄。驅趕走了暴亂隊伍之後，巡邏隊又趕忙將山縣有朋等人送入醫院治療。
而就在這一夜里，除了伊藤博文、山縣有朋之外，還有山本權兵衛、小村壽太郎、樺山咨紀、高橋是清等行政官員，還有幾名財閥都遭到了暴亂隊伍的攻擊，有的運氣好一點，趁著混亂逃了出來，躲過了一劫；但也有的運氣差，被暴亂隊伍打死。
一直到凌晨6點多鐘的時間，東京守備司令部收到了天皇的御旨，調動軍隊進入東京市區，鎮壓暴亂隊伍，維持東京的秩序。
本來在正常情況下，日本天皇是不會親自給其他機構下令的，而是下令給內閣，由內閣去俱體操力1。但今天的情況特殊，皇宮里在凌晨3點左右時就收到了暴亂隊伍的消息，明治天皇從睡夢中驚醒之後也嚇得不輕，這段時間明治天皇的身體不太好，一則是現在明治天皇也是快60的老人了，身體自然不比甲午時期的壯年；二則是遠東戰爭結束之後，明治天皇心憂國事，心情自然不會好，心情不好，身體當然就差。于是明治天皇立刻起身穿衣，因為再睡也睡不著了，而在更衣的同時，明治天皇又下令命內閣調動軍隊，鎮壓東京的暴亂事件。
但命令發下了，明治天皇這才想起來，山本權兵衛己經辭職了，內閣也被解散了，新的首相、內閣還沒有成立，正好趕到這個時間點上，那這命令下給誰去。
這一下明治天皇也犯了難，現在暴亂的消息卻還在不斷的傳來，現在暴亂隊伍的規模也越來越大，除了攻擊官員、財閥之外，還有相當一部份攻擊商鋪、銀行等機構，如果就這樣放任下去，還不知會造成什麼後果，而且現在明治天皇身邊也沒個人商量一下，明治天皇心里這個郁悶。
一直到凌晨5點多鐘的時候，根據報告，這時暴亂隊伍的規模己擴大到了數萬人，惡行己遍及大半個東京地區，有不少地方都發生了火災，甚致有的暴亂隊伍在攻擊外國使館。明治天皇也知道不能再猶豫下去了，否則後果就難以收拾了，只得親自下令給東京守備司令部，命令他們出動軍隊，鎮壓東京的暴亂行為，同時又下令給陸軍參謀部和海軍軍令部，命令他們立刻調集各自的軍隊，準備支援東京守備司令部的軍隊。
但東京守備司令部從來沒有收到過天皇的御令，因此接到命令之後還不敢相信，又派人到皇宮去確認，等到確認了這御令是真的，才招集軍隊，布置各部隊的防區等事宜，結果等到軍隊出動以後，己快到清晨7點。
不過天亮也有天亮的好處，就是什麼都看得清楚，也方便軍隊進行鎮壓。雖然這時暴亂的人數己達10余萬，但畢竟和軍隊沒法比，而到了第2天，陸軍、海軍的隊伍也都開進東京，使參與鎮壓暴亂的日本軍隊己達7萬余人。但就是如此，還是足足用了3天時間，才算是將這次暴亂行動平息下去，東京才基本恢復了平靜。
而經過查點之後，在這次暴亂中，共計有6673人死亡，10964人受傷，812間房間被燒毀，1000余家商鋪，20余家銀行被搶劫，初步估算經濟損失高達數百萬日元。當然經濟損失還算是其次的，最嚴重的損失還是人，共計有伊藤博文、小村壽太郎、大畏重信、井上馨等4位重臣死于暴亂，另外還有山縣有朋因受傷太重，在3天後不治身亡，同時遇難的還有3名財閥，而寺內政毅、桂太郎、山本權兵衛、高橋是清等官員也都在暴亂中受傷，因此可以說這次日本的損失極為巨大。好在是在暴亂發生前，日本在各使館布置了大量的警力，總算是沒有讓暴徒攻破各使館，也算是不幸中的萬幸。
暴亂雖然被平息下去，但後續的清算工作足足持序了近1個月，僅抓捕的人員就達4萬5千余人，幾乎是只要參與了暴行的人都被抓捕。主犯被確認17人，主從犯確認41人、次從犯多達500余人。
明治天皇對這次暴亂相當的行為是相當的惱火，因此對他們的處罰極為嚴厲，主犯、主從犯均被處以死刑，次從犯被判罰無期，發配到北海道服役終身，其余參與人員最少的也被判罰10年的刑期。
而在新首相的確立方面，寺內政毅身受重傷，一時半會好不了，而且這次暴亂中有共計417名陸軍士兵參與，也讓陸軍系十分尷尬，顯然再由陸軍系出任首相，也是難以服眾的。最後眾人協商決定，由西園寺公望出任首相，重新組閣。
西園寺公望是明治維新的元老之一，也是政友會的組建者之一，無論是個人威信，還是資歷，都是目前日本出任首相的最佳人選，也是各方勢力都能認同的人選。