杜蘭被困在束縛衣里，被推著，直接送手術室，先提取一些基因。
加持良治和真希波都知道杜蘭在第三新東京市大鬧了一場，都來看看這個杜蘭到底是何方神聖。
「駕駛eva看來也不是很難。」真希波很快也要上eva了，所以她覺得杜蘭給她做了一個好榜樣。
真希波和加持良治都是s的員工，不過他們兩人的目標並不一樣。加持主要是為了尋找真相，而碇源堂司令也正是用真相作為交易，才讓加持為他服務。
加持雖然已經是s的員工，但並沒有機會進去祭壇核心，現在他還只能算是武士中的下士，屬于邊緣，想要知道核心，只怕是很難做到。但這個時候司令的交易讓他心動，所以加持成為了多面間諜。
真希波則是為了學姐，也就是碇真嗣的老媽。沒錯，雖然真希波看著好像是個少女，其實是個阿姨。她是受到了eva的詛咒，不會長大了，她也是冬月的學生，並且憧憬碇真嗣的老媽，所以她的目標就是幫憧憬的學姐照顧兒子。不過現在她也不知道碇真嗣在整個計劃中到底是起到了什麼作用，她得慢慢調查。她知道如果學姐活著，碇源堂做的事情肯定都是違背學姐意圖的。學姐雖然是s的人，但其實並不是什麼消極的人，她是給身邊的人帶來希望的女神，聰明、美麗、堅強、勇敢，所以碇唯希望的世界就是真希波希望的世界。這樣的世界絕對不是混亂的，也不會是人類補完計劃，一定是能讓所有人都幸福的世界，至少她的兒子能在這個世界里真心地微笑。
杜蘭知道自己要被送去研究了，心想這樣的話，那他們會不會克隆很多個自己，然後再讓自己返老還童？然後有一群少年杜蘭到處亂竄。
杜蘭可不想被研究，所以他給保鏢送去了信號，現在他可以發動進攻了。
此時保鏢正地站在大海之上，一支活生生的生物艦隊正在乘風破浪，一個名為迪妮莎的女人找到了他，要和他一起幫忙救助杜蘭。同時他也越發確定自己是在一個虛假的世界里，因為迪妮莎讓他坐在一個生物機器上，帶上一根臍帶，大腦里就多出了大量的技術，現在他掌握了全世界所有的交通工具，同時也學會了全世界的格斗方式，就好像他天生都會這些知識。
如果不是虛擬的世界，怎麼可能通過這種方法傳輸知識？只怕連神經元也沒有這樣的力量。再說生物艦隊，長得都好像使徒，也不知道使用什麼能源就能在大海上風馳電掣，這應該是地效飛行器的原理，貼在海面，全速前進。已經看到前面陰雲下的伯大尼基地了，那是建立在大海之上的神經元基地。
「本來都沒什麼錢了，還這麼浪費把基地建設在大海上，真是閑的。」迪妮莎對于s的鋪張浪費表達了批判。
不過對于封建組織來說，花錢營造神秘感是必須的，畢竟如果被祭壇外的人發現祭壇里面的人也都是兩個眼楮一個鼻子一張嘴的普通人，那s的高層不是很尷尬？所以必須做一些不明覺厲的東西，拉開他們和祭壇外的距離。
有了這些高大上的設備，祭壇外的人才會敬而遠之，因為害怕和畏懼而不敢輕易冒險試探。
至于浪費錢財和資源，那本來就是應該的，反正最後人類補完，這些資源人類也用不上，還不如浪費算了。
什麼，你說有人吃不上飯？這和s有什麼關系，他們只負責和使徒戰斗，吃飯問題是每個地區的政府負責。
「我們走吧。」迪妮莎的細腰上戴著立體機動，直接起飛。
殺手也一樣跟著，兩人直接潛入基地。顯然基地也沒想到會有人單槍匹馬潛入進來，根本沒有對人作戰的經驗。
兩人身穿光學迷彩服長驅直入，直接進入了手術台。就在杜蘭要被解剖的時候，他們迅速打暈了手術室里的所有人。
「老婆，你可算來救我了，我好怕怕。」杜蘭表示真怕自己控制不了直接就動手了。
迪妮莎表示杜蘭就是喜歡搞怪︰「你故意被他們抓，還不是為了潛入基地。你想在這里找什麼？」
伯大尼的基地里有在建的五號機，還有四只亞當力量組成的鑰匙。當然還有加持良治和真希波兩個劇情角色，還有一些小秘密，關于人工智能的，也關于克隆人的。
克隆人在s里不算少見，但和克隆人一起工作卻不見得就是一件愉快的事情。對于很多人來說，克隆人不值得信任。
比如真希波就不喜歡克隆人，赤木律子也不喜歡。
當然赤木律子不喜歡克隆人主要還是不喜歡綾波麗，畢竟綾波麗獲得了太多的關心，特別是司令的關心。
當然在劇場版里連明日香都是克隆的，不過明日香的克隆使用的是淘汰制，最後活下來的就是現在這個明日香，也是個自閉少女。
所以理論上來說駕駛員都應該是克隆人才對，所以碇源渡把自己兒子送上去是完全違背s計劃的，不過碇真嗣也是爭氣，接連打敗了使徒。
碇源堂這也是一招險棋，不過他對妻子有信心，他相信有妻子靈魂的初號機不會讓他失望的。至于兒子的話，碇源堂是真沒放在心上，在他看來不是兒子給力，而是老婆給力。
「現在我們干什麼？」
「當然是包圍基地了。」
殺手表示如果換了別人說三個人包圍一個基地，他肯定不相信，杜蘭的話絕對完全沒問題，他相信杜蘭真的可以做到。
于是三人拿著武器開始了行動，利用光學迷彩直接潛入指揮室，再展現身形大吼一聲︰「你們已經被我們三個人包圍了。」特別點出只有三個人，杜蘭簡直就是惡趣味。
指揮室的人面面相覷，表示這三個人是虛張聲勢，還是腦子有坑？不過沉默也只是一瞬之間，很快警報就響起來了，外面的保安部隊正在荷槍實彈地聚集起來，如果真的只有三個人的話，等會兒他們就會變成馬蜂窩，因為外面的安保部隊少說也有三十個人，是他們的十倍。
「好啊你們，不但不投降，竟然還敢反抗？！」杜蘭表示真是反了，伯大尼基地里的人這是自尋死路。
當然杜蘭不會殺他們，他的武器都是恰好可以把人打暈的能量武器，非常安全，但無限子彈，射術也非常快。
很快基地內部就開始了槍戰，不過並沒有持續多久，最後站著的只有兩個半，殺手累得夠嗆正癱做在地板上休息呢，只有杜蘭和迪妮莎兩夫妻是站著筆直，宣布伯大尼基地已經易主。