清理完了陣地上的殘存日軍之後，人民軍向最後三棟主要的建築︰關東都督府陸軍部大樓、華俄道勝銀行大樓、將校集會所發動進攻，正好這三棟建築分別是3層、2層、1層。
這時躲進這3棟建築的日軍各有數百人，紛紛的在各建築的窗口，大門口等處架起步槍，進行著最後的抵抗。人民軍迅速的分派兵力，先包圍這三棟建築，然後架好機槍、迫擊炮陣地，對建築進行猛烈的火力壓制，同時還派出部份槍法好的士兵，對窗口的日兵進行狙殺。
時間不長，這3棟建築的日軍都被人民軍的火力壓制住了，而且大門頓開，因此人民軍也立刻組織兵力，對這3棟建築進行突擊。
由于建築內的地形更為狹窄，因此突擊也只能釆用班排級的兵力，每一層將投入一個排的兵力。由于關東都督府陸軍部大樓有3層樓，實際投入的兵力是一個連，只是三個排是依次投入。海軍陸戰隊1團2營1連負責突擊關東都督府陸軍部大樓，首先發動進攻的是1排。
在發動突擊之前，排長劉福喜首先下令全排的班長、副班長，放下步槍，並將96式手槍裝好手柄，另外每名戰士都將*補足。在城市戰爭訓練中，人民軍到是進行過一些建築內部戰斗的練習，盡管練得並不多，但基本的要點還是記得的，首先一條就是在建築內部的戰斗，主要的武器是96式手槍和*。
準備好了武器之後，1排的戰士立刻在其他部隊的火力掩護下，向關東都督府陸軍部大樓發動突擊，整個過程只有兩名戰士中彈，而在接近大門時，排長劉福喜首先向門中扔出了一顆*，在硝煙還沒有散盡時，就和副排長王力田一起沖進大門中，並且舉起96式手槍，不管三七二十一，就是一陣亂射，這也是建築內部戰斗的基本原則，就是*開道，加亂射火力壓制。
硝煙散盡之後，1排的戰士們也全部都進入到大樓中。關東都督府陸軍部大樓是呈中軸左右對稱布局，進門和大堂位于大樓的正中位置，樓梯在大堂的對道，大樓內有一條橫向的長走廊，房間分布在走廊的兩側。
劉福喜立刻下令1班負責清理大堂左側的房間，2班負責清理大堂右側的房間，3班守住大堂，並且策應1班、2班，由其要堵住樓上的日兵。
任務分派之後，各班也立刻分頭行動，這時2樓有幾名日兵想下樓來參戰，結果剛一露面，就被人民軍一陣亂槍打死，因此2樓的日兵也不敢再輕易的下樓來。
攻擊左右房間的兩個班的士兵分成兩部份，分別由班長、副班長帶領，攻擊走廊兩側的房間。
這時所有房間的房門都是緊閉，只看在左側第一間房的大門前，一班長舉好96式手槍站立，一名士兵手執步槍，以半蹲的姿勢持槍，兩人的位置略偏向門軸的一側，並與房門呈45度的夾角，而在門把的一側，亦有一名士兵手持*，倚牆站立。然後由一名士兵抬腳飛踹木門，將門踹開之後，門軸一側向兩名士兵立刻開槍連續射擊，壓制房間里的曰兵，而門把一側的士兵則拉斷*的弦線，從門邊扔進去。
「轟」的一聲，*爆炸之後，人民軍的士兵們才進入房中，只見房間里躺著4、5名日兵，還兩2名日兵尚未斷氣，但也受傷多處，慘叫不己。人民軍也不客氣，給每人捅了二刀，徹底了結了這兩名日兵的性命，然後退出房間，又向下一個房間攻擊。
這一套戰術當然是由穿越戰士教給人民軍的，實際是舊時室里，反恐戰術訓練項目之一。雖然看似簡單，但實際是從無數類似戰斗中總結出來的戰術，在實戰中相當有效。雖然海軍陸戰隊並非是專業的反恐部隊，但也會訓練一些反恐戰術，畢竟反恐戰是穿越之前的主要戰爭形式之一。
當然，人民軍接受的已是簡化了戰術，但在這個時代，已是完全夠用了。而相比之下，日軍的表現就只能用業余來形容，盡管日軍的素質，實戰經驗都在人民軍之上，但對這種建築內的小範圍戰斗卻是相當附生的，因此在人民軍這樣在放的戰術打擊之下，一個房間一個房間的被清剿。
當然，人民軍的清剿也不是全部有效，有的房間里並沒有日兵，有些房間里則是非作戰人員，而有的房間里由于有大量的家具，因此*的效果有限，最終雙方還要死拼一場，不過從總體來看，人民軍仍然是佔有十分明顯的優勢。
