得到了日本國內的通知以後，小村壽太郎立刻通告華東政府，日本政府願意接受華東政府提出的4點條件，于是雙方就這4點條件的細節問題，再度開始協商。
談判重新開始之後，日本首先對第一、二條表示完全接受，但華東政府提出，在第二條上要加上時間限制，否則日方在軍事行動之前一個小時，甚致是一分鐘通知華東政府就可以了，因此華東政府提出的時間限制是提前72小時。
日本本來確實是想把時間含糊過去，那知海外華人的眼里還真不揉砂子，見糊弄不過去了，日本表示只能接受12小時的時間限制，理由是戰場局勢瞬惜萬變，就連日本也不能確定72小時之內的所有行動計劃，因此提前72小時通告華東政府是做不到的。
其實華東政府也知道提前72小時基本不可能，提出這個要求只不過是漫天要價，最終雙方決定，定為提前24小時，不過時間節點以送交到華東政府為準。因為這個時代的通訊是用密碼方式傳遞，傳到之後還要經過翻詳、核對，如果內容長的電文，往需要好幾個小時的時間才能完成，這里面就有很大的操作空間，在舊時空里，日本就不止一次的鑽這種空子，因此華東政府要堵死這些漏洞。小村壽太郎也只能感嘆，海外華人果然是精明，但也只能答應下來。
對第三條，小村壽太郎代表日本政府承諾，將在這次談判結束之後15天以內，派遣日本軍方人員參與組成的代表團，到青島來協商成立聯合作戰指揮部和聯合管理佔領區的事宜。對此華東政府也沒有異議。
只有第四條，雙方產生了較大的分歧，日本只承諾在聯合管理佔領區的制度未確定之前，日本尊重華東政府在東北地區的商行、企業、工廠及公民，並保障他們的人身安全，但華東政府則要求在東北地區的人員就地成立一個臨時管理委員會，與華東政府有關的一切事宜、人員均在臨時管理委員會的框架內解決，日本不能越過臨時管理委員會，處理華東政府在東北地區的人員和財產。
這樣的條件當然是日本政府不能接受的，因為這就等于是給了華東政府外交豁免權一樣，由其是與華東政府有關的一切事宜、人員，這個範圍太大了，如為華東政府工作的本地人算不算呢？這樣的話對日本太被動。但日方的保證又太虛，沒有實質的意義，華東政府也不能同意。
雙方又經過了三天的爭辯討論，最終各讓了一步，首先日本政府同時成立臨時管理委員會，但將華東政府在東北地區的人員分成三類，一類是高層人員，也就是所謂的海外華人，有事情必須在臨時管理委員會的框架內解決，第二類是直屬人員，也就是從山東帶過去的人，臨時管理委員會可以進行協調參與，但日方不得征調；第三類則是本地的工作人員，日方處理，如果征調，需賠償損失；而對華東政府在東北地區的商行、企業、工廠，日方如需征用，必須和臨時管理委員會協商，並補償損失。而在軍事方面，華東政府允許派軍事觀察團，跟隨日軍作戰。
隨後小村壽太郎將談成的細節發回國內，日本政府看了之後，也都認為可以接受，因為成功將成立聯合作戰指揮部和聯合管理佔領區拖後，這樣成功的在戰爭之初將海外華人排除再外了，至于派遣軍事觀察團，則是國際通行的做法，並無可厚非，但日本最終還是從華東政府那里獲得物資支援，這是最大的勝利，其他的事情都只是小細節，現在華東政府在東北地區只有幾家商鋪，工廠一家沒有，工作人員滿打滿算也不到1000人，讓他們一點也無關大局。
于是小村壽太郎立刻和李三杰簽定了協終，不過小村並沒有馬上回國交令，而且就在青島等候著，12天以後，日本果然又派出一個代表團，包括藏相松方正義、陸相寺內正毅、海相山本權兵衛在內，加上外相小村壽太郎，共計有4名內閣官員，和華東政府正式協商成立聯合作戰指揮部和聯合管理佔領區的事務，顯得誠意十足。另外就是華東政府向日本提供的第一批物資的俱體安排，否則日本也不會把藏相松方正義（相當于財政部長）也派來。
不過第一次談判是不可能取得什麼實質性的進展的，畢竟雙方此前都沒有類似的合作過，而且日本也有意設置難題，提出許多需要各自內部協商的問題，因此這次談判雙方僅僅只達成了一個框架性的意向協議，並沒有多大的實際意義，只是在談判結束之後，雙方約定，一個月之後在日本進行下一輪談判，不過穿越者都明白，到了那個時候，戰爭己經開始了。
