碇真嗣已經不想重啟世界了，碇源渡也已經接受了每年七夕見妻子的現實，而碇唯則前去探索宇宙。
人類在浩瀚的宇宙中非常渺小，碇唯知道只有多收集情報才能保護人類。要知道連使徒都是來自宇宙深處，這說明宇宙中肯定存在了不得的文明。
雖然《死海文書》說一切都是由世界樹開始的，使徒和人類的不同是因為使徒吃了生命之果，人類吃了智慧之果，朗基努斯之槍是世界樹的樹枝，但這是古代人類的藝術創作，其中摻雜了大量的宗教想象。雖然《死海文書》內確實記錄了所有使徒的存在，也記錄了亞當和莉莉絲的沉睡地址，但並沒有解決使徒到底是從哪里來的這個問題，也沒有解決為什麼主導融合可以重啟時間線。
使徒來自宇宙這是可以確定的，因為在月球上也有一個神秘的巨大物體，遠古人類對使徒的了解太少，所以添加了很多的想象。
不過就算渚薰也不知道使徒到底是什麼，他們的存在好像就是為了融合，但為什麼融合，渚薰也不知道，就好像是預先設定的情報。有時候也是細思極恐，或許使徒和人類很可能是被某一種更高級的文明設計出來的。
如果真的有制造使徒的文明，那麼碇唯一定要找到他們，不管花費多少時間也在所不惜。其實她覺得根本不用每年和家人團聚，畢竟她早就決定犧牲小家為大家，從她成為改良選擇派開始，她代表的就是改良選擇派，而不是自己。
當年劉邦父親被項羽抓了，項羽要煮了他，劉邦沒有說讓大軍進攻，而是說‘分一杯羹’。因為劉邦是首領，他不能從個人角度思考問題，士兵們跟著他並不是為了他個人的私事，而是為了自己能有飯吃。
碇唯既然是改良選擇派的創始人，如果碇源堂被使徒抓了，那麼她也只能說一句‘分一杯羹’。她不能為了家人耽誤改良派的使命。
所以這家人都有了各自的選擇，碇真嗣也已經長大，他現在也有自己的工作，已經不需要父母的安排了。他已經接受了分分合合的現實，接受社會運轉的規則。
一個主張會分為原教義、改良派、篡奪派、反對派，不僅僅是s如此，可以說是任何的大勢力都會這麼發展。然後不停地對抗合作，吞並消滅，最後再次統一。統一之後再次分開……
碇真嗣已經很清楚人類社會的規律就是如此，一旦接受了這種設定就不會覺得有什麼問題了。
S就是接受不了這樣的設定才會想著融合，才會設計《人類補完計劃》，希望人類靈魂融為一體，這樣就萬事大吉了。可惜融合之後還是會分開，融合並不是終點，只是起點。人類分裂的狀態才是融合的終點。
「好了，差不多搞定了。」杜蘭表示三個主角都有幸福的結局了，迪妮莎也再次收集了一大堆綾波麗克隆體。這些克隆體里都有莉莉絲的靈魂碎片，都是完整的人，只是需要教育。
綾波麗克隆體很多都很調皮，所以都要對她們的性格進行一定的調整，不然就會變成毒舌綾波麗，會非常敏銳地洞悉人類的內心，一個個都好像小惡魔一樣。只有壓制了感情，她們才是三無美少女，才會安安靜靜。
迪妮莎把所有綾波麗都打包了，杜蘭則是把s的技術都打包了，不過現在s並沒有消失。雖然和末日世界融合，但s還在運行，他們還是沒有放棄融合，只是一切都被凍結了，只能努力發展技術，之後再重啟補完計劃。
對于s的殘黨，杜蘭讓他們繼續存在下去。因為就算消滅了他們，過段時間肯定就會又有人受不了心之壁的存在，就又會搗鼓一勞永逸讓人類融合的計劃。總是會有人想要走捷徑，想要用最簡單的方法去解決復雜的問題。
比如滅霸喜歡用消滅一半生命的方式解決宇宙的資源危機。比如薩維奇喜歡用科技倒退的方式來爭奪人類的永久控制權。比如佩恩會用破壞木葉的方法傳播和平理念……
很多反派總是希望把問題簡單化，把復雜的情況歸結在一個因素上，然後通過一個因素來解決問題。
然而事實上並不是一個因素引發的問題，而且就算暫時解決了這個因素也沒用。比如佩恩毀掉了木葉，讓全世界都感受到了疼痛，但很快疼痛就會被遺忘。痛苦也好，仇恨也好，是很難遺傳到下一代的。
如果痛苦和仇恨能遺傳的話，那麼千年前的仇恨也會被提起。然而事實上沒多少人會拿一千年前的仇恨說事，都是用最近的矛盾說事，都是用最近的利益糾
紛進行對抗。過去的仇恨只有在忍無可忍的時候會被拿出來當做出師有名的旗幟，新仇舊恨一並算了。
所以通過一種方法解決復雜的問題，就是偷懶的行為。
用單一手段並不是解決問題，而是壓制問題。就好滅霸毀掉宇宙一半的生命，但再過一段時間，人口又會恢復，還是會有資源危機。還不如把宇宙的生命全干掉呢，這樣反而更好，省得再擔心資源不夠用了。
所以s的殘黨就留著他們吧，因為就算殺光了，過段時間還是會有人會想著要利用一勞永逸的辦法來解決人類面對的種種問題。但只要技術在發展，人類在進步，人類補完計劃最終只會淪為一個笑柄。所以最終人類補完不補完還是要看全人類的努力，不會被一小撮人決定。
S的殘黨還在想辦法利用eva的力量解決冰封的情況，現在的情況顯然是不對的。他們的計劃是第二次沖擊淨化海洋，第三次沖擊淨化陸地，但不是冰封，而是把陸地變成紅色才對。所以他們覺得肯定是神經元弄錯了，第三次沖擊的姿勢不對，應該重新沖擊。他們還在不斷修復聯絡，重新建立科技，準備對碇源堂問責。
第三次沖擊之後，就是第四次沖擊，就是對全人類的靈魂進行淨化和融合。但第三次沖擊姿勢不對，所以第四次沖擊也不能繼續。必須要重新進行第三次沖擊，s在末日里也是艱難地朝這目標前進，原教義派是真的相信融合就是人類最美好的結局，所以他們發揚不怕苦不怕累的精神，在末日之中不斷發展，很快就就掌握了s2機關的技術，然後就是開發更多的量產eva，他們要和時間賽跑，盡快重新進行第三次沖擊。