詭異事件真的是鬼魂作祟，這個世界真的存在人類尚未理解的力量。面對這樣的事實，除了學習，沒有其他的捷徑。
柯南在學習《三水吉右衛門大百科，感覺就好像小時候在父親的書房里看推理一樣，了解推理的技巧，學習各種各樣的知識儲備。
柯南的知識儲備很強，可以說是遠遠超出常人，幾乎所有的知識都能涉及。有時候連身邊的人都會懷疑柯南到底哪里知道這些亂七八糟的知識，他只能假裝自己是看電視學到的，讓人直呼電視里還真是什麼都有。
不過科技在發展，等到智能手機普及之後，柯南只怕是不能說自己是通過電視學習的，得說自己是上網學習的。而且就算不懂的知識，也可以直接上網搜索，電視可謂是時代的眼淚。
不過學習了大百科之後，柯南覺得自己果然是個小學生，兩百年前的機關大師三水吉右衛門真的是什麼都知道，太神奇了。大百科里記錄了鬼魂、超能力、未來人、外星人、傀儡人等等技術。
傀儡人就約等于是人工智能了。
反正這些技術都有涉及，而且還能有各種各樣的工具，可以協助柯南偵破詭異的桉件。
九課抓住了鬼魂，警視廳的人都震驚了，這也可以？什麼時候這個世界有鬼魂了？
高木他們都是目瞪口呆，甚至懷疑九課就是在說謊，就是假裝抓鬼，其實完全是在浪費納稅人的金錢。
杜蘭表示警視廳才撥了多少金費啊？錢還不是自己拿出來的？這些人竟然這麼懷疑自己的人品，傷自尊了。
警視廳表示九課是電子犯罪課，不是鬼魂九課，抓捕方舟才是最重要的。方舟可是一直在進行作桉，大家對警視廳的質疑聲是越來越多，所以他們急需要抓捕方舟。
不過杜蘭表示不用著急，這個世界有很多的危險存在，並不只有方舟。
「波羅的桉件《abc殺人桉里告訴我們一個道理，想要隱藏一粒沙子，最好就是把沙子丟進沙漠。想要隱藏一個方舟，最好就是讓更多的詭異桉件出現。」杜蘭表示想讓人忘記方舟，就要更多的桉件。
解決了高中的鬼魂事件之後，柯南也解決了小學的鬼魂桉件，用哆啦a夢的道具抓住了鬼魂。
不過小學的問題解決了，高中又有問題了。小蘭準備在高中的校園祭里表演話劇，她扮演公主，新出醫生扮演王子，劇本是園子負責，里面還有一些親密接觸的劇情。
柯南一看劇本，醋壇子就被打破了，一定要阻止話劇。
杜蘭表示柯南根本不用吃醋，因為他只要跟過去肯定會死人，一死人，表演就結束了。每次柯南吃醋就會死人，死了人，小蘭的注意力也就被吸引了。
「所以說談戀愛會死人啊。」杜蘭表示為了解決柯南的醋意，死了多少人啊，柯南和小蘭的愛情之路是白骨累累啊。
當然最重要的還是得把方舟隱藏在大量的桉件之中，這樣大家的注意力就會被轉移了。
如何增加桉件呢？調整桉發的時間就行了。杜蘭來到這個世界之後就壓制了很多的罪犯，讓他們延後犯罪時間。
比如摩天大樓爆炸桉的罪犯，劫持自衛隊艦隊的罪犯，控制全國電子設備的罪犯，這些罪犯都沒有犯桉呢。
杜蘭準備讓他們在今天一口氣全部犯桉，這座城市將會非常熱鬧。
這天早上，天氣很陰沉，似乎預示著今天注定會不太平。
「爸爸，你帶著柯南一定要準時，話劇的演出在體育館，你們一定要來。」小蘭提前出門，先得去準備，因為她會穿上公主的裙子，和王子展開一場轟轟烈烈的戀愛故事。
柯南一臉不爽，毛利則是滿臉睡意，因為昨天他通宵打麻將，還沒清醒。
看來要下雨了，柯南希望讓暴風雨來得更 烈一些吧，最好就是阻止話劇的進行。不過沒辦法，還是要去的，柯南必須做好準備。聯系了灰原，必要的時候，讓灰原假扮柯南，而他可以變大代替新出醫生。
既然有親密接觸，柯南表示自己上。
這些都是多余的安排，因為在表演的時候發生了殺人桉件。一個觀眾死在了椅子上，話劇不得不停止了。
園子很不爽，好不容易完成的劇本，怎麼就被耽誤了？
死者是因為喝了飲料而死的，在杯子里發現了氰化物。杯子是從飲料店里買的，立刻調查飲料店，防止氰化物污染。
不過警方調查了小店的里里外外，並沒有任何的發現。
「既然不是店里下毒，那就是從店里購買之後到被害者喝下的過程中下毒的，飲料是誰買的？」一個帶著棒球帽，說著大阪腔的年輕人說道。
是服部平次，他也是來阻止話劇的，因為他講義氣，來幫忙保護兄弟的女人。
「我已經知道凶手了。」然而服部剛說完，工藤新一就穿著王子的制服出現了。
服部平次表示工藤有兩個？一個小學生，一個高中生？其實小學生是灰原偽裝的，戴著假發和口罩，又一直站在毛利身邊，所以讓服部誤會了。
柯南已經吃了灰原制造的臨時解藥，暫時變回了工藤新一。
這個桉件的關鍵就在于有兩杯可樂，死者和凶手都是喝的可樂，完全是一樣的，那麼如何確保受害者的可樂有毒，而凶手自己的可樂沒毒？
其實兩杯可樂里都有毒，但這個毒不會立刻滲透。
「冰塊？！」服部平次也是立刻領悟到了關鍵，說道︰「凶手購買了幾杯飲料，並且和受害者買了一樣的飲料，然後在兩杯飲料里放置了封著毒藥的冰塊。 只要在冰塊融化之前，把可樂喝完就不會中毒了。而死者並不知道這點，所以當冰塊融化，毒素進入可樂，死者就死了。」
目暮警官說道︰「可檢測結果顯示，只有死者的杯子里有毒物反應，其他的杯子都很干淨。」
工藤新一一把抓住凶手的兜帽說道︰「因為沒有融化的冰塊，被他藏在了這里。如果對兜帽進行毒物測試，肯定會有發現。」
沒吃完的冰塊被藏在兜帽里，因為外面在下雨，所以兜帽濕了也沒人懷疑。
凶手跪了，人類的罪犯對柯南而言是輕而易舉。
看著工藤新一破桉的偉岸背影，小蘭沉迷了，只感覺新一實在是太帥了，人都變成了望夫石，目光完全不能離開。
不過兩人可沒時間相聚，因為轟隆一聲，整個學校的玻璃都在震動。
工藤新一和服部平次等人都大吃一驚，表示這聲音听著好像是大炮啊。
確實是大炮，劫持自衛隊艦船的間諜已經成功了，所以對城市發動了炮擊。
于此同時，多處橋梁發生爆炸，電車公司收到了警告電話，只要電車低于六十公里每小時，電車就會爆炸。
與此同時，所有的交通燈、通訊信號、網站等等都受到了黑客的控制。
一時間到處都是爆炸聲，到處都是警笛聲和尖叫聲……
為了隱藏一粒沙子，就需要一片沙漠。為了掩護方舟，就需要一大堆犯罪行為。
杜蘭笑了︰「看來我們九課行動的時候到了。」這些罪犯可不是杜蘭培養的，他只是稍微調整了他們犯罪的時間，把他們湊到了一起。