雙方的文職官員發言後，也剛氣氛緩和了不少。雙方也都同意，先協商成立聯合指揮部的事情，畢竟只有聯合指揮部成立以後，才好俱體討論戰術問題，這次協商也不是開軍事會議，否則剛才將軍們談得唾沫亂飛，兩位文官卻插不上話去。
日本提出的方案是︰聯合指揮部將以日本為主，華東政府可以派一名高級軍官參與，下設的參謀人員按照雙方投入的兵力比例分配，如果是各自的軍隊單獨執行作戰任務，具體的戰術由各自的軍隊自行制定，如果是雙方聯合行動，則應以日方為主制定戰術，華東政府的人員也可以參與建議，但最後的決定權還是在日方。
然後日方又進一步解釋，由于戰爭的關系重大，應當有當權決斷的人來主導，而日本投入的兵力要遠多于華東政府，自然應該成為主導的一方，這也是為了順利的擊敗俄國。不過說穿了日本還是希望在未來真的成立了聯合指揮部時，取得主導權。
這個方案當然不能被華東政府接受，因此華東政府一面反駁，一面也提出了自己的方案，戰爭需要當權決斷是不假，但也需要集思廣議，不然成立參謀總部就沒有意義了？華東政府只能出一名軍官，顯然是不合適的；而且以投入的兵力比例分配參謀人員更是不妥，不能體現雙方公平合作的原則，華東政府投入的軍隊是逐次增加的，豈不是人員隨時都會變化，如果華東政府最終投入的軍隊超過了日本，那麼是不是應該由華東政府來主導呢？另外後勤部隊又算不算在軍隊數量里，投入的民役人員又該怎麼算？
華東政府的方案是首先承認日本首先投入的兵力人力物力，確實在華東政府之上，因此同意由日本方面出任聯合指揮部的最高指揮官員，但雙方的人員必須對等，其實指揮部的核心也沒幾個人，5、6個就夠了，而下設的參謀人員可以按4:6的比例分配；而戰爭的計劃決策也應由雙方共同協商來確定，這樣即能體現日本的主導地位，又照應雙方的公平合作原則。
應該說華東政府的方案更為公正一些，但這樣一來日本就不可能主導聯合指揮部了，因此兒玉源太郎、山本權兵衛都立刻反對。而華東政府自然是據理力爭，雙方立刻又爭執了起來。
見雙方又要談僵了，小村壽太郎和李三杰趕忙又打圓場，認為今天只是雙方互相表明自己的態度，具體的方案可以改天再談，干脆就把雙方組成聯合管理佔領區的方案也都互相通報。
日本的方案和聯合指揮部差不多，都是管理層由日本主導，華東政府還是派一個人參與，但只有建議權，決策權仍歸日方，而基層的管理者由雙方共同負責。簡單說日本還是不想放棄主導權，又希望借助華東政府的力量維持好地方秩序。
而華東政府的方案是管理層由雙方共同負責，可以由日方為主，但決策必須由雙方共同商議決定，而基層的管理者最好是由華東政府來負責，畢竟基層管理者是直接面對民眾，華東政府的工作人員在語言、文化、風俗習慣都和民眾相通，自然方便管理，而日方的人員顯然沒有這方面的條件。
不過日方顯然不能接受這個建議，因為這不是等于把日本給架空了嗎？日本好不容易打下來的地方，豈不是就全交給華東政府了。
李三杰見氣氛又緊張起來，于是立刻建議，暫時休會，雙方也都對各自的方案再研究研究，改天再接著協商。小村壽太郎一听，也馬上就答應了下來。于是這次協商就這樣結束。
協商的內容立刻傳到了東京，伊藤博文、山縣有朋、桂太郎等人看完了之後，也馬上展開了討論，眾人首先都一致認為，華東政府的條件雖然開得高，但並不是在漫天要價，基本都在合理的基礎上為自己爭取利益的範圍，畢競這也是無可厚非的，而且這也說明華東政府確實是有合作的誠意。如果華東政府胡亂的一味開高價，或者是對日本提出的方案全盤接收，反到有問題了。因此日本到是可以放心一些。
至于雙方的合作方案怎麼談，伊藤博文只提了一個問題，即日本需不需要華東政府的軍事幫助，只靠日本能不能獨立戰勝俄國，如果可以，則可以對華東政府寸步不讓，如果不行，則趕緊在一些地方讓步，早日談成，敦促華東政府盡快出兵，如果還需要觀望，則最好有一個時間節點，以免我們在不利的局面下和華東政府再協商，這樣損失更大，要求陸軍部、海軍部客觀的回答這個問題，並且給了陸軍部、海軍部一天的討論時間。
