根據事後的統計，這次沖突中，參與的美國大兵共計有32人，死亡3人，重傷8人，輕傷15人，被捕17人；而參與的日本民眾己無法完全統計，大約在1000人左右，死亡11人，其中有7人實際是在受傷之後，又遭到踩踏而身亡，另外重傷41人，輕傷276人，大部份都是因踩踏受傷的，被捕人231人。同時還有22家店鋪遭到不同程度的損壞。
對比20余年前北洋水師訪問日本時發生的長崎事件，這次沖突的規模更大，並造成了大量的人員傷亡，還有人身亡，而且事後所造成的影響力也要遠遠大于20年前的那次事件，因此後來的歷史文獻中，將這次事件稱為「第二次長崎事件」。
沖突毆斗雖然被警察制止，但日本民眾憤怒的情緒卻不可能平息下來，當天下午，就有近萬名民眾來到長崎海軍基地前抗議，而抗議的對像居然不僅僅是美國，而且還有華東**，因為在有的傳言中，是華東**的士兵當街鬧事，並毆打、殺害了日本人，因此在基地前抗議的日本人要求嚴懲美國和華東**。
這時日高壯之丞也是頭大如斗，沒想到自己千防萬備，華東**這邊到是沒出事，但美國士兵卻給自己捅了一個大蔞子。
而且就在這時，美國艦隊的指揮官斯帕雷上岸來面前日高壯之丞，向他提出了嚴正的抗議，指出美國士兵是上岸游玩、購物，並未違返任何日本的法律，也沒有做任何過激的行為，卻無故遭到暴徒的圍毆，並造成了人員傷亡，這時還有人被警察逮捕，這是對美國嚴重的挑恤行為，艦隊要求日方嚴懲肇事者，對美國士兵做出賠償，並立即釋放被捕的美國士兵，同時艦隊己將此事通告美國**以及美國駐日大使館，將由他們對日本進行外交的交涉。
原來逃回基地的美國士兵將事情的經過告訴給斯帕雷，美國艦隊的指揮人員頓時都大怒，認為這完全就是一起針對美國士兵的襲擊行動，本來美國人就看不起日本，現在日本人居然還敢無故的攻擊美國士兵，並且還抓捕了17人，這還得了，于是斯帕雷立刻下令，16艘戰列艦全都做好戰斗準備，然後親自上岸來找日高壯之丞，向他提出抗議與條件。
其實到這個時候，日高壯之丞也己經基本了解了整個事情的經過，因為長崎地方警察局抓到美國士兵之後，也知道事態的嚴重性，到是不敢隨意審訊美國士兵，但對抓住的日本人卻可以審一審，而被捕的日本人也是眾說不一，有的說見美國士兵當街打人，有的說是美國士兵搶劫，還有的說是華東**的士兵在作惡，並一口咬定和自己毆斗的是華東**的士兵。
不過審問的警察畢竟是有經驗的人，會說不如會听，在連審訊了數十人之後，大體也明白事情的經過，因為抓捕的人員中有不少是在警察局備案的極端激進社團成員，這次訪問期間，這些社團都遭到警察局的嚴密監視，就是怕他們鬧事，結果還是百密一疏，讓一個不起眼的小社團鑽了空子，而且還鬧出了這麼大的事情。只不過既沒有抓捕到華東**的士兵，在死者當中也沒有發現華東**士兵的尸身，因此不能確定有沒有華東**的士兵參與。
警察局的負責人也不敢怠慢，畢竟是外交事件，而且抓到了17名美國士兵更是燙手的山芋，關也不是，放也不是，于是趕忙來見日高壯之丞，向他報告事情的經過。
而日高壯之丞一听，比警察更明白是怎麼回事，因為他十分清楚，日本民間對華東**的敵視態，因此有人憋著在岸上逮住幾個華東**的士兵打一頓，一點也不足為奇。但這次來訪的華東**艦隊紀律嚴明，一直都嚴禁士兵上岸活動，更不要說是上街，而且華東**的4艘軍艦並未靠岸停泊，而是在港口中下錨，上岸需要用小艇接送，因此也基本不可能有人偷偷離艦上岸。這次事件肯定是和華東**沒有關系，要麼是日本人把美國人當中國人打了，要麼是找不到中國人，只有拿美國人撒氣，當然後一種可能性更大一些，畢竟中國人、美國人還是很好分辯的。