當然穿越者也不是真想和日本組成什麼聯合指揮部之類，一則是讓日本安心，認為華東政府還有合作的誠意；二則是讓開戰之後，自己在東北地區還有相當大的自度，這也有利于情報的收集。
現代戰爭，情報是重中之重，華東政府打算借日俄戰爭崛起，自然也不會忽視情報工作，因此從1902年時，就開始進行情報布置。在山海關一戰中，人民軍擊敗了南下的俄軍，解救了2萬余名隨軍的勞役，他們都是東北人，戰爭結束之後，超過半數的人回到東北故鄉，留在山東的大約有8000多人，其中有近5000人參加了人民軍。
而情報部門當然不會放過這個機會，因為這批人都是東北本土人，口音、語言、生活習慣還有身份資料，當地的社會關系，幾乎都是情報人員的絕佳人選。于是安全部從中選出了300余人進行培訓，然後將他們分期分批，陸續派回到東北地區活動，收集情報。而在1903年，華東政府獲得了在旅順開設商行的準許以後，更是借機進一步發展東北的情報網絡，並且還吸收了相當一部份當地人。
現在華東政府在東北地區的情報網絡己經充份鋪開，共計有人員500余人，並且在沈陽、遼陽等大城市都設了分點，另外大量深入到農村，在不到兩年時間里，取得這樣的成果，算是相當可觀的。
不過在日本的情報進展就相當有限了，一方面是在舊時空里，日本就是最難開展情報工作的地方；二方面是現在華東政府自身的影響力和能力也有限，畢竟要到日本去開展情報工作，首先總要會日語吧，就這一條，在華東政府的選擇就極為有限了。到目前為止，僅僅只有16個人以留學生的名議被派到日本，而主要的任務是融入日本社會，並且通過報紙等公開發行的刊物收集資料。
但現在對日的情報工作卻有了一些突破，原來就在1903年年初的時候，有兩名穿越者卻自告奮勇，主動向行政院申，願意到日本去擔任情報人員。
這兩人一個叫鄧力瑋，35歲，一個叫羅家泉，29歲，在華東政府里屬于不溫不火，不上不下的人，但舊時空里，他們都有在日本留學、工作4年以上的經歷，語言當然是沒有問題的，而且對日本的歷史文化也有相當的了解，當然用他們的話說，了解日本是為了征服日本服務的，只是在舊時空里，並且曾在不少論壇里極力鼓吹「攻佔日本島，活捉蒼老師」，曾被版主警告數次，並與日精撕逼，據羅家泉自己說，還曾被某日精人肉過。
而在這個時空里，雖然「活捉蒼老師」己經不可能了，但 「攻佔日本島」到是很有可能實現的目標，而且眼看著日俄戰爭臨近，正是有用武之地，因此兩人都主動請纓，申請到日本去臥底。而置于到日本臥底的危險，兩人則都堅信自己有主角光環罩體，不會有事的。
安全部的負責人商其松約見兩人談話， 也弄不清這兩人的這種蜜汁自信是從何而來，甚致懷疑兩人只是想借公費到日本去花天酒地，但經過安全部的認真評估之後，到是認為可以一試，因為這兩人的素質條件來看，確實適合去日本搞情報工作，而且又是主動申請，既使這兩人敗露了，安全部沒有責任，對華東政府的損失也不大，畢竟這兩人在華東政府里都是無足重輕的角色，而萬一兩人真的在日本打開了局面，可以算是意外之喜。
當然這兩人把情報想得很簡單，但安全部卻不能不做好充份的準備，因此給兩人制定了詳細的培訓計劃，並且做了周密的安排。安全部認為，即然是這兩個人要去日本臥底，最好是獲得一個日本人的身份，這樣更方便行事，說不定還能混進日本政府里，而且最好是以海外日僑的身份，因為這個時候，日本人出國留學，經商的人很多，有不少人都有國外定居了，因此兩人如果以第二代日僑的身份歸國，是很符合兩人的情況。
于是安全部決定做長遠打算，經過了大半年的培訓之後，讓兩人先去日本居住一段時間，熟悉適應日本社會環境，雖然兩人將扮演日本海歸，但也要熟悉日本的情況，畢竟兩人熟悉的是舊時空里的日本，和這個時代的日本還是有相當大的差別。而現在日俄開戰，需要和華東政府，包括清廷都處理好關系，因此在這個時候去日本，是最合適的。