而就在這時，戰場上的意外事件，改變了這次協商的走向。
4月11日下午五點，聯合艦隊再次從仁川港出發，執行秋山真之制定的在第三次閉塞作戰之前，誘敵計劃。
4月12日夜間10點，聯合艦隊首先派出第4驅逐艦隊帶兩艘布雷艦在旅順港外布施*。4月13日凌晨4點，日本艦隊布下了44顆*，但在撤退的時候，被俄國的巡邏艦隊發現，雙方在旅順港外展開了戰斗。
在激戰中俄艦斯特拉希涅號被日艦的魚艦擊中沉沒，太平洋艦隊的巡洋艦巴揚號、狄安娜號又出港接應，遭遇聯合艦隊第3戰隊的4防護巡洋艦、第2戰隊的2艘裝甲巡洋艦，雙方開始相互炮擊，緊接著巡洋艦阿斯科利德號、諾維克號又出港增援。
4月13日早上7點15分，馬卡洛夫坐鎮旗艦彼得巴甫洛夫斯克號，戰列艦波爾塔瓦號、勝利號出港迎戰日艦，而看到俄軍的戰列艦出動，深知不是對手的日本巡洋艦很快掉頭逃逸，馬卡洛夫下令追擊，但俄艦隊追了沒多遠，發現遠遠的海面上又出現了日本第1戰隊的6艘戰列艦，馬卡洛夫明白日本是打算將自己誘出岸炮的射程再交戰，而馬卡洛夫也想將聯合艦隊誘入岸炮射程，于是下令艦隊返航。
不過在聯合艦隊旗艦三笠號上，東鄉平八郎、秋山真之發現彼得羅巴甫洛夫斯克號的航向正是敷設的*陣方位，因此東鄉平八郎下令艦隊停止前進，觀望俄艦。
上午9點45分，在老虎尾燈塔東方約2海里處，彼得羅巴甫洛夫斯克號撞上了*，艦首首先觸雷，隨著巨大的爆炸聲，艦首升起了一大團黑煙，而爆炸又引爆了吃水線下的*倉庫，接著引爆了艦首12英寸炮彈庫，最後氣缸爆炸，甲板上幾乎所有的東西都飛上了天，前主炮甚至飛到了數百米的高空。等濃煙退去之後，彼得羅巴甫洛夫斯克號己有大半沉入水中，只有艦尾還翹在水上，螺旋槳兀自在旋轉著，兩分鐘後，整艘軍艦完全沉入海中。
雖然這時日本艦隊只是遠遠的看見一團黑煙升起，隨後煙火漸消，俄國艦隊的首艦己不見了，各艦頓時爆發出歡呼聲，就連東鄉平八郎也露出了一絲笑容，不管怎麼說，算是擊沉了一艘敵方的戰列艦，這可是開戰以來聯合艦隊最大的戰果。于是下令艦隊轉航回去。
而彼得羅巴甫洛夫斯克號沉沒以後，俄國其他各艦上都緊急放下救生艇，去搶救幸存者，彼得羅巴甫洛夫斯克號上共有773人，包括艦長亞麻列夫上校在內，總共只有129人被救起，但其中並沒有馬卡洛夫，只是找到了馬卡洛夫的一件外套。
但俄國的霉運還沒有結束，10點10分，勝利號又觸雷了，右舷艦首附近被炸開了一個口子，好在是引擎和舵機並未受損，因此還能保持行動。而其他的俄艦也都成了驚弓之鳥，趕忙都逃回到內港里躲起來。
日本是在當天下午5點的時候得到了確切的消息，知道馬卡洛夫中將陣亡，而整個聯合艦隊上下都欣喜若狂，盡管馬卡洛夫只上任了36天，但給太平洋艦隊帶來了耳目一新的改觀，也給聯合艦隊帶來了巨大的壓力，現在馬卡洛夫竟然這樣陣亡了，不少人都認為日本是得到了上天的庇佑。第二天立刻以海軍大勝，擊沉敵旗艦的報導公布于眾。
而馬卡洛夫的陣亡，也讓日本海陸軍的壓力大減，一致認為在這個時候還不需要華東政府的軍事力量，不過這個時候海陸軍的首腦也還都保持著清醒的頭腦，知道這個勝利實在是太偶然了，並不表示日本就己經勝券在握，馬卡洛夫的陣亡對俄國的影響到底有多大還不得而知，因此現在還不能完全拒絕華東政府的軍事幫助。
于是在接下來的協商中，日本也有意采取強硬的態度，拒絕在合作方案上讓步，使得協商進入了僵局，而小村壽太郎順勢提議，這一次協商不如就到這一步，雙方可以回去以後慢慢的考慮各自的方案，而且華東政府也不妨加強準備，預計在6月份時再進行下一輪的協商，因為到了6月份，華東政府的登陸作戰也應該差不多準備好了，這個時候再協商，也更好一些。
華東政府的代表團也接受了小村壽太郎的提議，于5月15日返回青島，當然日本的禮數還是相當周到的，舉行了隆重的歡送儀式，並且還派兩艘軍艦隨行一直護送出50多公里。