一開始的時候，還是一個二個，十個八個的向人民軍投降，但很快就是成群結隊，成百上千的向人民軍投降，結果了人民軍每攻到一條街道時，守衛的紅蓮教軍幾乎是集體放下刀槍，跪伏于地，向人民軍投降。
本來由于城市里的街道狹窄，因此在城市里作戰，人民軍一般都是分散成以連為單位，這樣有利于作戰部隊的展開。但由于投降的人數太多，一下子就有幾百人，甚致是上千人一起投降，結果把整條街道，甚致是整個街區都給堵住了，反而阻擋了人民軍的進攻。
而人民軍的軍紀嚴明，對投降的人既不能隨意殺害，也置之不理，而且這麼多人投降，也不能只派幾個人看著或是把他們押出城外監押，因此一時各路的進軍幾乎都被投降的軍隊給攔住。
這時羅岳己將自己的指揮部由城外移到阜陽西城的城樓上，以便于更好的指揮戰斗，而得知城中降兵太多，已阻礙了人民軍前進時，羅岳也下令，命各路人民軍暫緩進攻，先將投降的紅蓮教士兵都送出城外，集中監押，然後再緩步向城中推進。同時又下令，各路進攻的人民軍在城外都要保留一個營的兵力，監管俘虜，如果發現俘虜中有人不服教管，起哄鬧事的，可以當場格殺勿論。
這一來人民軍進軍的速度也就頓時慢了下來，而不斷有成群的俘虜被押出城來，在城外的城牆邊集中，同時在城頭上架好幾挺機槍，準備用來鎮壓俘虜的起哄鬧事。
不過阜陽城也不是什麼大城，規模有限，即使人民軍推進的速度放緩，但仍然在緩步的推進著，而且隨著投降的紅蓮教士兵越來越多，人民軍的施展空間也在逐步的擴大，因此到了下午的時候，人民軍收降的紅蓮教軍士兵己達10余萬人，城中的大部份地區也都被人民軍控制，紅蓮教軍剩下數千的兵力，龜縮在以州衙為中心的一片城區內負隅頑抗。
這些士兵都是紅蓮教的忠實信徒，忠誠度很高，也是紅蓮教軍的骨干力量，而且也知道就算是投降，也未必能夠逃得活命，因此只能決一死戰。而且這批士兵裝配了近千支火槍，也是他們認為可以死戰的底氣所在。
但現在沒有阻礙了，人民軍也可以亳無顧忌的放手進攻，結果紅蓮教軍才發現，既使是自己有了火槍，但戰局實際也強不了多少，照樣是被人民軍壓得打，根本就沒有抵抗之力，一來是紅蓮教軍裝配的火槍質量參差不齊，從漢陽造88式步槍到老式是前裝火繩槍都有，而人民軍的步槍不僅是統一配置，並都是目前世界一流水平，而且還配備了大量的機槍、手**、迫擊炮、擲彈筒等武器，因此雙方的火力根本不在一個層面上；二來是人民軍訓練有素，既使是只用步槍，也知道如何發揮火力，互相配合協作，並且充份限制對方的火力發揮。
結果一陣激烈的交火之後，紅蓮教軍的傷亡慘重，尸橫遍野，控制的區域也失去了大半，就連高層人員也傷亡了過半，剩下的人也只能守在州衙的幾間房屋里，進行最後的抵抗。
不過到了這時，紅蓮教的大勢己去，人民軍也不想跟他們多費功夫，架好數十架擲彈筒，向這幾間房屋展開了猛烈的轟擊，只將這幾間房屋打得千創百孔，門裂屋開，既使是在停止了炮擊之後，整個房間里仍是硝煙彌漫，什麼都看不清楚。
差不多等了十余分鐘，硝煙才漸漸淡了，而房屋里也沒有什麼動靜，這才派士兵進去探查，只見房屋里橫七豎八，盡是血肉模糊的尸體，已然沒有一個活人了。
到了這時，這一戰也全部結束，人民軍佔領了阜陽城，紅蓮教的作亂，也就算是被人民軍平息下去。
而在戰後清理戰果，投降的人共計達到了112538人，在戰場上還俘虜了7892人，共擊斃6154人，另外在戰斗中，城中的居民也傷亡了5000余人。而根據俘虜的辯認，大部份的紅蓮教高層人員的尸體都被確定，還有幾俱尸體因為面目模糊，辯認不清，只能從服飾上判斷其身份，算是疑似，還有幾名混進軍隊的高層也被找到，再加上前幾場戰斗中擊斃或俘虜的人，基本可以確定，紅蓮教高層人員包括教主、長老等在內，十之八九都被人民軍擊斃或俘虜，僅僅只有幾人漏網，但也影響不了大局了。
