加持已經想好了借口，就說在杜蘭入侵基地的時候，自己先跑了，帶出來鑰匙。想必碇源堂也不會懷疑，等自己知道了真相，到時候也就不用理會杜蘭了。
咻，噴氣戰斗機從甲板垂直起飛，直接飛走。
當碇源堂听說杜蘭只靠三個人就佔領了一個有上千人駐扎，上百安保人員保護的伯大尼基地的時候，他是滿臉不相信，但事實就是如此，杜蘭真的把s引以為傲的基地給佔領了。
碇源堂不由想到難道這也是杜蘭的計算？他從一開始的目標就是伯大尼基地？所以自己把杜蘭送過去，就是按照他的意願行動？自己被算計了麼？一直以來都是碇源堂算計別人，從來沒人說有人能算計自己的。這次伯大尼被攻陷對s無疑是一個巨大的打擊，雖然鑰匙還是按照計劃到手了，不過情況似乎並沒有這麼順利，太過節外生枝了。
s很快也知道了基地被攻陷五號機被奪走的嚴重問題，這種事情不可被原諒，他們憤怒地質問加持︰「三個人？三個人竟然就能攻陷我們花費無數人力物力打造的，配置了大量軍械的高端研究基地？那如果有三百個人不就是可以把我們s一網打盡了麼？我們不相信杜蘭真的這麼神奇，難道他和他的人有三頭六臂不成？」
面對s的責問，加持也只是如實稟告能說的部分，其他的他不便多說什麼。
「我們會奪回基地的。」最後s憤怒地切斷了聯絡。
杜蘭不見了，歷史老師換了一個陌生人，碇真嗣心里空落落的，沒有人開著吉普車追殺他，也沒有人強迫他學習各種各樣的數學知識，以前他覺得自己很討厭這些訓練，但等到結束之後才明白其實這些訓練都是杜蘭的關心。
綾波麗因為沒有及時上報杜蘭在零號機內的事情被關了好幾天緊閉，回來之後更加沉默了，她也會忍不住懷念杜蘭這個特立獨行的老師。甚至其他學生也一樣懷念杜蘭，因為新的歷史老師又只會照本宣科。
「杜蘭老師到底去哪了？」碇真嗣和兩個死黨討論，都沒有結果︰「我去工廠看過了，工廠已經人去樓空，他們好像就從來沒有出現過一樣。」
劍介說道︰「我在網上查詢了一下，發現一些黑網依舊在流傳杜蘭老師的言論，並且有人說很快大的就要來了。」
「大的要來了？」碇真嗣表示什麼大的？
鈴原東治也是一臉疑惑。
「具體的我也不知道，總是s這段時間有大規模的軍事動員，還調動了一批舊式的海軍，艦隊浩浩蕩蕩地離開了港口，都被人拍攝下來了。我懷疑s的動向就和杜蘭老師有關系，不然為什麼他剛不見，s這麼快就有所行動？」劍介開啟了聯想，顯然是對杜蘭很有自信。還真被他猜對了，這次s的行動還真是為了奪回伯大尼基地。
碇真嗣卻說道︰「可老師為什麼不和我們說？他沒必要瞞著我們，他不是經常說為了大家而努力的人不需要有所隱瞞麼？」
「我看這次他也是被動的，畢竟之前老師是被神經元抓了，鬼知道神經元對老師做了什麼。」劍介是百分之一百支持自己老師的，認為這次不是老師的錯，而是神經元的錯。
碇源堂也知道s的這次大規模軍事行動，心想也好，正好試探一下杜蘭的底線。
這個時候加持也知道了情況，心想杜蘭這次可是要倒霉了，不過算了，自己還是繼續在第三新東京尋找真相吧。碇源堂已經把部分真相給了加持，讓他知道了人類補完計劃，但具體如何執行是不可能告訴加持的，所以加持必須自己想辦法去尋找中央教條，尋找人類補完計劃的核心內容。
老實說加持在得知這些內容之後確實非常震驚，隨即就笑了起來，因為太荒誕了。他知道了人類也是使徒，只是因為人類和使徒擁有不一樣的能力，所以人類無法維持使徒那樣的一體性，被分裂成為了數十億萬的個體。
但根據《死海文書》記載，人類也是使徒，只是形態不同。所以人類的使命和使徒是一樣的，那就是融合。十五年前就是一次不成功的融合，四頭亞當覺醒導致了一切，而s的任務就是主導人類去融合，這就是人類補完計劃。
得到這些情報的加持想要笑，但笑得很是人，他突然覺得一切都沒有什麼意義。什麼抗擊使徒，保護人類，最終人類要做的事情還不是和使徒一模一樣？同時他也會忍不住想到那麼補完之後，人類是不是就不再區分彼此，大家都能心有靈犀了？那樣自己和過去的小伙伴們是不是也能重逢了，自己是不是又能見到父母了？
這點倒是不清楚，已經死去的人能不能加入補完計劃，這點s可沒有確定。這就是他們的不足了，人人成佛都要考慮花草魚蟲病毒細菌，石頭木頭有沒有佛性。人人有罪都要考慮彌賽亞降臨的條件，書上說等到城里的人都開始做禮拜，城外有財產的人也在同一時刻做禮拜，上帝就會送來救世主，那麼邊疆守衛的士兵，城里正在救人的醫生，還有正好穿過城門不在城里也不在城外的人，以及異教徒算不算？因為經書上描述不精準，所以這個範圍就很難確定，也就導致救世主遲遲不降臨。
傳統宗教尚且如此，s怎麼可以不考慮死去的人能不能加入最終融合呢？
一個大範圍的規則，邊界往往會很模糊，雖然有利于大家加入進來，但也很容易就被人找到破綻。
人人成佛，要考慮有機物和無機物。同一時刻做禮拜，上帝就派救世主下凡挽救世界疾苦，那麼做禮拜里的人到底包不包括異教徒等人？這些都是經書上沒有寫的，不管哪一個宗教都沒有明確地寫明奇跡出現的條件。
s的人類補完計劃其實也很模糊，就是說全人類補完，但這個全人類是自古以來的全人類，還是指目前活著的人類？亦或者是從古代到未來，甚至連沒有出生的人類也包括進去？顯然s並不能明確指出這個全人類到底指什麼範圍。
加持看著《人類補完計劃》就和人人成佛彌賽亞降臨一樣模糊，所以他只覺得好笑，竟然真的有一群人試圖把融合當做人類的結局，他忍不住說道︰「果然荒誕不經才是信仰，不需要懂，也不要問，只要相信就可以了。」
耶穌死了復活，荒唐嗎？用常識來看確實荒唐，但正因為荒唐才是信仰。不要問懂不懂，只要問信不信，這就是信仰。《人類補完計劃》中全是模糊的不明確的內容，隨便一個學過邏輯的人都能推翻它，但這並不重要，s只問一句你信不信融合才是人類的最終結局？
要是信，那麼你就是自己人，要是不信，那麼只能提前送你去黑之月了。黑之月就是人類靈魂最後的歸宿，就是生物意義上的天堂。