不過知道事情的真像是一回事，但怎麼處理就是另外一回事了，因為現在事情鬧得太大，死人都死了十幾個，要是日本人，死了也就死了，但偏偏還死了三個美國人，確實不好收拾，老實說這己經不是日高壯之丞這個級別的官員所能夠處理的了，因此面對斯帕雷的抗議，日高壯之丞也只能表示，現在自已己經沒有權力處理這件事情，只能由兩國**來協商解決。
斯帕雷听了，也知道日高壯之丞說得有道理，畢竟鬧到了這一步，壓是壓不下來的，只能由雙方的政客協商解決，不過斯帕雷這時還保持著清醒的頭腦，向日高壯之丞提出了四點要求︰第一保障17名被抓捕的美國士兵的安全與權利，在外交交涉未完成之前，不得對他們進行審問，同時受傷人員要得到良好的醫療救治；第二艦隊希望派遣4名參謀上岸，看望被捕及受傷成員，並監視日本的處理行動，要求日本派遣人員配合；第三要求將一部份軍艦開出長崎港，在港外駐泊，要求日本配合；第四在此敏感時期，要求雙方都保持克制及善意，不得做出任何挑恤威不理智的舉動來，造成更為嚴重的後果。
應該說這四點要求確實用心良苦，前二點是保障被捕及受傷士兵的人身安全及個人權利，後二點則是為艦隊著想，因為出了這事之後，美國和日本之間的互信關系己蕩然無存，再將艦隊留在長崎港內是十分危險的事情，萬一雙方再發生沖突，或事件的解決向惡化的方向發展，那麼艦隊在港內無異于是甕中捉鱉，還是停泊在港外為好；而且事情到這個份上，雙方的警覺之心大起，有一點風吹草動都有可能造成誤判，那麼在這個時候，雙方自然是都要警言慎行，以防意外發生。
這次的環球航行艦隊幾乎是美國海軍的全部家當，一但出了意外斯帕雷可負不起這個責任，因此在這個時候，也必需要萬分小心。
而對斯帕雷提出的這4點要求，日高壯之丞全部接受，老實說現在日高壯之丞也怕再出意外，何況真要是再有變故，將這16艘戰列艦留在港口里也十分危險，畢竟港口內的岸防火力不足，根本壓制不足美國艦隊，而且一但打起來還容易誤傷自己，累及岸上，因此還不如將艦隊都放出去，萬一局勢惡化，也可以有岸防的炮台對付他們。
于是告辭了日高壯之丞，斯帕雷首先到電報局，分別給國內和美國駐日本大使館發電，通報了長崎發生的事情，然後才回到旗艦康涅狄格號上，並立刻招集其他三名中隊指揮官，說明了自己和日高壯之丞交涉的結果，並下令第一、二、三中隊離港，在港外駐泊，但第四中隊仍然留在港內，一來是保護後勤艦只，二來是真要打起來，四支艦隊可以里應外合，互相策應，遠比全部集中在港外好。接下來斯帕雷又派人通知華東**的艦隊，主要是由于自己的艦隊離港，避免華東**的艦隊產生誤判。
處理好這些事情之後，斯帕雷這才下令，第一、二、三中隊，以及6艘運輸艦立刻離港，在港外10公里左右的位置駐泊，同時所有軍艦全部生火，並保持鍋爐火不滅，以便于隨時行動，全體艦員依舊保持警惕，隨時準備戰斗。
日高壯之丞在送走了斯帕雷之後，則一方面立刻向東京發電，向東京通報在長崎發生的事情，畢竟這是躲不過去的，另一方面又安排船只，引導美國艦隊離港。同時日高壯之丞又下令岸防部隊，加上岸上的警戒，由其是對抗議人群，多派士兵監控，以防失控，由其是治療美國士兵的醫院，也加派軍隊駐守，以防不測，另外又通知警察局，全城警戒，不得疏乎，對抓捕的美國士兵，暫時也不得審問。
隨後日高壯之丞又嚴令岸防的各炮台，保持警惕，提高戰備等級，但未得司令部命令，任何人都不許擅自開火，並且安排參謀，分別駐守各炮台，以監視各炮台的動靜，一有風吹草動，立刻向自己報告。
而夏銳辰收到了美國艦隊的通知以後，也意識到了事態的嚴重，當然這時三人還並不知道自己己經躺槍了，只以為是美國大兵上岸惹禍，才導致了局面緊張，而和自己並無關系。只不過現在氣氛越來越不對，美國艦隊己駛出港口駐泊，因此三人商議之後決定還是未雨綢繆的好，于是立刻將情況通知國內，並建議將艦隊也駛出港口駐泊，萬一真的發生戰事呢？戰列艦留在港口里還能抗一陣，而幾艘巡洋艦就完全只有被動挨打的份了。