同時還繳獲了大量的糧食、白銀、布匹、器皿等物，收獲到是相豐富。但投降加俘虜，共計約12萬余人，也是一個巨大的包袱，因為現在人民軍一共才16000余人，而紅蓮教軍的成分也是參差不齊，三教九流、五行八作都有，雖然大部份都是窮苦平民，但也不乏有地痞流氓、無賴游民之輩，甚致還有一些亡命之徒，江洋大盜，他們加入紅蓮教也是出于投機，借紅蓮教的勢力來抬高自己的地位，而紅蓮教失勢之後他們自然也不會陪紅蓮教殉葬。
但雖然是迫于人民軍的強大戰斗力，他們不得不隨大眾投降，但在戰爭結束之後，又有些舊態復發，而且人民軍對待俘虜還比較客氣，口氣盡管嚴厲，但一般不會打罵俘虜，結果讓地痞流氓、無賴游民以為人民軍是軟弱可欺，因此故意找茬鬧事，陰陽怪氣，叫走不走，叫坐不坐，橫挑鼻子堅挑眼，甚致還煽動其他的俘虜一起鬧事。
而大部份俘虜雖然都是窮苦平民出身，但在紅蓮教軍里混了幾個月，也都染上一些不良習氣，因此被地痞流氓們一煽動，也就都有些人來瘋，于是不少人也都跟著起哄，一時間鬧出來的聲勢還不小。
不過人民軍可也不是真的軟弱可欺，對俘虜的態度是有因為軍紀要求，但有人敢鬧事可就不客氣了，當時場就將一群鬧得最歡、跳得最高的人擊斃，一口氣擊斃了300余人，倒下一地的尸體，血流遍地。又抓住了500余人。這一下果然將其他的俘虜都鎮住了，這才知道人民軍是人狠話不多，但說殺就殺，連眼都不眨一下，于是這才都老實起來，對人民軍的命令也都不敢有任何違抗。
但羅岳得知以後，也是松了一口氣，不過雖然將俘虜的騷動給壓下去了，但時間長了，難免又有事情，畢竟現在自己手里可用的兵實在太少了，要知道在六安州里還有近2萬俘虜，看來從河南只調一個師確實是少了一點，應該再調一個師，或者幾個護衛軍的團過來才行。
當然俘虜只是目前羅岳遇到的一個問題，其實也並不算是太嚴重，因為這一次從紅蓮教那里繳獲了大量糧食，足夠俘虜吃3、4個月的，只要是再從河南調來一些人手幫忙管理，也就沒有什麼大問題了。但另一個問題是羅岳解決不了，就是六安州、穎州府怎麼處理。
這次救災行動，原則上是不佔州城府縣，因此盡管華東**在各地設立12個災民安置營，但都並沒有和當地的清廷地方官員發生沖突，當然這些地方官員也都比較知識務，沒有給華東**的活動設置障礙。在有些地方，災民安置營和地方官員還都相處得不錯。
但這次為了平定紅蓮教作亂，人民軍佔領了六安州、穎州府的數座州城，雖然佔領這些州城並未付出什麼損失，但畢竟也是軍隊的一番心血，就這樣供手再交還給清廷，也讓人不甘心，另外這些州城的地方官員也都被紅蓮教軍殺死，就算是想還也找不到接手的人。因此這些地方怎樣處理，還需要青島來決定。
于是羅岳一面下令，將六安州的俘虜都押到穎州府來，和這里的俘虜一起監押，同時又向西南軍區下令，再調一些軍隊過來協助管理地虧；又一面寫了一分報告，傳回給青島。
而就在三天以後，羅岳收到了青島軍委的回復，原來行政院己經決定，將安徽省劃歸到華東**的管轄範圍之內，于是軍委決定，將安徽省的防務交給中部軍區管轄，畢竟西南軍區的部隊較少，只有兩個軍，守衛的又是河南這樣的四戰之地，因此讓有三個軍，並且防務壓力也比較小的中部軍區來接管安徽省的防務要更好一些。
不日中部軍區會派遣軍隊過來，接交轄區的軍務管理，目前仍然由羅岳指揮，首先攻佔六安州、穎州府的其他地區，然後再擴展到廬州府、鳳陽府等地，最後進攻安慶州，全面佔領整個安徽省。
同時行政院也會派遣行政人員，接管六安州、穎州府的地方行政管理，並要求羅岳配合行政人員，對俘虜進行偵別，如果是普通平民，則釋放、並組織他們成立村莊、開墾荒地等事情。因為這時洪水的高峰期也己經過去，而洪水也將逐漸退去，各地安置營的任務也將由救災、收容災民逐步轉變成為安置災民、成立村莊、開墾荒地、生產自助，自己自足等，並且在當地建立華東**的統治體系，因此就從這批俘虜開始。