而就在一排對一樓的房間進行清剿的時候，二排也突擊進入關東都督府陸軍部大樓，並且向二樓發動進攻，戰術當然完全是和一樓一樣的。緊著三排也突擊進來，攻擊三樓。
戰斗進行了約1個小時，人民軍終于清剿了關東都督府陸軍部大樓所有的房間，擊斃的日兵約有350余人，當然也包括非戰斗人員，畢竟在這樣的情況下，誤傷也是再所難免的，俘虜日兵27人，俘虜非戰斗人員200余人，而人民軍僅僅只有8人陣亡，另有21人受傷。
而關東都督府陸軍部大樓的戰斗已在此之前結束，人民軍均使用相同的戰術，成功的攻佔了華俄道勝銀行大樓、將校集會所，消滅了這兩棟建築里的大部份日兵，並且俘虜了不少非作戰人員。
到這時為止，人民軍己徹底攻破這個日軍設在旅順新城區的主陣地，並且己基本控制了旅順新城區，日軍在新城區里已經沒有成規模的陣地，只剩下一些零星的抵抗。
不過相比于旅順新城區里的順利作戰，人民軍在旅順老城區里卻遇到了一些不大不小的麻煩。
在羅岳下達了進攻的命令之後，進攻旅順老城區的1師也比較順利，首先成功的佔了俄國旅順關東州總督府和北洋醫院陣地，而對旅順監獄的進攻也十分順利，己經攻破了日軍的防線，殺入監獄里，和日軍展開白刃戰，並且己取得了明顯的優勢。
旅順監獄原是俄國旅順時修建，主要是用來關押反抗俄國統治的中國人。日本佔領旅順之後，則用來關押在戰場上俘虜的俄軍士兵。
在前期的日俄戰爭中，日軍共計俘虜了約7.9萬俄兵，其中大部份都送到日本國內去關押，留在中國的約有7千余人，全部都安置在旅順監獄里。
應該說日本對俄國俘虜的待遇是相當好的，對受傷的俄國俘虜都進行良好的治療，而且給俄國俘虜安排的飲食也相當豐富，還為了照顧俄國人的口味，不僅提供了大量的肉類食物，還專門供應了西式糕點、巧克力和酒，吃得甚致比日兵都要好。另外還給了俘虜們相當大的自由度，不僅在監獄里可以自由活動，每天上午、下午還各有1個時間的休閑時間，可以走出監獄，在旅順城區內閑逛，因為俄國人的相貌與亞洲人有明顯的區別，語言也不通，又身無分文，因此到也不怕他們趁機逃走；而且還會定期舉行一些如體育比賽、舞台劇、交響樂等等活動。
日本之所以善待俄國俘虜的原因不外乎兩點︰第一，爭取到列強的首肯，日本是不同于其他亞洲國家的文明人；第二，日軍遵守國際法，軍紀嚴格，是值得尊敬的軍隊。
現在的日本在列強俱樂部中只是一個新成員，而且還沒有得到歐美各國的廣泛認同，由其是在10年的甲午戰爭中，由于日軍制造了旅順慘案，引起了歐美各國輿論的一致批判，美國的《世界報》的戰爭特派記者克里曼批判「日本為蒙文明皮膚，具野蠻筋骨之怪獸」，其後李鴻章赴日談判議和，被日本激進人士刺殺，都一度令日本政府十分被動，因此以後日本在對外戰爭中就比效注重自己的國際形像，力圖努力做出一付自己是文明人的樣子來。
在八國聯軍侵華戰爭中，日軍就是八國軍隊中軍紀最好的，而這次面對的俄國是歐洲的老牌強國，盡管有英國支持，但大部份歐洲輿論在開戰前還是偏向俄國的，日本就更是在這些方面十分注意，因此才對俄國俘虜十分優待，甚致引起了國內的不滿。
人民軍對旅順監獄的進攻令日軍無瑕顧及俄國俘虜，因此監獄的看押已呈現出一個真空狀態，而且俄國俘虜可以在監獄中自由活動，這時大部份俄國俘虜都本能的覺得有機會，于是都紛紛走出自己的房間，有少數人還撿到了一些武器，一些軍官還乘機組織起來。
攻入監獄的人民軍也很快和俄國俘虜相遇，由于雙方的語言不通，而且又是在戰爭期間，雙方也不可能心平氣和的慢慢溝通，另外由于日本對俄國俘虜的優待，也助長了俄國俘虜的優越感和傲曼，在他們看來，雖然自己是俘虜，但也要比黃種人高出一等，因此無論是日本人還是中國人，都會對自己禮敬三分。
而這樣的局面、心態，自然是不會有好的結果，在一片混亂的局勢當中，也不是那一方首先開槍射，最終引發了雙方的激戰。